View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21014_low_2 (Length: 689)

Name: NF21014_low_2
Description: NF21014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21014_low_2
NF21014_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (4-671)||(7542192-7542858)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 671
Target Start/End: Original strand, 7542192 - 7542858
Alignment:
Q  4 aacaaaccataatttgtgccaatacaacacctataaacaaggacaaccttctaattaacatcaccttctcaatgttcatacattaattaaagatgattta 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542192 aacaaaccataatttgtgcccatacaacacctataaacaaggacaaccttctaattaacatcaccttctcaatgttcatacattaattaaagatgattta 7542291  T
Q  104 gccttttgactataaccctcttccttaattttctctcatcaaattcttcacttgtctcaatctcacactaatcaaatgaaacaacctgctgcaaaatcat 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542292 gccttttgactataaccctcttccttaattttctctcatcaaattcttcacttgtctcaatctcacactaatcaaatgaaacaacctgctgcaaaatcat 7542391  T
Q  204 cattaaggaggttatgtccaaacatagacaaagaagatggattggaaactgttcttgaaatacctatacctgaagaaatgttttcaaacatgggaagtaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542392 cattaaggaggttatgtccaaacatagacaaagaagatggattggaaactgttcttgaaatacctatacctgaagaaatgttttcaaacatgggaagtaa 7542491  T
Q  304 tgtgacattaagatggcaaaatatgttaacatggatgaaggctcaaactgaggataaattgtcttcccctacggtttcagcacgtttaaatgaacttcga 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542492 tgtgacattaagatggcaaaatatgttaacatggatgaaggctcaaactgaggataaattgtcttcccctacggtttcagcacgtttaaatgaacttcga 7542591  T
Q  404 tttttgctttaccttgttggctctcctcttatccctcttcaagttcaattaggacattccgttcatcgtcctgtcagagattcctcaattgtaagaacac 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542592 tttttgctttaccttgttggctctcctcttatccctcttcaagttcaattaggacattccgttcatcgtcctgtcagagattcctcaattgtaagaacac 7542691  T
Q  504 atacatg---nnnnnnnngtgtacaaatttattagcaattgttatgttgttgtttttgttattctcttgttagagaagcatataattaaggaatattatc 600  Q
    |||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  7542692 atacatgtttttttttttgtgtacaaatttattagcaattgttatgttgttgtttttgttattctcttgttagagaagcata----taaggaatattatc 7542787  T
Q  601 ttcacatatcatacttctctaacaagatatgtgtaattaaaaaggatagcaattgtatgatatgtgaagat 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542788 ttcacatatcatacttctctaacaagatatgtgtaattaaaaaggatagcaattgtatgatatgtgaagat 7542858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University