View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21080_low_5 (Length: 544)

Name: NF21080_low_5
Description: NF21080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21080_low_5
NF21080_low_5
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-527)||(28607267-28607793)
chr5 (16-351)||(7589803-7590136)
chr5 (443-506)||(7590191-7590254)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-527)||(439110-439636)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-519)||(13658650-13659168)
chr3 (5-519)||(13651161-13651678)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 28607793 - 28607267
Alignment:
Q  1 tatgtatgagaaaacaaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcaattata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28607793 tatgtatgagaaaacaaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcgattata 28607694  T
Q  101 ggatgcaccacaaagatgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgcacttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28607693 ggatgcaccacaaagatgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgcacttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatga 28607594  T
Q  201 ataaaatccaagcatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28607593 ataaaatccaagcatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctac 28607494  T
Q  301 aactggaaaacctgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatttgttgtattttcttcaagttcagatccatcaccctttccataaaaattt 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28607493 gactggaaaacctgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatttgttgtattttcttcaagttcagatccatcaccctttccataaaaattt 28607394  T
Q  401 cgatgtagaaggtataaagccggtcccatcaccattggaaaaatgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28607393 cgatgtagaaggtataaagccggtcccatcaccattggaaaaatgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattca 28607294  T
Q  501 agttcatctctaaaccacttaggaatg 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  28607293 agttcatctctaaaccacttaggaatg 28607267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 351
Target Start/End: Original strand, 7589803 - 7590136
Alignment:
Q  16 aaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcaattataggatgcaccacaaag 115  Q
    ||||| |||||| ||||||||||   |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| | ||  |||| |||  ||  |||||||||    
T  7589803 aaaaattcccatgaccacaaagagatattggttatcattccattaatctctttttgtcttgcgatcaatggccttgacaatgatacaatataccacaaag 7589902  T
Q  116 atgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgcacttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatgaataaaatccaagcat 215  Q
    |||||||| |||| |||||| |    | |||||||||  || | | |  || ||  ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  7589903 atgcaaattaaaataaatataatgacgattaacactgagtaaactccttttatatgattaattgaaaatggaagaaataacatgaataaaatccaagcat 7590002  T
Q  216 atgt--gtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctat-aactggaaaacc 312  Q
    ||||  |||  ||||||| |||  ||||| |     || ||||||| |||||||  ||||| ||||| || |||||||||| ||||| || |||||||||    
T  7590003 atgtacgtccgtgatcattgctactgttagt-----ctcaccaagatcagtatagtgaagtatgagcccataaagggtgtgtgctataaattggaaaacc 7590097  T
Q  313 tgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatt 351  Q
    |||||||  |||||||||||||  || |||| |||||||    
T  7590098 tgtcacatcgagaactaaagtcagtaatacataagcatt 7590136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 443 - 506
Target Start/End: Original strand, 7590191 - 7590254
Alignment:
Q  443 atgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattcaagttca 506  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7590191 atgattccgaaaatcgcaatggttgcagctttctttttaacatgtaaaatggtattcaagttca 7590254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 439110 - 439636
Alignment:
Q  1 tatgtatgagaaaacaaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcaattata 100  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||| |  ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||    
T  439110 tatgaatgagaaaaccataaggcccataaagacaaaaactagttggttagcatcccattcatctctttctgtcttgcgatcaatgacctttacaatgata 439209  T
Q  101 ggatgcaccacaaagatgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgcacttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatga 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||   |  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  439210 ggatgcaccacaaagatggaaatgaatataaatattgcagtgcttaacgtcgtgtatattgcctctgtaccattaactgaaaatggaacaaataatacga 439309  T
Q  201 ataaaatccaagcatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||     
T  439310 ataaaatccaagcatatgtgtcactgatcatggctgatgttaatgcaaccttcccaagaccagtatagagaagtttaagctcagacagggtgtggactac 439409  T
