View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21014_low_22 (Length: 363)

Name: NF21014_low_22
Description: NF21014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21014_low_22
NF21014_low_22
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (17-355)||(22431316-22431654)
chr3 (17-355)||(22368070-22368415)
chr3 (17-236)||(22468231-22468451)
chr3 (17-236)||(22630722-22630942)
chr3 (17-212)||(22443046-22443242)
chr3 (17-161)||(22632223-22632368)
chr3 (18-236)||(22358285-22358504)
chr3 (19-218)||(22179382-22179582)
chr3 (17-236)||(22436917-22437137)
chr3 (18-237)||(22635785-22636005)
chr3 (19-221)||(22052698-22052901)
chr3 (17-227)||(22458781-22458992)
chr3 (17-227)||(22481762-22481973)
chr3 (19-220)||(22115050-22115252)
chr3 (19-218)||(22027965-22028165)
chr3 (19-221)||(21945589-21945792)
chr3 (19-159)||(21930386-21930527)
chr3 (275-355)||(22630581-22630662)
chr3 (19-218)||(22186953-22187153)
chr3 (275-355)||(22353954-22354034)
chr3 (275-355)||(22358145-22358225)
chr3 (275-355)||(22442882-22442962)
chr3 (19-221)||(21937118-21937321)
chr3 (93-236)||(22354094-22354240)
chr3 (23-218)||(22034486-22034682)
chr3 (279-355)||(22468091-22468167)
chr3 (275-355)||(22635646-22635726)
chr3 (49-218)||(30989606-30989776)
chr3 (19-208)||(22104688-22104878)
chr3 (28-217)||(22615561-22615751)
chr3 (275-355)||(22115328-22115408)
chr3 (178-210)||(22208145-22208177)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-227)||(29610863-29611059)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (111-212)||(27294606-27294707)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22431654 - 22431316
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgtggaatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22431654 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgtggaatg 22431555  T
Q  117 ggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22431554 ggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccat 22431455  T
Q  217 atgatatagaaaaattgttgcagaaaatgttgcacaagtttgaagtcgatcctcctcctcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaacta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22431454 atgatatagaaaaattgttgcagaaaatgttgcacaagtttgaagtcgatcctcctcctcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaacta 22431355  T
Q  317 cttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22431354 cttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 22431316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22368415 - 22368070
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    |||| |||||||  || |||||||| | | ||||||||| ||||||||||| | ||||| | |||| || | | | |||||| ||||||||||| |||||    
T  22368415 atgatgctgatgcggtaggatttgatgtgtcaagagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagcacaccgcacagttgtctccattgttggaat 22368316  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  22368315 gggaggactgggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggtcgttaaacactttgattgtcgtttatggatcacggtttctcgacca 22368216  T
Q  216 tatgatatagaaaaattgttgcagaaaatgttgc-acaagtttgaagtcgatcc------tcctcctcaaatggatcgaaacttattacttgataaactg 308  Q
    ||| ||| |||||||||| || || | ||  ||| |||||    | |||  |||      || || |||||||||| |||| |||||| ||||| || ||    
T  22368215 tataataaagaaaaattgctgaaggacatactgcaacaagggaaatgtc-ctcctcaaagtcttcatcaaatggatggaaagttattagttgatgaagtg 22368117  T
Q  309 agaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22368116 agaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 22368070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22468451 - 22468231
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| | |||| || ||||| ||| || |||||||| || |||||    
T  22468451 atgaagctgatcttgtgggatttgaagagccacgagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagcagagcgcaccgttgtctccatagttggaat 22468352  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | | |||| ||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||    
T  22468351 gggaggactgggaaaaaccactatagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggtcgttaaacattttgattgtcatgtatggatcacggtgtctcgacca 22468252  T
Q  216 tatgatatagaaaaattgttg 236  Q
    ||  |||||||||||||||||    
T  22468251 tacaatatagaaaaattgttg 22468231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22630942 - 22630722
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| || | |||| || ||| | |||||| ||||| ||||| |||||    
T  22630942 atgaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgagacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaat 22630843  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||   | |||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||    
T  22630842 gggaggactggggaaaaccactcttgccaagaaaatttttgacaaccgaaaggtcgttaaacactttgattgtcatgaatggatcacggtgtctcgacca 22630743  T
Q  216 tatgatatagaaaaattgttg 236  Q
    ||  ||||||||| |||||||    
T  22630742 tacaatatagaaacattgttg 22630722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 22443242 - 22443046
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattg-tggaat 115  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| | |||| |||||| | |||||| |||||||||| ||||||    
T  22443242 atgaagctgatattgttggctttgaagagccaagagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagaagaccgcacagttgtctccattgttggaat 22443143  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaa 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||   || ||||||||||| | | |||  |||| |||||||| |||| |||||||||||  |||||||||    
T  22443142 gggaggattgggaaaaaccactctagccagacaaatttttgacaaccaaaaggtagttaagcactttgactgtcttttatggatcatggtgtctcaa 22443046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 22632368 - 22632223
