View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21031_high_1_N (Length: 741)

Name: NF21031_high_1_N
Description: NF21031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21031_high_1_N
NF21031_high_1_N
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (29-714)||(45792352-45793040)
chr1 (237-459)||(50004784-50005004)
chr1 (363-521)||(26793702-26793860)
chr1 (364-525)||(19806769-19806932)
chr1 (319-497)||(4950160-4950337)
chr1 (363-521)||(9383239-9383397)
chr1 (363-521)||(4076358-4076516)
chr1 (363-468)||(6768260-6768365)
chr1 (363-521)||(49236112-49236270)
chr1 (472-521)||(30951329-30951378)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (29-458)||(7670385-7670814)
chr2 (309-518)||(16567668-16567877)
chr2 (186-461)||(18665165-18665440)
chr2 (405-524)||(24447922-24448041)
chr2 (315-399)||(38490263-38490345)
chr2 (364-501)||(40626434-40626571)
chr2 (361-521)||(6452409-6452568)
chr2 (364-464)||(5256379-5256479)
chr2 (363-442)||(1529690-1529769)
chr2 (363-460)||(40054475-40054572)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (364-530)||(22573071-22573237)
chr8 (121-528)||(40028760-40029168)
chr8 (309-522)||(7547801-7548013)
chr8 (317-443)||(11066506-11066632)
chr8 (363-466)||(9028646-9028749)
chr8 (361-476)||(32889941-32890056)
chr8 (368-525)||(31734257-31734414)
chr8 (325-482)||(38503816-38503972)
chr8 (29-110)||(40029157-40029239)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (309-522)||(10026381-10026594)
chr7 (309-461)||(39644909-39645061)
chr7 (237-399)||(45980343-45980504)
chr7 (363-508)||(23318950-23319095)
chr7 (363-529)||(41482432-41482598)
chr7 (237-387)||(47038573-47038731)
chr7 (363-466)||(39594635-39594738)
chr7 (363-523)||(2333998-2334161)
chr7 (363-477)||(24429679-24429793)
chr7 (408-466)||(44107776-44107834)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (313-526)||(13039655-13039868)
chr5 (315-526)||(13109649-13109860)
chr5 (405-523)||(13417058-13417175)
chr5 (363-520)||(34731215-34731372)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (405-528)||(22202864-22202987)
chr4 (363-477)||(26635273-26635387)
chr4 (405-515)||(26183605-26183715)
chr4 (363-523)||(19181425-19181585)
chr4 (363-462)||(33235806-33235905)
chr4 (363-482)||(45413782-45413901)
chr4 (403-502)||(55945704-55945803)
chr4 (316-524)||(24155110-24155319)
chr4 (363-461)||(36625548-36625646)
chr4 (363-461)||(2183300-2183398)
chr4 (408-508)||(35320583-35320683)
chr4 (364-462)||(33451327-33451425)
chr4 (363-457)||(44126013-44126107)
chr4 (315-364)||(29539274-29539323)
chr4 (365-521)||(42964462-42964616)
chr4 (349-397)||(29539212-29539260)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (189-387)||(44763904-44764106)
chr3 (374-510)||(48936324-48936458)
chr3 (363-482)||(40416932-40417051)
chr3 (363-523)||(32490846-32491006)
chr3 (363-466)||(7038604-7038707)
chr3 (363-421)||(38457782-38457840)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (363-458)||(8573800-8573895)
chr6 (363-468)||(8547447-8547552)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 714
Target Start/End: Original strand, 45792352 - 45793040
Alignment:
Q  29 agagagaacatgataatagagatggtcatggaggaaaagatgacgtagatgatatgattatttatttatctctaccatgttacggatctctttctaccgt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45792352 agagagaacatgataatagagatggtcatggaggaaaagatgacgtagatgatatgattatttatttatctctaccatgttacggatctctttctaccgt 45792451  T
Q  129 attacagatctggtaatttgttatcaattcacaacgaacaaacaattatgcaggtgcaggaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatctgtaa 228  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45792452 attacagatctaataatttgttatcaattcacaacgaacaaacaattatgcaggtgcaggaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatctgtaa 45792551  T
Q  229 tagatcatagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatg------aatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  45792552 tagatcatagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgtggatgaatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagag--g 45792649  T
Q  323 gcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaac 422  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45792650 gcaaaataagaattataatgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaac 45792749  T
Q  423 atgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacg 522  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45792750 atgttaaacttatcattttctgttggtgcaccaaa-aacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcatgtctccttatcctgcacaccaaacg 45792848  T
Q  523 ggctcttacagtttaacttcattgtttctccaatgtctttttagttaaagtgaaataatttgattgaaaattctttcattttaattnnnnnnnnttaaga 622  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  45792849 ggctcttaccgtttaacttcattgtttctccaatgtctttttagttaaagtgaaataatttgattgaaaattctttcattttaattaaaaaaaattaaga 45792948  T
Q  623 aaataagtgtaaaaatgtcaacacaaataaacccttttcttgtgtttttcaactcctttgttttattcatcttcttgtaattagcttgatga 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  45792949 aaataagtgtaaaaatgtcaacacaaataaacccttttcttgtgtttttcaactcctttgtttttttcatcttcttataattagcttgatga 45793040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 459
Target Start/End: Original strand, 50004784 - 50005004
Alignment:
Q  237 agatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaataaggatt 336  Q
    ||||||||||||| |||||||| | || |||| || || |||| |||| ||| ||| |||   ||||| || ||||||| |||  || ||||||||||||    
