View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21045_high_5 (Length: 619)

Name: NF21045_high_5
Description: NF21045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21045_high_5
NF21045_high_5
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (16-477)||(16873765-16874226)
chr6 (16-376)||(16580005-16580366)
chr6 (16-376)||(16615014-16615375)
chr6 (139-378)||(16572041-16572281)
chr6 (16-122)||(16572274-16572380)
chr6 (384-478)||(16571809-16571903)
chr6 (258-375)||(16783416-16783533)
chr6 (230-375)||(16977898-16978044)
chr6 (96-143)||(16977712-16977759)
chr6 (390-445)||(16832494-16832551)
[»] scaffold0256 (2 HSPs)
scaffold0256 (16-377)||(11354-11714)
scaffold0256 (384-478)||(11860-11954)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-143)||(21628996-21629123)
chr2 (16-118)||(233830-233932)
chr2 (427-473)||(21628161-21628207)
chr2 (256-329)||(32792500-32792574)
chr2 (226-342)||(14535925-14536039)
chr2 (429-478)||(32791912-32791961)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-118)||(7391563-7391665)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-112)||(48298946-48299042)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 16874226 - 16873765
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  16874226 cataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttccggaaagataaga 16874127  T
Q  116 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 215  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16874126 aaataaagagttaattgttacgttaaataaacgcatgcttagctaagcaacaaattacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 16874027  T
Q  216 aaaacttgagaattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttcacaaagcatat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16874026 aaaacttgagaattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgcaaaaaatgaatctgtaaatttacaattttcacaaagcatat 16873927  T
Q  316 aaaggagttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaaaccaaattttctgttcaaaactgatcaaccatgtaaaga 415  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16873926 aaaggatttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaaatcaaattttctgttcaaaactgatcaaccatgtaaaga 16873827  T
Q  416 gaaataatgtgcctaaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatgaaaaa 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16873826 gaaataatgtgcctaaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatgaaaaa 16873765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 16 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 16580366 - 16580005
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||    
T  16580366 cataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagt 16580267  T
Q  116 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16580266 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgcttagcttagcaacaaattacaaaagagatgtactcaagtgaatatgatgattcaaatgaaag 16580167  T
Q  216 aaaacttgagaattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttc-acaaagcata 314  Q
    ||||| | | |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  16580166 aaaacataataattgaggactgtaagaatcgaagacagagtgagattgttagaagatgcataaaatgaatatgtaaatttacaattttcaacaaagcaaa 16580067  T
Q  315 taaaggagttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaa 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16580066 taaaggatttaggaagggtactacagaatgtttctaaataaattaatcattgattaatccaa 16580005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 16 - 376
Target Start/End: Original strand, 16615014 - 16615375
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||    
T  16615014 cataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagt 16615113  T
Q  116 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16615114 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgcttagcttagcaacaaattacaaaagagatgtactcaagtgaatatgatgattcaaatgaaag 16615213  T
Q  216 aaaacttgagaattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttc-acaaagcata 314  Q
    ||||| | | |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  16615214 aaaacataataattgaggactgtaagaatcgaagacagagtgagattgttagaagatgcataaaatgaatatgtaaatttacaattttcaacaaagcaaa 16615313  T
Q  315 taaaggagttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaa 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16615314 taaaggatttaggaagggtactacagaatgtttctaaataaattaatcattgattaatccaa 16615375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 139 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 16572281 - 16572041
Alignment:
Q  139 taaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaagaaaacttgagaattgaagactat 238  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  16572281 taaataaacgcatgcttagcttagcaacaaattgcaaaagagatttactcaattgaatatgatgattcaaatgaaagaaaacttaataattgaagactat 16572182  T
Q  239 aagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttc-acaaagcatataaaggagttaggaagggtacta 337  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16572181 aagaatcgaagacagagtgagattattagaagatgcaaaaaatgaatctgtaaatttacaattttcaacaaagcatgtaaaggatttaggaagggtacta 16572082  T
Q  338 cagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaaac 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572081 cagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaaac 16572041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 16572380 - 16572274
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572380 catatcagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatacgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 16572281  T
Q  116 aaataaa 122  Q
    |||||||    
T  16572280 aaataaa 16572274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 384 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 16571903 - 16571809
Alignment:
Q  384 tttctgttcaaaactgatcaaccatgtaaagagaaataatgtgcctaaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatgaaaaat 478  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16571903 tttctgttcaaaactgataaaccatgtaaagagaaataatgtgcctaatctgcagttcagatcaacattgattttaaatcatttctatgaaaaat 16571809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 375
Target Start/End: Original strand, 16783416 - 16783533
Alignment:
Q  258 agattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttca-caaagcatataaaggagttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaa 356  Q
