View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21033_low_5 (Length: 339)

Name: NF21033_low_5
Description: NF21033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21033_low_5
NF21033_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-338)||(18925637-18925975)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-338)||(4711970-4712308)
chr7 (1-338)||(4845910-4846248)
chr7 (1-333)||(4666797-4667133)
chr7 (1-338)||(4630789-4631127)
chr7 (5-337)||(4653386-4653719)
chr7 (54-337)||(4636772-4637056)
chr7 (3-337)||(4783731-4784066)
chr7 (3-337)||(4816160-4816495)
chr7 (40-338)||(4662892-4663191)
chr7 (3-337)||(4863786-4864121)
chr7 (1-337)||(4697086-4697423)
chr7 (3-255)||(4672540-4672793)
chr7 (1-252)||(4643533-4643785)
chr7 (101-240)||(4647488-4647625)
chr7 (272-338)||(4672837-4672903)
chr7 (279-338)||(4643848-4643907)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 18925975 - 18925637
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18925975 ttgaaagattaactcttttaatttgcgagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaatg 18925876  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925875 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 18925776  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaa-tccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925775 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 18925676  T
Q  300 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925675 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 18925637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 4712308 - 4711970
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||   | |||||||||| |     
T  4712308 ttgaaaggttaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtacattttcacagcataatccttatgaacaggaatcatgttaccaccactccagta 4712209  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||     
T  4712208 aatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgt 4712109  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaac-ttcaaaatccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 299  Q
    || ||||||| |||||||||   ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4712108 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtata 4712009  T
Q  300 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    || |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  4712008 cagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgttta 4711970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 4846248 - 4845910
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||      
T  4846248 ttgaaagattaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtagattttcacagcataatccttatgaacaggaatcatgttaccaccactccaaaa 4846149  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || ||  ||||||||| ||||||||     
T  4846148 aatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagcagatcaaactcacaaaaatgt 4846049  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttc-aaaatccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 299  Q
    || ||||||| |||||||||   |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4846048 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataacttcttgcagttaagtata 4845949  T
Q  300 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    || |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  4845948 cagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgttta 4845910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Original strand, 4666797 - 4667133
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccact---cca 97  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  ||| ||| || |||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||   |||    
T  4666797 ttgaaagattaactctttcaatttgacggctccctccttgagaatccatagtcaaggcataatccttatgaacaggaaccatacgaacaccactactcca 4666896  T
Q  98 atgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaa 197  Q
    || || ||| |||||  || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4666897 ataaagcacgtcagcccttggttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatatgccaatcaaactcacaaaaa 4666996  T
Q  198 tgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaa-tccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagt 296  Q
    ||||| ||||||| |||||||||   ||||||||||| |||| |||| || |||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4666997 tgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagttaagt 4667096  T
Q  297 atacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtatt 333  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  4667097 acacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtatt 4667133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 4630789 - 4631127
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||       
T  4630789 ttgaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacataagcacaacataatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccacct 4630888  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
     ||||||||||| |||   ||||| | | | | | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||   ||||   |   |||||||| ||||||||     
T  4630889 tatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctatcaccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgt 4630988  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaat-ccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 299  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  4630989 aatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaa 4631088  T
Q  300 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    || |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  4631089 cagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgttta 4631127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 337
Target Start/End: Original strand, 4653386 - 4653719
Alignment:
Q  5 aagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaatc 104  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||   ||||    
T  4653386 aagattaactctttcaatttgagtgcttccttcttcagagtgcatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcaaacgagcattgctccatgaaatc 4653485  T
Q  105 acatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaatc 204  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||| || |||||||| || |    
T  4653486 acatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattcacaaaaatgtaacc 4653585  T
Q  205 ttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttc-aaaatccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaac 303  Q
    | |||| ||||||||| |  || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  4653586 tgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgcagttaggtatacagc 4653685  T
Q  304 ttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
    |||||||||  |||| |||||||| |||||||||    
T  4653686 ttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgttt 4653719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 54 - 337
Target Start/End: Original strand, 4636772 - 4637056
Alignment:
Q  54 acaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaa 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||| || |||  |||| ||||| | | |||||| || |||||||| |    
T  4636772 acaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaaga 4636871  T
Q  154 ctctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaat-ccaagttacatt 252  Q
    |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  4636872 ctctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacatt 4636971  T
Q  253 ataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||  |||||||    
T  4636972 ataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4637056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4784066 - 4783731
Alignment:
Q  3 gaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaa 102  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||||||||  || ||||   |||||||||  ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    |    
T  4784066 gaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccacctta 4783967  T
Q  103 tcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaa 202  Q
