View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2100R-Insertion-4 (Length: 853)

Name: NF2100R-Insertion-4
Description: NF2100R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2100R-Insertion-4
NF2100R-Insertion-4
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (8-495)||(15375492-15375981)
chr1 (534-853)||(15379035-15379360)
chr1 (188-495)||(25383336-25383644)
chr1 (188-491)||(31056114-31056417)
chr1 (188-495)||(38145663-38145970)
chr1 (534-676)||(31584926-31585068)
chr1 (538-676)||(25293738-25293876)
chr1 (538-676)||(29677298-29677436)
chr1 (534-676)||(48378772-48378914)
chr1 (534-637)||(2191517-2191620)
chr1 (534-676)||(11894559-11894701)
chr1 (534-676)||(47141086-47141228)
chr1 (546-674)||(25987659-25987787)
chr1 (534-614)||(38264077-38264157)
chr1 (128-164)||(50588910-50588946)
chr1 (127-164)||(47295357-47295394)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (188-495)||(23341647-23341954)
chr2 (188-495)||(13460091-13460399)
chr2 (188-493)||(35086465-35086769)
chr2 (546-676)||(42622357-42622487)
chr2 (534-676)||(5110508-5110650)
chr2 (534-636)||(13626041-13626143)
chr2 (535-641)||(31575664-31575770)
chr2 (534-669)||(5938977-5939112)
chr2 (546-676)||(5704909-5705039)
chr2 (535-636)||(45150967-45151068)
chr2 (534-601)||(13807845-13807912)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (188-493)||(35149788-35150094)
chr7 (188-414)||(349969-350195)
chr7 (188-491)||(3812957-3813263)
chr7 (534-669)||(11038881-11039016)
chr7 (541-676)||(33189625-33189760)
chr7 (534-669)||(7767294-7767429)
chr7 (535-681)||(2943735-2943880)
chr7 (534-634)||(23809405-23809505)
chr7 (534-673)||(38440103-38440241)
chr7 (561-672)||(1052752-1052863)
chr7 (534-673)||(36299102-36299241)
chr7 (535-636)||(30541215-30541316)
chr7 (546-657)||(27337309-27337420)
chr7 (534-636)||(5973288-5973390)
chr7 (575-676)||(47925175-47925276)
chr7 (127-171)||(47456700-47456744)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (188-495)||(10456-10763)
scaffold0208 (188-495)||(29190-29498)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (188-495)||(6101560-6101867)
chr6 (188-448)||(17579778-17580037)
chr6 (238-490)||(21192725-21192979)
chr6 (188-488)||(21772382-21772681)
chr6 (188-493)||(32031263-32031568)
chr6 (241-493)||(8652651-8652905)
chr6 (534-676)||(7622602-7622744)
chr6 (535-673)||(641721-641859)
chr6 (534-633)||(28582464-28582563)
chr6 (16-90)||(28299600-28299674)
chr6 (16-90)||(28512399-28512473)
chr6 (534-636)||(35167015-35167116)
chr6 (535-676)||(10788777-10788917)
chr6 (534-676)||(10408630-10408772)
chr6 (534-623)||(8577038-8577127)
chr6 (317-379)||(12436766-12436828)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (188-495)||(12687969-12688276)
chr5 (188-495)||(32096003-32096310)
chr5 (188-495)||(28527174-28527480)
chr5 (188-495)||(19061507-19061818)
chr5 (546-676)||(35188312-35188442)
chr5 (538-676)||(39800133-39800271)
chr5 (546-676)||(39206821-39206951)
chr5 (188-420)||(41295388-41295633)
chr5 (546-669)||(23429547-23429670)
chr5 (546-676)||(40057163-40057293)
chr5 (534-641)||(3926494-3926601)
chr5 (534-669)||(42878646-42878781)
chr5 (538-670)||(39886970-39887102)
chr5 (534-676)||(42837809-42837950)
chr5 (188-282)||(26508441-26508532)
chr5 (428-495)||(41293166-41293233)
chr5 (561-599)||(2209879-2209917)
chr5 (546-676)||(33742404-33742533)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (188-493)||(5186886-5187192)
chr4 (188-491)||(26958926-26959228)
chr4 (188-495)||(48165242-48165548)
chr4 (241-493)||(10735194-10735448)
chr4 (241-493)||(10948963-10949217)
chr4 (546-681)||(36464484-36464619)
chr4 (534-676)||(8818979-8819121)
chr4 (537-675)||(22279306-22279443)
chr4 (561-676)||(40568625-40568740)
chr4 (534-676)||(41041738-41041880)
chr4 (536-629)||(29117308-29117401)
chr4 (561-676)||(33340926-33341041)
chr4 (534-676)||(19842030-19842172)
chr4 (546-636)||(38951934-38952024)
chr4 (534-636)||(42555637-42555739)
chr4 (534-612)||(43624646-43624721)
chr4 (534-636)||(40714550-40714651)
chr4 (534-614)||(17120033-17120113)
chr4 (353-488)||(32282793-32282928)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (188-495)||(42193021-42193329)
chr3 (188-495)||(10762447-10762754)
chr3 (188-495)||(49155744-49156050)
chr3 (188-495)||(11841534-11841841)
chr3 (241-493)||(10240055-10240310)
chr3 (241-493)||(38450910-38451164)
chr3 (534-676)||(25874390-25874534)
chr3 (538-676)||(12149288-12149426)
chr3 (534-673)||(21288390-21288530)
chr3 (534-669)||(13826351-13826486)
chr3 (539-676)||(27926322-27926459)
chr3 (290-443)||(29596696-29596853)
chr3 (534-676)||(3778666-3778808)
chr3 (535-636)||(5295514-5295615)
chr3 (534-607)||(36585024-36585097)
chr3 (535-676)||(48251176-48251317)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (188-493)||(32895081-32895386)
chr8 (188-493)||(39729034-39729339)
chr8 (188-495)||(5543963-5544282)
chr8 (292-493)||(14414032-14414235)
chr8 (535-681)||(28211598-28211744)
chr8 (534-676)||(8226929-8227071)
chr8 (534-676)||(36582620-36582762)
chr8 (534-636)||(7986931-7987033)
chr8 (190-379)||(30413400-30413588)
chr8 (535-636)||(7968190-7968291)
chr8 (534-672)||(9762619-9762757)
chr8 (581-670)||(31006379-31006468)
chr8 (561-670)||(6870295-6870404)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (292-493)||(4476-4679)
[»] scaffold0115 (1 HSPs)
scaffold0115 (538-676)||(22278-22416)
[»] scaffold0634 (1 HSPs)
scaffold0634 (538-676)||(8959-9097)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (534-673)||(6637-6776)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (534-676)||(66838-66980)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 495
Target Start/End: Original strand, 15375492 - 15375981
Alignment:
Q  8 acattttacaatgggaaatgaaatgaggtacctgactttattactgcaccttccgtcacaatttccttcttatttatattcacggcgcctttcgtttcgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||       
T  15375492 acattttacaatgggaaatgaaatgaggtacctgactttattagtgcaccttccgtcacaatttccttctcttttatattcacggcgtctttcgttt--- 15375588  T
Q  108 ttgtatttctgtttcaccggtt------cgtcttgagcagagttctagtttttaataaaatttattgattnnnnnnnn-cataactaatatatcattgtt 200  Q
      |||||| ||||||| |||||      |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||         |||||||||||||||||||||    
T  15375589 --gtatttatgtttcatcggtttctgttcgtcttgaacagggttctggtttttaataaaatttgttgattaaaaagcaacataactaatatatcattgtt 15375686  T
Q  201 gagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaac 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15375687 gagtaaataaaatataattaacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgaacttactaaatccacaactctccataatactatctctaaac 15375786  T
Q  301 caaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgcaccatatactttgta 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  15375787 caaatgagacaattgctttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttacctcataagtggatttcatgattttgcatcatataatttgta 15375886  T
Q  401 tctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagctcc 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15375887 tctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaatgttgccattaaaatatattgtattgacatccatcttatgcagctcc 15375981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 534 - 853
Target Start/End: Original strand, 15379035 - 15379360
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattc------attaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggat 627  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |      ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |  |||||||||    
T  15379035 gtatggatatctgcgggtgtggatactattaaatctgcatccgtatccgtatccattaattagcgggcagttaaaatatccgtttatttgatccatggat 15379134  T
Q  628 atccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggatgcggannnnnnngcgatccctatatgagtgatatgatagttacacggctaa 727  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15379135 atccattaaaatatatgctcggtgtccatgacggattttatccgcgggtgcagatttttttgccatccctatatgagtgatatgatagttacacggctaa 15379234  T
Q  728 tggaattagggatgcaatgaacaaaccaataaccaggtgaatttgaaaatttagtcccaccaattaaaacagtttcattttcttctacgttcggggtcaa 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  15379235 tggaattagggatgcaatgaacaaaccaataaccaggtgaatttgaaaattctgtcccaccaattaaaacaatttcgttttcttctacgttcggggtcaa 15379334  T
Q  828 aaccgaactaaaccaaacgaacccga 853  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15379335 aaccgaactaaaccaaacgaacccga 15379360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 25383336 - 25383644
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  25383336 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaagtccacaattctccataat 25383433  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgt-ggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||     
T  25383434 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttgggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgca 25383533  T
Q  386 -accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatct 484  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   ||||||||    
T  25383534 aaccatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcacatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatct 25383633  T
Q  485 tatgcagctcc 495  Q
    |||||||||||    
T  25383634 tatgcagctcc 25383644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 188 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 31056417 - 31056114
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31056417 atatatcatcgttgactaaataaaatataatttacacattaaacttgaaa--tataaattttctcccactgagcttactaaatccacaattctccataat 31056320  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact-taagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--attttg 384  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||  || | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||     
T  31056319 attatctcaaaactaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaacactaaaaaaaacaaatttcttaacttataagtggatttcatgccttttta 31056220  T
Q  385 caccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatct 484  Q
     ||||| ||||||||||| |||||  | |||||||  || | ||||||| ||||| ||| |||| ||   |||||| ||| ||| |||||| ||||||||    
T  31056219 aaccatctactttgtatcaattga-tccaaagtttgattcagttgcaccatattgcatcattaatgtcatcattaagaaacactatattgaaatccatct 31056121  T
Q  485 tatgcag 491  Q
    |||||||    
T  31056120 tatgcag 31056114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 38145663 - 38145970
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  38145663 atatatcatcgttgattgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattacttccaatgaacttgctaaatccacaattctccataat 38145760  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||| ||||| ||||||||  ||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||      
