View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21014_high_4 (Length: 662)

Name: NF21014_high_4
Description: NF21014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21014_high_4
NF21014_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-646)||(47712295-47712925)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-646)||(19785561-19786189)
chr5 (23-646)||(19795403-19796026)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-646)||(15834710-15835333)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 646
Target Start/End: Original strand, 47712295 - 47712925
Alignment:
Q  16 cctcacacaattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712295 cctcacacaattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcct 47712394  T
Q  116 catcttccctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatgtcatga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47712395 catcttccctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatatcatga 47712494  T
Q  216 ggaagcaaagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712495 ggaagcaaagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttat 47712594  T
Q  316 aaaactccatcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaacgg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47712595 aaaactccatcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaatgg 47712694  T
Q  416 caccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaagatcctctttgcaata 515  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||| || |||    
T  47712695 caccaacacatccttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccacaccttcatactcctccctaggaaaaatcctcttcgcgata 47712794  T
Q  516 ctctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgatttttgtgggcaacccagatttcaaaaact 615  Q
    ||||||||||  |  || |  | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  47712795 ctctcacacaacaatgtcgccctatcaaatgaagagtcaaccgaaggacaccatttcgcagcaagactaatatttgtggacgacccacatttcaaaaact 47712894  T
Q  616 gaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatg 646  Q
     || ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  47712895 caatatctttctttaaacaatcagcaaaatg 47712925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19786189 - 19785561
Alignment:
Q  18 tcacacaattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcctca 117  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  19786189 tcactcaattcagacaccaacaaccccaatgccaaagacacctccataggagtcccagacatgctcccagaaacatcacacactgcaagacaatttttca 19786090  T
Q  118 tcttccctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatgtcatgagg 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||| |  |||||    
T  19786089 tctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctggtgagg 19785990  T
Q  218 aagcaaagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttataa 317  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  19785989 aagcaaagcaccagcagcaatagtagtctttcctgccttcacatccttcaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttttccttataa 19785890  T
Q  318 aactccatcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaacggca 417  Q
    |||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19785889 aacttcatcgccacagaagcaactctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggca 19785790  T
Q  418 ccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaagatcctctttgcaatact 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785789 ccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaagatcctctttgcaatact 19785690  T
Q  518 ctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgatttttgtgggcaacccagatttcaaaaactga 617  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19785689 ctcacacagaagagtcgatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaaggctgattttattgggcaacccagatttcaaaaactga 19785590  T
Q  618 agatccttcttcaaacaatcagcaaaatg 646  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785589 agatccttcttcaaacaatcagcaaaatg 19785561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 646
Target Start/End: Original strand, 19795403 - 19796026
Alignment:
Q  23 caattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcctcatcttc 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  19795403 caattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggggtcccatgcatactcccagacacatcacacacagcaagacaattcctcattttt 19795502  T
Q  123 cctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatgtcatgaggaagca 222  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||  |||| |||   ||||| || ||||||||||    
T  19795503 cccttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagccacttctccaccatcttcatcatccaaagactctataatctcgtgaggaagca 19795602  T
Q  223 aagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttataaaactc 322  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  19795603 aagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaactt 19795702  T
Q  323 catcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaacggcaccaac 422  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19795703 catcgccacagaagcaaccctattgtatggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaac 19795802  T
Q  423 acatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcac 522  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||  ||||||    
T  19795803 acatctttcctcaaccgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatactcctccctagggaagatcttcttggcaatggtctcac 19795902  T
Q  523 acagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgatttttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatc 622  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||  |||||    
T  19795903 acagaagagttgaccgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgattttattgggcgacccggatttcaaaaactcgagatc 19796002  T
Q  623 cttcttcaaacaatcagcaaaatg 646  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  19796003 cttcttcaaacaatcagcgaaatg 19796026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 646
Target Start/End: Original strand, 15834710 - 15835333
Alignment:
Q  23 caattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcctcatcttc 122  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||  ||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||     
T  15834710 caattcagacaccaacaaccccaatgccacagacacctccataggggtcccatacatactcgcagacacatcagacactgcaagacaatttttcatcttt 15834809  T
Q  123 cctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatgtcatgaggaagca 222  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||  |||| |||||||||| ||||| |   || |||   ||||| | |||||||||||    
T  15834810 cctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcatccacttctccaccatatccattcaaaaaagactttataatcttatgaggaagca 15834909  T
Q  223 aagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttataaaactc 322  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||| ||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15834910 aagcaccagcagccatagtagtcttccctgccttcacatcctgcaagtacttctcaaacctctcctcatcatgcttcaaaaacttctccttataaaactc 15835009  T
Q  323 catcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaacggcaccaac 422  Q
    ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||    
T  15835010 catggccacagaagcaaccctattataaggaatcaaaccccattgattagccccaataaacacctcaggcaattgcaacgccttcctcaacggcaccaac 15835109  T
Q  423 acatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcac 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||    
T  15835110 acatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccacaccttcatattcctcccgagggaatatcctcttggcaatggtctcac 15835209  T
Q  523 acagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgatttttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatc 622  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  15835210 acagaagagttgaccgatcaaaggaagagtaaagagaggggcaccatttagcagcaagactgatttttctgggtgacccagatttcaaaaactcaagatc 15835309  T
Q  623 cttcttcaaacaatcagcaaaatg 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15835310 cttcttcaaacaatcagcaaaatg 15835333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University