View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21079_low_1 (Length: 756)

Name: NF21079_low_1
Description: NF21079
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21079_low_1
NF21079_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-744)||(7653938-7654663)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 7654663 - 7653938
Alignment:
Q  20 tccaggagatccaattgcaattctatggattgccattattattattaattatctcaagaatcagaacctatagaaacagatcaaaagagaagatcagatt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7654663 tccaggagatccaattgcaattctatggattgccattattattattaattagttcaagaatcgaaacttatagaaacagataaaaagagaagatcagatt 7654564  T
Q  120 cttatttatgtgtttcttgattatatttcttttctgtataatttggttgaaattaaggggaaactataagagctttgtttagtgtttaaataccaaaata 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654563 cttatttatgtgtttcttgattatatttctttt---tataatttggttgaaattaaggggacactataagagctttgtttagtgtttaaataccaaaata 7654467  T
Q  220 aacggccaaggaaacggtcactgtgtgagactgtataggtttcaattatatgtgcca----tgcatgcagctagtgaagtgagtgagctacttggtcata 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654466 aacggccaaggaaacggtcactgtgtgagactgtataggtttcaattatatgtgcaagctatgcatgcagctagtgaagtgagtgagctacttggtcata 7654367  T
Q  316 gttttgacatgtatgtggctgtgaattgatgtagctgtaggtgaaattggagatcatagtaaaaaccattggttgattatgatagtgtaatattttcacc 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654366 gttttgacatgtatgtggctgtgaattgatgtagctgtaggtgaaattggagatcacagtaaaaaccattggttgattatgatagtgtaatattttcacc 7654267  T
Q  416 gaaagtaacgggtagccttaacatttgaggacaaacagaactgaccaagtttatttttaatgcattttagtttcaaaataatatagtggcgatgcaatgg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654266 gaaagtaacgggtagccttaacatttgaggacaaacagaactgaccaagtttatttttaatgcattttagtttcaaaataatatagtggcgatgcaatgg 7654167  T
Q  516 aatgagtgtgatatatattataaattgtgttgtgacatgagtaaggagacattttgtatacgagtgttagaaaagtaaatcatgattgctagccacatat 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7654166 aatgagtgtgatatatattataaattgtgttgtgacatgagtaaggagacattttgtatacgagtgttagaaaagtaaatcatgattgctaatcacatat 7654067  T
Q  616 actttcatattaatcatcaatgtatcaatagtatccttcaagtgggtttcttgcacaagatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttctaatatgtttctt 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||    
T  7654066 actttcatattaatcatcaatgtatcaataatatccttcaagtgggtttcttgcacaagatggttttcttttttactttttggtttctaatatgtttctt 7653967  T
Q  716 gcacaagaagtaatcctattcgagatatt 744  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653966 gcacaagaagtaatcctattcgagatatt 7653938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University