View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21038_low_25 (Length: 210)

Name: NF21038_low_25
Description: NF21038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21038_low_25
NF21038_low_25
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (16-195)||(35084728-35084907)
chr7 (16-193)||(35100031-35100208)
chr7 (26-194)||(35073678-35073846)
chr7 (16-195)||(35083753-35083932)
chr7 (16-195)||(42796287-42796466)
chr7 (29-193)||(34145879-34146043)
chr7 (29-193)||(34181392-34181556)
chr7 (40-195)||(45585284-45585439)
chr7 (39-195)||(36745240-36745399)
chr7 (29-193)||(33859949-33860113)
chr7 (43-187)||(38286589-38286733)
chr7 (41-189)||(38173539-38173687)
chr7 (35-183)||(38166979-38167127)
chr7 (29-88)||(33862238-33862297)
chr7 (29-88)||(34179082-34179141)
chr7 (44-183)||(37883118-37883257)
chr7 (44-185)||(38158073-38158214)
chr7 (159-195)||(43027144-43027180)
chr7 (35-105)||(38150750-38150820)
chr7 (35-105)||(38188292-38188362)
chr7 (74-148)||(36469403-36469477)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-192)||(9663318-9663494)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (42-193)||(26002406-26002557)
chr6 (29-193)||(25562908-25563072)
chr6 (29-193)||(25568525-25568689)
chr6 (29-193)||(26102420-26102584)
chr6 (42-195)||(4164547-4164700)
chr6 (42-195)||(4226168-4226321)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (31-193)||(23937-24099)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (43-187)||(2223989-2224133)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (36-168)||(12410912-12411045)
chr2 (36-168)||(12422972-12423105)
chr2 (41-182)||(29196560-29196701)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35084907 - 35084728
Alignment:
Q  16 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084907 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 35084808  T
Q  116 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35084807 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 35084728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 35100208 - 35100031
Alignment:
Q  16 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35100208 gaagaggtgtacgaagctcaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 35100109  T
Q  116 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35100108 tctgaacgatgggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 35100031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 35073846 - 35073678
Alignment:
Q  26 acgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgat 125  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35073846 acgaagctcgagagtgagttgcctgattctattatatcttatatattttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgat 35073747  T
Q  126 gggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35073746 gggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaa 35073678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 16 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35083932 - 35083753
Alignment:
Q  16 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 115  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35083932 gaagaggtgtacgaagctcgagagtgagttgcctgatagtgttatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 35083833  T
Q  116 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35083832 tccaaacgatgggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactctaacacaat 35083753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 195
Target Start/End: Original strand, 42796287 - 42796466
Alignment:
Q  16 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 115  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  42796287 gaagaggtgtacaaagctcgagagtgagttgcctgattgtattatatcttatatcttttccaagtttggtttgaaggatttggtgaaaacaagcgcattg 42796386  T
Q  116 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42796387 tccaaacgatggattcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 42796466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Original strand, 34145879 - 34146043
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  34145879 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 34145978  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  34145979 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 34146043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 34181556 - 34181392
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  34181556 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 34181457  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  34181456 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 34181392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 40 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 45585439 - 45585284
Alignment:
Q  40 tgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgg 139  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||| |||| || |||    
T  45585439 tgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaacaagtgcattatccaaacaatggattcatgattgg 45585340  T
Q  140 ggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  45585339 ggattaaggatggaccttaactttgatcaccataccatgtttgactataacacaat 45585284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 39 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 36745399 - 36745240
Alignment:
Q  39 gtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaa-- 136  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||      
T  36745399 gtgagttgcctgattgtgttatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaacaagtgcattatccaaaagatggattcacgaata 36745300  T
Q  137 -tggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
     |||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36745299 ttggggattaaagacggaactcaactttgatctccatacaatgtttgactataacacaat 36745240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Original strand, 33859949 - 33860113
