View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21022_low_4 (Length: 456)

Name: NF21022_low_4
Description: NF21022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21022_low_4
NF21022_low_4
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (29-442)||(2974184-2974597)
chr6 (29-442)||(2927337-2927750)
chr6 (29-442)||(2937637-2938050)
chr6 (29-442)||(2934776-2935189)
chr6 (29-442)||(3003272-3003685)
chr6 (29-413)||(2964686-2965070)
chr6 (29-420)||(2658495-2658892)
chr6 (29-442)||(2952110-2952526)
chr6 (29-442)||(2996861-2997274)
chr6 (29-442)||(2929486-2929899)
chr6 (29-442)||(2983040-2983456)
chr6 (153-423)||(2979192-2979450)
chr6 (29-156)||(2978424-2978550)
chr6 (373-432)||(2954662-2954721)
chr6 (57-148)||(2954546-2954637)
chr6 (217-263)||(2985693-2985739)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-442)||(3339202-3339615)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (29-442)||(34730-35143)
scaffold0024 (57-328)||(44533-44804)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (29-426)||(49613613-49614010)
chr3 (29-442)||(49618601-49619001)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2974184 - 2974597
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  2974184 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaag 2974283  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2974284 atgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattattgattatcattttattttggattacct 2974383  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2974384 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtctt 2974483  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2974484 ggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctg 2974583  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    ||||||||||||||    
T  2974584 ctctaaggcgtgat 2974597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2927337 - 2927750
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  2927337 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcagg 2927436  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| || | ||||||| |||||    
T  2927437 attcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattactgattatcgttctgttttggattacct 2927536  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2927537 tataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattctgtggctaacttgtttaatggtctt 2927636  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
    || |||||| |||||  || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||     
T  2927637 ggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccacgacataagttgaaggcta 2927736  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  2927737 ctctcaggcgtgat 2927750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2937637 - 2938050
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937637 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 2937736  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  | || ||||||| |||||    
T  2937737 attcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattacct 2937836  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||  ||| ||||| || |||||||||| |||  || |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2937837 tataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctt 2937936  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | |||||| ||  | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  || || ||||||||||||||||||||||||     
T  2937937 tgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggcta 2938036  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  2938037 ctctgaggcgtgat 2938050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2934776 - 2935189
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2934776 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacg 2934875  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||  |  | |  |||| |||||    
T  2934876 ataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgttgctgtcatggattacct 2934975  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||   | |||||| | |||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2934976 tataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctt 2935075  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | |||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  2935076 tggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataagttgaaggcta 2935175  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  2935176 ctctcaggcgtgat 2935189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 3003685 - 3003272
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  3003685 gaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttgcgg 3003586  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||| || | ||||||| |||||    
T  3003585 attcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatcgttctgttttggattacct 3003486  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3003485 tataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctt 3003386  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
    || ||| |||||| |  || ||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  3003385 ggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggcta 3003286  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  3003285 ctctcaggcgtgat 3003272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 29 - 413
Target Start/End: Original strand, 2964686 - 2965070
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |    
T  2964686 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacg 2964785  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||  |  | ||||||| |||||    
T  2964786 atgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcatatattactgactatgttgctgttttggattacct 2964885  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2964886 tataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctt 2964985  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggc 413  Q
       ||| || ||| | ||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2964986 tccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttgtgggaatccttggc 2965070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 29 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2658892 - 2658495
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcg------ggaggagttcttgaaattcctcaattaacag 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2658892 gaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaaatcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacgg 2658793  T
Q  123 ttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttgga 222  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  | |||||||    
T  2658792 ttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgctgttttgga 2658693  T
Q  223 ctaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaat 322  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |  || |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  2658692 ttaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttact 2658593  T
Q  323 ggtcttggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagtt 420  Q
    |||||| | |||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||| || || | || ||||||||||||||||| ||||||    
T  2658592 ggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagacttaaaagatttttgtaggaatccttggcctaagtt 2658495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2952110 - 2952526
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  2952110 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcagg 2952209  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    |||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||  | || ||||||| ||| |    
T  2952210 attcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattacat 2952309  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaaga---tagtgattctgtggctatcttgtttaatggt 325  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||  ||||| |||   ||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  2952310 tataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggt 2952409  T
Q  326 cttggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaagg 425  Q
     || | |||||| ||  | ||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| | ||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  2952410 atttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaatgcattttgtagtaatccttggaataagttgaaag 2952509  T
Q  426 ctgctctaaggcgtgat 442  Q
    |  |||| |||||||||    
T  2952510 ccactctgaggcgtgat 2952526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 2997274 - 2996861
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   ||||  |||||||    
T  2997274 gaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattccttcgttaattgttgagg 2997175  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||| |||||||  || | ||||||| |||||    
T  2997174 atcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattacct 2997075  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2997074 tataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctt 2996975  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | | |||| ||  | ||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2996974 tgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggcta 2996875  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  2996874 ctctcaggcgtgat 2996861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2929486 - 2929899