T  38145761 attatctcaaaagcaaataagacaattactttatgagaatttttgccaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgaccatgcaa 38145860  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||| | || |||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  38145861 accgtttaatttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatctt 38145960  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  38145961 atgcagctcc 38145970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 31585068 - 31584926
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | | || ||||| || |||||||||||||||    
T  31585068 gtatggatatccgcgggtgtggatatcattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaacccatttattttatccatggatatccat 31584969  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||    
T  31584968 taaggtatccgttccgtgtccatggcggattttatctgcggat 31584926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 25293876 - 25293738
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||  ||||||||||||||     
T  25293876 ggatatccgcgggtgcggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatccatttattttatctgtggatatccattaag 25293777  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  25293776 gtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 25293738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 29677436 - 29677298
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||| ||||| || ||||||||||||||||||     
T  29677436 ggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaatttgcgggtagttaaaaaatccatttattttatccatggatatccattaag 29677337  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | |||||||||||    ||||||||||||||||    
T  29677336 gtatcagctccgtgtccgttgcagattttatccgcggat 29677298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 48378914 - 48378772
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||| |||    
T  48378914 gtatggatgtccgcgggcgtgaatatcattaaatccgcatatgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatccatggatattcat 48378815  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  48378814 taagctatccgctccgtgcccgtgatggattttatccgcggat 48378772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 534 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 2191620 - 2191517
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  2191620 gtatggatatctgcgggtgcggataccattaaatctgcatctgtatccattaattaacaggtagataaaatatccgtttattttatccatggatatccat 2191521  T
Q  634 taaa 637  Q
    ||||    
T  2191520 taaa 2191517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 11894559 - 11894701
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||| ||||||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||| | || | ||||| || ||||| |||||||||    
T  11894559 gtatggatatccacgggtgtggataccgttaaatccgcatccatatccattaattagcaggtagttaaaaaattcatttattttatccattgatatccat 11894658  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  11894659 taaggtatccgctccgtgcccgtgacggattatatccgcggat 11894701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 47141086 - 47141228
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  ||||||| || || | ||| ||||||||| |||||||| || | ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  47141086 gtatggatatccgcgggtgctgataccattaaatatgtattcctatccattaattaacgggtagtaaaaaaatccgcttattttatccatggatatccat 47141185  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47141186 taaggtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 47141228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 674
Target Start/End: Original strand, 25987659 - 25987787
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    |||||||||||||  ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||| | || | ||||| || ||||| ||||||||||||  ||| ||     
T  25987659 gcgggtgtggataccattaaatccacatttgtatccattaattagcgggtagttaaaaaattcatttattttatccatagatatccattaaggtatctgc 25987758  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcgg 674  Q
    | |||| | |||| ||||| |||||||||    
T  25987759 ttcgtgcctgtgacggattatatccgcgg 25987787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 534 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 38264157 - 38264077
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttat 614  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||  |||||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  38264157 gtatagatatctgcgggtgcggataccattaaattcacatccatatccattaattagcgggtagttaaaatatccatttat 38264077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 50588946 - 50588910
Alignment:
Q  128 ttcgtcttgagcagagttctagtttttaataaaattt 164  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50588946 ttcgtcttgagcagagatctagtttttaataaaattt 50588910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 47295394 - 47295357
Alignment:
Q  127 gttcgtcttgagcagagttctagtttttaataaaattt 164  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  47295394 gttcgtcttgagcagagatatagtttttaataaaattt 47295357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 23341954 - 23341647
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | |||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||  |    
T  23341954 atatatcattgttgactaaataaaataaaatcgacacataaaactc--aaaacataaatttactcccactgaacttactaaattcaaaactctctattat 23341857  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||      
T  23341856 attatctcaaaaccaaatgagacaattccttcatgagaatttgtggtaatactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatcagtttgcaa 23341757  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23341756 accttctcctttgtatctattgacacaaaagttttctttagttgcaccatattgtatcattaatgttgccattaaaaattactatattgacatccatctt 23341657  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||| ||||    
T  23341656 atgcaactcc 23341647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 13460399 - 13460091
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  13460399 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaagtccacaattctccataat 13460302  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgt-ggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||     
T  13460301 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttgggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgca 13460202  T
Q  386 -accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatct 484  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   ||||||||    
T  13460201 aaccatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcacatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatct 13460102  T
Q  485 tatgcagctcc 495  Q
    |||||||||||    
T  13460101 tatgcagctcc 13460091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 35086465 - 35086769
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |    
T  35086465 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattaaactagcaa--tataaaattactcccactaagcttactaaatccacaactctacttaat 35086562  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgca- 386  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  35086563 attatctcaaaactaaatgagacaattactttatgagaatttgtggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 35086662  T
Q  387 -ccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| | |  |||| || ||| ||||| |||| ||  ||||| | ||| | || |||||||||||||||    
T  35086663 accatctactttgtatctaatgacacaaa-gttttatgtggttgcgccatatagtatcattaatgtcaccattgagaaacaatgcattgacatccatctt 35086761  T
Q  486 atgcagct 493  Q
    ||| ||||    
T  35086762 atgtagct 35086769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 42622487 - 42622357
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    ||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||  |||  ||    
T  42622487 gcgggtgcggataccattaaatccgcatccgtattcattaattaacgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaaggtatccgt 42622388  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42622387 tccgtgtccgtgacggattttatccgcggat 42622357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 5110508 - 5110650
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| | || | ||||| || |||||||||||||||    
T  5110508 gtatggatatctgcgggtgtggataccattaaatccgcattcgtatccattaattagcgggtagttaaaaaattcatttattttatccatggatatccat 5110607  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | || |||||||||   ||||||||||||||||    
T  5110608 taaggtatccgctctgtgtccgtggcagattttatccgcggat 5110650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 13626143 - 13626041
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || ||||| |||||||||    
T  13626143 gtatggatattcgcgggtgtagataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatctgtttattttatccatagatatccat 13626044  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  13626043 taa 13626041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 535 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 31575770 - 31575664
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | || ||||||| || |||||| |||||||||    
T  31575770 tatggatatccgctggtgtggatacaattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttacaaaattcgtttattttatccatgcatatccatt 31575671  T
Q  635 aaaatat 641  Q
    || ||||    
T  31575670 aagatat 31575664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Original strand, 5938977 - 5939112
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||  | |||||| ||||||||    
T  5938977 gtatggatatccgcgggtgtagataccattaaatccgcatttgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccatttattatatccatgaatatccat 5939076  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||  |||  | ||| ||||||||| ||||||||||    
T  5939077 taaggtattcgctccatgtccgtgacggattttatc 5939112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Original strand, 5704909 - 5705039
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||| ||||| || |||| |||||| ||||||  |||  ||    
T  5704909 gcgggtgtggataccattaaatccacatccgtatccattaattagcggatagttaaaaaatccatttattttatccacggatatacattaaggtatccgt 5705008  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  5705009 tccgtgcccgtggcggattttatccgcggat 5705039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 535 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 45151068 - 45150967
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    |||||||||| | |||||||||||  |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||||| || |||||||||||| |||    
T  45151068 tatggatatctgtgggtgtggataccattaaatccgcatctgtatccattaattagcggatagttaaaaaatccgtttattttatccatggatatctatt 45150969  T
Q  635 aa 636  Q
    ||    
T  45150968 aa 45150967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 534 - 601