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  33859949 aagcttgagaatgagttgcctaatcatattatatcttatatcttttccaatttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 33860048  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  33860049 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtctgactataacaca 33860113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 43 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 38286733 - 38286589
Alignment:
Q  43 gttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggga 142  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  38286733 gttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttatgtttgaaggatttggtgaaaacaagtgtattgtccaaactatggcttcacgaatgggga 38286634  T
Q  143 ttaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactat 187  Q
    || |||  |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  38286633 ttcaggatggacctcaactttgatattcataccttgtgtgactat 38286589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 38173687 - 38173539
Alignment:
Q  41 gagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggg 140  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||     
T  38173687 gagttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttatgtttgaaggatttggtgaaaacaagtgtattgtccaaacgatggcttcatgaatgga 38173588  T
Q  141 gattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataa 189  Q
    ||| |||    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  38173587 gatcaagaattgacctcaattttgatctccataacatgtttgactataa 38173539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 38167127 - 38166979
Alignment:
Q  35 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacg 134  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||   ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||| |    
T  38167127 aagattgagttgcctgattgtattttatcgattatattttcaaagttaggtttgaaggatttggtgaaaaccagtgcattgtccaagcggtggcttcagg 38167028  T
Q  135 aatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttga 183  Q
    ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  38167027 aatggagattaaggatggacctaaactttgatctccaaaacatgtttga 38166979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 88
Target Start/End: Original strand, 33862238 - 33862297
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttg 88  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33862238 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagatttg 33862297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 34179141 - 34179082
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttg 88  Q
    |||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34179141 aagcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagatttg 34179082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 44 - 183
Target Start/End: Original strand, 37883118 - 37883257
Alignment:
Q  44 ttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggat 143  Q
    |||||||||| | ||||||| || || ||||| ||||||  |||||||||||  |||||||| ||  |||||||  ||| |||| |||||||||||||||    
T  37883118 ttgcctgattgtgttatatcgtacattttttcaaagttaagtttgaaggattccgtgaaaacaagcacattgtcctaacaatggcttcacgaatggggat 37883217  T
Q  144 taagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttga 183  Q
    | |||  ||||||||| |||| | | |||| |||||||||    
T  37883218 tcaggatggacctcaattttggtttccataacatgtttga 37883257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 38158214 - 38158073
Alignment:
Q  44 ttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggat 143  Q
    |||||||||| |||| ||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  || | || ||||  |||  ||| ||||||| ||    
T  38158214 ttgcctgattgtattttatcaaatatattttcaaagttaggtttgaaggatttggtaaaaacaagcacactttcaaaacattggtgtcatgaatgggcat 38158115  T
Q  144 taagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgact 185  Q
    ||||   |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  38158114 taagaatggaccttaactttgatctccataacatgtttgact 38158073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 159 - 195
Target Start/End: Original strand, 43027144 - 43027180
Alignment:
Q  159 actttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43027144 actttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 43027180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 38150820 - 38150750
Alignment:
Q  35 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaac 105  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  38150820 aagattgagttgcctgattgcattttatcgaatatcttttcaaggttaggtttgaaggatttggtgaaaac 38150750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 38188362 - 38188292
Alignment:
Q  35 aagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaac 105  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||  ||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38188362 aagattgagttgccagattctattttatctattatattctcgaagttaggtttgaaggatttggtgaaaac 38188292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 148
Target Start/End: Original strand, 36469403 - 36469477
Alignment:
Q  74 tccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggggattaagg 148  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| || | ||| || ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  36469403 tccaggttacctttgaaggatttggtgaaaaccagcgtattatccaaacgttggcttcacgagtggagattaagg 36469477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 192
Target Start/End: Original strand, 9663318 - 9663494
Alignment:
Q  16 gaagaggtgtacgaagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 115  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9663318 gaagaggtgtaaaaagcttaagagtgagttgcctgatagtattatatcttatatctttttcaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattg 9663417  T
Q  116 tctaaacgatgggttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacac 192  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9663418 tccaaacgatgggttcacgaatggggattaaggacggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacac 9663494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 193
