View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21019_low_2 (Length: 415)

Name: NF21019_low_2
Description: NF21019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21019_low_2
NF21019_low_2
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (19-407)||(2929669-2930059)
chr6 (26-407)||(2996703-2997084)
chr6 (25-406)||(2934965-2935349)
chr6 (26-393)||(2937827-2938194)
chr6 (26-368)||(2927527-2927869)
chr6 (21-392)||(2974369-2974740)
chr6 (26-351)||(3003174-3003495)
chr6 (26-398)||(2983233-2983605)
chr6 (26-407)||(2964876-2965280)
chr6 (107-351)||(2952384-2952624)
chr6 (26-393)||(2658311-2658696)
chr6 (303-407)||(2954726-2954829)
chr6 (28-293)||(2979257-2979521)
chr6 (26-102)||(2985695-2985771)
chr6 (184-243)||(2954666-2954725)
chr6 (348-399)||(2986421-2986472)
chr6 (360-392)||(2952657-2952689)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (26-406)||(34573-34953)
scaffold0024 (20-136)||(44532-44648)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-406)||(3339392-3339775)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (26-351)||(49613803-49614128)
chr3 (26-350)||(49618779-49619102)
chr3 (226-340)||(49617650-49617758)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Original strand, 2929669 - 2930059
Alignment:
Q  19 actattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggcta 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2929669 actattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggcta 2929768  T
Q  119 acatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttg 218  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2929769 acatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttg 2929868  T
Q  219 gcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttactt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  2929869 gcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttttctcactttactt 2929968  T
Q  319 caatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaag--tgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattatc 407  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  2929969 caatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattattgttattcttattatc 2930059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2997084 - 2996703
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |  || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  2997084 tggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtt 2996985  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  2996984 taatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataag 2996885  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  2996884 ttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcag 2996785  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattatc 407  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996784 tttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattatc 2996703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 25 - 406
Target Start/End: Original strand, 2934965 - 2935349
Alignment:
Q  25 atggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgt 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||| ||| ||||||||| | |||  | |||  || | | |||||||||||||| |||    
T  2934965 atggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaacttgt 2935064  T
Q  125 ttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatag 224  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2935065 ttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataa 2935164  T
Q  225 gttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatca 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2935165 gttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttacttcaatca 2935264  T
Q  325 gtttgttcagtcttgcaagtagt---acaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattat 406  Q
    |||||||| ||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  2935265 gtttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatttctattagtattat 2935349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 26 - 393
Target Start/End: Original strand, 2937827 - 2938194
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||  |||  ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  ||||    
T  2937827 tggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaatttgtt 2937926  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||| |    
T  2937927 taatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataag 2938026  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2938027 ttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactacttattctcactttacttcaatcag 2938126  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattg 393  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2938127 tttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 2938194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 26 - 368
Target Start/End: Original strand, 2927527 - 2927869
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||  | |||||||||||||| ||||    
T  2927527 tggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattctgtggctaacttgtt 2927626  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||||||||| | |||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||| |    
T  2927627 taatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccacgacataag 2927726  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927727 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatcttactacttgttctcactttacttcaatcag 2927826  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttct 368  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2927827 tttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttct 2927869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 21 - 392
Target Start/End: Original strand, 2974369 - 2974740
Alignment:
Q  21 tattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaac 120  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| |||| |    
T  2974369 tattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagtgattctgttgctatc 2974468  T
Q  121 atgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggc 220  Q
     | |||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||    
T  2974469 ttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggc 2974568  T
Q  221 ataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttca 320  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  2974569 ataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatttttctacttgttctcactataattca 2974668  T
Q  321 atcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattatt 392  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2974669 aagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2974740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 3003495 - 3003174
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  3003495 tggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggctaacttgtt 3003396  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  3003395 taatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccatggcataag 3003296  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||    
T  3003295 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactccttgctctcactttacttcaaacag 3003196  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaa 351  Q
    |||||    |||||||||||||||||    
T  3003195 tttgt----tcttgcaagtagtacaa 3003174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 398
Target Start/End: Original strand, 2983233 - 2983605
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||  ||||||| ||||| | | ||||||||  ||| ||| |||||| | ||||    
T  2983233 tggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggctatcttgtt 2983332  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    ||||||||||||||||||| || || | |||||  |||||| ||| |||   | ||| | ||| || ||  ||||||||||||| |||||| || ||| |    
T  2983333 taatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaataag 2983432  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  2983433 ttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataattcaaacag 2983532  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatt 398  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2983533 tttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctagtcatttctttcattgttgagttcataattattgttatt 2983605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 26 - 407
Target Start/End: Original strand, 2964876 - 2965280
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||  | ||||||| | | |||||||||||||| ||||    
T  2964876 tggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattctgtggctaacttgtt 2964975  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggc----- 220  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||  |||||||||||         
T  2964976 taatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttgtgggaatccttggcgccag 2965075  T
Q  221 ---at----------aggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttc 307  Q
       ||          | ||||||| | ||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  2965076 ttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaatcttactacttgttc 2965175  T
Q  308 tcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa---------gcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatt 398  Q
    |||||||| ||||| ||||||||    |||||||||||||||||         || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2965176 tcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatt 2965271  T