T  50004784 agatggcgttgaaaagttatgggggaagaggtagaggtcgatggatggagagaagagagaatgtgaacgatgaattgagtgag--ggtaaaataaggatt 50004881  T
Q  337 atagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatc 436  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || |||||    
T  50004882 ctagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaagggtgattaggataggattagaaataggtttaaattatc 50004981  T
Q  437 atttcctgttggtgcaccaaaca 459  Q
     |||  | |||||||||||||||    
T  50004982 cttttttattggtgcaccaaaca 50005004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 363 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 26793860 - 26793702
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  26793860 ctaacccaccaaaaactaagaataaaaataacaaaggttgattaggataggattagaaataagtttaagttatccttttctattggtgcaccaaacaacg 26793761  T
Q  463 gattgagtcaggataggata-ttctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    |||||| |||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||    
T  26793760 gattgaatcaggatatgatagttct-atcatatcatgtcttcttatcatgtgcaccaaac 26793702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 364 - 525
Target Start/End: Original strand, 19806769 - 19806932
Alignment:
Q  364 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgc--accaaacaac 461  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||  | ||||||||||||||||||| | ||| || ||||| |||||| ||| |||  |||||||| |    
T  19806769 taacccaccaaaaactaaggattagaaaaacaaagagtgaataggataggattagaaataggtttaatttatcctttcctattgatgcaaaccaaacacc 19806868  T
Q  462 ggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgggc 525  Q
     |||||| | ||||||||||| | | |||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||||    
T  19806869 agattgaataaggataggatagtgttatcatatcctatctccttatcatgtgcaccaaacgggc 19806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 319 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 4950337 - 4950160
Alignment:
Q  319 gagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattag 418  Q
    ||||| |||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | ||||||||| ||||      
T  4950337 gagggtaaaataaggattctggtgttaatcatggtatgataattctaacccaccaaaaact-aggataaaaataacaaagggtaaataggatatgattga 4950239  T
Q  419 aaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatctt 497  Q
    |||   ||| || ||||||||| || ||| ||||||||||| |  |||||  || ||||||||||  | ||||||||||    
T  4950238 aaatgagtttaaattatcattttctattgatgcaccaaacatcaaattgaaacaagataggatatgtttatcatatctt 4950160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 363 - 521
Target Start/End: Original strand, 9383239 - 9383397
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||||| | | ||||||| |||||||||   ||| || |||||  ||||| |||||||||||||||| |    
T  9383239 ctaacccatcaaaaattaaggatgaaaataacaaagggtgagtaggataagattagaaattggtttaatttatccgttcctattggtgcaccaaacaatg 9383338  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    |||| | |||||||  |||| | | |||||||||| ||||| ||||||  |||||||||    
T  9383339 gatttaatcaggatgtgatagttttatcatatcttttctccctatcctatacaccaaac 9383397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 521
Target Start/End: Original strand, 4076358 - 4076516
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||  | |||||||||||||||| || | ||| || ||||| |||||| ||| ||||||||||| |     
T  4076358 ctaatccaccaaaaactaaggattagaaaaacaaagagtgaataggataggattagtaataggtttaatttatcctttcctattgatgcaccaaacacca 4076457  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    |||| | | ||| || |||| | | |||||||| | |||||||||| ||  ||||||||    
T  4076458 gattaaataagggtatgatagtgttatcatatcctatctccttatcatgtgcaccaaac 4076516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 6768365 - 6768260
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |  |||| |||||||  |||| | ||| || ||||||||| || ||||| |||||||||||     
T  6768365 ctaacccaccaaaaattaaggataaaaataacaaaggttggatagaataggataggaaataagtttaatttatcattttctattggtacaccaaacaaca 6768266  T
Q  463 gattga 468  Q
    ||||||    
T  6768265 gattga 6768260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 49236270 - 49236112
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| |   ||||||||||   |||| ||||| || ||||| ||| || ||||||||||||||||      
T  49236270 ctaacccaccaaaaaccaaggatatgaataagaaaggttgggtaggataggaaatgaaatatgtttaatttatccttttctattggtgcaccaaacaata 49236171  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    ||||   |||||||| |||| |   |||||||| |||||  ||||||||| ||||||||    
T  49236170 gatttcatcaggatatgataattgtatcatatcctgtctagttatcctgcgcaccaaac 49236112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 30951378 - 30951329
Alignment:
Q  472 aggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  30951378 aggataggatatgctaatcatatcttgtctctctatcctgcgcaccaaac 30951329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 7670814 - 7670385
Alignment:
Q  29 agagagaacatgataatagagatggtcatggaggaaaagatgacgtagatgatatgattatttatttatctctaccatgttacggatctctttctaccgt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7670814 agagagaacatgataatagagatggttatggaggaaaagatgacgtagatgatatgattatttatttatctctaccattttacggatctctttctaccgt 7670715  T
Q  129 attacagatctggtaatttgttatcaattcacaacgaacaaacaattatgcaggtgcaggaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatctgtaa 228  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7670714 attacagatatgataatttgttaccaattcacaataaacaaacaattatgcatgtgcatgaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatccgtaa 7670615  T