    |||||||||||    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |  || ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  4783966 tcacatcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaa 4783867  T
Q  203 tcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaat-ccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtataca 301  Q
     ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4783866 ccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaaca 4783767  T
Q  302 acttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
     ||||||||||  |||| |||||||||  |||||||    
T  4783766 ccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4783731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4816495 - 4816160
Alignment:
Q  3 gaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaa 102  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||||||||  |  ||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||    |    
T  4816495 gaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccatgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccata 4816396  T
Q  103 tcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaa 202  Q
    |||||||||||    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |  || ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  4816395 tcacatcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaa 4816296  T
Q  203 tcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaat-ccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtataca 301  Q
     ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4816295 ccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaaca 4816196  T
Q  302 acttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
     ||||||||||  |||| |||||||||  |||||||    
T  4816195 ccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4816160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 338
Target Start/End: Original strand, 4662892 - 4663191
Alignment:
Q  40 gagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaatcacatcagc-atttcgttcagccaaattatcatcta 138  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||    |||||||| || | ||| |||| | |||||||||||||    
T  4662892 gagagtacatagtcacaccataatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattc-ttcaactaaattatcatcta 4662990  T
Q  139 taaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaa 238  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||  | |||| |  ||||||||| |||||||| || |||||||  || ||||| | ||||||||| |||||    
T  4662991 taaaaatctgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaa 4663090  T
Q  239 at-ccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4663091 attccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgttt 4663190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 337
Target Start/End: Original strand, 4863786 - 4864121
Alignment:
Q  3 gaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaa 102  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||  |||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||  | |    
T  4863786 gaaaggttaactctttcaatttgagagcttccttcttcagagtttatagacacagtataatccttatgaacaggaaccatacgagaaccgctccaccgta 4863885  T
Q  103 tcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaa 202  Q
    |||||||||| |||   ||||||| | ||| | |||| |||||||||||  |||||||||||| |||  |||||| |  ||||||||| |||||||| ||    
T  4863886 tcacatcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctatcacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaa 4863985  T
Q  203 tcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaa-tccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtataca 301  Q
     ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  4863986 ccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacaca 4864085  T
Q  302 acttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||    
T  4864086 acttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttt 4864121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4697423 - 4697086
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||| |  |||||||      
T  4697423 ttgaaagattaagtctttcaatttgagagcttccttcttgagagtgcatagacacagcataatctttatgaacaggaaccataggagtagtactccaaga 4697324  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
    |||||||||||| |||   || |||||| ||| | |||| || || ||||| ||||||||||||  ||| || ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  4697323 aatcacatcagcgtttatctccgccaaagtattagctatgaatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaaactcacaaaaatgc 4697224  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttc-aaaatccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 299  Q
    || ||||||| |||||||||  ||  ||||||||| ||| |||||||||||||  |||||| |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||| |    
T  4697223 aaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttcttgcagttaagtaca 4697124  T
Q  300 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttt 337  Q
    || |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||    
T  4697123 cagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttt 4697086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 255
Target Start/End: Original strand, 4672540 - 4672793
Alignment:
Q  3 gaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatgaa 102  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |    
T  4672540 gaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacatagtgacagcataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaactta 4672639  T
Q  103 tcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaa 202  Q
    | ||||||||  ||   ||||||| | | | | ||||||||||||||||  |||||||||||  |||  | ||| |||  |||||||| |||||||| ||    
T  4672640 taacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaactcacaaaaatgtaa 4672739  T
Q  203 tcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaa-tccaagttacattata 255  Q
     ||||||| |||||| || | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  4672740 ccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattata 4672793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4643533 - 4643785
Alignment:
Q  1 ttgaaagattaactcttttaattttagagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcatacgagcaccactccaatg 100  Q
    ||||||||||| |||||| || || ||||||||||||| || ||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||       
T  4643533 ttgaaagattagctctttcaagttgagagcttccttcttgatagtccatagacattgcataatccttatgaacaggaaccaaacgagcaccactccaccc 4643632  T
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
     |||||||| || |||  |||| ||||| | | |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||  |||||| |  ||||||||| ||||||||     
T  4643633 tatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaactcacaaaaatgt 4643732  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaa-tccaagttacatt 252  Q
    || ||||||| |||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4643733 aaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4643785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 101 - 240
Target Start/End: Original strand, 4647488 - 4647625
Alignment:
Q  101 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 200  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||  |     
T  4647488 aatcacatcagcataatgttcagccaaaatatcatctataaacatatgaaaaactgtatcacctgaattctttatatgtcaatcaaactcacaaaa--gt 4647585  T
Q  201 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaat 240  Q
    || ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4647586 aaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 272 - 338
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4672903
Alignment:
Q  272 attccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgttta 4672903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 279 - 338
Target Start/End: Original strand, 4643848 - 4643907
Alignment:
Q  279 aacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgttta 338  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||    
T  4643848 aacttcttgcagttaaataaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcatttttta 4643907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University