Target Start/End: Original strand, 13807845 - 13807912
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaa 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  13807845 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccacatccgtatccattaataagcgggtagttaa 13807912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 137; Significance: 4e-71; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 35149788 - 35150094
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  35149788 atatatcatcgttgactaaataaaatataattgacac-ataaaatatcaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaattctccataat 35149886  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||      
T  35149887 attatcttaaaaccaaatgagacaattactttatgagaatttgtggtaacaataaagagacaaattttttaacttataagtggatttcatgatgttgcaa 35149986  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| |||| ||   |||||| ||| ||| |||||| || ||||||    
T  35149987 accatctaatttgtatcaattgacacaaaagttttattcagttgcaccatattgtatcattaatgtcatcattaagaaacactatattgaaattcatctt 35150086  T
Q  486 atgcagct 493  Q
    ||||||||    
T  35150087 atgcagct 35150094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 188 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 350195 - 349969
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |    
T  350195 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattaaactaggaa--tataaaattactcccactaagcttactaaatccacaactctacttaat 350098  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  350097 attatctcaaaactaaatgagacaattactttatgacaatttgtgggaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 349998  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaa 414  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  349997 accatctactttgtatctaatgacacaaa 349969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 188 - 491
Target Start/End: Original strand, 3812957 - 3813263
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3812957 atatatcatcgttgactaaataaaatataatttacacattaaacttgaaa--tataaattttctcccactgagcttactaaatccacaattctccataat 3813054  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacac----ttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--att 381  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||      || | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||    
T  3813055 attatctcaaaactaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaacacaaaaaaaaaaaacaaatttcttaacttataagtggatttcatgccttt 3813154  T
Q  382 ttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatcca 481  Q
    ||  ||||| ||||||||||| |||||  | |||||||  || | ||||||| ||||| ||| |||| ||   |||||| ||| ||| |||||| |||||    
T  3813155 ttaaaccatctactttgtatcaattga-tccaaagtttgattcagttgcaccatattgcatcattaatgtcatcattaagaaacactatattgaaatcca 3813253  T
Q  482 tcttatgcag 491  Q
    ||||||||||    
T  3813254 tcttatgcag 3813263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 11039016 - 11038881
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||| ||||||||    
T  11039016 gtatggatatctgcgggtgtggataccattaaatccgtatccatattcattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatccatgaatatccat 11038917  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||  ||| || ||| ||||||||  ||||||||||    
T  11038916 taaggtatctgctccatgtccgtggcggattttatc 11038881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 541 - 676
Target Start/End: Original strand, 33189625 - 33189760
Alignment:
Q  541 tatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaata 640  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||    
T  33189625 tatccgcgggtgtggataccattgaattcgcatctgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatccatggatatccattaaggta 33189724  T
Q  641 tatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33189725 tccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 33189760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Original strand, 7767294 - 7767429
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||| | |||||||||| || | |||||||||||||    
T  7767294 gtatggatatccgcaggtgtggataccattaaatctgaatccgtgtccattaattagggggtagttaaaaaatccgtttattttattcatggatatccat 7767393  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||| |||  | ||| ||||||||  ||||||||||    
T  7767394 taaagtatccgctccatgtccgtggcggattttatc 7767429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 535 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 2943880 - 2943735
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||  |||||||||    
T  2943880 tatggatatccgcggatgtggataccattaaatctgcattcgtat-cattaattagcgggtagttaaaatatccgtttattttacccataaatatccatt 2943782  T
Q  635 aaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggatgcgga 681  Q
    ||  |||  | ||||| ||||| | |||||||||||| || ||||||    
T  2943781 aaggtattcgctccgtatccgtaacggattttatccgtgggtgcgga 2943735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 534 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 23809505 - 23809405
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | | | |||||| || |||||| ||||||||    
T  23809505 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaacctgtttattttatccatgaatatccat 23809406  T
Q  634 t 634  Q
    |    
T  23809405 t 23809405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 534 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 38440241 - 38440103
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||| || || ||||||||||||    
T  38440241 gtatggatatctgcaggtgtggataccatcaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaattcgtttattttatctatggatatccat 38440142  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcg 673  Q
    |||  ||| |||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  38440141 taaggtatctgttccatgcccgtgga-gattttatccgcg 38440103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 561 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 1052863 - 1052752
Alignment:
Q  561 attaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaag 660  Q
    ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||  |    
T  1052863 attaaatccacatccttatccattaattagcgggtagttaaaatatccgtttattttatccatggatatccattaaggtatccgctccgtgtccgtggcg 1052764  T
Q  661 gattttatccgc 672  Q
     |||||||||||    
T  1052763 aattttatccgc 1052752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 673
Target Start/End: Original strand, 36299102 - 36299241
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||  ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||||    
T  36299102 gtatgaatatccgtgggtgcggataccattaaatcaacatttgtatccattaattagcgggtagttaaaatattcatttattttatccatggatatccat 36299201  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcg 673  Q
    ||| ||||  | ||||||||||||   |||||||||||||    
T  36299202 taagatatccgctccgtgtccgtggcagattttatccgcg 36299241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 535 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 30541316 - 30541215
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    |||||||||| |||||||   |||  |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  30541316 tatggatatctgcgggtgcaaataccattaaatcggcatccatatccattaattagcgggtagttaaaatattcgtttattttatccatggatatccatt 30541217  T
Q  635 aa 636  Q
    ||    
T  30541216 aa 30541215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 546 - 657
Target Start/End: Original strand, 27337309 - 27337420
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||| || | | ||||||||||||||  |||  |     
T  27337309 gcgggtgcggataccattaaatccgcatccgtatctattaattagcgggtagttaaaatatccatttattttattcgtggatatccattaaggtatccgc 27337408  T
Q  646 tccgtgtccgtg 657  Q
    ||||||||||||    
T  27337409 tccgtgtccgtg 27337420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Original strand, 5973288 - 5973390
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||| |||||||||| || ||||||| | || ||||||| || || |||||| |||||    
T  5973288 gtatggatatccgcgggtgtgaataccattaaatccgcatctgtatccattaattagtggatagttaaaaaattcgtttattttatcaatggatttccat 5973387  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  5973388 taa 5973390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 575 - 676
Target Start/End: Original strand, 47925175 - 47925276
Alignment:
Q  575 cgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcgg 674  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||| |||||  ||||| || || | |||||||||||||  |||  ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  47925175 cgtatccattaattaatgggtagttaaaatatctatttattttatctaaggatatccattaaggtatccgttccgtgtccgtggcggattttatccgcgg 47925274  T
Q  675 at 676  Q
    ||    
T  47925275 at 47925276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 47456744 - 47456700
Alignment:
Q  127 gttcgtcttgagcagagttctagtttttaataaaatttattgatt 171  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  47456744 gttcgtcttgagcagagatctggtttttaataaaatttgttgatt 47456700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 128; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 10763 - 10456
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  10763 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 10666  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  10665 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 10566  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   |||||||||    
T  10565 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatctt 10466  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  10465 atgcagctcc 10456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 29498 - 29190
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |    
T  29498 atatatcgtagttgactaaataaaataaaattgacacattaaaactcaaaa-tataaatttactcccactgagcttactaaattcataattctccataat 29400  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||      
T  29399 attatctcaaaaccaaacgagacaattactttatgagaatttgctgtaacactaaagagacaaatttcttaacttacaagtggatttcatgactttgcaa 29300  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  29299 actatctactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatctt 29200  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  29199 atgcagctcc 29190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 128; Significance: 1e-65; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 6101867 - 6101560
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| | |   |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  6101867 atatatcatcgttgagtatataaaataaaattgacatattaaactaggag--tataaacttactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 6101770  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  6101769 attatctcaaaaccaaaagagacaattaccttatgagaatttgtggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 6101670  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  6101669 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagctgcaccatattgtatcattaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatctt 6101570  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||| ||||    