Q  229 tagatcatagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaa 328  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7670614 catatcatagatggcgttaaagagttatggagcaagaggtggatgtggatgaatggggaggagacaaaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaa 7670515  T
Q  329 taaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgtta 428  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7670514 taaggattataatgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaattaaggataagaattacaaaagctcaataggataggattagaaacaggtta 7670415  T
Q  429 aacttatcatttcctgttggtgcaccaaac 458  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  7670414 aacttatcattttctattggtgcaccaaac 7670385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 309 - 518
Target Start/End: Original strand, 16567668 - 16567877
Alignment:
Q  309 aattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaatagg 408  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||   | |  |    
T  16567668 aattgagagaaagggtaaaataagaattctattgctaatcataataggataattccaacccaccaaaaactatggataagaataacaaaggaggagtgag 16567767  T
Q  409 ataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatc 508  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  16567768 ataggattagaaataggttaaacttatccttttctgttggtgcaccaaacaacggattaagacatgatatgataatcaaatcatatcatgtctccttatc 16567867  T
Q  509 ctgcacacca 518  Q
    |||| |||||    
T  16567868 ctgcgcacca 16567877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 186 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 18665440 - 18665165
Alignment:
Q  186 aggaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatctgt----aatagatcatagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaa 281  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| |    ||||||  | |||||| ||||||||||||||||| || |||| |  ||  ||  |    
T  18665440 aggaaaaagtgattgtagggtagaattggggttagatctctgacaaataga--agagatggggttgaagagttatggagaaagaggtagtggtcaattga 18665343  T
Q  282 tggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaa 381  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18665342 tggagagaagaaagaacatgaacgatgaattgagagag--ggcaaaataaggattttagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaattaa 18665245  T
Q  382 ggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaac 461  Q
    |||||| | | ||||||| | | || ||||  |||||||| | ||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  18665244 ggataaaattaacaaagggtgagtaagatattattagaaataggtttaagttatcctttccttttggtgcacgaaacaac 18665165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 405 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 24448041 - 24447922
Alignment:
Q  405 taggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctcct 504  Q
    ||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||| ||||||||    
T  24448041 taggacaggattacaaatagattaaacttatcatttcctatgggcacaccaaacaacggattgagacaggataaaatattttaatcatatcatgtctcct 24447942  T
Q  505 tatcctgcacaccaaacggg 524  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  24447941 tatcctgcgcaccaaacggg 24447922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 315 - 399
Target Start/End: Original strand, 38490263 - 38490345
Alignment:
Q  315 gagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaagg 399  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  38490263 gagagagggcaaaata-ggattttagtgttaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaa-gataaaaataacaaagg 38490345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 364 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 40626571 - 40626434
Alignment:
Q  364 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacgg 463  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||| | ||||| | | ||||||||||||||||| || || || ||||| |||||| ||||||||||||||| | |    
T  40626571 taacccaccaaaatttaaggataaaaataataaagggtgagtaggataggattagaaatatatttaaattatcctttcctattggtgcaccaaacagcag 40626472  T
Q  464 attgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtct 501  Q
    ||||| ||| |||| |||| | | |||||||| |||||    
T  40626471 attgaatcaagatatgatagttttatcatatcctgtct 40626434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 361 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 6452568 - 6452409
Alignment:
Q  361 ttctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaa 460  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||| |||||| || | ||| || ||||||| || | |||||||| ||||| |    
T  6452568 ttctaacccaacaaaaactaaggattagaattacaaagcgtgaataggataagattagtaataggtttaatttatcatatcttattggtgcatcaaacca 6452469  T
Q  461 cggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
     ||||| |    |||||||||| | | |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||    
T  6452468 tggatttaaattggataggataattttatcatatcctgtctcc-tatcatgcgcaccaaac 6452409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 364 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 5256479 - 5256379
Alignment:
Q  364 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacgg 463  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||||||||||||| |||    
T  5256479 taacccagctaaaacaaaggataaaaataacaaagagccaataggataggattaacaacaagtttaatttatcatttcctaccggtgcaccaaacagcgg 5256380  T
Q  464 a 464  Q
    |    
T  5256379 a 5256379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 442
Target Start/End: Original strand, 1529690 - 1529769
