View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21038_low_16 (Length: 259)

Name: NF21038_low_16
Description: NF21038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21038_low_16
NF21038_low_16
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (1-244)||(35084728-35084971)
chr7 (1-242)||(35100031-35100272)
chr7 (1-244)||(35083753-35083996)
chr7 (21-244)||(42796243-42796466)
chr7 (75-243)||(35073678-35073846)
chr7 (61-242)||(34145862-34146043)
chr7 (61-242)||(34181392-34181573)
chr7 (89-244)||(45585284-45585439)
chr7 (88-244)||(36745240-36745399)
chr7 (61-242)||(33859932-33860113)
chr7 (92-236)||(38286589-38286733)
chr7 (90-238)||(38173539-38173687)
chr7 (84-232)||(38166979-38167127)
chr7 (1-99)||(42796184-42796282)
chr7 (78-137)||(33862238-33862297)
chr7 (78-137)||(34179082-34179141)
chr7 (93-232)||(37883118-37883257)
chr7 (93-234)||(38158073-38158214)
chr7 (208-244)||(43027144-43027180)
chr7 (84-154)||(38150750-38150820)
chr7 (84-154)||(38188292-38188362)
chr7 (62-197)||(36469345-36469477)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (61-241)||(9663314-9663494)
chr5 (6-59)||(9663298-9663351)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (91-242)||(26002406-26002557)
chr6 (61-242)||(25562891-25563072)
chr6 (61-242)||(25568508-25568689)
chr6 (61-242)||(26102403-26102584)
chr6 (61-244)||(4164547-4164730)
chr6 (61-244)||(4226168-4226351)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (80-242)||(23937-24099)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (92-236)||(2223989-2224133)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (85-217)||(12410912-12411045)
chr2 (85-217)||(12422972-12423105)
chr2 (90-231)||(29196560-29196701)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 35084971 - 35084728
Alignment:
Q  1 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084971 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagttgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctga 35084872  T
Q  101 ttctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084871 ttctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcg 35084772  T
Q  201 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084771 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 35084728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 35100272 - 35100031
Alignment:
Q  1 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35100272 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcttgagagtgagttgcctccaatgaagaggtgtacgaagctcaagagtgagttgcctga 35100173  T
Q  101 ttctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35100172 ttctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctgaacgatgggttcacgaatggggattaaggacg 35100073  T
Q  201 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35100072 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 35100031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 35083996 - 35083753
Alignment:
Q  1 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctga 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35083996 gttcgttattgcttgcagtggcaatgaagaggcgtaaaaagcttaagagtgagttgcctgcaatgaagaggtgtacgaagctcgagagtgagttgcctga 35083897  T
Q  101 ttctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcg 200  Q
    |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35083896 tagtgttatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtccaaacgatgggttcacgaatggggattaaggacg 35083797  T
Q  201 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35083796 gacctcaactttgatcttcataccatgtttgactctaacacaat 35083753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 21 - 244
Target Start/End: Original strand, 42796243 - 42796466
Alignment:
Q  21 gcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatct 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42796243 gcaatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagtcgcctgcaatgaagaggtgtacaaagctcgagagtgagttgcctgattgtattatatcttatatct 42796342  T
Q  121 tttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttca 220  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42796343 tttccaagtttggtttgaaggatttggtgaaaacaagcgcattgtccaaacgatggattcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttca 42796442  T
Q  221 taccatgtttgactataacacaat 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  42796443 taccatgtttgactataacacaat 42796466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 75 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35073846 - 35073678
Alignment:
Q  75 acgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgat 174  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35073846 acgaagctcgagagtgagttgcctgattctattatatcttatatattttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgat 35073747  T
Q  175 gggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaa 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35073746 gggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaa 35073678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 34145862 - 34146043
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34145862 caatgaagagctgtgtaaagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 34145961  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  34145962 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 34146043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 34181573 - 34181392
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34181573 caatgaagagctgtgtaaagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 34181474  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  34181473 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 34181392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 89 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 45585439 - 45585284
Alignment:
Q  89 tgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgg 188  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||| |||| || |||    
T  45585439 tgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaacaagtgcattatccaaacaatggattcatgattgg 45585340  T
Q  189 ggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  45585339 ggattaaggatggaccttaactttgatcaccataccatgtttgactataacacaat 45585284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 88 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 36745399 - 36745240
Alignment:
Q  88 gtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaa-- 185  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||      
T  36745399 gtgagttgcctgattgtgttatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaacaagtgcattatccaaaagatggattcacgaata 36745300  T