Q  301 aactggaaaacctgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatttgttgtattttcttcaagttcagatccatcaccctttccataaaaattt 400  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | || ||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  439410 aactggaaaacctgtcacagtaagaactaaagtccataatatataaacatttattgtactttcttcaagattagatccatcacccttgccataaaatttt 439509  T
Q  401 cgatgtagaaggtataaagccggtcccatcaccattggaaaaatgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattca 500  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  439510 cgatgtagaaggtataaagctggtcccatcaccattggaaaaattatcccagaaattgcaatagttgcagctttctttttaacatgtaaaatggtattca 439609  T
Q  501 agttcatctctaaaccacttaggaatg 527  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  439610 agttcacctccaaaccacttaggaatg 439636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 13659168 - 13658650
Alignment:
Q  1 tatgtatgagaaaacaaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcaattata 100  Q
    |||| ||||| |||||||||  |||||||| | ||||| |||||  ||| | | ||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||| |||| ||     
T  13659168 tatgcatgagcaaacaaaaatccccatcacaagaaagagtaattctttatcgttccattcatctctttcagtcttgcgatcaatgaactttacaatgatc 13659069  T
Q  101 ggatgcaccacaaagatgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgcacttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatga 200  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||| | |  |||||||| ||| ||||||| ||  | | ||     
T  13659068 ggacgcaccagaaaaatgcaaatgaaaacaaatatgacggtgcttaacactgagtatattgcccctacaccattaattgagaatggaagaataactgtgt 13658969  T
Q  201 ataaaatccaagcatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctat 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  13658968 ataaaatccaagaatatgtgtcactgatcatagatgctgttaatgcagtttgaccaagaccagtattaagaagttttagctcagaaagtgtgtgagctac 13658869  T
Q  301 aactggaaaacctgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatttgttgtattttcttcaagttcagatccatcaccctttccataaaaattt 400  Q
    || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||  || | || | ||  ||||   |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  13658868 aattgaaaaacttgtcacagtgagaattaaagtccattctatataaactttcattgtgcatctttcaagtttagatccatcaccatttccataaaatttt 13658769  T
Q  401 cgatgtagaaggtataaagccggtcccatcaccattggaaaaatgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattca 500  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  13658768 cgatgtagaatgtataacggtggtcccatcaccattggaaagatgatcccggaaatcgcaatggttgcagctttctttttaacatgtaaaatgccattca 13658669  T
Q  501 agttcatctctaaaccact 519  Q
    ||| |||||| ||||||||    
T  13658668 agtccatctccaaaccact 13658650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 13651678 - 13651161
Alignment:
Q  5 tatgagaaaacaaaaagtcccatcaccacaaagactaattggttaccatcccattcatctctttctgtcttgcgattaatgacttttgcaattataggat 104  Q
    |||||| ||||||| |  |||||||  | ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| |||||| ||| | || ||||||     
T  13651678 tatgagcaaacaaacatccccatcagaagaaagagtaattgtttatcatcccattcatctctttcaagcttgcgatcaatgacctttacgatgataggac 13651579  T
Q  105 gcaccacaaagatgcaaatgaaaacaaatattacagtgcttaacactggatatattgc---acttgtaccattaactgaaaatggaacaaataatatgaa 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  || || ||||||||||  ||||||||   | |  ||||| ||| ||||||||||| |  || | || |    
T  13651578 gcaccacaaaaatgcaaatgaaaacaaatacgacggtacttaacactgagtatattgccacaatactaccagtaattgaaaatggaagagttattgtgta 13651479  T
Q  202 taaaatccaagcatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgcaaccttaccaagaccagtataaagaagtttgagctcagaaagggtgtgagctata 301  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |    
T  13651478 taaaacccaagaatatgtgtcactgatcatagctgttgttaatgccgtctgaccaagaccggtattaagaagtttgagctcggaaagtgtgtgagctaca 13651379  T
Q  302 actggaaaacctgtcacagtgagaactaaagtccatattacacaagcatttgttgtattttcttcaagttcagatccatcaccctttccataaaaatttc 401  Q
    | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| || ||||  ||||| ||||||| |||| || ||||||||| || |||||||| | ||    
T  13651378 attgaaaaacttgtcatagtgagaactaaagtccattgtacataaacattcattgtactttcttcgagtttaggtccatcaccattgccataaaagtatc 13651279  T
Q  402 gatgtagaaggtataaagccggtcccatcaccattggaaaaatgattccaaaaattgcaatagttgcagatttctttttaacatgtaaaatggtattcaa 501  Q
    ||||||||  |||||||   || ||||| ||||| ||||| ||||| ||  |||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13651278 gatgtagattgtataaaattggccccattaccatcggaaagatgatcccggaaatcgcaatggttgcatctttctttttaacatgtaaaatgctattcaa 13651179  T
Q  502 gttcatctctaaaccact 519  Q
    || |||||| ||||||||    
T  13651178 gtccatctccaaaccact 13651161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University