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcc 442  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||  |||||||   | ||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  1529690 ctaacccaccaaaaatcaaggataagaacaacaaaggaggagtaggatatgattaaaaataagttaaacttatcatttcc 1529769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 460
Target Start/End: Original strand, 40054475 - 40054572
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaa 460  Q
    |||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||| |  ||||||||||||||  || | ||| |  ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  40054475 ctaacccagctaaaactaaggattaaaataacaaaggattgataggataggattaacaataggtttagtttatcattttctattggtgcaccaaacaa 40054572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 147; Significance: 4e-77; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 364 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 22573237 - 22573071
Alignment:
Q  364 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacgg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22573237 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggttcaataggataggattagaaacaggttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacgg 22573138  T
Q  464 attgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgggctctta 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22573137 attgagtcaggataggatattctaatcatatcatgtctccttatcatgcgcaccaaacgggctctta 22573071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 121 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 40029168 - 40028760
Alignment:
Q  121 tctaccgtattacagatctggtaatttgttatcaattcacaacgaacaaacaattatgcaggtgcaggaaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaa 220  Q
    |||||| | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||     
T  40029168 tctaccatgttatagatctaataaattgttaccaattcacaacaaacaaacaattaagtatgtgtaggaaaaagtgattgtaggatggaattgggatcag 40029069  T
Q  221 atctgtaatagatcatagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatg--aatgg--ggaggagacagaccatgaacaattaattgaga 316  Q
    ||| |||| | ||||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||| |||||  |||  |||||  ||||  || | |  ||||||||| |||||| |    
T  40029068 atc-gtaacaaatcatggatggtattgaagagttacggagcaagaggtagatgtcaatgtcaatggatggagaggagatagtatgaacaatgaattgaaa 40028970  T
Q  317 gagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggatt 416  Q
    |||  ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||| |||||||   | ||||||  ||||    
T  40028969 gag--ggcaaaataagaattctagcgctaatcatgataggataattctaacccacaaaatcctaaggataaaaataacaaaggaggagtaggatgagatt 40028872  T
Q  417 agaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacac 516  Q
    ||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  40028871 agaaaaaggttaaagttatcatttcctgttggcgcaccaaacaacagattgaggcaggatatgatattttaatcatatcctgtctccttatcctgcgcac 40028772  T
Q  517 caaacgggctct 528  Q
    ||||||||||||    
T  40028771 caaacgggctct 40028760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 309 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 7548013 - 7547801
Alignment:
Q  309 aattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaatagg 408  Q
    |||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||   | | ||    
T  7548013 aattgagagaaagggcaaaatc-gaattctagtgctaatcataataggataattctaacccaccaaaaactaaggataataatatcaaaggagaagtggg 7547915  T
Q  409 ataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatc 508  Q
    ||||||| | ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||| |||| | ||||||||||||||||||||||     
T  7547914 ataggataaaaaataggttaaacttatcatttcttgttggtgcaccaaacaacggattaagacaagatatgataatgtaatcatatcttgtctccttatt 7547815  T
Q  509 ctgcacaccaaacg 522  Q
    || | |||||||||    
T  7547814 cttcgcaccaaacg 7547801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 317 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 11066632 - 11066506
Alignment:
Q  317 gagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggatt 416  Q
    |||| ||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  11066632 gagatggcaaaataagaattttaatgttaatcatgataggataattctaacctaccaaaaattaaggataaaaataacaaaggctgagtaggataggatt 11066533  T
Q  417 agaaacatgttaaacttatcatttcct 443  Q
    ||||| | ||| || ||||| ||||||    
T  11066532 agaaataggtttaagttatcctttcct 11066506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 363 - 466
Target Start/End: Original strand, 9028646 - 9028749
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| || ||||| |||  |||||||||||||||||||     
T  9028646 ctaacccatcaaaaaccaaggataagaattacaaaggttcaataggataggattaaaaataggtttaaattatccttttatgttggtgcaccaaacaacc 9028745  T
Q  463 gatt 466  Q
    ||||    
T  9028746 gatt 9028749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 361 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 32890056 - 32889941
Alignment:
Q  361 ttctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaa 460  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||   | | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||    
T  32890056 ttctaacccaccaaaatctaaggataaaaacaacaaaggagaagtgggataggattagaaataggttaaacttatcatttcatattggggcatcaaacaa 32889957  T
Q  461 cggattgagtcaggat 476  Q
    |||||||| |||||||    
T  32889956 cggattgactcaggat 32889941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 368 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 31734414 - 31734257
Alignment:
Q  368 ccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattg 467  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  || ||||| |||| |||| | ||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||     