T  6101569 atgcaactcc 6101560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 188 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 17580037 - 17579778
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||  |||||||  | ||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||| |||||||| |    
T  17580037 atatatcatcgttgactaaataaagta-aattgacatattaaact--ataaatataaacttactcccactgaatttgctaaatccacaattctccataat 17579941  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | ||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||  || |||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  17579940 attatgtcaaaagcaaatgagataattgctttatgagaatatgtagtaaaaataaagagacaaatttcttaactcataagtggatttcatgattttgcaa 17579841  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaa 448  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||    
T  17579840 aacatctactttgtatctattgacacaaaagttttcttaagttgcaccatattgtatcattaa 17579778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 238 - 490
Target Start/End: Original strand, 21192725 - 21192979
Alignment:
Q  238 aatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaac 337  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || || |||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  21192725 aatataaaattactcccactaagcttactaaatccacaactctacttaatattatctcaaaactaaatgagacaattactttatgagaatttgtggtaac 21192824  T
Q  338 acttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc--accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcacctt 435  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||| || | |||||  || ||  |||||||| |    
T  21192825 actaaagagacaaatttcttaacttataagtcgatttcatgactttgcaaaccatctactttgtatctatcgatataaaagaattattggattgcaccat 21192924  T
Q  436 attgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgca 490  Q
    |||||||| |||| || ||||| || | | | |||||||||||||||||||||||    
T  21192925 attgtatcgttaatgtcgccatcaagatacattgtattgacatccatcttatgca 21192979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 188 - 488
Target Start/End: Original strand, 21772382 - 21772681
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  21772382 atatatcatcgttgactaaataaaatataattgacacattaaacttgaaa--tataaattttctccctcggagcttactaaaaccacaactctccataat 21772479  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--attttgc 385  Q
    | |||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||      
T  21772480 attatctcaaaactaaatgaggcaattgcttcatgagaatttgtggtaacactaaaaagataaatttcttaacttataagtggatttcatgcctttttaa 21772579  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  | ||||| |  || | ||||||| ||||| ||| |||||||   |||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  21772580 accatctactttgtatcaattga-tccaaagtctgattcagttgcaccatattgcatcattaacgtcatcattaagaaacactatattgaaatccatctt 21772678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 32031263 - 32031568
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||  |  |||||||| || ||||||||||  || |||||||||||| |||||||| |    
T  32031263 atatatcatgattgactaaataaaataaaattgacatattaaact--atgaatataaactttctcccactgaatttgctaaatccacaattctccataat 32031360  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||  || || | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||      
T  32031361 attatctcaaaaccaaatgagataattgctttacgagaatatgtcctaccaataaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgattttgcaa 32031460  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||| ||||||||| |||| ||  ||||| | ||| | || |||||||||||||||    
T  32031461 aacatctactttgtatctattgacacaagagttttcttaagtagcaccatattgtatcattaatgtcaccattgagaaacaatgcattgacatccatctt 32031560  T
Q  486 atgcagct 493  Q
    ||| ||||    
T  32031561 atgtagct 32031568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 241 - 493
Target Start/End: Original strand, 8652651 - 8652905
Alignment:
Q  241 ataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||    
T  8652651 ataaacttactcccactgaacttgttaaatccacaactctccataatattatctcaaaatcaaatgagacaattgcttcaagagaatttgtggtaacact 8652750  T
Q  341 -taagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--attttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttat 437  Q
      || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||  || | ||||||| |||    
T  8652751 aaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgcttttttaaaccatctactttgtatcaattgactc-aaagtttgattcagttgcaccatat 8652849  T
Q  438 tgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagct 493  Q
    || ||| |||| ||   |||||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||    
T  8652850 tgcatcattaatgtcatcattaagaaacaatgcattgacatccatcttatgtagct 8652905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 7622602 - 7622744
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||| | |||||||||| || |||||||||||||||    
T  7622602 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtaaataaaaaatccgtttattttatccatggatatccat 7622701  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  7622702 taaggtatccgctccgcgtccgtggcggattttatccgcggat 7622744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 535 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 641859 - 641721
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||||||||| || || ||  ||||||||  |||  |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  641859 tatggatatccgcggatgcggttaccattaaatcctcatatgtatccattaattagcggatagttaaaatatccgtttattttatccatggatatccatt 641760  T
Q  635 aaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcg 673  Q
    |||||||  | ||||||||||||  | ||||||||||||    
T  641759 aaaatatccgctccgtgtccgtggtgaattttatccgcg 641721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 534 - 633
Target Start/End: Original strand, 28582464 - 28582563
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||  |||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  28582464 gtatggatatctgagggtgtggatactattaaatccgtatttgtatccactaattaacgggtagttaaaatatccgtttattttatccatggatatccat 28582563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 90
Target Start/End: Original strand, 28299600 - 28299674
Alignment:
Q  16 caatgggaaatgaaatgaggtacctgactttattactgcaccttccgtcacaatttccttcttatttatattcac 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  28299600 caatgggaaatgaaatgaggtacctgacttcgttagtgcaccttccttcacaatttcattctcatctatattcac 28299674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 28512473 - 28512399
Alignment:
Q  16 caatgggaaatgaaatgaggtacctgactttattactgcaccttccgtcacaatttccttcttatttatattcac 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  28512473 caatgggaaatgaaatgaggtacctgacttcgttagtgcaccttccttcacaatttcattctcatctatattcac 28512399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 35167116 - 35167015
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||  ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  35167116 gtatggatatccgcgg-tgcagataccattaaatccacatccgtatcaattaattagcgggtagttaaaatatccgtttattttatccatggatatctat 35167018  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  35167017 taa 35167015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 535 - 676
Target Start/End: Original strand, 10788777 - 10788917
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||  |||  |||| ||||||||||| ||||||||| | || ||||||| || ||||||||||||||||    
T  10788777 tatggatctcctcgggtgtggatactattaaatccacatttgtatccattaattagcaggtagttaa-aaattcgtttattttatccatggatatccatt 10788875  T
Q  635 aaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||  |||  | |||||| |||||  | |||||||||||||||    
T  10788876 aaggtatccgctccgtgcccgtggcgaattttatccgcggat 10788917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 10408772 - 10408630
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||| |||| || ||||   | |||||||||||| ||||  | || ||||||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  10408772 gtatggatatctgcggatgcggatgccaataaatctgcatctgtatctactatttagcgggtagttgaaatatccgtttattttatccatgaatatccat 10408673  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | ||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  10408672 taaggtatccgctccgtttccgtggcggattttatctgcggat 10408630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 534 - 623
Target Start/End: Original strand, 8577038 - 8577127
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccat 623  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| | ||||| | | |||||||| || |||||    
T  8577038 gtatggatatccacgggtgtggataccattaaatctgcatctgtatccattaattaacggttggttaaaaaaaccgtttattttatccat 8577127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 12436828 - 12436766
Alignment:
Q  317 tttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatga 379  Q
    |||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  12436828 tttatgagaatttgtggtagcaataaagagacaaatttcttaacacataagtgcattttatga 12436766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 12687969 - 12688276
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||| |    
T  12687969 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgttaaatccacaattctccataat 12688066  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  12688067 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 12688166  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   |||||||||    
T  12688167 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatctt 12688266  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  12688267 atgcagctcc 12688276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 32096003 - 32096310
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  32096003 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 32096100  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||      
T  32096101 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcataactttgcaa 32096200  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| | ||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||| | |||||||||    
T  32096201 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatcttgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattaaaatccatctt 32096300  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  32096301 atgcagctcc 32096310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 28527174 - 28527480
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  28527174 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattaacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 28527271  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgca- 386  Q
