View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21043_low_13 (Length: 500)

Name: NF21043_low_13
Description: NF21043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21043_low_13
NF21043_low_13
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (1-492)||(2797219-2797710)
chr3 (1-267)||(2790225-2790491)
chr3 (1-492)||(2855599-2856090)
chr3 (3-492)||(2807130-2807616)
chr3 (8-492)||(2838389-2838876)
chr3 (1-492)||(2768927-2769418)
chr3 (1-492)||(2748856-2749344)
chr3 (8-492)||(2759079-2759563)
chr3 (314-495)||(2790491-2790672)
chr3 (1-492)||(5412765-5413235)
chr3 (1-492)||(2818415-2818906)
chr3 (212-285)||(21945658-21945731)
chr3 (233-294)||(22368262-22368323)
chr3 (212-269)||(22648533-22648590)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-492)||(5941-6432)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 2797219 - 2797710
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  2797219 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcaacaacagcagtagagagacggataat 2797318  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
    |||||||||  |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |    
T  2797319 agaagatggtgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttactag 2797418  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797419 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 2797518  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2797519 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaagc 2797618  T
Q  401 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2797619 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaatacctgcaacataaaaagtatttgatattctt 2797710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 2790225 - 2790491
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790225 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 2790324  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790325 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttattgg 2790424  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790425 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 2856090 - 2855599
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    | |||||| ||||||   || ||| ||||| ||||||| || |||    
T  2856090 aattcgtggaatcaaggaaagaagccagaggtataactttcaaatttcacacgagcaaggatcctcaagccaaagaaaccgcagtggagagacagaaaat 2855991  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2855990 ggaagatggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattgg 2855891  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    | || | | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  2855890 aaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaac 2855791  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggc 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||  | | |||||||| |    
T  2855790 aaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagac 2855691  T
Q  401 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    ||||||   | |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||    
T  2855690 cctcttccactgatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattctt 2855599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 3 - 492
Target Start/End: Original strand, 2807130 - 2807616
Alignment:
Q  3 ttcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaatag 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||| |||   |||||| ||||||||| || ||| |    
T  2807130 ttcgcggaatcaaggaaagaagtgagaggtataacttacaaatttcacatgaacaaggatcatcaagccgca---acagcactagagagacagaaaatgg 2807226  T
Q  103 aagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattggag 202  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||  |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  2807227 aagatggcgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaagagaaattgtaggatttgaattcccaagagaagaaatgtctgtttggttattggag 2807326  T
Q  203 ggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaa 302  Q
    ||   |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||||||     
T  2807327 ggtgtagctgagcgcacggtgatttcggtggtaggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgatagccaaacggtaacaacac 2807426  T
Q  303 aatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg-cagcgaaactgaaggcc 401  Q
    | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||    
T  2807427 actttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcag-gaaactgaagacc 2807525  T
Q  402 ctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    |||||    | | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  2807526 ctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctt 2807616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 2838876 - 2838389
Alignment:
Q  8 ggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagta---gagagacggacaatagaa 104  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |   || |||||| |||||||||||||||||||||    ||||| | || ||| |||    
T  2838876 ggaatcaagaaaagaagcgagaggtataactttcaaatttcaaatgaacaaggatcctcaagcagcagcaacagcagtcctggagaggcagaaaatggaa 2838777  T
Q  105 gatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattggaggg 204  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||    
T  2838776 gatggcacgaccctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaagagaagaaatatatggttggttattggaggg 2838677  T
Q  205 cacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaa 304  Q
      |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||     
T  2838676 tgcagctgagcgcacagtcatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtaacagcaaac 2838577  T
Q  305 tttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggccctc 404  Q
    |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||  | | |||||||| |||||    
T  2838576 tttgattgttatgcttgcgtcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctc 2838477  T
Q  405 ttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    ||   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||  | ||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||||    
T  2838476 ttccacagatgttgcacaaaaaggatgaccagtcactgattgaagaagtgaggcaatacctccaacataagaggtacttgatattctt 2838389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 2768927 - 2769418
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||   || |||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||| | || | |    
T  2768927 aattcgtggaatcaaggaaagaagcgagaggtatagctttcaaacttcacatgaacaaggatcctcaaacagcaggaacagtagtggagagtcagaaagt 2769026  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  2769027 ggaagatggcgtgatcctcggatgtcttccctctttattgaagaaacagaaattgtaggattggaaggcccaagagaagaattatttggttggttattgg 2769126  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||  |    
T  2769127 agggtgcagctaagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaaactagtttatgacagccaaaaggtaactgc 2769226  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg-cagcgaaactgaagg 399  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  2769227 aaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagagggttactgataaaaatgatggagcaattttgtcag-gaaactgaaga 2769325  T
Q  400 ccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
     |||||  |  |||||||||||||||||||||||| ||||||  |  || | || ||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  2769326 acctctgctaaagatgttacacaaaatggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctacaacataagaggtatttgatattctt 2769418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 2748856 - 2749344
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||| | ||||||||||  | ||  || |||||||  || |||    
T  2748856 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacacgaacaaggaacttcaagcagcattagcat-aggagagaga--gaaaat 2748952  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     ||| |||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| | | |||||||  |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  2748953 ggaaaatggcatgatcctcgactgtcttctctttttattgaagaaacagaagttgttggtattgaagtcccaaaagaagaactgtctggttggttattgg 2749052  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    | ||   |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| || |    