T  31734414 ccaccaaaaactaaggataaaaataacaaagggtggatgggataagattggaaataggtttaatttatcatttcttattggtgcaccaaacaacggatta 31734315  T
Q  468 agtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgggc 525  Q
    |  |||||||||| | ||  |||||||| ||||||  |||| ||  ||||||||||||    
T  31734314 aagcaggataggaaagtcctatcatatcatgtctctctatcatgtgcaccaaacgggc 31734257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 325 - 482
Target Start/End: Original strand, 38503816 - 38503972
Alignment:
Q  325 aaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacat 424  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||| | | ||||||||| ||||||        
T  38503816 aaaataaggattttagtgctaattatgatgaaataattctaacccaccaaaaactaaaaataaaaataacaaagggtgagtaggatagggttagaagtga 38503915  T
Q  425 gttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggata 482  Q
    ||| || ||||  |||||| |||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||    
T  38503916 gtttaagttattctttcct-ttggtgcaccaaacaacaaattgaaacaggatatgata 38503972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 40029239 - 40029157
Alignment:
Q  29 agagagaacatgataatagagatggtcatggaggaaaa-gatgacgtagatgatatgattatttatttatctctaccatgtta 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||| |||| ||  |||| ||||||||||||||    
T  40029239 agagagaacatgataatagagatagttatggaggaaaatgttgaggtagaggatctgatgatcgatttctctctaccatgtta 40029157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 309 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10026594 - 10026381
Alignment:
Q  309 aattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaatagg 408  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||   | | ||    
T  10026594 aattgagagaaagggcaaaataagaattctagtgctaatcataataggataattctaatccaccaaaaactaaggataagaataacaaaggaggagtggg 10026495  T
Q  409 ataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatc 508  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10026494 atatgattagaaataggttaaacttatcatttcatgttggtgcaccaaacaagggattaagacaagatatgataatctaatcatatcctgtctccttatc 10026395  T
Q  509 ctgcacaccaaacg 522  Q
    |||| |||||||||    
T  10026394 ctgcgcaccaaacg 10026381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 309 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 39645061 - 39644909
Alignment:
Q  309 aattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaatagg 408  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | | ||||    
T  39645061 aattgaaagagagggcaaaataagaatttaagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaaggatgagtagg 39644962  T
Q  409 ataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaac 461  Q
    ||||||||| |||   ||| || ||||| ||| || |||| ||||||||||||    
T  39644961 ataggattataaatgggtttaagttatccttttctattggcgcaccaaacaac 39644909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 237 - 399
Target Start/End: Original strand, 45980343 - 45980504
Alignment:
Q  237 agatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaataaggatt 336  Q
    ||||||||||||| ||||||| || || |||| || || |||| |||| ||| ||| ||| ||||| | || |||||| |||||||||||| |||| |||    
T  45980343 agatggcgttgaatagttatgaaggaagaggtagaggtcgatggatggagagcagagagaacatgagcgatgaattgaaagagagggcaaattaagaatt 45980442  T
Q  337 atagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaagg 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  45980443 ttagtgctaatcatgataggataattct-acccaccaaaaagtaaggataaaaataacaaagg 45980504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 363 - 508
Target Start/End: Original strand, 23318950 - 23319095
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || ||||| |||| |||||||| ||||||||||     
T  23318950 ctaacccatcaaaaaccaaggataaaaattacaaaggctcaataggataggattaaaaataggtttaaattatcctttcatgttggtggaccaaacaaca 23319049  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatc 508  Q
    |||| | |||||||| |||| | | |||||||| ||||| ||||||    
T  23319050 gatttaatcaggatatgatagtgttatcatatcctgtcttcttatc 23319095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 363 - 529
Target Start/End: Original strand, 41482432 - 41482598
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | | ||||||| ||||| ||| | ||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  41482432 ctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaagggtgagtaggatatgattaaaaataggtttaagttatcctttcctgttggtgcaccaaacagcg 41482531  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgggctctt 529  Q
     ||| | |||||| | |||| | | ||| |||| ||||| | |||| ||  ||||||||||||||||    
T  41482532 cattaaatcaggagatgatagttttatcctatcatgtcttcctatcatgtgcaccaaacgggctctt 41482598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 47038731 - 47038573
Alignment:
Q  237 agatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaatggggaggagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaataaggatt 336  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||| || || |||| |||| ||  ||| | | ||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  47038731 agatggtgttgaagagttatggaggaagaggttgaggtcgatggatggagatcagagaaaacatgaacgatgaattgagagaaagggtaaaataaggatt 47038632  T
Q  337 atag--------tgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataa 387  Q
     ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47038631 ttaaatttttaatgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaagataa 47038573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 39594738 - 39594635