Q  399 agtattatc 407  Q
    |||||||||    
T  2965272 agtattatc 2965280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 107 - 351
Target Start/End: Original strand, 2952384 - 2952624
Alignment:
Q  107 attctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttg 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||| |||||    
T  2952384 attctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaatgcattttg 2952483  T
Q  207 taagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgtt 306  Q
    ||  ||||||||| ||| |||||| || ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  |||| |||| |    
T  2952484 tagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcgtactccttgct 2952583  T
Q  307 ctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa 351  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    |||||||||||||||||    
T  2952584 ctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 2952624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2658696 - 2658311
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||  ||  ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  2658696 tggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtt 2658597  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    || |||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||| |||| ||| ||||||| ||  |||||||||| | |||||||| ||||||||||| || |    
T  2658596 tactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagacttaaaagatttttgtaggaatccttggcctaag 2658497  T
Q  226 ttgaag------------gctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactt 313  Q
    || |||            |  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||     
T  2658496 tttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcctttgctggaatcttactacttattctcacta 2658397  T
Q  314 tacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa------gcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattg 393  Q
    || ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||      | |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2658396 taattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctagtgatttctttcattgttcggttcataattattg 2658311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 303 - 407
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954829
Alignment:
Q  303 tgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagta 402  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcaatgttgagttcat-attattgctattagta 2954824  T
Q  403 ttatc 407  Q
    |||||    
T  2954825 ttatc 2954829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 293
Target Start/End: Original strand, 2979257 - 2979521
Alignment:
Q  28 gatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgttta 127  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||| | ||| |||||| ||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  |||||  ||||||    
T  2979257 gattaccttataaataccggtacggatgtggatatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgttta 2979356  T
Q  128 atggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcat----- 222  Q
    ||| ||||||| ||||| |||         ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||         
T  2979357 atgatctttgcgaaaatgtta---------atatcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagtt 2979447  T
Q  223 -aggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatac--tccttggcacactgctgcttccgttgcgggaat 293  Q
     |  ||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||  |||| |||| | ||||||||||||||| |||||    
T  2979448 gaacttgaaggcttctctcaggcatgatcgttgcaatacgatcctaggcaaattgctgcttccgttgctggaat 2979521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 2985695 - 2985771
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagac 102  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  2985695 tggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttcagaaccaaatactggaaaattggtttcgagac 2985771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 184 - 243
Target Start/End: Original strand, 2954666 - 2954725
Alignment:
Q  184 tgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcagg 243  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2954666 tgcaaagaattaaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactctcagg 2954725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 399
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986472
Alignment:
Q  348 acaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatta 399  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2986421 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgttatta 2986472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 360 - 392
Target Start/End: Original strand, 2952657 - 2952689
Alignment:
Q  360 gtgatttctttcattgtttagttcataattatt 392  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2952657 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2952689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 26 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 34953 - 34573
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||   |||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  34953 tggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtgattctgtggctaacttgtt 34854  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  34853 taatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaatagg 34754  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34753 ttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaattttactacttgttctcactttgcttcaatcag 34654  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattat 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34653 tttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattat 34573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 44648 - 44532
Alignment:
Q  20 ctattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaa 119  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| | ||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||    
T  44648 ctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaa 44549  T
Q  120 catgtttaatggtcttt 136  Q
      ||||||||| |||||    
T  44548 tttgtttaatgatcttt 44532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 26 - 406
Target Start/End: Original strand, 3339392 - 3339775
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| || |||  |||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||  ||||    
T  3339392 tggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaattgtt 3339491  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| | | |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3339492 taatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcatagg 3339591  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339592 ttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcag 3339691  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagt---tcataattattgctattagtattat 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  3339692 tttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctagtgatttctttctttgttgagttcatcataattattgctcttagtattat 3339775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Original strand, 49613803 - 49614128
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  |||||||||  |||||| |||| || | | |||||||||||||| ||||    
T  49613803 tggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggctaacttgtt 49613902  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||| ||||||| |||||| ||| |||||   || |||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||| |  |||||||||||||     
T  49613903 taatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcataga 49614002  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  49614003 ttgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttattctctctttacttcaatcag 49614102  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtacaa 351  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||    
T  49614103 tttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 350
Target Start/End: Original strand, 49618779 - 49619102
Alignment:
Q  26 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtt 125  Q
    |||||| |||||||||||  |||| ||| ||||| |||||| |||||| || ||||| ||| |||  | ||| ||||| | |||||||||| ||| |||     
T  49618779 tggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttgta 49618878  T
Q  126 taatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcatagg 225  Q
    |||||||||||| |||||| ||  ||||   ||| |||||||||| |||| | ||||    |||||||| | || ||||||||| |||||||||||||      
T  49618879 taatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcataaa 49618977  T
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49618978 ctgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaatcag 49619077  T
Q  326 tttgttcagtcttgcaagtagtaca 350  Q
    |||||||  |||||||||| |||||    
T  49619078 tttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 340
Target Start/End: Original strand, 49617650 - 49617758
Alignment:
Q  226 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 325  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |   ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  49617650 ttgaaggctactctcaggcatgatttttgcactagt---tggca-acagctgcttctgttgctggaattttactacttattct--ctttacttcaatcag 49617743  T
Q  326 tttgttcagtcttgc 340  Q
    ||| ||| |||||||    
T  49617744 tttattctgtcttgc 49617758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University