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | ||| ||||||||||| | |||| || ||| | |||||| ||||||||| | |||||    
T  22632368 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaatagagaaactaattaattggctggtagagggaagagcagatcgcacagttgtctccattattggaat 22632269  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaac 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22632268 gggaggactggggaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaac 22632223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22358504 - 22358285
Alignment:
Q  18 tgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatg 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||| |||||||||||   |||||   |||| || ||| |  ||| | ||||||||||| ||||||    
T  22358504 tgaagctgatgttgtaggatttgataagacaagagacaaattgattgattttttggtagcaggaagagcagaccggacaattgtctccattgttggaatg 22358405  T
Q  117 ggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   | |||| | |||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  22358404 ggaggactgggaaaaaccactctagcgaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgtaaaacactttgatcgtcgtgtatggattacggtgtctcgaccat 22358305  T
Q  217 atgatatagaaaaattgttg 236  Q
    |  ||| ||||||| |||||    
T  22358304 acaatacagaaaaagtgttg 22358285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Original strand, 22179382 - 22179582
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||| ||||| | ||||   |||||| ||| ||||| | | | || |||||||    
T  22179382 gaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgattggatggtacagggaaggaaagagcgcactgtggtattcgtggtgggaatgg 22179481  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     || ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  22179482 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacactttgattgtcgtgtatggattacagtgtctcaatcata 22179581  T
Q  218 t 218  Q
    |    
T  22179582 t 22179582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22437137 - 22436917
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |  ||||||| || |||||||||| |  |||| || |||||   |||| ||||| ||||| |||||    
T  22437137 atgaagctgatgtcgtgggctttgaagagcccaaacgcatattgtttaattggctggtgaggggaagagtagagcgtgcagttgtctctattgtaggaat 22437038  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    |||||| |  |||||||| |||||  |||||||||||||||| |||| ||  ||| | ||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  22437037 gggagggcaaggaaaaactactctggccaagaaagtttttgagaacatcaaagtcttaaaacaatttgactgtcatgtatggatcacagtgtctcaatca 22436938  T
Q  216 tatgatatagaaaaattgttg 236  Q
    ||   || |||||||||||||    
T  22436937 tacagtaaagaaaaattgttg 22436917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22636005 - 22635785
Alignment:
Q  18 tgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccat-tgtggaatg 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||||||||||    |||||   |||| || ||| |  ||| | |||||||| | |||||||    
T  22636005 tgaagctgatgttgtaggatttgataagccaagagacgaattgattgatcttttggtagcgggaagagcagaccggacaattgtctccatctttggaatg 22635906  T
Q  117 ggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccat 216  Q
    |||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   | |||| | ||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  22635905 ggaggacaaggaaaaaccactctagcgaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgtaaaatactttgattgtcgtgtatggattacggtgtctcgaccat 22635806  T
Q  217 atgatatagaaaaattgttgc 237  Q
    |  ||| ||||||| ||||||    
T  22635805 acaatacagaaaaagtgttgc 22635785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 22052698 - 22052901
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||| | | ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||| ||||| ||  | || |||||||    
T  22052698 gaagctgaggttgtgggatttgaagtaccaagaaaaagattgattgattggatggtaaagggaagggaagagcgcactgtggtttctctggtaggaatgg 22052797  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     || ||  ||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||    
T  22052798 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacattttgattgtcgggtatggattacagtgtctcaatcata 22052897  T
Q  218 tgat 221  Q
    ||||    
T  22052898 tgat 22052901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22458992 - 22458781
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||  |||||||||||| | ||||||||| || || | |  | ||||| || |||| | ||| ||||||| ||||     
T  22458992 atgaagatgatgttgtaggctttgaagttccaagagacatactaattgattggttgatagaggagagagaagtgcacacaattgtcaccattgttggaaa 22458893  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    ||||||||  |||||||| |||||  | ||||| ||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||    
T  22458892 gggaggacaaggaaaaacaactcttgcaaagaaggtttttgacgacaacaagatcgttaaacactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatca 22458793  T
Q  216 tatgatatagaa 227  Q
    ||  ||||||||    
T  22458792 tacaatatagaa 22458781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22481973 - 22481762
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaat 115  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||  |||||||||||| | ||||||||| || || | |  | ||||| || |||| | ||| ||||||| ||||     
T  22481973 atgaagatgatgttgtaggctttgaagttccaagagacatactaattgattggttgatagaggagagagaagtgcacacaattgtcaccattgttggaaa 22481874  T
Q  116 gggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaacca 215  Q
    ||||||||  |||||||| |||||  | ||||| ||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||    
T  22481873 gggaggacaaggaaaaacaactcttgcaaagaaggtttttgacgacaacaagatcgttaaacactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatca 22481774  T
Q  216 tatgatatagaa 227  Q
    ||  ||||||||    