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||| |||||| || | ||| || ||| ||| || | ||||||||||||||||||    
T  39594738 ctaacccatcaaaaactaaggataaaaattacaaaggatgaatatgataagattagtaataggtttaatttagcatatcttattggtgcaccaaacaacg 39594639  T
Q  463 gatt 466  Q
    ||||    
T  39594638 gatt 39594635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 523
Target Start/End: Original strand, 2333998 - 2334161
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||| ||||||||| |  ||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||| ||| | ||| || |||||   |||| ||||||||||||||| ||    
T  2333998 ctaaccaaccaaaaaccagagataaaaataacaaaaggtgaataggataggattaaaaataggtttaagttatccaatcctattggtgcaccaaacaccg 2334097  T
Q  463 gattg---agtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgg 523  Q
    |||||   | |||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||| ||| || |||||||    
T  2334098 gattgaatattcaggatatgatagtgttatcatatcatgtctccttatcatgcgcatcaaacgg 2334161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 24429793 - 24429679
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | | || |||||||||| ||| |  || || ||||||||| || |||||||| ||| || |     
T  24429793 ctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaagggtgagtaagataggattataaatagttttaaattatcattttctattggtgcatcaagcagca 24429694  T
Q  463 gattgagtcaggata 477  Q
    || ||| ||||||||    
T  24429693 gaatgaatcaggata 24429679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 408 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 44107834 - 44107776
Alignment:
Q  408 gataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggatt 466  Q
    ||||||||||| || | ||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  44107834 gataggattaggaaaaggtttaatttatcatttcctattggtgcaccaaacaaaggatt 44107776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 8e-60; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 313 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 13039868 - 13039655
Alignment:
Q  313 gagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggatag 412  Q
    |||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |  ||||||||     
T  13039868 gagagaaagggtaaaataaggattttaatgctaatcatgataggaaaattctaacccaccaaaaactaaggataaaaataataaaggatggataggatat 13039769  T
Q  413 gattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgc 512  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  13039768 aattagaaatatgttaaacttatcatttcctatgggcgcaccaaacaatggattaagacaggataggatatactaatcatattttgtctctttatcctgc 13039669  T
Q  513 acaccaaacgggct 526  Q
     |||||||||||||    
T  13039668 gcaccaaacgggct 13039655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 315 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 13109860 - 13109649
Alignment:
Q  315 gagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggatagga 414  Q
    |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||| ||    
T  13109860 gagaaagggtaaaataaggattttaatgctaatcatgatatgaaaattctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaagggtggataggatatga 13109761  T
Q  415 ttagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcac 514  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  13109760 ttagaaatatgttaaacttatcattttctatgggcgcaccaaacaatggattaagacaggataggatatactaatcatattttgtctctttatcctgcgc 13109661  T
Q  515 accaaacgggct 526  Q
    ||||||||||||    
T  13109660 accaaacgggct 13109649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 405 - 523
Target Start/End: Original strand, 13417058 - 13417175
Alignment:
Q  405 taggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctcct 504  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||| | |||||||||| ||| ||||    
T  13417058 taggttaggattagaaataggttaaacttatctttttctgttggtgcaccaaac-gcggattgagtcaggatataataatttaatcatatcatgtatcct 13417156  T
Q  505 tatcctgcacaccaaacgg 523  Q
    |||| ||| ||||||||||    
T  13417157 tatcatgcgcaccaaacgg 13417175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 34731372 - 34731215
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||| |  ||||||||||||||  || | ||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  34731372 ctaacccagctaaaactaaggattaaaataacaaaggattgataggataggattaacaataggtttagtttatcctttcctattggtgcaccaaacaagg 34731273  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaa 520  Q
    |||| |   |||||| |||| | | |||||||| | |||| ||||| ||| |||||||    
T  34731272 gatttaaataggatatgatagtgttatcatatcctatctctttatcatgcgcaccaaa 34731215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 405 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 22202987 - 22202864
Alignment:
Q  405 taggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctcct 504  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| | | |  ||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22202987 taggataggattaaaaataggttaaacttatcatttcatatggtcgcaacaaacaacggattgggacacgataggatattctgatcatatcctgtctcct 22202888  T
Q  505 tatcctgcacaccaaacgggctct 528  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  22202887 tatcctgcgcaccaaacgggctct 22202864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 363 - 477
Target Start/End: Original strand, 26635273 - 26635387
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||   | |||||||| ||| |||| | |||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  26635273 ctaacccaccaaaaactaaggataagaataataaaggaggagtaggatagaattggaaataggttaaatttatcatatcatgttggtgcaccaaaaaacg 26635372  T
