View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21054_high_2 (Length: 566)

Name: NF21054_high_2
Description: NF21054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21054_high_2
NF21054_high_2
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (19-556)||(31224322-31224845)
chr5 (25-475)||(31188974-31189414)
chr5 (25-338)||(31185454-31185764)
chr5 (25-303)||(31178926-31179202)
chr5 (45-303)||(41323711-41323966)
chr5 (25-295)||(41321700-41321967)
chr5 (22-303)||(41327609-41327887)
chr5 (27-304)||(41369207-41369481)
chr5 (45-303)||(41331622-41331877)
chr5 (45-252)||(41285761-41285965)
chr5 (30-346)||(41315599-41315912)
chr5 (45-303)||(41336551-41336806)
chr5 (45-303)||(41365802-41366057)
chr5 (309-418)||(31179934-31180040)
chr5 (22-151)||(41359610-41359742)
chr5 (171-294)||(41358643-41358766)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (25-327)||(17249662-17249961)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 31224845 - 31224322
Alignment:
Q  19 gctctgtcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224845 gctctgtcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgca 31224746  T
Q  119 ttaagggtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtcca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31224745 ttaagggtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgtaagtttcctatgatgggtagtgtcca 31224646  T
Q  219 tggtcctggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgcta 318  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224645 tggtcctggtggtaaattgatattggaattgttacaactccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgcta 31224546  T
Q  319 ttaaagaaagagttgtgaaactccatgatggtagattgattcaggatgattgaaagatgggagtgtatgtgtgttttacatttcgtttagttttatatat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31224545 ttaaagaaagagttgtgaaactccatgatggtaga--------------ttgaaagatgggagtgtatgtgtgttttacatttggtttagttttatatat 31224460  T
Q  419 tttttatggtccccccacctaagattgtagtgtgtgtatttctcaagtctttaattctgcggcgtgcaagaccgtgtttggtcgaagatcggcaccaata 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224459 tttttatggtccccccacctaagattgtagtgtgtgtatttctcaagtctttaattctgcggcgtgcaagaccgtgtttggtcgaagatcggcaccaata 31224360  T
Q  519 gggtggaaataagttaggccgttcgtcatggacctatg 556  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224359 gggtgggaataagttaggccgttcgtcatggacctatg 31224322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 25 - 475
Target Start/End: Original strand, 31188974 - 31189414
Alignment:
Q  25 tcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagg 124  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31188974 tcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaggtgcattaagg 31189073  T
Q  125 gtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 224  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31189074 gtccatatgtatcagctaaatttttgaagcattgatgaggcaat---gagttgctaataagttgatgcatgtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 31189170  T
Q  225 tggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgctattaaag 324  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||     
T  31189171 tggtggtaaattgatactggaattgttacaactccattttttaactattttgagtagcacaaagagaaagagaaaggagcaaataaaagtgctattaaaa 31189270  T
Q  325 aaagagttgtgaaactccatgatggtagattgattcaggatgattgaaagatg---ggagtgtatgtgtgttttacatttcgtttagttttatatatttt 421  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||   | ||||| ||||||| |||||| |      ||||||||||||||    
T  31189271 aatgggttgtgaaactccatgatggtagattgattcaggaggattgagaaatggtagtagtgtgtgtgtgtcttacatgt------gttttatatatttt 31189364  T
Q  422 ttatggtccccccacctaagattgtagtgtgtgtatttctcaagtctttaattc 475  Q
    ||||||||||    |||||||| || |||||||||||  | ||||||| |||||    
T  31189365 ttatggtccc----cctaagatggttgtgtgtgtattcttgaagtcttgaattc 31189414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 25 - 338
Target Start/End: Original strand, 31185454 - 31185764
Alignment:
Q  25 tcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagg 124  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31185454 tcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaggtgcattaagg 31185553  T
Q  125 gtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 224  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||   |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31185554 gtccatatttttcagctaaatttttgaagcactgatgaggcaa---tgagtttctaataatttgatgtatgtttcctatgatgggtagtgtccgtggtcc 31185650  T
Q  225 tggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgctattaaag 324  Q
    | |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| || |||||||||||| | |||| ||||||||||     
T  31185651 ttgtggtaaattgatagtagaattattacacctccatcttttaactatttttagtagcactaagaaaatgagaaaggaggcaacaaaattgctattaaaa 31185750  T
Q  325 aaagagttgtgaaa 338  Q
     ||| |||||||||    
T  31185751 gaagggttgtgaaa 31185764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 303
Target Start/End: Original strand, 31178926 - 31179202
Alignment:
Q  25 tcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagg 124  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| || ||||||||    
T  31178926 tcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattatgtatgacacttctcctaattttaggtacattaagg 31179025  T
Q  125 gtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||   | || |||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31179026 gtccatatttttcagccaaatttctgaagcactgatga---agtaatgagttactaataacttgatgtatgtttcctatgacgggtagtgtccatggtcc 31179122  T