Q  186 -tggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
     |||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36745299 ttggggattaaagacggaactcaactttgatctccatacaatgtttgactataacacaat 36745240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 33859932 - 33860113
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  33859932 caatgaagagctgtgaaaagcttgagaatgagttgcctaatcatattatatcttatatcttttccaatttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 33860031  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  33860032 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 33860113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 38286733 - 38286589
Alignment:
Q  92 gttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggga 191  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  38286733 gttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttatgtttgaaggatttggtgaaaacaagtgtattgtccaaactatggcttcacgaatgggga 38286634  T
Q  192 ttaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactat 236  Q
    || |||  |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  38286633 ttcaggatggacctcaactttgatattcataccttgtgtgactat 38286589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 38173687 - 38173539
Alignment:
Q  90 gagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggg 189  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||     
T  38173687 gagttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttatgtttgaaggatttggtgaaaacaagtgtattgtccaaacgatggcttcatgaatgga 38173588  T
Q  190 gattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataa 238  Q
    ||| |||    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  38173587 gatcaagaattgacctcaattttgatctccataacatgtttgactataa 38173539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 84 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 38167127 - 38166979
Alignment:
Q  84 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacg 183  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||   ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||| |    
T  38167127 aagattgagttgcctgattgtattttatcgattatattttcaaagttaggtttgaaggatttggtgaaaaccagtgcattgtccaagcggtggcttcagg 38167028  T
Q  184 aatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttga 232  Q
    ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  38167027 aatggagattaaggatggacctaaactttgatctccaaaacatgtttga 38166979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 99
Target Start/End: Original strand, 42796184 - 42796282
Alignment:
Q  1 gttcattattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgccttcaatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctg 99  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  42796184 gttcgttattgcttgcagtagcaatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagtcgcgtgcaatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagtcgcctg 42796282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 78 - 137
Target Start/End: Original strand, 33862238 - 33862297
Alignment:
Q  78 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttg 137  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33862238 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagatttg 33862297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 78 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 34179141 - 34179082
Alignment:
Q  78 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttg 137  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34179141 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagatttg 34179082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 93 - 232
Target Start/End: Original strand, 37883118 - 37883257
Alignment:
Q  93 ttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggat 192  Q
    |||||||||| | ||||||| || || ||||| ||||||  |||||||||||  |||||||| ||  |||||||  ||| |||| |||||||||||||||    
T  37883118 ttgcctgattgtgttatatcgtacattttttcaaagttaagtttgaaggattccgtgaaaacaagcacattgtcctaacaatggcttcacgaatggggat 37883217  T
Q  193 taagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttga 232  Q
    | |||  ||||||||| |||| | | |||| |||||||||    
T  37883218 tcaggatggacctcaattttggtttccataacatgtttga 37883257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 38158214 - 38158073
Alignment:
Q  93 ttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggat 192  Q
    |||||||||| |||| ||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  || | || ||||  |||  ||| ||||||| ||    
T  38158214 ttgcctgattgtattttatcaaatatattttcaaagttaggtttgaaggatttggtaaaaacaagcacactttcaaaacattggtgtcatgaatgggcat 38158115  T
Q  193 taagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgact 234  Q
    ||||   |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  38158114 taagaatggaccttaactttgatctccataacatgtttgact 38158073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 208 - 244
Target Start/End: Original strand, 43027144 - 43027180
Alignment:
Q  208 actttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43027144 actttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 43027180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38150820 - 38150750
Alignment:
Q  84 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaac 154  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  38150820 aagattgagttgcctgattgcattttatcgaatatcttttcaaggttaggtttgaaggatttggtgaaaac 38150750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38188362 - 38188292
Alignment:
Q  84 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaac 154  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||  ||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38188362 aagattgagttgccagattctattttatctattatattctcgaagttaggtttgaaggatttggtgaaaac 38188292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 197
Target Start/End: Original strand, 36469345 - 36469477
Alignment:
Q  62 aatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgca 161  Q
    ||||||||||||||  ||||| || |||||| | ||||||| | || |||| ||| |||   ||| |||| |||||||||||||||||||||| || | |    
T  36469345 aatgaagaggtgtaaaaagctcaatagtgagattcctgattgtgttttatcgtatttct---ccaggttacctttgaaggatttggtgaaaaccagcgta 36469441  T
Q  162 ttgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagg 197  Q
    || || ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  36469442 ttatccaaacgttggcttcacgagtggagattaagg 36469477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 61 - 241
Target Start/End: Original strand, 9663314 - 9663494