T  2749053 atggtgaagctgagcgcacggtgatatccgtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaaggtatcagc 2749152  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggc 400  Q
    | | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||| ||  |    ||| ||| |    
T  2749153 acactttgattgtcgtgcttgcgtcacagtttctcaatcttacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagac 2749252  T
Q  401 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  2749253 tctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctt 2749344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 8 - 492
Target Start/End: Original strand, 2759079 - 2759563
Alignment:
Q  8 ggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaatagaagat 107  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |   || |||||| |||| |||||||||||  |    |||||  || ||| ||||||    
T  2759079 ggaatcaaggaaagaagcgtgaggtataactttcaaatttcaaatgaacaaggatcctcaaacagcagcaacactaccgaagagaaagaaaatggaagat 2759178  T
Q  108 ggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattggagggcac 207  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  |||||| | | ||||||||||||||||||  |    
T  2759179 ggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaaaagaagaactatatggttggttattggagggttc 2759278  T
Q  208 agctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaattt 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||    
T  2759279 agctgaacgcacagtgatttcagtggtaggaatggggggtctcggcaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacagttt 2759378  T
Q  308 gattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg-cagcgaaactgaaggccctctt 406  Q
    |||||||  |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||  || |||| || ||||||| | ||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  2759379 gattgtcaagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggcgcaattttgtcag-gaaactgaagaccctctt 2759477  T
Q  407 ttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
        ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  | | || ||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  2759478 ccaaagaagttacacaaaatggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttgatattctt 2759563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 314 - 495
Target Start/End: Original strand, 2790491 - 2790672
Alignment:
Q  314 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790491 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcattcaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 2790590  T
Q  414 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcga 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790591 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcga 2790672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 5412765 - 5413235
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||| || |||    
T  5412765 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttca---------------------agcagcaacagcagtagagagacagaaaat 5412843  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     |||||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||  |||||| | | |||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5412844 ggaagatggcgagatcctcgactgtcttccctattcattacagaaacagaagttgtaggaattgaaggtccaaaagaagaattgtctggttggttattgg 5412943  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    | ||  |||| || || ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| || |    
T  5412944 atggtgcagcggaacgtacagtcatatcagtggtaggaatggggggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtatcagc 5413043  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggc 400  Q
    | | ||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||  | | |||||||| |    
T  5413044 acactttgattgttgtgcttgcgtaacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagac 5413143  T
Q  401 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  5413144 tctcttccgcagatgttacacaaaatggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctt 5413235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 2818415 - 2818906
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||   || |||||| ||  ||   |||||| |  || ||||| | ||||      
T  2818415 aattcgtggaatcaaggaaagaagcgagaggtataacttccaaatttcgcatgaacaaggatcctcgtgccaaagcaacggatgtggagagtcagacaca 2818514  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     || |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| || |||||| | | ||||||||||||||    
T  2818515 ggaggatggcgtgatcctcgactgtcttctcttttcattgaagaaacagaaatcgtaggatttgaaggcccgagagaagaactatatggttggttattgg 2818614  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    ||||  |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2818615 agggtgcagccgagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaac 2818714  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaatttt-gcagcgaaactgaagg 399  Q
    | | ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||  || |||| || ||||||||| ||||||  ||| ||| ||||||     
T  2818715 acagtttgattgtcgagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggagcaattttatcag-gaagctgaaga 2818813  T
Q  400 ccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    ||||  | |  |||| |||| |||||||||||||| || ||| ||| || | || ||| |||||||  ||||||| | |||||| ||||||||    
T  2818814 ccctgatctagagattttacgcaaaatggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttaatattctt 2818906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 285
Target Start/End: Original strand, 21945658 - 21945731
Alignment:
Q  212 gagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 285  Q
    |||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  21945658 gagcgcactgtagtttccgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacag 21945731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22368323 - 22368262
Alignment:
Q  233 gttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggt 294  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| ||||  ||||||||    
T  22368323 gttggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggt 22368262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22648590 - 22648533
Alignment:
Q  212 gagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgcca 269  Q
    |||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22648590 gagcgcactgtcatctctgtggtaggtatgggagggctaggaaaaaccactcttgcca 22648533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 6432 - 5941
Alignment:
Q  1 aattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagtagagagacggacaat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||   ||||| |||||   ||||| | || |||    
T  6432 aattcgtggaatcaaggacagaagtgaaaggtataactttcaaattttacatgaacctggatcatcaagtgtcagcagcagcacaggagaggcagaaaat 6333  T
Q  101 agaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgg 200  Q
     ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||    
T  6332 ggaagatggcgtgatcctcgattatctgccctttttattgaagaaactgaagttgtaggattcgaaggcccaagagaggaattatatggttggttattgg 6233  T
Q  201 agggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaac 300  Q
    || |  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  6232 agagtccagctgagcgcaccgtaatttcagtggtaggaatgggaggtatagggaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaac 6133  T
Q  301 aaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggc 400  Q
    | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| || | || |||||||||||| |||||||  | |||||||||| |    
T  6132 acaatttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaaacatacaccgtgagagggttactcataaacatgatggagcaattttgtcgggaaactgaagac 6033  T
Q  401 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattctt 492  Q
    ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  6032 cctcttccgcaaatgttacacaaaatggatgacaagtcattaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctt 5941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University