    | |||||| ||||||||| | | ||||  || |||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  28527272 attatctcaaaaccaaataaaataattacttaatgagaatttttggtaacaca-aagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 28527370  T
Q  387 -ccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  28527371 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcaaatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatctt 28527470  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  28527471 atgcagctcc 28527480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 19061507 - 19061818
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaat----ttactcccactgagcttactaaatccacaactctcca 283  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||| |||     ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  19061507 atatatcatcgttgaataaataaaataaaattgaca--ttaaactcaaaaaataaaaaaaaaattactcccactgagcttacaaaatccacaattttcca 19061604  T
Q  284 tattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgatttt 383  Q
     | || |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| |||    
T  19061605 gaatattatctcaaaaccaaatgagagaattactttatgagaatttttggtaccactaaagagacaaatttcttaacatataaggggatttcatgacttt 19061704  T
Q  384 gc--accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatcca 481  Q
    ||  || ||  |||||||||| ||||| || |||| ||| || | ||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| || ||    
T  19061705 gcaaactatcaactttgtatcaattgaaacgaaagctttattcagttgcaccatattgtatcattaatgtcaccattaagaaacactatattgaaattca 19061804  T
Q  482 tcttatgcagctcc 495  Q
    ||||||||||||||    
T  19061805 tcttatgcagctcc 19061818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 35188442 - 35188312
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    |||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||  |||  |     
T  35188442 gcgggtgtggataccactaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatccatggatatccattaaggtatccgc 35188343  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  35188342 tccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 35188312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 39800271 - 39800133
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||     
T  39800271 ggatatccgcgggtgcagataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaag 39800172  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39800171 gtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 39800133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 39206951 - 39206821
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||  |     
T  39206951 gcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatccatcgatatccattaaggtatccgc 39206852  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    || ||| |||||  |||||||||||||||||    
T  39206851 tctgtgcccgtggcggattttatccgcggat 39206821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 41295633 - 41295388
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||   ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||| |    
T  41295633 atatatcatcgttgattgaataaaataaaattgacgtattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacctgctaaatccacaattctccataat 41295536  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgt-------------ggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaattt 374  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||   ||||||||  ||  |             ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  41295535 attatctcaaaaccaaataagacaatcactttatgagttttttttttttttttttttggtaacactaaagagacaaatttattaacttataagtggattt 41295436  T
Q  375 catgattttgc--accatatactttgtatctattgacacaaaagtttt 420  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41295435 catgactttgcaaaccatttactttgtatcaattgacacaaaagtttt 41295388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 546 - 669
Target Start/End: Original strand, 23429547 - 23429670
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||  ||    
T  23429547 gcgggtgtgaataccattaaatccgcatctgtatccattaattagcgagtagttaaaaaatccgtttatgttattcatggatatccattaagatatccgt 23429646  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||||||||||   ||||||||||    
T  23429647 tccgtgtccgtagcggattttatc 23429670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Original strand, 40057163 - 40057293
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    ||||||| |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||| || ||| | ||||||||||||  |||  |     
T  40057163 gcgggtgcggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatctatttattttatccgtagatatccattaaggtatccgc 40057262  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  40057263 tccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 40057293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 534 - 641
Target Start/End: Original strand, 3926494 - 3926601
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||  || ||||||| |||  |||||||| | |||||||||| || ||||| |||||||||    
T  3926494 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccacatccattaataagcatgtagttaaaaaatccgtttattttatccatagatatccat 3926593  T
Q  634 taaaatat 641  Q
    ||| ||||    
T  3926594 taagatat 3926601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 42878781 - 42878646
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| | ||| |||||||||  ||||| |||| | |||||||||| || || |||||||| |||    
T  42878781 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcattcatatccattaattaatgggtatttaaaaaatccgtttattttatctatggatattcat 42878682  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||| ||| || || ||||| |||| ||| ||||||    
T  42878681 taaagtatctgctctgtgtctgtgacggagtttatc 42878646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 538 - 670
Target Start/End: Original strand, 39886970 - 39887102
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    ||||| |||||||||| ||||  || ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||| || |||||| |||||||||||     
T  39886970 ggatacccgcgggtgtagataccatgaaatctgcatctgtatccattaattagcaggtagttgaaatattcgtttattttatccatgtatatccattaag 39887069  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatcc 670  Q
    ||||   ||| |||| ||||  |||||||||||    
T  39887070 atatccattctgtgttcgtggcggattttatcc 39887102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 42837809 - 42837950
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  || | ||||| ||| ||| ||||||| | |||||||||| || ||||| |||||||||    
T  42837809 gtatagatatctgcgggtgtggatactattaaatctgcat-agtgtccattatttaacggatagttaaaaaatccgtttattttatccatagatatccat 42837907  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||| ||||  | || ||||| |||  || ||||||||||||||    
T  42837908 taagatatccgctctgtgtctgtggcgggttttatccgcggat 42837950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 26508532 - 26508441
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctcc 282  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||| | || |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26508532 atatttcattgttgactaaataaaataaaattgatacactaaaatagata--tataaatttactcccactgagcttac-aaatccacaactctcc 26508441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 428 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 41293233 - 41293166
Alignment:
Q  428 tgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagctcc 495  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  41293233 tgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatcttatgcagctcc 41293166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 561 - 599
Target Start/End: Original strand, 2209879 - 2209917
Alignment:
Q  561 attaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagtt 599  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2209879 attaaatctgcatccgtatccattaattagtgggtagtt 2209917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 546 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 33742533 - 33742404
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    |||||||||||||  |||| ||| ||||| |||| ||||||||| | | ||||||| | |||| ||||| || |||||||||||| |||||  |||        
T  33742533 gcgggtgtggatacaattacatccgcatctgtatccattaattaac-gatagttaaaaaatccatttattttatccatggatatcaattaaggtatccac 33742435  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  33742434 tccatgtccgtggaggattttatccacggat 33742404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 1e-62; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 5187192 - 5186886
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  5187192 atatatcatagttgactaaataaaataaaaccggcacattaaactagaaa--tataagtttacccccactgagcttactaaatccacaattcttcataat 5187095  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgcac 387  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||  ||||| | ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  5187094 attatctcaaaaccaaatgagacaattactttatcaaaatttatggtaacactaaagagacaaatttcttaactcataagtggattacatgattttgcaa 5186995  T
Q  388 --catatactttg-tatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatct 484  Q
      ||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||| |||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  5186994 atcatctacttttatatcaattgacacgaaagttttcttcagttgcaccatattgtatcattaatgttgtcattaagaaacactgtattgtcatccatct 5186895  T
Q  485 tatgcagct 493  Q
    |||| ||||    
T  5186894 tatgtagct 5186886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 188 - 491
Target Start/End: Original strand, 26958926 - 26959228
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26958926 atatatcatcgttgactaaataaaatataattgacacattaaacttgaaa--tataaattttctcccactgagcttactaaatccacaactctccataat 26959023  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--attttgc 385  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||      
T  26959024 attatctcaaaactaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaatactaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgcctttttaa 26959123  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| |||||| |||| |||||  | |||||||  || | ||||||| ||||| ||| |||| ||   |||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  26959124 accatctactttatatcaattga-tccaaagtttgattcagttgcaccatattgcatcattaatgtcatcattaagaaacactatattgaaatccatctt 26959222  T
Q  486 atgcag 491  Q
    ||||||    
T  26959223 atgcag 26959228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 48165548 - 48165242
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |    
T  48165548 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattaaactaggaa--tataaaattactcccactaagcttactaaatccacaactctacttaat 48165451  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||| |||||      