Q  225 tggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtcca-ttttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31179123 tggtggtaaattgatactggaattgttacaactccatttttttaactattttgagtagcacaaagagaaagagaaaggag 31179202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 41323966 - 41323711
Alignment:
Q  45 tgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaa 144  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  41323966 tgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattatgtatggtacctctcctagtttaaggtgcattaaaggtccatatttatcagccaaa 41323867  T
Q  145 ttttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtgg 244  Q
     |||| |||   ||||| |||||   |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  41323866 attttgaagcggtgatggggcaa---tgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggtagttcccatggtccaggtggcaatttggtagtgg 41323770  T
Q  245 aattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||    
T  41323769 aattgttaaaactccatcttttaactattttgaatagcactaagaggatgagaaaggag 41323711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 41321967 - 41321700
Alignment:
Q  25 tcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagg 124  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||  |    
T  41321967 tcacaaaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggtacctctcctagtttaaggtgcattagag 41321868  T
Q  125 gtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 224  Q
    |||||||||| || |||||| |||| |||   ||||| |||||   |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  41321867 gtccatatttatctgccaaaattttgaagagatgatggggcaa---tgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaagggtagtttccatggtcc 41321771  T
Q  225 tggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaaga 295  Q
    |||||| ||||| |  |||||| ||||| || ||||| |||| |||| ||||| || ||||||||| ||||    
T  41321770 tggtggcaaattaaccgtggaagtgttataactccatattttgactattttgaataacaccaagaggaaga 41321700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 41327887 - 41327609
Alignment:
Q  22 ctgtcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcatta 121  Q
    ||||| || |||||||| || | ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  41327887 ctgtcgcagaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggtacctctcctagtttaaggtgcatta 41327788  T
Q  122 agggtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatgg 221  Q
      ||||||||||| || |||||| |||| |||   ||||| |||||   |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  41327787 gaggtccatatttatctgccaaaattttgaagagatgatggggcaa---tgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggtagtttccatgg 41327691  T
Q  222 tcctggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    ||||||||| || ||| |||| ||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||| ||| || ||||| | ||||||||||    
T  41327690 tcctggtggcaatttggtagtcgaattgttaaaactccatctttgaactattttgaatagaactaagaggatgagaaaggag 41327609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 41369481 - 41369207
Alignment:
Q  27 acaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggt 126  Q
    ||||||| |||| || | |||||| | |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  41369481 acaaaaggtgagatcatgtgtttttagaatctctttggccatttctggtgaactaactattatgcatgatatctctcctagttttagatgcattaagggt 41369382  T
Q  127 ccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctg 226  Q
    |||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||   | |||| | |||||||||||||| |  |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  41369381 ccatatttctttgccaaatttttgaagcaatgatggggc---agtgagctactaataatttgatgtatatttcctgtgaggggcagtgtccatggccctg 41369285  T
Q  227 gtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggagg 304  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| | || |||| |||||||||||  ||||  |||||||||||||    
T  41369284 gtggtaaattgatggtggaatagttacacctccatctcttgactattttgagtagcaaaaagatgaagagaaaggagg 41369207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 41331877 - 41331622
Alignment:
Q  45 tgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaa 144  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||  |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||||     
T  41331877 tgttttcataacctcttttgccatttctggtgaactaactattacatatggtacctctcctagtttaaggtgcatcaaaggtccatatttttctgccaac 41331778  T
Q  145 ttttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtgg 244  Q
    ||||| |||   ||||| ||||||   ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  41331777 tttttgaagaggtgatggggcaat---gatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggtagtttccatggtcctggtggcaatttggtagtgg 41331681  T
Q  245 aattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    |||||||| || ||||| ||| ||||| ||||| ||| || ||||| | ||||||||||    
T  41331680 aattgttaaaactccatctttgaactattttgaatagaactaagaggatgagaaaggag 41331622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 41285965 - 41285761
Alignment:
Q  45 tgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaa 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||  |||||    
T  41285965 tgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggcacctctcctagttttaagtgcatcagaggtccatatttctcttccaaa 41285866  T
Q  145 ttttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtgg 244  Q
     |||| ||| | ||||| |||   | |||| | |||||||| ||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41285865 attttgaagcaatgatggggc---agtgagctactaataatatgatgtatatttcctatgaggggcagtgtccatggtccaggtggtaaattgatagtgg 41285769  T
Q  245 aattgtta 252  Q
    || |||||    
T  41285768 aactgtta 41285761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 41315912 - 41315599
Alignment:
Q  30 aaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtcca 129  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||| ||| | || ||| |||||||||    
