View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21043_low_4 (Length: 763)

Name: NF21043_low_4
Description: NF21043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21043_low_4
NF21043_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-748)||(39480851-39481592)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 39481592 - 39480851
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaacgcttagctagttcacatttgaattcttcctcaacaccttcaaatacccctccaattccaccacaaaatcatgcaacc-tacaacaca 107  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39481592 gacatcaacaaacgcttacctagttcacatttgaattcttcctcaacaccttcaaatacccctccaattccaccacaaaatcatgcaaccctacaacaca 39481493  T
Q  108 ttcttctattactacaacaacaaaaacc-aatggaatccaaatttcaactctttttcctcacccttttcctcctcattctcaccatccatgcacagactc 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39481492 ttcttctactactacaacaacaaaaacccaatggaatccaaatttcaactctttttcctcacccttttcctcctcattctcaacatccatgcacagactc 39481393  T
Q  207 ttggaacttatattgttcaattacaccctcatggcacaaccaagtctttgttcacctccaatcttgaatggcacctttcatttatacaacaaaccatttc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481392 ttggaacttatattgttcaattacaccctcatggcacaaccaagtctttgttcacctccaatcttgaatggcacctttcatttatacaacaaaccatttc 39481293  T
Q  307 atctgatgaagacccttcttctcgccttctctactcttaccgttccgcaatggacggtttcgcagctcagttaactgagtatgagctcgagtacctacaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481292 atctgatgaagacccttcttctcgccttctctactcttaccgttccgcaatggacggtttcgcagctcagttaactgagtatgagctcgagtacctacaa 39481193  T
Q  407 aagaatcctgatgttatctcaattaggcctgataggctactccaaattcaaaccacatattcttacaagttcttaggactcaaccctgcaacacaaaatg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39481192 aagaatcctgatgttatctcaattaggcctgataggctactccaaattcaaaccacatattcttacaagttcttaggactcaaccctgcaaaacaaaatg 39481093  T
Q  507 gttggtatcaatcaggttttggccgtggaacgataatcggggtgcttgataccggtgtttggccagagagtcctagcttcaatgatcatgatatgcctcc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481092 gttggtatcaatcaggttttggccgtggaacgataatcggggtgcttgataccggtgtttggccagagagtcctagcttcaatgatcatgatatgcctcc 39480993  T
Q  607 agttcccaagaaatggaagggtatatgtcaaacagggcaggcctttaactcttccaattgtaacagaaaactcattggcgcaaggtacttcaccaaaggc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480992 agttcccaagaaatggaagggtatatgtcaaacagggcaggcctttaactcttccaattgtaacagaaaactcattggcgcaaggtacttcaccaaaggc 39480893  T
Q  707 catttggcaatatcaccttcaagaattccagaatatctctct 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480892 catttggcaatatcaccttcaagaattccagaatatctctct 39480851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University