T  48165450 attatctcaaaaccaaacgagacaattactttatgagaatttgttgtaacactaaagagacaaattttttaacttacaagtggatttcatgactttgcaa 48165351  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    || || ||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||  |||||| |||||||||    
T  48165350 actatctactttgtatcaattaacacaaaagctttatttagttgcaccatattgtatcattaatgtcaccattaagaaa-accatattgaaatccatctt 48165252  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  48165251 atgcagctcc 48165242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 241 - 493
Target Start/End: Original strand, 10735194 - 10735448
Alignment:
Q  241 ataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  10735194 ataaacttactcccactgaacttgttaaattcacaactctccatactattatctcaaaaccaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaacact 10735293  T
Q  341 taaga-gacaaatttcttaactcataagtgaatttcatga--ttttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttat 437  Q
     || | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  || | ||||||| |||    
T  10735294 aaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgcctttttaaaccatctactttgtatcaattgactcaaa-gtttgattcagttgcaccatat 10735392  T
Q  438 tgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagct 493  Q
    || ||| |||| ||   ||| || ||| | || |||||||||||||||||| ||||    
T  10735393 tgcatcattaatgtcatcatgaagaaacaatgcattgacatccatcttatgtagct 10735448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 241 - 493
Target Start/End: Original strand, 10948963 - 10949217
Alignment:
Q  241 ataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  10948963 ataaacttactcccactgaacttgttaaattcacaactctccatactattatctcaaaaccaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaacact 10949062  T
Q  341 taaga-gacaaatttcttaactcataagtgaatttcatga--ttttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttat 437  Q
     || | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  || | ||||||| |||    
T  10949063 aaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgcctttttaaaccatctactttgtatcaattgactcaaa-gtttgattcagttgcaccatat 10949161  T
Q  438 tgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagct 493  Q
    || ||| |||| ||   ||| || ||| | || |||||||||||||||||| ||||    
T  10949162 tgcatcattaatgtcatcatgaagaaacaatgcattgacatccatcttatgtagct 10949217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 546 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 36464619 - 36464484
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgt 645  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||  |||  |     
T  36464619 gcgggtgcggatatcattaaatccgcatccgtatctattaattagcggatagttaaaatatccgtttattttatccatggatatccgttaaggtatccgc 36464520  T
Q  646 tccgtgtccgtgaaggattttatccgcggatgcgga 681  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  36464519 tccgtgtccgtggcggattttatccgcgggtgcgga 36464484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 8819121 - 8818979
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||| ||| ||||||||| | | ||||||| |||||||||||| || |||||| |||||| |    
T  8819121 gtatggatatccgcgggtgcggataccattaaatccgcatccatatccattaattaacagatagttaaaatatccgtttattttatccatgaatatccgt 8819022  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8819021 taaggtatccgcttcgtgtccgtgacggattttatccgcggat 8818979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 537 - 675
Target Start/End: Original strand, 22279306 - 22279443
Alignment:
Q  537 tggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaa 636  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| || ||||||||||||| ||||    
T  22279306 tggatatccgcgggtgtggatactattaaatctgcatctgtatccattaattaacgggtagttaa-aaatccatttattttatccatggatatcctttaa 22279404  T
Q  637 aatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcgga 675  Q
       ||  ||| ||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  22279405 gggatccgtttcgtgtccatggcggattttatccgcgga 22279443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 561 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 40568740 - 40568625
Alignment:
Q  561 attaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaag 660  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||  |||  | ||||||||||||  |    
T  40568740 attaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaaggtatccgctccgtgtccgtggcg 40568641  T
Q  661 gattttatccgcggat 676  Q
     |||||||||||||||    
T  40568640 aattttatccgcggat 40568625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 41041738 - 41041880
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||| | |||| ||||| || |||||  ||||||||    
T  41041738 gtatggatgtccgcgggtgtggatatcattaaattcgcatctgtatctattaattagcgggtagttaaaaaatccatttattttatccataaatatccat 41041837  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  41041838 taaggtatccgctccgtgcccgtaatggattttatccgcggat 41041880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 536 - 629
Target Start/End: Original strand, 29117308 - 29117401
Alignment:
Q  536 atggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatat 629  Q
    |||||||||||||| || |||||   ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||    
T  29117308 atggatatccgcggatgcggataccgttaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatccgtttattttatccatgaatat 29117401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 561 - 676
Target Start/End: Original strand, 33340926 - 33341041
Alignment:
Q  561 attaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaag 660  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || ||||| ||| || |||||  ||| | || ||||||| | | |    
T  33340926 attaaatctgcatccgtatccattaattagtaggtagttaaaatatccgtttattttatccatagatgtctattaaggtatctatttcgtgtccataacg 33341025  T
Q  661 gattttatccgcggat 676  Q
    ||||||||||||||||    
T  33341026 gattttatccgcggat 33341041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 19842030 - 19842172
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||  ||| ||||||||||||  ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||    
T  19842030 gtattgatattcgcgggtgtggaaaccattaaatccgcatctttatccattaattagcgattagttaaaaaatccgtttattttatccatggatatccat 19842129  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||    ||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  19842130 taaggtatccactccgtgtccgtggcggattttatccgtggat 19842172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 546 - 636
Target Start/End: Original strand, 38951934 - 38952024
Alignment:
Q  546 gcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaa 636  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || ||| || |||||||||||    
T  38951934 gcgggtgtgaataccattaaatccgcatctgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatctgtttattttatccgtgaatatccattaa 38952024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Original strand, 42555637 - 42555739
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||| || ||||| |||||| ||||||||  ||| | ||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||| || | ||| |||||||||    
T  42555637 gtatggatattcgtgggtgcggatatcattaaatccacattcatattcattaattagttggtagttaaaatatctgtttattttattcattgatatccat 42555736  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  42555737 taa 42555739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 534 - 612
Target Start/End: Original strand, 43624646 - 43624721
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgttt 612  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||   ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  43624646 gtatggatatccgcgagtgtggataccat---atccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgttt 43624721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 40714651 - 40714550
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||| |||||| ||||| || || ||  ||||||||    
T  40714651 gtatggatatccgcgggtgcggatgccattaaatctgcatctgtatccactaattag-tggtagttaaaatatccatttattttatcgataaatatccat 40714553  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  40714552 taa 40714550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 534 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 17120113 - 17120033
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttat 614  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||   ||||| || |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  17120113 gtatggatatccgcgcgtgcggatgccattaagtccgcattcgtatccattaattagcggatagttaaaatattcgtttat 17120033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 353 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 32282928 - 32282793
Alignment:
Q  353 ttcttaactcataagtgaatttcatgattttgca--ccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacg 450  Q
    ||||||||||||||||| |||  || | ||||||  | ||||||||||| | ||||| |||||  ||||| | |  ||||||| |||||| || ||||||    
T  32282928 ttcttaactcataagtgtattctattactttgcaaactatatactttgtgtatattgtcacaat-gttttatctggttgcaccatattgt-tcattaacg 32282831  T
Q  451 ttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatg 488  Q
    | | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  32282830 tcgacattaagaaatattgtattgacatccatcttatg 32282793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 4e-59; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 42193021 - 42193329
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  42193021 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaagtccacaattctccataat 42193118  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgt-ggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||     
T  42193119 attatctcaaaaccaaataagacaattactttatgagaatttttgggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgca 42193218  T
Q  386 -accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatct 484  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   ||||||||    
T  42193219 aaccatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcacatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatct 42193318  T
Q  485 tatgcagctcc 495  Q
    |||||||||||    
T  42193319 tatgcagctcc 42193329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 10762447 - 10762754
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  10762447 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattgacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 10762544  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||  || |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  10762545 attatctcaaaaccaaataagacaattacttcatgagaatttttggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 10762644  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| |||||| || |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||   |||||||||    
