View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21053_low_5 (Length: 468)

Name: NF21053_low_5
Description: NF21053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21053_low_5
NF21053_low_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-459)||(1807796-1808240)
chr1 (18-443)||(1875416-1875841)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (20-445)||(25797977-25798402)
chr3 (14-443)||(49993128-49993557)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 1808240 - 1807796
Alignment:
Q  15 aaaaccaatcccaataccaattttgcaaaaccaagaagtgcaacacaccctccactccttcctccaaatttatactgtcctgctagtcctccagcaccat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1808240 aaaaccaatcccaataccaattttgcaaaaccaagaagtgcaacacaccctccactccttcctccaaatttatactgtcctgctagtcctccagcaccat 1808141  T
Q  115 gacaagttggcacagcaccaaaccatgaaccaactaaattcattagtccaactgtcactgaaattgatgtaactgaaaattccctttcagggaaaagatc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1808140 gacaagttggcacagcaccaaaccaagaaccaactaaattcattagtccaactgtcactgaaattgatgtaactgaaaattccctttcagggaaaagatc 1808041  T
Q  215 tgttgataatttacaaacagctatcactgagttcaacattgacaatggaagttgtggaattgcacctttaataaaacctttcttccaattttgtttagtg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1808040 tgttgataatttacaaacagctatcactgagttcaacattgacaatggaagttgtggaattgcacctttaataaaacctttcttccaattttctttagtg 1807941  T
Q  315 aatttcattacttctattttagagggtccaaatttaatttcatgcacgacttcacttcttcttataaaaaccaaaactattcccaatacaaagactataa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1807940 aatttcattacttctattttagagggtccaaatttaatttcatgcacaacttcacttcttcttataaaaaccaaaactattcccaatacaaagactataa 1807841  T
Q  415 aagcagaaggaagtgaaaaaataatctttcttagtttattcatct 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1807840 aagcagaaggaagtgaaaaaataatctttcttagtttattcatct 1807796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 1875841 - 1875416
Alignment:
Q  18 accaatcccaataccaattttgcaaaaccaagaagtgcaacacaccctccactccttcctccaaatttatactgtcctgctagtcctccagcaccatgac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  1875841 accaatcccaataccaattttgcaacaccaagaagtgccacacaccctccactccttccaccaaatttatactgtcctgctagtccaccagcaccatggc 1875742  T
Q  118 aagttggcacagcaccaaaccatgaaccaactaaattcattagtccaactgtcactgaaattgatgtaactgaaaattccctttcagggaaaagatctgt 217  Q
    ||| |||||  |||||||||||  ||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||| || | |||  |    
T  1875741 aagatggcattgcaccaaaccaacaaccaaccaaattcatcaacccaactgtcactgaaagtgaagtgactgaaaagtccttttcaggaaacaaatcctt 1875642  T
Q  218 tgataatttacaaacagctatcactgagttcaacattgacaatggaagttgtggaattgcacctttaataaaacctttcttccaattttgtttagtgaat 317  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  1875641 tgacaacttacaaacagctatcacagagttcaagattgtcaaaggaagttgaggaattgtacctttgataaaacctttcttccaagcatgtttagtgaat 1875542  T
Q  318 ttcattacttctattttagagggtccaaatttaatttcatgcacgacttcacttcttcttataaaaaccaaaactattcccaatacaaagactataaaag 417  Q
    ||||  |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| || | |   ||| |||| ||  ||||||  |  || || ||||||| || |||||    
T  1875541 ttcaccacttctattgaagagggtccaaacttaatttcatgcaccacattaggcctttttatgaatgccaaaataacacctaaaacaaagattacaaaag 1875442  T
Q  418 cagaaggaagtgaaaaaataatcttt 443  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  1875441 cagaaggaagtgaaaaaagaatcttt 1875416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 445
Target Start/End: Original strand, 25797977 - 25798402
Alignment:
Q  20 caatcccaataccaattttgcaaaaccaagaagtgcaacacaccctccactccttcctccaaatttatactgtcctgctagtcctccagcaccatgacaa 119  Q
    |||||| |||||||||||| |   |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  25797977 caatcctaataccaattttcctgcaccaagaagtgccacacaccctccacttcttccaccaaatttatattgtcctgcgagtccaccggcaccatgacaa 25798076  T
Q  120 gttggcacagcaccaaaccatgaaccaactaaattcattagtccaactgtcactgaaattgatgtaactgaaaattccctttcagggaaaagatctgttg 219  Q
    |||||||||  |||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  25798077 gttggcacacaaccaaaccaacaaccgatcaaattcattagtccaactgtcactgaaattgaagtaactgaaaattccttttctggaaaaagatctgttg 25798176  T
Q  220 ataatttacaaacagctatcactgagttcaacattgacaatggaagttgtggaattgcacctttaataaaacctttcttccaattttgtttagtgaattt 319  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  25798177 ataacttacaaacagctatgacagagttcaaaattgacaatggaagttgaggaattgcacctttgacaaaacctttcttccatgcatgtttagtgaattt 25798276  T
Q  320 cattacttctattttagagggtccaaatttaatttcatgcacgacttcacttcttcttataaaaaccaaaactattcccaatacaaagactataaaagca 419  Q
    ||  | |||||||  ||  |||||||||||||||||||  || ||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||| |||    
T  25798277 caccaattctattgaagttggtccaaatttaatttcattgacaacttcatgttttcttataaaaaccaaaacaatccccaacacaaagactacaaatgca 25798376  T
Q  420 gaaggaagtgaaaaaataatctttct 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25798377 gaaggaagtgaaaaaataatctttct 25798402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 443
Target Start/End: Original strand, 49993128 - 49993557
Alignment:
Q  14 caaaaccaatcccaataccaattttgcaaaaccaagaagtgcaacacaccctccactccttcctccaaatttatactgtcctgctagtcctccagcacca 113  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49993128 caaaacaaaacccaaaaccaattttgcagcaccaagaattgccacacaccctccactcctcccaccaaatttatactgtcctgctaatcctccagcacca 49993227  T
Q  114 tgacaagttggcacagcaccaaaccatgaaccaactaaattcattagtccaactgtcactgaaattgatgtaactgaaaattccctttcagggaaaagat 213  Q
    |||||   ||||| ||||||||||||   ||| |  | ||||||||  |||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| |    || || | ||    
T  49993228 tgacagcatggcatagcaccaaaccaaccacccaaaagattcattaacccaactgtcactgaaagtgaagttactgaaaagtccttggttggaaataaat 49993327  T
Q  214 ctgttgataatttacaaacagctatcactgagttcaacattgacaatggaagttgtggaattgcacctttaataaaacctttcttccaattttgtttagt 313  Q
    | |  |||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| || ||||||||||  |||||    |||||||     
T  49993328 cagaggatagtttgcaaacagctatcaccgagttcaaaattgacaagggtagttgtggaatagtaccctttataaaaccttgtttccatgcatgtttaga 49993427  T
Q  314 gaatttcattacttctattttagagggtccaaatttaatttcatgcacgacttcacttcttcttataaaaaccaaaactattcccaatacaaagactata 413  Q
     ||||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  || | |   |||||||||||| ||||||  |  ||||| ||||| ||||||    
T  49993428 aaatttcactaactctatattagaaggtccaaatttaatttcatgtatcacattaggccttcttataaaacccaaaatcacacccaaaacaaatactata 49993527  T
Q  414 aaagcagaaggaagtgaaaaaataatcttt 443  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  49993528 aaagcagaaggtagtgaaaaaacaatcttt 49993557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University