T  22481773 tacaatatagaa 22481762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Original strand, 22115050 - 22115252
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||| | | ||||||||||||| ||||| | ||||  ||||||| ||| ||  | ||  | || |||||||    
T  22115050 gaagctgaggttgtgggatttgaagcaccaagacaaagattgattgattggatggtatagggaagggaagagcgcactgttctttctgtggtaggaatgg 22115149  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||     || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22115150 gagggcaaggaaaaaccactctatcaaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcata 22115249  T
Q  218 tga 220  Q
    |||    
T  22115250 tga 22115252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Original strand, 22027965 - 22028165
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||| ||||| | ||||  ||||||| ||| ||||| ||  | || |||||||    
T  22027965 gaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgactgattggttggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgg 22028064  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     || |   |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  22028065 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcatgggacactttgattgtcgtgtatggattacagtgtctcaatcata 22028164  T
Q  218 t 218  Q
    |    
T  22028165 t 22028165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 21945589 - 21945792
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| | | ||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||||  || |||| ||| || || ||| | || |||||||    
T  21945589 gaagctgaagttgtgggtttcgaaaaacaaaaggacatgttgattgattggatggtaaagggaagggaggagcgcactgtagtttccgtggtaggaatgg 21945688  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    ||| ||  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||    
T  21945689 gagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatgtcatttgacactttgattgtcttgtatggatcactgtgtctcaatcata 21945788  T
Q  218 tgat 221  Q
    ||||    
T  21945789 tgat 21945792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 159
Target Start/End: Original strand, 21930386 - 21930527
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||  ||||||| ||| ||||| ||  | || |||||||    
T  21930386 gaagctgaggttgtgggatttgaagcaccaagaaaaatattgattgattggatggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgg 21930485  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgaca 159  Q
    |||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  21930486 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgaca 21930527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22630662 - 22630581
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacg-ttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||||||   |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22630662 tcaaatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgtttgtagtgtttgatgatgt 22630581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Original strand, 22186953 - 22187153
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||||| ||| ||  | ||  | || |||||||    
T  22186953 gaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgagtggatggtaaagggaagggaagagcgcactgttctttctgtggtaggaatgg 22187052  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     || |   |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  22187053 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcatgggacactttgattgtcgtgtatggattacagtgtctcaatcata 22187152  T
Q  218 t 218  Q
    |    
T  22187153 t 22187153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22354034 - 22353954
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||||||   |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22354034 tcaaatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaacaacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgataatgt 22353954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22358225 - 22358145
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    ||||||||||||| | | |||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22358225 tcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgt 22358145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22442962 - 22442882
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    ||||||||||||| | | |||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22442962 tcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgt 22442882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 21937118 - 21937321
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    |||||||| |||||||| |||||  | | ||| ||||| |||||||||||| || |||| ||||  | ||||| ||| || || ||  | || |||||||    
T  21937118 gaagctgacgttgtgggctttgacaaacaaagggacattttgattgattggatgataaagggaagggcagagcgcactgttgtttctgtggtaggaatgg 21937217  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    |||| |  ||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||    ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  21937218 gagggcaaggaaaaaccactctagctaagaaagcttttgacagcaaggatgtcgttggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaagcata 21937317  T
Q  218 tgat 221  Q
    ||||    
T  21937318 tgat 21937321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 93 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22354240 - 22354094
Alignment:
Q  93 cacagtggtctccattgt-ggaatgggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgt--c 189  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| | | |||  ||||  |||||||||||       
T  22354240 cacagttgtctccattgttggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccagaaaagtttttgacaaccaaaaggtagttaagaactttgattgttat 22354141  T
Q  190 gtttatggatcacagtgtctcaaccatatgatatagaaaaattgttg 236  Q
    || |||||||||| || |||| ||||||  | ||||||||| |||||    