T  10762645 atcatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagatgcaccatattgtgtcgttaatgtcaccattaagaaacactatattataatccatctt 10762744  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  10762745 atgcagctcc 10762754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 49156050 - 49155744
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |||  ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  49156050 atatatcatcgttgactgaataaaataaaattaacatattaaactagaaa--tataaaattactcccactgaacttgctaaatccacaattctccataat 49155953  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgca- 386  Q
    | |||||| ||||||||| | | ||||  || |||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  49155952 attatctcaaaaccaaataaaataattacttaatgagaatttttggtaacaca-aagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 49155854  T
Q  387 -ccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  49155853 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcaaatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatattgaaatccatctt 49155754  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  49155753 atgcagctcc 49155744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 11841534 - 11841841
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  || ||||  |  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  11841534 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattgaact--aggaatataaacttactcacactgaacttgctaaatccacaattctccataat 11841631  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| ||||||||  |||||||   |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||      
T  11841632 attatctcaaaaccaaacaagacaatcactttatgagaatttgtggcaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtgggtttcatgactttgcaa 11841731  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||| |||| ||   |||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  11841732 accatttactttgtatcaattgacacaaaagttttattcagttgcaccatattgcatcattaatgtcatcattaagaaacactatattgaaatccatctt 11841831  T
Q  486 atgcagctcc 495  Q
    ||||||||||    
T  11841832 atgcagctcc 11841841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 241 - 493
Target Start/End: Original strand, 10240055 - 10240310
Alignment:
Q  241 ataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  10240055 ataaacttactcccactgaacttgttaaatccacaactctccataatattatctcaaaaccaaatgagacaattggttcatgagaatttgtggtaacact 10240154  T
Q  341 --taagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatg--attttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcacctta 436  Q
       || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||  || | ||||||| ||    
T  10240155 aaaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgccgttttaaaccatctactttgtatcaattgactc-aaagtttgattcagttgcaccata 10240253  T
Q  437 ttgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagct 493  Q
    ||| ||| |||| ||   |||||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||    
T  10240254 ttgcatcattaatgtcatcattaagaaacaatgcattgacatccatcttatgtagct 10240310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 241 - 493
Target Start/End: Original strand, 38450910 - 38451164
Alignment:
Q  241 ataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattactatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacact 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  38450910 ataaacttactcccactgaacttgttaaatccacaactctccataatattatctcaaaaccaaatgagacaattgcttcatgagaatttgtggtaacact 38451009  T
Q  341 taaga-gacaaatttcttaactcataagtgaatttcatga--ttttgcaccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttat 437  Q
     || | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  || | ||||||| |||    
T  38451010 aaaaaagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgtctttttaaaccatctactttgtatcaattgactcaaa-gtttgattcagttgcaccatat 38451108  T
Q  438 tgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgcagct 493  Q
    || ||| || | ||   |||||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||    
T  38451109 tgcatcattgatgtcatcattaagaaacaatgcattgacatccatcttatgtagct 38451164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 25874534 - 25874390
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgt--tttccatggatatcc 631  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |  | |||||||||||||    
T  25874534 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatccgtttattttatatccatggatatcc 25874435  T
Q  632 attaaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||||  |||  | ||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  25874434 attaaggtatccgctccgtgctcgtgacggattttatccgcggat 25874390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Original strand, 12149288 - 12149426
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||     
T  12149288 ggatatccgcgggtgcggataccattaaatcagcatccgtatccattaattaacgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaag 12149387  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  12149388 gtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 12149426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 534 - 673
Target Start/End: Original strand, 21288390 - 21288530
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagtt-aagatatccgtttatgttttccatggatatcca 632  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||| || ||||| ||||||||    
T  21288390 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccctatccattaattagcgggtagttaaaaaaatccgtttattttatccatagatatcca 21288489  T
Q  633 ttaaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcg 673  Q
    |||| ||||  | |||||| |||||| | ||||||||||||    
T  21288490 ttaagatatccgctccgtgcccgtgacgtattttatccgcg 21288530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Original strand, 13826351 - 13826486
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||| || |||||||||||| ||    
T  13826351 gtatggatatccgcgggtgtggataccattaaatctgtatccatatccattaattagcgagtagttaaaaaatccgtttattttatccatggatatctat 13826450  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatc 669  Q
    |||  ||| || |||||| |||||  ||||||||||    
T  13826451 taatgtatctgctccgtgcccgtggcggattttatc 13826486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 539 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 27926459 - 27926322
Alignment:
Q  539 gatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaa 638  Q
    |||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||| || ||||||||||||||||||      
T  27926459 gatatccgcatgtgtggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaaaatctatttattttatccatggatatccattaagg 27926360  T
Q  639 tatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  27926359 tatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 27926322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 290 - 443
Target Start/End: Original strand, 29596696 - 29596853
Alignment:
Q  290 tatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacactta----agagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc 385  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |||    ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  29596696 tatctcaaaacaaaatgagacaattgttttatgtgaatttgtagtaacaattaatagagagaaaaatttcttaactcgtaaatgaatttcatgactttgc 29596795  T
Q  386 --accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatc 443  Q
      ||||   |||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  29596796 aaaccaacgactttgtatctattgacac--aagttttctttggttgcaccatattgtatc 29596853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 3778808 - 3778666
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||   ||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | ||| |||||| || | |||||||||||||    
T  3778808 gtatgaatatccgcgggtatggataccgttaaatccgcatctgtatccattaattagcggatagttaaaaaatctgtttattttattcatggatatccat 3778709  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  3778708 taaggtatccgctccgtgcccgtggcggattttatccgcggat 3778666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 535 - 636
Target Start/End: Original strand, 5295514 - 5295615
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| | || ||||||| || | ||||||||||||||    
T  5295514 tatggatatccgcaggtgtagataccattaaatctgcatctgtatccattaattagtgggtagttaaaaaatacgtttattttattcatggatatccatt 5295613  T
Q  635 aa 636  Q
    ||    
T  5295614 aa 5295615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 534 - 607
Target Start/End: Original strand, 36585024 - 36585097
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatc 607  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  36585024 gtatggatatccgcgggtgcggataccatttaatctgcatccgtatccattaattagcgggtagataaaatatc 36585097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 535 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 48251317 - 48251176
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||| |||||||  |||||  |||||||| | ||| | || ||||||||||| | || |||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||    
T  48251317 tatggatatacgcgggtagggataccattaaatccgtatctgcatccattaattagcagttaattaaaatatccatttattttatccatagatatccatt 48251218  T
Q  635 aaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||| ||| || ||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  48251217 aaagtatctgctccgtatccgtgacagattttatccgcggat 48251176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 32895386 - 32895081
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |    
T  32895386 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattaaactagcaa--tataaaattactcccactaagcttactaaatccacaactctacttaat 32895289  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||      
T  32895288 attatctcaaaactaaatgagacaattactttatgagaatttgtggtaacactaaagagacaaatttcttaacttataagtggatttcatgactttgcaa 32895189  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||  |||| | |  |||| || ||| ||||| |||| ||  ||||| | ||| | || |||||||||||||||    
T  32895188 accatctactttgtatctaatgacacaaagtttttttgtggttgcgccgtatagtatcattaatgtcaccattgagaaacaatgcattgacatccatctt 32895089  T
Q  486 atgcagct 493  Q
    ||| ||||    
T  32895088 atgtagct 32895081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 39729034 - 39729339
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  || ||||  |  |||||||| |||||||||||||  || |||||||| ||| |||||||| |    
T  39729034 atatatcatcgttgactaaataaaataaaattgacatattcaact--atgaatataaacttactcccactgaatttgctaaatccgcaattctccataat 39729131  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc-- 385  Q
    |  ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  || |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||      