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9663314 caatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagttgcctgatagtattatatcttatatctttttcaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 9663413  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacac 241  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9663414 attgtccaaacgatgggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacac 9663494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 59
Target Start/End: Original strand, 9663298 - 9663351
Alignment:
Q  6 ttattgcttgcagcggcaatgaagaggtgtaaaaagcctaagagtgagctgcct 59  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  9663298 ttattgcttgcggtggcaatgaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagttgcct 9663351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 91 - 242
Target Start/End: Original strand, 26002406 - 26002557
Alignment:
Q  91 agttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggg 190  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  26002406 agttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatggattcacgaatgggg 26002505  T
Q  191 attaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  26002506 attaagggtggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 26002557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 25562891 - 25563072
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  25562891 caatgaagagctgtgaaaagcttgagaatgagttgtctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 25562990  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  25562991 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 25563072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 25568508 - 25568689
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  25568508 caatgaagagctgtgaaaagcttgagaatgagttccctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 25568607  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  25568608 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 25568689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 26102403 - 26102584
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    |||||||||| |||   |||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26102403 caatgaagagctgtgaaaagcttgagaatgagttgtctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgc 26102502  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  26102503 attgtccaaacaatggattcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 26102584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 4164730 - 4164547
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    ||||||||||||||   || || |||||  |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||  |    
T  4164730 caatgaagaggtgtgaaaatctcaagagcaagttgcctgattgtattgtatcttacatcttttccaagttaagtatgaaagatttggtaaaaactagcac 4164631  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||| ||  |  | ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||    
T  4164630 attgtcgaaacaatggcttcacgaatggggtttccgtacagacctcaactttgatctccaaaacatgtttcactataatacaat 4164547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 4226351 - 4226168
Alignment:
Q  61 caatgaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgc 160  Q
    ||||||||||||||   || || |||||  |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||  |    
T  4226351 caatgaagaggtgtgaaaatctcaagagcaagttgcctgattgtattgtatcttacatcttttccaagttaagtatgaaagatttggtaaaaactagcac 4226252  T
Q  161 attgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 244  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||| ||  |  | ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||    
T  4226251 attgtcgaaacaatggcttcacgaatggggtttccgtacagacctcaactttgatctccaaaacatgtttcactataatacaat 4226168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 80 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24099 - 23937
Alignment:
Q  80 gcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggtt 179  Q
    |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||    
T  24099 gcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttgtatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatggatt 24000  T
Q  180 cacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 242  Q
    || |||||||||||| ||  |||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  23999 catgaatggggattacggatggacctaaacttcgatctctataccatgtttgactataacaca 23937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2224133 - 2223989
Alignment:
Q  92 gttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggga 191  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  2224133 gttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttaggtttgaaggatttggtgaaaacaatcacattgtccaaactatggcttcacgaatgggga 2224034  T
Q  192 ttaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactat 236  Q
    || |||| |||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||    
T  2224033 ttcagggtggacctcaactttgatatcaatactttgtttgactat 2223989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12411045 - 12410912
Alignment:
Q  85 agagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacga 184  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  12411045 agagtgagttgcctgactgtgttctatcttatatctttagcaagttaagttggaaggatttggtgaaaacaagtacattgtccaaacgatggcttcacga 12410946  T
Q  185 at-ggggattaagggcggacctcaactttgatct 217  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  12410945 atgggggattaagaatggacctcaactttgatct 12410912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12423105 - 12422972
Alignment:
Q  85 agagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacga 184  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  12423105 agagtgagttgcctgactgtgttctatcttatatctttagcaagttaagttggaaggatttggtgaaaacaagtacattgtccaaacgatggcttcacga 12423006  T
Q  185 at-ggggattaagggcggacctcaactttgatct 217  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  12423005 atgggggattaagaatggacctcaactttgatct 12422972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 90 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29196701 - 29196560
Alignment:
Q  90 gagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggg 189  Q
    ||||| ||||||| | | || |||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||  |||| |||| ||||||     
T  29196701 gagttacctgattgtgtcatgtcttatatattttcaaagttaagtatgaaggatttggtgaaaacaagcatattgtctaaaacatggattcatgaatgga 29196602  T
Q  190 gattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttg 231  Q
    ||| ||    |||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  29196601 gatcaaccaaggacctcaactttgatatacataacatgtttg 29196560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University