Q  463 gattgagtcaggata 477  Q
    |||||||||||||||    
T  26635373 gattgagtcaggata 26635387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 405 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 26183715 - 26183605
Alignment:
Q  405 taggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctcct 504  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    ||| | |||| ||||| ||| |||||||||    
T  26183715 taggataggattagaaatatgttaaacttatcatttcctgttggtgcatcaaacaaggaattgagtttaaatatgttattttaatcgtatgttgtctcct 26183616  T
Q  505 tatcctgcaca 515  Q
    |||| ||||||    
T  26183615 tatcatgcaca 26183605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 363 - 523
Target Start/End: Original strand, 19181425 - 19181585
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||| | ||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || ||||||| || ||||||||||||||||||      
T  19181425 ctaatccaccaaaaactaaggacaaaaataataaaggatgagtaggataggattagaaataggtttaatttatcatatcatgttggtgcaccaaacaata 19181524  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgg 523  Q
    |||||  ||||||||||||| | | |||||||| ||||||  |||| ||  ||||||||||    
T  19181525 gattggatcaggataggataattttatcatatcatgtctctctatcatgtgcaccaaacgg 19181585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 363 - 462
Target Start/End: Original strand, 33235806 - 33235905
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||    
T  33235806 ctaactcatcaaaaattaaggataataattacaaaggttcaataggataggattaagaacaggttaaacttattattttctattggtgcaccaagcaacg 33235905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 363 - 482
Target Start/End: Original strand, 45413782 - 45413901
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||  |||| | ||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  45413782 ctaacccaccaaaaactaaggataaaaataacaaaggttagataggataggataggaaataggtttaatttatcctttcctattggtgcaccaaacaacc 45413881  T
Q  463 gattgagtcaggataggata 482  Q
    |||||| ||| |||| ||||    
T  45413882 gattgaatcaagatatgata 45413901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 403 - 502
Target Start/End: Original strand, 55945704 - 55945803
Alignment:
Q  403 aataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctc 502  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||  | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  55945704 aataggataggattagaaatagattggatttatcctttcctattggtgcaccaaacaacggattgaggaagggtaggatattttaatcatatcatgtctc 55945803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 316 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 24155319 - 24155110
Alignment:
Q  316 agagagggcaaaataaggattat-agtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggatagga 414  Q
    ||||||| ||||||||| ||| | | || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||| | ||||||||||    
T  24155319 agagaggacaaaataagaatttttaatgttaatcatgataggataactctgacccaccaaaaactaaggatgaaaatatcaaatgctgagtaggatagga 24155220  T
Q  415 ttagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcac 514  Q
    ||||||| |  || || |||||||||||| |||    | |||||||  ||||||  ||||| | |||| | | |||||||  ||||| |||||||||  |    
T  24155219 ttagaaatagctttaagttatcatttcctattgacatatcaaacaaaagattgaaacaggacatgatagtattatcatattctgtcttcttatcctgtgc 24155120  T
Q  515 accaaacggg 524  Q
    ||||||||||    
T  24155119 accaaacggg 24155110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 363 - 461
Target Start/End: Original strand, 36625548 - 36625646
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaac 461  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| | || | ||| || ||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  36625548 ctaacccaacaaaaagtaaggattagaattacaaagggtgaataggataggattcgtaataggtttaatttatcatatcctattagtgcaccaaacaac 36625646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 2183398 - 2183300
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaac 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||   ||| || ||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  2183398 ctaacccaccaaaaattaaggataaaaataacaaaggttggataggataggattggaaatgagtttaatttatccttttctattggtgcaccaaacaac 2183300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 35320683 - 35320583
Alignment:
Q  408 gataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttat 507  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||  ||| || || |||  |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  35320683 gataggattaaaaataggttaaacttatcctttcatgttgctgcagcaaacaacttattaagccatgatgagatattttaatcatatattgtctccttat 35320584  T
Q  508 c 508  Q
    |    
T  35320583 c 35320583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 33451425 - 33451327
Alignment:
Q  364 taacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||| | ||| || | ||| |  ||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  33451425 taacccatcaaaaactaaggattataattacaaaggatgaataggatagaagtagtaataggtttattttatcatatcatattggtgcaccaaacaacg 33451327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 44126107 - 44126013
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaa 457  Q
    |||||||| ||||||| ||| || ||||  ||||| | | ||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||| ||| |||||||||    
T  44126107 ctaacccatcaaaaacaaagaattagaaaaacaaaaggtgaataggataggattagaaataagtttaatttatcatttcctattgctgcaccaaa 44126013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 29539323 - 29539274
Alignment:
Q  315 gagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattct 364  Q
