View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF21017_low_1 (Length: 1035)
Name: NF21017_low_1
Description: NF21017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21017_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 934; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 934; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1020
Target Start/End: Original strand, 26732893 - 26733908
Alignment:
| Q |
10 |
gactgatatgaatgctctagctataatccattgtcacaaagttgatttacatctaatcactctagtataatccaaaaagattatttatatttaaacttga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26732893 |
gactgaaatgaatgctctagctataatccattgtcacaaagttgatttacatctaatcactctagtataagccaaaaagattatttatatttaaacttga |
26732992 |
T |
|
| Q |
110 |
aaatgtttgggacagaaccatatacgcataaaaacaattaaaaatttaactaatgcataatacactttaaccaaacatagaatacgattctgcaatatct |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26732993 |
aaatgtttgggacagaaccatatacgcataaaaacaattaaaaatttaactaatgcataatacactttaaccaaacatagaatacgattctgcaatatct |
26733092 |
T |
|
| Q |
210 |
agtggatgatggtggaaataacttgaaacatagaatcaatgccttcaccttttcacgagcaacaactttctcaaatacaaagttccaattcttccacgta |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733093 |
agtggatgatggtggaaataacttgaaacatagaatcaatgccttcaccttttcacgagcaacaactttctcaaatacaaagttccaattcttccacgta |
26733192 |
T |
|
| Q |
310 |
aaacaccttttcttctctccagtttcnnnnnnnaatttggaaaaatacataaatcaactttggtttcattctaaagtgtgtcttttacaaagaattgcat |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733193 |
aaacaccttttcttctctccagtttctttttttaatttggaaaaatacataaatcaactttggtttcattccaaagtgtgtcttttacaaagaattgcat |
26733292 |
T |
|
| Q |
410 |
ctttgttacaaaagtaaattaagtctactcgtggacttaactagtgggaaataggatattacacaaagattatactccactctaccatatgttaaccaat |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733293 |
ctttgttacaaaagtaaattaagtctactcgtggacttaactagtgggaaataggatattacacaaagattatactccactctaccatatgttaaccaat |
26733392 |
T |
|
| Q |
510 |
aagataacatcaattaaattaactataattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtga-----gtgtggtaccaaaaagagaaa |
604 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733393 |
aagataacatcaattaaattaactataattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtgagagtggtgtggtaccaaaaagagaaa |
26733492 |
T |
|
| Q |
605 |
ttaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaagcatcacatgttatttgctactattgtg |
704 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733493 |
ttaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaaacatcacatgttatttgctactattgtg |
26733592 |
T |
|
| Q |
705 |
catgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctnnnnnnntcaatgaaaggaaagaaagccaaagatgatgcactc |
804 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733593 |
catgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctaaaaaaatcaatgaaaggagagaaagccaaagatgatgcactc |
26733692 |
T |
|
| Q |
805 |
aaagactggaaattttcaacttctgcttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtgattgctttgaacgtgacgcaag |
904 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733693 |
aaagactggaaattttcaacttctgcttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtgattgctttgaacgtgacgcaag |
26733792 |
T |
|
| Q |
905 |
ttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatctcaccggcgagcttccaactga |
1004 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733793 |
ttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatctcaccggcgagcttccaactga |
26733892 |
T |
|
| Q |
1005 |
gctatccaaacttact |
1020 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
26733893 |
gctatccaaacttact |
26733908 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 484 - 1020
Target Start/End: Original strand, 26725058 - 26725594
Alignment:
| Q |
484 |
ctccactctaccatatgttaaccaataagataacatcaattaaattaactataattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtga |
583 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26725058 |
ctccactccaccatatgtgaacaaataagataatatcaattaaattaactataattgtacttattataaatatagaatgcaatcactgcatgtagtgtga |
26725157 |
T |
|
| Q |
584 |
gtgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaagcatcac |
683 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26725158 |
gtgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaacttagcaaaagagaaagatgaaaagcatcac |
26725257 |
T |
|
| Q |
684 |
atgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctnnnnnnntcaatgaaaggaaag |
783 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |
|
|
| T |
26725258 |
atgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctaaaaaaatcaatgaaaggagag |
26725357 |
T |
|
| Q |
784 |
aaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctgcttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtga |
883 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||| |
|
|
| T |
26725358 |
aaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctgcttcaggtcactgttcattttccggtgtcaaatgcgacggagaacaacgagtga |
26725457 |
T |
|
| Q |
884 |
ttgctttgaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatct |
983 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26725458 |
ttgctctaaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatct |
26725557 |
T |
|
| Q |
984 |
caccggcgagcttccaactgagctatccaaacttact |
1020 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26725558 |
caccggcgagcttccaactgagctatccaaacttact |
26725594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 56 - 425
Target Start/End: Original strand, 26724460 - 26724814
Alignment:
| Q |
56 |
ttacatctaatcactctagtataatccaaaaagattatttatatttaaacttgaaaatgtttgggacagaaccatatacgcataaaaacaattaaaaatt |
155 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26724460 |
ttacatctaatcactctagtataagccaaaaagattatttatatt-aaacttggaaatgttagggacagaaccatatacgcataaaaacaattaaaaatt |
26724558 |
T |
|
| Q |
156 |
taactaatgcataatacactttaaccaaacatagaatacgattctgcaatatctagtggatgatggtggaaataacttgaaacatagaatcaatgccttc |
255 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26724559 |
taactaatgcataatacactttaaccaaacatagaatacgattctgcaatatctagtggatgatggtggaaataacttgaaacatagaatcaatgccttc |
26724658 |
T |
|
| Q |
256 |
accttttcacgagcaacaactttctcaaatacaaagttccaattcttccacgtaaaacaccttttcttctctccagtttcnnnnnnnaatttggaaaaat |
355 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||| | |
|
|
| T |
26724659 |
accttttcacgagcaacaactttctcaaa-------ttccaatttctc------aaacaccttttcttctccccattttc-ttttttaatttggcaaact |
26724744 |
T |
|
| Q |
356 |
acataaatcaactttggtttcattctaaagtgtgtcttttacaaagaattgcatctttgttacaaaagta |
425 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
26724745 |
acataaatcaactttggtttcattccaaagtgcgtctttaacaaagaattgcatctttgtcacaaaagta |
26724814 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University