T  39729132 atcatctcaaaacaaaatgagataattgctttatgagaatatgtagtaacaataaagagactaatttcttaactcataagtggatttcatgactttgcaa 39729231  T
Q  386 accatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatctt 485  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||| ||  ||||| | ||| | ||||||||||||||||||    
T  39729232 aacatctactttgtatctattgacacaaaagttttcttaagttgcaccatattgtatcattaatgtcaccattgagaaaaaatgtattgacatccatctt 39729331  T
Q  486 atgcagct 493  Q
    ||| ||||    
T  39729332 atgtagct 39729339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 188 - 495
Target Start/End: Original strand, 5543963 - 5544282
Alignment:
Q  188 atatatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatatt 287  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||   ||||||| ||||  |||||| |||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||| |    
T  5543963 atatatcatcgttgattgaataaaataaaattgacgtattaaactagaaa--tataaaattactcccaccgaacttgctaaatccacaattctccataat 5544060  T
Q  288 actatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgt------------ggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttc 375  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||   ||||||||| ||  |            ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  5544061 attatctcaaaaccaaataagacaatcactttatgagattttttttttttttttttggtaacactaaagagacaaatttattaacttataagtggatttc 5544160  T
Q  376 atgattttgca--ccatatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtatt 473  Q
    |||| ||||||  |||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||| ||| ||||    
T  5544161 atgactttgcaaaccattttctttgtatcaattgacacaaaagttttattcatatgcaccatattgtatcgttaatgtcaccattaagaaacactatatt 5544260  T
Q  474 gacatccatcttatgcagctcc 495  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  5544261 gaaatccatcttatgcagctcc 5544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 292 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 14414235 - 14414032
Alignment:
Q  292 tctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc--acca 389  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||  |||||||||||  || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||    
T  14414235 tctcaaaatcaaatgagataattactttatgagaatatgtagtaacaataaagagacaaatttcttaactcataagtggatttcatgattttgcaaaaca 14414136  T
Q  390 tatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgc 489  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||| ||  ||||| | ||| | || ||||||||||||||||||     
T  14414135 tctactttgtatctattgacacaagagttttcttaagttgcaccatattgaatcattaatgtcaccattgagaaacaatgcattgacatccatcttatgt 14414036  T
Q  490 agct 493  Q
    ||||    
T  14414035 agct 14414032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 535 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 28211744 - 28211598
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  28211744 tatggatatctgcgggtgtggatactattaaatccgcattcgtatccattaattagtgggtagttaaaatatccgtttattttatccatagatatccatt 28211645  T
Q  635 aaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggatgcgga 681  Q
    ||| ||| || || |||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  28211644 aaagtatctgctctgtgtccgtggcggattttatccgcgggtgcgga 28211598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 8227071 - 8226929
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||| ||||||||    
T  8227071 gtatgaatatccgcgggtgtggataccattaaatccgcatccgtatctattaattagcgggtagttaaaagatccgtttattttatccatgtatatccat 8226972  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||    |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8226971 taaggtatccactccgtgcccgtgacggattttatccgcggat 8226929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 36582762 - 36582620
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||| | |||||||||| || | |||||||||||||    
T  36582762 gtatggatattcgcgggtgtgtatactattaaatccgcatccgtatccattaattagtggatagttaaaaaatccgtttattttattcatggatatccat 36582663  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    ||| ||||  | ||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  36582662 taagatatccgctccgtgttcgtggcggattttatccgcggat 36582620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 534 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7987033 - 7986931
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||||||| || |||||||||||||||    
T  7987033 gtatggatatccgcgggtgtgaataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcaggtagttgacaaatccgtttattttatccatggatatccat 7986934  T
Q  634 taa 636  Q
    |||    
T  7986933 taa 7986931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 190 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 30413588 - 30413400
Alignment:
Q  190 atatcattgttgagtaaataaaatataattgacacgttaaacttgaaaaatataaatttactcccactgagcttactaaatccacaactctccatattac 289  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||  | |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| ||| | || ||     
T  30413588 atatcatagtttactaaataaaataaaatcgacacattaaaatttaaa--tttaaatttacttccaattagcttactaaattcacaattctacttaatat 30413491  T
Q  290 tatctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggt-aacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatga 379  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||| | |  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30413490 tatctcaaaatcaaatgagacaattactttatgagaatttgtggtaaacattaactagaaaaatttcttaactcataagtggatttcatga 30413400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 535 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7968291 - 7968190
Alignment:
Q  535 tatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccatt 634  Q
    ||||||||| |||||||||| |||  |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  7968291 tatggatatacgcgggtgtgaataccattaaatccgcatgcgtatccattaattagcgggtagttgaaaaatccgtttattttatccatggatatccatt 7968192  T
Q  635 aa 636  Q
    ||    
T  7968191 aa 7968190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 9762757 - 9762619
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||||||||||| || ||||||||  || ||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||| | ||| |||||| || |||||||||||||||    
T  9762757 gtatggatatccgaggatgtggataccatcaaatccgcatccatatccattaattagcaggtagttaaaaaatctgtttattttatccatggatatccat 9762658  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgc 672  Q
    |||  |||  | |||||| |||||  |||||||||||||    
T  9762657 taaggtatccgctccgtgcccgtggcggattttatccgc 9762619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 581 - 670
Target Start/End: Original strand, 31006379 - 31006468
Alignment:
Q  581 cattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatcc 670  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||  | ||| ||||||||  |||||||||||    
T  31006379 cattaattagcggatagttaaaatatccgtttattttatccatggatatccattaagatatccgctccatgtccgtggcggattttatcc 31006468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 561 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 6870404 - 6870295
Alignment:
Q  561 attaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaaatatatgttccgtgtccgtgaag 660  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||||| |||||||||||  |||  |||||| || |||||||||||||||||| ||||  |||| || ||| |||||    
T  6870404 attaaatctgcatatgtatcaattaattaacgggtagttaaattatatgtttattttatccatggatatccattaagatatccgttctgtatccttgaag 6870305  T
Q  661 gattttatcc 670  Q
    ||||||||||    
T  6870304 gattttatcc 6870295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 292 - 493
Target Start/End: Original strand, 4476 - 4679
Alignment:
Q  292 tctctaaaccaaatgagacaattgttttatgagaattcgtggtaacacttaagagacaaatttcttaactcataagtgaatttcatgattttgc--acca 389  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||  |||||||||||  || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||    
T  4476 tctcaaaatcaaatgagataattactttatgagaatatgtagtaacaataaagagacaaatttcttaactcataagtggatttcatgattttgcaaaaca 4575  T
Q  390 tatactttgtatctattgacacaaaagttttctttaattgcaccttattgtatccttaacgttgccattaaaaaatactgtattgacatccatcttatgc 489  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||| ||  ||||| | ||| | || ||||||||||||||||||     
T  4576 tctactttgtatctattgacacaagagttttcttaagttgcaccatattgaatcattaatgtcaccattgagaaacaatgcattgacatccatcttatgt 4675  T
Q  490 agct 493  Q
    ||||    
T  4676 agct 4679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Original strand, 22278 - 22416
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||     
T  22278 ggatatccgcgggtgcggataccattaaatccgcatccgtatccattaattagcgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaag 22377  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22378 gtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 22416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0634 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0634
Description:

Target: scaffold0634; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 538 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 9097 - 8959
Alignment:
Q  538 ggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccattaaa 637  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||     
T  9097 ggatatccgcgggtgcggataccattaaatcagcatccgtatccattaattaacgggtagttaaaatatccatttattttatccgtggatatccattaag 8998  T
Q  638 atatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
     |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  8997 gtatccgctccgtgtccgtggcggattttatccgcggat 8959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 534 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 6776 - 6637
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| |||| |||||||||  || ||||||  | |||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  6776 gtatgaatatccacgggtgtggataccattaaatccgcatctgtatccattaattaatggttagttagaaaatccatttattttatccatggatattcat 6677  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcg 673  Q
    ||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6676 taagatattcgttccgtgcccgtgacggattttatccgcg 6637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 534 - 676
Target Start/End: Original strand, 66838 - 66980
Alignment:
Q  534 gtatggatatccgcgggtgtggatattattaaatctgcatccgtattcattaattagcgggtagttaagatatccgtttatgttttccatggatatccat 633  Q
    ||||| |||||| |||||  |||||  ||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  66838 gtatgaatatccacgggtagggataccattaaatatgtatccatattcatcaattagagggtagataaaatatccgtttattttatccatggatatccat 66937  T
Q  634 taaaatatatgttccgtgtccgtgaaggattttatccgcggat 676  Q
    |||  |||  | |||||||| ||||  |||||||||| |||||    
T  66938 taaggtatccgctccgtgtctgtgacagattttatccacggat 66980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University