    ||||||||||  ||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| || |||| | | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  16783416 agattgttagcagatacaaaaaaggaatctgcaaatttacaattttcatcaaatcaaataatg-atttaggaaggatactacagaatgtttctagagaaa 16783514  T
Q  357 ttaagcattgattaatcca 375  Q
    | |||||||||||||||||    
T  16783515 taaagcattgattaatcca 16783533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 230 - 375
Target Start/End: Original strand, 16977898 - 16978044
Alignment:
Q  230 gaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttc-acaaagcatataaaggagttagga 328  Q
    |||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| |||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || |||    
T  16977898 gaagactagaagcatccaagacaaagtgatattgctagaagatacaaaaaatgaatctgcaaattttcaattttcaacaaatcatacaaaggatttcgga 16977997  T
Q  329 agggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatcca 375  Q
    ||| ||||||| |||| |   | |||||  |||||||||||||||||    
T  16977998 aggatactacaaaatgatggcatagaaagaaagcattgattaatcca 16978044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 143
Target Start/End: Original strand, 16977712 - 16977759
Alignment:
Q  96 acctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaat 143  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  16977712 acctttcctaaaagataagtaaataaagagttaacttttattttaaat 16977759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 390 - 445
Target Start/End: Original strand, 16832494 - 16832551
Alignment:
Q  390 ttcaaaactgatcaaccatgtaaagaga--aataatgtgcctaaactgcacttcagat 445  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  16832494 ttcaagacttatcaaccatgtaaagagataaataatctgcctaaactgcagttcagat 16832551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Original strand, 11354 - 11714
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| | || || |  |||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11354 catagcagatactagatacactgatcctaggagatcgagatttatatgcatatgatatggcatctgcatgcttctttccaacctttcctgaaagataagt 11453  T
Q  116 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11454 aaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgcttaggttagcaacgaattacaaaagagatgtactcaattgaatatgatgattcaaatgaaag 11553  T
Q  216 aaaacttgagaattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttca-caaagcata 314  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11554 aaaacttaataattgaagactataagaatcgaagac--agtgagattgttagaagatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttcatcaaagcata 11651  T
Q  315 taaaggagttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaattaagcattgattaatccaaa 377  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11652 taaaggatttaggaagggtactacagaatgtttctaaagaaatcaagcattgattaatccaaa 11714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 384 - 478
Target Start/End: Original strand, 11860 - 11954
Alignment:
Q  384 tttctgttcaaaactgatcaaccatgtaaagagaaataatgtgcctaaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatgaaaaat 478  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11860 tttctgttcaaaactgatcaaccgtgtaaagagtaataatgtgcctaaactgcaattcagatcaacattgattttaaatcatttctatgaaaaat 11954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 5e-30; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 21629123 - 21628996
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||| |||||     
T  21629123 catagcagatatgagatacactgattcaaggagctcaagatttatatgcatatgatatggcatcagccggcttctttccaacaattcctgaaatataagg 21629024  T
Q  116 aaataaagagttaattgttatgttaaat 143  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21629023 aaaaaaagagttaattgtgatgttaaat 21628996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 118
Target Start/End: Original strand, 233830 - 233932
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  233830 catagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataatt 233929  T
Q  116 aaa 118  Q
    |||    
T  233930 aaa 233932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 427 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 21628207 - 21628161
Alignment:
Q  427 cctaaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatga 473  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  21628207 cctaaactgcaattcagatcaacattgattttaaatcatttctatga 21628161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 32792574 - 32792500
Alignment:
Q  256 tgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttc-acaaagcatataaaggagttaggaa 329  Q
    |||||||| |||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  32792574 tgagattgctagaagatacaaaaaatgaatctgcaaatttacaatattcaacaaatcatataaaggatttaggaa 32792500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 226 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14536039 - 14535925
Alignment:
Q  226 aattgaagactataagaattgaagacagagtgagattgttagatgatgctaaaaatgaatctgtaaatttacaattttcacaaagcatataaaggagtta 325  Q
    |||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||||  || ||||| |||| |||| ||  || ||||||||||  ||||| ||||||||||| | |    
T  14536039 aattgaagactagaagcatccaagacaaagtgagattgtgtgaagatgcaaaaattgaaact--aagtttacaatttcaacaaatcatataaaggattca 14535942  T
Q  326 ggaagggtactacagaa 342  Q
    |||||| ||||||||||    
T  14535941 ggaaggatactacagaa 14535925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 429 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 32791961 - 32791912
Alignment:
Q  429 taaactgcacttcagatcaacattgatttttaattatttctatgaaaaat 478  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  32791961 taaattgcaattcagatcaacattgattttaaataatttctatgaaaaat 32791912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 7391665 - 7391563
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagt 115  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7391665 catagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataatt 7391566  T
Q  116 aaa 118  Q
    |||    
T  7391565 aaa 7391563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 112
Target Start/End: Original strand, 48298946 - 48299042
Alignment:
Q  16 catagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagata 112  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  48298946 catagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagata 48299042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University