View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21072_low_1 (Length: 816)

Name: NF21072_low_1
Description: NF21072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21072_low_1
NF21072_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-810)||(48719939-48720731)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 48720731 - 48719939
Alignment:
Q  19 ctacgtccatttaatcaatttctctcatttcttcgatgtaaaaataatagaagttctagattggaataacataggacggagcataatcacatgcagcctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48720731 ctacgtccatttaatcaatttctctcatttcttcgatgtaaaaataatagaagttctagattggaataacataggacggagcctaatcacatgcagcctt 48720632  T
Q  119 catcccctaagcaatcatgaaaacaaagaatatgaaacttaagcaataatatttgggcatatggcatacgtgtatggctgagacttgagagaatgtccca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720631 catcccctaagcaatcatgaaaacaaagaatatgaaacttaagcaataatatttgggcatatagcatacgtgtatggctgagacttgagagaatgtccca 48720532  T
Q  219 gtttcaaatattaggtaagcagttaaagatttgtcaaagtaggtaaacacacgaccaaaagtaaacacgactctcattctcaacaaagttggtgagcaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720531 gtttcaaatattaggtaagcagttaaagatttgtcaaagtaggtaaacacacgaccaaaagtaaacacgactctcattctcaacaaagttggtgagcaca 48720432  T
Q  319 cccaacatatccttttgtttttctttccttctaattatattcacacaacaaaatcaacattttgaacagcgaaataggaattttttgtaaccattgcttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48720431 cccaacatatccttttgtttttctttccttctaattatattcacacaacaaaatcaacattttgaacagcgaaataggaattttttgtaactattgcttt 48720332  T
Q  419 catgaaaaatcgacatcactgaatggtg-aaaaccatagcatagaaaatcctcaattatacaaacacaagaagaaaataatgaacttgtccacactcttc 517  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720331 catgaaaaattgacatcactggatggtgtgaaaccatagcatagaaaatcctcaattatacaaacacaacaagaaaataatgaacttgtccacactcttc 48720232  T
Q  518 acgatattgtatgtgttttgttttgtatacattttcagtcctcaaatttacttcctttgacatccacaacgaacctatacctcacatcattcttctccaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720231 acgatattgtatgtgttttgttttgtatacattttcagtcctcaaatttacttcctttgacatccacaacgaacctatacctcacatcattcttctccaa 48720132  T
Q  618 tctttcaaaagctttgttaatgtaatccatggtcacaatttcaatcatggaacttagacccttctctttccaaaactccaacatctcctctgtctccttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720131 tctttcaaaagctttgttaatgtaatccatggtcacaatttcaatcatggaacttagacccttctctttccaaaactccaacatctcctctgtctccttc 48720032  T
Q  718 acgctcccaacaaagcttccagtaattgacttcctccctacgcaaaacaacatcaataggttagaagatatcattcaaattggaaaaagaagt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48720031 acgctcccaacaaagcttccagtaattgacttcctccctacgcaacacaacatcaatagattagaagatatcattcaaattggaaaaagaagt 48719939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University