Target Start/End: Original strand, 26002406 - 26002557
Alignment:
Q  42 agttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggg 141  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  26002406 agttgcctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatggattcacgaatgggg 26002505  T
Q  142 attaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  26002506 attaagggtggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 26002557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Original strand, 25562908 - 25563072
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  25562908 aagcttgagaatgagttgtctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 25563007  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  25563008 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 25563072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Original strand, 25568525 - 25568689
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  25568525 aagcttgagaatgagttccctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 25568624  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  25568625 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 25568689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Original strand, 26102420 - 26102584
Alignment:
Q  29 aagcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatggg 128  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||     
T  26102420 aagcttgagaatgagttgtctgatcatattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaagatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatgga 26102519  T
Q  129 ttcacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  26102520 ttcacgaatggggattaaggatggaccttaacttcgatctctataccatgtccgactataacaca 26102584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4164700 - 4164547
Alignment:
Q  42 agttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggg 141  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  4164700 agttgcctgattgtattgtatcttacatcttttccaagttaagtatgaaagatttggtaaaaactagcacattgtcgaaacaatggcttcacgaatgggg 4164601  T
Q  142 attaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
     ||  |  | ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||    
T  4164600 tttccgtacagacctcaactttgatctccaaaacatgtttcactataatacaat 4164547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4226321 - 4226168
Alignment:
Q  42 agttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggg 141  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  4226321 agttgcctgattgtattgtatcttacatcttttccaagttaagtatgaaagatttggtaaaaactagcacattgtcgaaacaatggcttcacgaatgggg 4226222  T
Q  142 attaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacacaat 195  Q
     ||  |  | ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||    
T  4226221 tttccgtacagacctcaactttgatctccaaaacatgtttcactataatacaat 4226168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24099 - 23937
Alignment:
Q  31 gcttaagagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggtt 130  Q
    |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||    
T  24099 gcttgagaatgagttgcctgatcatattatatcttgtatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaaccagtgcattgtccaaacaatggatt 24000  T
Q  131 cacgaatggggattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactataacaca 193  Q
    || |||||||||||| ||  |||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  23999 catgaatggggattacggatggacctaaacttcgatctctataccatgtttgactataacaca 23937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 2224133 - 2223989
Alignment:
Q  43 gttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatgggga 142  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  2224133 gttgcctgattgtgttatatcatatatcttttcaaagttaggtttgaaggatttggtgaaaacaatcacattgtccaaactatggcttcacgaatgggga 2224034  T
Q  143 ttaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttgactat 187  Q
    || |||| |||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||    
T  2224033 ttcagggtggacctcaactttgatatcaatactttgtttgactat 2223989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 12411045 - 12410912
Alignment:
Q  36 agagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacga 135  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  12411045 agagtgagttgcctgactgtgttctatcttatatctttagcaagttaagttggaaggatttggtgaaaacaagtacattgtccaaacgatggcttcacga 12410946  T
Q  136 at-ggggattaagggcggacctcaactttgatct 168  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  12410945 atgggggattaagaatggacctcaactttgatct 12410912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 12423105 - 12422972
Alignment:
Q  36 agagtgagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacga 135  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  12423105 agagtgagttgcctgactgtgttctatcttatatctttagcaagttaagttggaaggatttggtgaaaacaagtacattgtccaaacgatggcttcacga 12423006  T
Q  136 at-ggggattaagggcggacctcaactttgatct 168  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  12423005 atgggggattaagaatggacctcaactttgatct 12422972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 41 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 29196701 - 29196560
Alignment:
Q  41 gagttgcctgattctattatatcttatatcttttccaagttagctttgaaggatttggtgaaaactagtgcattgtctaaacgatgggttcacgaatggg 140  Q
    ||||| ||||||| | | || |||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||  |||| |||| ||||||     
T  29196701 gagttacctgattgtgtcatgtcttatatattttcaaagttaagtatgaaggatttggtgaaaacaagcatattgtctaaaacatggattcatgaatgga 29196602  T
Q  141 gattaagggcggacctcaactttgatcttcataccatgtttg 182  Q
    ||| ||    |||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  29196601 gatcaaccaaggacctcaactttgatatacataacatgtttg 29196560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University