View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21038_high_2 (Length: 757)

Name: NF21038_high_2
Description: NF21038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21038_high_2
NF21038_high_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-733)||(31463389-31464105)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 733
Target Start/End: Original strand, 31463389 - 31464105
Alignment:
Q  15 agcacagagagatgggagaggagatttagggaatggtggttcagcataccagctgctcctgttaaacttgaaagagataaagaggacaagaagaaaaagt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463389 agcacagagagatgggagaggagatttagggaatggtggttcagcataccagctgctcctgttaaacttgaaagagataaagaggacaagaagaaaaagt 31463488  T
Q  115 gatgatggcgaaatctttgcttaagctatgtacatgtttgtattgaatacattccttttctcctcttcgcatacggaagtagattccctgttgtatcagt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31463489 gatgatggcgaaatctttgcttaagctatgtacatgtttgtattgaatacattccttttctcctcttcgcatgcggaagtagattccctgttgtatcagt 31463588  T
Q  215 gccacacagttacaaatctcgactgtccgctcataagtcagtggccgagataatttcatattaatgtaatgactgtgtagaaccatccgatctcaaatta 314  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463589 gccaca--gttacaaatctcgactgtccgctcataagtcagtggccgagataatttcatattaatgtactgactgtgtagaaccatccgatctcaaatta 31463686  T
Q  315 atagtcaggattgattaccacgtgtgacttcgtgatatttttacagcagggattctaagtcccttcttatatataggaatgtttaaaatgtaaaactcaa 414  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463687 atagccaggattgattaccacgtgtgacttcgtgatatttttacagcagggattctaagtcccttcttatatataggaatgtttaaaatgtaaaactcaa 31463786  T
Q  415 cagttgaagcaaagaatgaaatgaaatcttatctcccaagaagtgactagaaattttatttgatcatagtactagataagaagttctaaaaagcatgatg 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463787 cagttgaagcaaagaatgaaatgaaatcttatctcccaagaagtgactagaaattttatttgatcatagtactagataagaagttctaaaaagcatgatg 31463886  T
Q  515 aaatggaaaagtatcatgcatgttgcaactgttttgggcccaaaatttagctcaagatttctgttaattgtgaaccagctccacttatgtccaaggactc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31463887 aaatggaaaagtatcatgcatgttgcaactgttttggtcccaaaatttagctcaagatttctgttaattgtgaaccagctccacttatgtccaaggactc 31463986  T
Q  615 tatcttcccaaatgtaaatgtattcatcaaggtaaataaaaagaaaatatgcattttcttatcaaagtataactttattatttgtgcagataaaattcgt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31463987 tatcttcccaaatgtaaatgtattcatcaaggtaaataaaaagaaaagatgcattttcttatcaaagtataactttattatttgtgcagataaaatccgt 31464086  T
Q  715 taagaaaatgtatagtttc 733  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31464087 taagaaaatgtatagtttc 31464105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University