T  22354140 gtatatggatcacggtatctcgaccatacaacatagaaaaagtgttg 22354094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 218
Target Start/End: Original strand, 22034486 - 22034682
Alignment:
Q  23 ctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgggagg 121  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||| | | ||||||||||||| ||||| | ||||  ||||||| ||| ||||| ||  | || |||||||||||    
T  22034486 ctgaggttgtgggatttgaagcaccaagacaaagattgattgattggatggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagg 22034585  T
Q  122 actgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccatat 218  Q
     |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||     || |   ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  22034586 gcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcatgggacactttgattatcgtgtatggattacagtgtctcaatcatat 22034682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 279 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22468167 - 22468091
Alignment:
Q  279 atggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||   |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  22468167 atggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtatgttatagtgtttgatgatgt 22468091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22635726 - 22635646
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  22635726 tcaaatggatcgaaagtcattagttgatgaagtgagaaaccactttcaaggaaaaaggtatgttttagtgtttgatgatgt 22635646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30989776 - 30989606
Alignment:
Q  49 agagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgggaggactgggaaaaaccactctaaccaaga 147  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||| ||| ||  | ||  | || || |||||||| |  || ||||||||||| || ||||    
T  30989776 agagacatgttgattgattggttggtaaagggaagagatgagcgcacggtaatttctgtagtaggcatgggagggcaaggtaaaaccactcttacgaaga 30989677  T
Q  148 aagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccatat 218  Q
    |||||||||||||||  |  ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  30989676 aagtttttgacaacaggaatgtcattggacactttgattgtcgtgtatggatcatagtgtctcaatcatat 30989606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Original strand, 22104688 - 22104878
Alignment:
Q  19 gaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgt-ggaatgg 117  Q
    ||||||||||||||||||||  |||  |||||| | | ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||| || || ||  | || |||||||    
T  22104688 gaagctgatgttgtgggattcaaagcaccaagaaaaagattgattgattggatggtaaagggaacggaagagcgcactgtagtttcggtggtaggaatgg 22104787  T
Q  118 gaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtc 208  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||    ||  ||  |||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  22104788 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagagagtttttgacagcaaggatgtaattggacactttgattgtcatgtttggatcacagtgtc 22104878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 28 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22615751 - 22615561
Alignment:
Q  28 gttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgtgg-aatgggaggactgg 126  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||| | |||||| |  ||| ||||||| |||| || ||||| ||| || |||||  | |||| ||||||||| | ||    
T  22615751 gttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagg 22615652  T
Q  127 gaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 217  Q
    | |||||||||||  ||||||| |||||||| | |||   |||   |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22615651 gtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcata 22615561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 275 - 355
Target Start/End: Original strand, 22115328 - 22115408
Alignment:
Q  275 tcaaatggatcgaaacttattacttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgt 355  Q
    |||||||||||||   ||||||  |||| || ||||||| ||||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22115328 tcaaatggatcgaggattattaactgatgaagtgagaaaatacttgcagaaaaagaggtacgttgtcgtgtttgatgatgt 22115408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 178 - 210
Target Start/End: Original strand, 22208145 - 22208177
Alignment:
Q  178 actttgattgtcgtttatggatcacagtgtctc 210  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22208145 actttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctc 22208177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 29611059 - 29610863
Alignment:
Q  17 atgaagctgatgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgtggaatg 116  Q
    |||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||| |||||| | |||| |      
T  29611059 atgaagctgacgttgcaggctttgaagagccaagagaaatattaattgattggctggtaag-ggaagagcagagcgcacagtcgtctccgtggtggca-- 29610963  T
Q  117 ggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccat 216  Q
            ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   |||| || ||||||||||   |||| ||||||||||||| || ||| |||    
T  29610962 --------gggaaaaactactctaactaagaaagtttttgacaacaa---ggtcgttgaacactttgacaatcgtgtatggatcacagtatcacaatcat 29610874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 212
Target Start/End: Original strand, 27294606 - 27294707
Alignment:
Q  111 ggaatgggaggactgggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctc 210  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||    ||| |   |||| |||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  27294606 ggaatgggaggacaaggaaaaaccactctagtcaagaaagtttttgacagcaaggatgtcatcggacaccttgactatcgtgtatggatcacagtgtctc 27294705  T
Q  211 aa 212  Q
    ||    
T  27294706 aa 27294707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University