T  41315912 aaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggcacccctcctaatttcaggtacatcaagggtcca 41315813  T
Q  130 tatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtg 229  Q
    ||||| || ||||||  ||| ||    ||||| ||||||   ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  41315812 tatttatctgccaaaaatttaaaacggtgatggggcaat---gatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaagggtagtttccatggtcctggtg 41315716  T
Q  230 gtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgctattaaagaaaga 329  Q
    | ||||| |  |||||| ||||| || ||||| |||| |||| ||||| || ||||||||| |||| |||| |||  || || ||| ||||||| |||      
T  41315715 gcaaattaaccgtggaagtgttataactccatattttgactattttgaataacaccaagaggaagataaagaaggaaatgaaggtgatattaaaaaaatg 41315616  T
Q  330 gttgtgaaactccatga 346  Q
    |||||||| ||||||||    
T  41315615 gttgtgaagctccatga 41315599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 45 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 41336806 - 41336551
Alignment:
Q  45 tgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaa 144  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||||     
T  41336806 tgttttcataatctcttttgccatttctggtgaactaactactacatatggtacctctcctagtttaaggtgcatcaaaggtccatatttttctgccaat 41336707  T
Q  145 ttttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtgg 244  Q
    ||||| |||   ||||| ||   |   ||| ||| | |||| || || | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  41336706 tttttgaagaggtgatgggggggt---gagctgccactaatctggtgtatgtttcctatgaggggtagtttccatggtcctggtggcaatttggtagtgg 41336610  T
Q  245 aattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    |||||||| || ||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||    
T  41336609 aattgttaaaactccatctttgaactattttgaatagcactaagaggatgagaaaggag 41336551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 41366057 - 41365802
Alignment:
Q  45 tgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaa 144  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||  || |||||     
T  41366057 tgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctaactttaggtgcattaagggtccatattcctctgccaat 41365958  T
Q  145 ttttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtgg 244  Q
    ||||| | ||  ||||| |||||   |||  |  | ||||| ||||| | ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  41365957 tttttgaggtggtgatggggcaa---tgaactcgttataatctgatgtatgtttcctatgaggggcattgtccatggtccaggtggtaaattgacaatgg 41365861  T
Q  245 aattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggag 303  Q
    | ||||||    || || ||||||| | ||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  41365860 agttgttagcgctcaatgttttaacaactttgaatagcactaagaggaagagaaaggag 41365802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 418
Target Start/End: Original strand, 31179934 - 31180040
Alignment:
Q  309 aaaagtgctattaaagaaagagttgtgaaactccatgatggtagattgattcaggatgattgaaagatgggagtgtatgtgtgttttacatttcgtttag 408  Q
    ||||| ||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  || |||||||||||||  |||||    
T  31179934 aaaagcgctattaaaaaatgggttgtgaaactccat-atggtagattgattaaggagaattgaaagatggtagtg--tgagtgttttacatttgctttag 31180030  T
Q  409 ttttatatat 418  Q
    || |||||||    
T  31180031 ttatatatat 31180040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 41359742 - 41359610
Alignment:
Q  22 ctgtcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacct---ctcctagttttaagtgca 118  Q
    ||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||| ||| | |||||   | ||||  |||| |||||    
T  41359742 ctgtcaccaaaggtaaggtcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtggactaactattatgtaaggtacctgatcacctaactttaggtgca 41359643  T
Q  119 ttaagggtccatatttttcagccaaatttttta 151  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  41359642 ttaagagtccatatttctcagccaaatttttta 41359610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 41358766 - 41358643
Alignment:
Q  171 tgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcctggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaact 270  Q
    |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||  | ||| | |||||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||  | || || |||||||     
T  41358766 tgagctgcttataatctgatgtaagtttcctacaaggggcattgtccatggtccaggtggtaagttgacggtagaattgttagcactcaatgttttaaca 41358667  T
Q  271 aatttgagtagcaccaagagaaag 294  Q
    | ||||| |||||| |||||||||    
T  41358666 attttgaatagcacgaagagaaag 41358643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 327
Target Start/End: Original strand, 17249662 - 17249961
Alignment:
Q  25 tcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagttttaagtgcattaagg 124  Q
    ||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||   |||||||||    
T  17249662 tcacaaaaggtaaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgttggtgaactaactattaggtgtggtacctctcctagttttagcagcattaagg 17249761  T
Q  125 gtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgcaagtttcctatgatgggtagtgtccatggtcc 224  Q
    |||||||||| || |||||| | || ||    ||||| ||    | ||||    | ||||||||||| | ||||||||| | ||| |  ||||||||| |    
T  17249762 gtccatatttatctgccaaaatcttgaaccggtgatgggg---aagtgaggaagtgataatttgatgtatgtttcctataaagggcaaagtccatggtgc 17249858  T
Q  225 tggtggtaaattgatagtggaattgttacaagtccattttttaactaatttgagtagcaccaagagaaagagaaaggaggctataaaagtgctattaaag 324  Q
     || ||| | || ||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||| || || ||| ||||| ||    
T  17249859 aggcggtgagttaatagtaggattgttacaactccatcttttaactatttttagtagcaccaaaaggaagagaaaggaggccatgaaggtgatattagag 17249958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University