    ||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  29539323 gagagagggcaaaatgagaattttaatgctaatcatgataggataattct 29539274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 521
Target Start/End: Original strand, 42964462 - 42964616
Alignment:
Q  365 aacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacgga 464  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |  |||||||||||| || ||   ||| || ||||| |||||| |||||||| |||| | ||||    
T  42964462 aacccaccaaaaactaaggattaaaataacagag--tagataggataggataagtaatgggtttaaattatcctttcctattggtgcaacaaataccgga 42964559  T
Q  465 ttgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaac 521  Q
    ||    |||||||||||| | | |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  42964560 tttcagcaggataggatagttttatcatatcctgtctgcttatcctgcgcaccaaac 42964616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 29539260 - 29539212
Alignment:
Q  349 atgataggataattctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaa 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||    
T  29539260 atgataggataattctaacccaccaaaaattagggataaaaataacaaa 29539212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 189 - 387
Target Start/End: Original strand, 44763904 - 44764106
Alignment:
Q  189 aaaaagtgattgtatggtggaattggggtcaaatctgtaatagatc--atagatggcgttgaagagttatggagcaaaaggtggatgtggatgaatgggg 286  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| ||| ||   | |||||| ||||||||||||||||| || |||| || || |||| |||| |    
T  44763904 aaaaagtgattgtagggtggaattggggttagatttgtgataaatagaagagatggtgttgaagagttatggaggaagaggtagaggtcgatgcatggag 44764003  T
Q  287 ag--gagacagaccatgaacaattaattgagagagagggcaaaataaggattatagtgctaatcatgataggataattctaacccaccaaaaactaagga 384  Q
    |   |||| ||| ||||||| || ||| |||||| |||| |||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  44764004 atcagagagagaacatgaacgatgaatggagagaaagggtaaaataagaattttaatactaatcatgataggataattctaatccgccaaaaactaagga 44764103  T
Q  385 taa 387  Q
    |||    
T  44764104 taa 44764106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 374 - 510
Target Start/End: Original strand, 48936324 - 48936458
Alignment:
Q  374 aaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacggattgagtcag 473  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||   | ||||||||||||| ||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  48936324 aaaactaaggataaaaataacaaaggagaagtaggataggattaaaaacaggtttaaattatc--ttcctgttggtgcaccaaacaacggattgaaacag 48936421  T
Q  474 gataggatattctaatcatatcttgtctccttatcct 510  Q
    |||| |||| ||| |||||||| ||||| | ||||||    
T  48936422 gatatgatagtcttatcatatcctgtcttcctatcct 48936458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 40417051 - 40416932
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||| | ||||| |   ||||||||||||| ||| || || || ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  40417051 ctaaccaaacaaaaaccaaggataagaataataaagggttggtaggataggattaaaaatatatttaatttatcattttctgttgatgcaccaaacaacg 40416952  T
Q  463 gattgagtcaggataggata 482  Q
    ||||||  ||||||| ||||    
T  40416951 gattgaagcaggatatgata 40416932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 32491006 - 32490846
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||| |  ||||||||| ||||| || | |||    ||||| |||| | |||||||||||||||| |    
T  32491006 ctaacccagctaaaactaaggattaaaataacaaaggattgataggatagaattagcaataggtttcgattatcctttcatattggtgcaccaaacaaag 32490907  T
Q  463 gattgagtcaggataggatattctaatcatatcttgtctccttatcctgcacaccaaacgg 523  Q
    |||| |   || ||| |||| | | |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  32490906 gatttaaatagaatatgatagtgttatcatatcctgtctctttatcctgcgcaccaaacgg 32490846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 7038707 - 7038604
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| | | |||| ||||||||||| || | ||| || ||||||| |||| || ||| |||||| || |    
T  7038707 ctaacccaacaaaaagtaaggattagaattacaaaagatgaatacgataggattagtaataggtttaatttatcatatcctattagtgtaccaaataatg 7038608  T
Q  463 gatt 466  Q
    ||||    
T  7038607 gatt 7038604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 363 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 38457840 - 38457782
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaa 421  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | | ||||| | | |||||||||||||||||||    
T  38457840 ctaacccaccaaatactaaggataaaagtaacaaaaggtgaataggataggattagaaa 38457782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 458
Target Start/End: Original strand, 8573800 - 8573895
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaac 458  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| | ||| || |||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  8573800 ctaacccaccaaaaactaagtataaaaataacaaagggtgaatatgataagattagaaataggtttaagttatcatttcctattgatgctccaaac 8573895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 468
Target Start/End: Original strand, 8547447 - 8547552
Alignment:
Q  363 ctaacccaccaaaaactaaggataagaattacaaaggctcaataggataggattagaaacatgttaaacttatcatttcctgttggtgcaccaaacaacg 462  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||| |||| ||||||||| | ||| || ||||| |||||| ||| ||| ||||||  ||    
T  8547447 ctaacccaccaaaaactaagtataaaaataacaaagggtgaatatgataagattagaaataggtttaagttatcctttcctattgatgctccaaacggcg 8547546  T
Q  463 gattga 468  Q
    ||||||    
T  8547547 gattga 8547552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University