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  2929486 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgcag 2929585  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| |||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |  |||| |||| |  ||    
T  2929586 atgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttactattatggattttct 2929685  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||| ||| ||| |  ||||||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||| ||| | | |||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  2929686 tataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtttt 2929785  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | ||| |||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||     
T  2929786 tgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttggcataggttgaaggcta 2929885  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  2929886 ctctcaggcgtgat 2929899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 2983040 - 2983456
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |    
T  2983040 gaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagttcatg 2983139  T
Q  129 att---cgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggacta 225  Q
    ||    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | || ||||||| ||    
T  2983140 atcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttcttgttttggatta 2983239  T
Q  226 ccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggt 325  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||| ||   | |||||  |||| | ||||| |||  || | ||| ||||||||||||||||||||    
T  2983240 ccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggctatcttgtttaatggt 2983339  T
Q  326 cttggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaagg 425  Q
    ||| | |||||| ||  ||| | |||  |||||| |||||||   | ||||| ||| |||||| |||||| |||||  |||||| || ||||||||||||    
T  2983340 ctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaataagttgaagg 2983439  T
Q  426 ctgctctaaggcgtgat 442  Q
    |  |||| |||||||||    
T  2983440 ccactctcaggcgtgat 2983456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 153 - 423
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979450
Alignment:
Q  153 atatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactaccttataaatactagtacggatgtgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    || | || || ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatg---ttgtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  253 tatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattacaaattgtaat 352  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||| ||||||  ||||  |||||||||| |||| |  ||||| |         ||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgt---------taat 2979379  T
Q  353 atcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || || ||| |||||||||||| |||||||    
T  2979380 atcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaa 2979450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 156
Target Start/End: Original strand, 2978424 - 2978550
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2978424 gaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaagagttgagg 2978522  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatat 156  Q
    ||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  2978523 atgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 373 - 432
Target Start/End: Original strand, 2954662 - 2954721
Alignment:
Q  373 tctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctct 432  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2954662 tctttgcaaagaattaaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactct 2954721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 57 - 148
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954637
Alignment:
Q  57 ctaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgttt 148  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||  ||| || |||||||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccgatattttgttt 2954637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 263
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985739
Alignment:
Q  217 tttggactaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttc 263  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttc 2985739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 3339202 - 3339615
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3339202 gaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgacg 3339301  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  | ||||||| | |||    
T  3339302 atgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgcttttttggatttcct 3339401  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||  | |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  3339402 tataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaattgtttaatggtctt 3339501  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | |||||| |||   ||| || | | |||||||||||| ||| |||| ||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||      
T  3339502 tgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcataggttgaaggcca 3339601  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  3339602 ctctcaggcgtgat 3339615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 35143 - 34730
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  35143 gaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgagg 35044  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | || ||||||| | |||    
T  35043 atgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgttgttttggatttcct 34944  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||   | |||||||  |||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  34943 tataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctt 34844  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | |||||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| | |||||| ||||||||| ||| ||||||||||     
T  34843 tgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggctt 34744  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  34743 ctctcaggcgtgat 34730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 57 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44533
Alignment:
Q  57 ctaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatat 156  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||| || ||| |||    |||||||||||||| | |||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatat 44705  T
Q  157 ggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactaccttataaatactagtacggatgtggatata 256  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||  |  ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||    
T  44704 ggttgctatggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatata 44605  T
Q  257 cttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    | ||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  44604 catgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatctt 44533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 29 - 426
Target Start/End: Original strand, 49613613 - 49614010
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  49613613 gaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattcctcaattgaaagttgagg 49613712  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||| || ||||  ||||||  |  | ||||||| | |||    
T  49613713 attggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacattacggattatgttgctgttttggatttcct 49613812  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    ||| |||||| | | |||||||||||||||||||| ||  || ||||||   ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  49613813 tattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggctaacttgtttaatagtctt 49613912  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggc 426  Q
     | |||||| ||||| |||   || |||||||||| | ||||||||| ||  |||| ||||||| || ||||    ||||||||||||  ||||||||    
T  49613913 tggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcatagattgaaggc 49614010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 49618601 - 49619001
Alignment:
Q  29 gaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgagg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   | ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49618601 gaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaattaagagttgagg 49618700  T
Q  129 attcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattattgattatcattttattttggactacct 228  Q
    |   ||| | || ||| ||| ||||||||||||||           |||||||||| |||| || ||||||  |||||||  || | ||||||| |||||    
T  49618701 accggaccgtaactttattt-ggaatatggttgct-----------tcattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgttttggattacct 49618788  T
Q  229 tataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgaaaaattggcttgaagatagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 328  Q
    ||||||||   ||| ||||| |||||||||||||| |||    |||| | | |||  ||||| ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  49618789 tataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttgtataatggtctt 49618888  T
Q  329 ggaaaaaatattacaaattgtaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctg 428  Q
     | |||||| || || ||   ||| ||||||||||||||| | |||||   ||||| ||| ||| || |||||  ||||||||||||||  ||||||||     
T  49618889 tggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttg-atggtttttgtaataatccttggcataaactgaaggcta 49618987  T
Q  429 ctctaaggcgtgat 442  Q
    |||| |||||||||    
T  49618988 ctctcaggcgtgat 49619001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University