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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21088_high_2 (Length: 489)
Name: NF21088_high_2
Description: NF21088
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21088_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 11372527 - 11372037
Alignment:
| Q |
1 |
ttttaacgacattacataattatcatcagattccctaatatttttgttatttcatataggtgtgcaaaggttagagtgccagaagaaaatgaaagtttat |
100 |
Q |
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| T |
11372527 |
ttttaacgacattacataattatcatcagattccctaatatttttgttatttcatataggtgtgcaaaggttagagtgccagaagaaaatgaaagtttat |
11372428 |
T |
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| Q |
101 |
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182 |
Q |
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| T |
11372427 |
caaaaataagaagaatatgaaatgatttctttggctgaagatacattcatttgatggtgaagaataatcctcctcgggaaggcatcactcggagtgtccc |
11372328 |
T |
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| Q |
183 |
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282 |
Q |
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| T |
11372327 |
caagattgtttgagtcaatagttcattatttgtttgttttggattatttcctgcaaaaaagcagaacttgagttaattttagggtcaatgtttgtatgtt |
11372228 |
T |
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| Q |
283 |
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382 |
Q |
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| T |
11372227 |
gttttgaacattggcccgtcgttgacgcaatatttattcatgatttattagagatgtcattctagcaacattgaaaacgttgtatgaaattcaccaatat |
11372128 |
T |
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| Q |
383 |
ctataaatatattattcccctcttataacttttacttttgcacgcattgagcatatatttttcattttcttgttcattttactttgataat |
473 |
Q |
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| T |
11372127 |
ctataaatatattattcccctcttataacttttacttttgcactcattgtgcatgtatttttcattttcttgttcattttactttgataat |
11372037 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Original strand, 11354866 - 11355357
Alignment:
| Q |
1 |
ttttaacgacattacataattatcatcagattccctaatatttttgttatttcatataggtgtgcaaaggttagagtgccagaagaaaatgaaagtttat |
100 |
Q |
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| T |
11354866 |
ttttaacgacattacataattatcatcagattccctaatatttttgttatttcatataggtgtgcaaaggttagagtgccagaagaaaatgaaagtttat |
11354965 |
T |
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| Q |
101 |
aaaaaataagaagaatatgaaatgatttctttggctgaagatacattcgtttg-------------------cctcgggaaggcatcactcggagtgtcc |
181 |
Q |
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| T |
11354966 |
caaaaataagaagaatatgaaatgatttctttggctgaagatacattcatttgatgtgtgaagaataatcctcctcgggaaggcatcactcggagtgtcc |
11355065 |
T |
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| Q |
182 |
ccaagattgtttgagtcaatagttcattatttgtttgttttggattatttcctgcaaaaaagcagaacttgagttaattttagggtcaatgtttgtatgt |
281 |
Q |
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| T |
11355066 |
ccaagattgtttgagtcaatagttcattatttgtttgttttggattatttcctgcaaaaaagcagaacttgagttaattttagggtcaatgtttgtatgt |
11355165 |
T |
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| Q |
282 |
tgttttgaacattggcccatcgttgacgcaatatttattcatgatttattagagatgtcattctagcaacattgaaaacgttgtatgaaattcaccaata |
381 |
Q |
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| T |
11355166 |
tgttttgaacattggcccgtcgttgacgcaatatttattcatgatttattagagatgtcattctagcaacattgaaaacgttgtatgaaattcaccaata |
11355265 |
T |
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| Q |
382 |
tctataaatatattattcccctcttataacttttacttttgcacgcattgagcatatatttttcattttcttgttcattttactttgataat |
473 |
Q |
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| T |
11355266 |
tctataaatatattattcccctcttataacttttacttttgcactcattgtgcatgtatttttcattttcttgttcattttactttgataat |
11355357 |
T |
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