View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21054_low_1 (Length: 1019)

Name: NF21054_low_1
Description: NF21054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21054_low_1
NF21054_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-1011)||(53693625-53694625)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 914; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 914; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1011
Target Start/End: Original strand, 53693625 - 53694625
Alignment:
Q  19 gatgctactgcatttctgtttcgagtctcctctgacctgtgaaggaataatccatacagattagaaatttcaaaacatggaaaaccatgataacaatgac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693625 gatgctactgcatttctgtttcgagtctcctctgacctgtgaaggaataatccatacagattagaaatttcaaaacatggaaaaccatgataacaatgac 53693724  T
Q  119 aaaatatataggttggtcaggaaccaaaactgtattatgatactgatgattctttgagcaaacaagatgatgaagctcaaaccaactccaatctaacaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693725 aaaatatataggttggtcaggaaccaaaactgtattatgatactgatgattctttgagcaaacaagatgatgaagctcaaaccaactccaatctaacaga 53693824  T
Q  219 atgccatgtaccaccaaaagcactccatgttcagtaaccatgagtggtggaatgtttcagttatagtccaatgtttcaacatgttctctatcatcaaagc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693825 atgccatgtaccaccaaaagcactccatgttcagtaaccatgagtggtggaatgtttcagttatagtccaatgtttcaacatgttctctatcatcaaagc 53693924  T
Q  319 -aaacatagatgtagaggattcaaagcaacactaaagtgtttcctccttcaca-----atgcaatgcaatcaattaatcctgttacaagaactctcatag 412  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693925 aaaacatagatgtagaggattcaaagcaacactaaagtgtttcctccttcacaacttgatgcaatgcaatcaattaatcctgttacaagaactctcatag 53694024  T
Q  413 aaggagagtgtttaacagagtcggataaatcaagcttaagttgggacttaggtaaatccagcaaaaatttgaggttatatgtaacctcccctatagta-- 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  53694025 aaggagagtgtttaacagagtcggataaatcaagcttaagttgggacttaggtaaatccagcaaaaatttgaggttatatgtaacctcccctatagtatt 53694124  T
Q  511 ttgaggtttatttgctatgtaaatgagttatgaatggttttcaaatggttaactaagtggagggaaagtttaagagatcatgttggataataatctaaaa 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694125 ttgaggtttatttgctatgtaaatgagttatgaatggttttcaaatggttaactaggtggagggaaagtttaagagatcatgttggataataatctaaaa 53694224  T
Q  611 atcttgtcatttgaggccatatgagaggacgaaaaggacaatagggagaaatgtgaatttgataattatgtcttgtttaaatccatctctttttatatca 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  53694225 atcttgtcatttgaggccatatgagaggacgaaaaggacaatagggagaaatgtgaatttgataattatgtcttgtttaaatccatctctttttatttca 53694324  T
Q  711 agactgagctatatgatgtaacaaacaatacatctctttttattccttnnnnnnnnnnnncacatctaattttattttaagagcaaaccatatcaattac 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694325 agactgagctatatgatgtaacaaacaatacatctctttttattccttaaaaaataaaaacacatctaattttattttaagagcaaaccatatcaattac 53694424  T
Q  811 ttggccaaattcaacaatcgctataaaaataaataattaaatatgtaaatggtctttgcaaatataacaaacttaggttttggtccatacaattacaaat 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694425 ttggccaaattcaacaatcgctataaaaataaataattaaatatgtaaatggtctttgcaaatataacaaacttaggttttggtccatacaattacaaat 53694524  T
Q  911 tctttcaatttgacgtgcaaatattaatcattatgaatttgtccttgatctcatttttccattgatgtggtgcactttaacttatttggtagtgatgatg 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694525 tctttcaatttgacgtgcaaatattaatcattatgaatttgtccttgatctcatttttccactgatgtggtgcactttaacttatttggtagtgatgatg 53694624  T
Q  1011 t 1011  Q
    |    
T  53694625 t 53694625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University