View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21088_low_1 (Length: 499)

Name: NF21088_low_1
Description: NF21088
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21088_low_1
NF21088_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-483)||(164369-164837)
chr4 (19-438)||(103448-103873)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (15-466)||(92431-92882)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (15-213)||(13052576-13052780)
chr7 (267-434)||(13052377-13052544)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-438)||(12137426-12137849)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (267-440)||(5670360-5670533)
chr8 (267-439)||(5722474-5722646)
chr8 (267-439)||(5692134-5692306)
chr8 (15-178)||(5691842-5692005)
chr8 (15-178)||(5722229-5722392)
chr8 (15-178)||(5669965-5670128)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (353-402)||(1941994-1942043)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 164837 - 164369
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164837 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagagctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 164738  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcctatgagacataaaatggatcattatccctcctatgtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164737 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcctatgagacataaaatggatcattatccctcctatgtt 164638  T
Q  215 aaaaaggatgtgtaatttcacacattgtgataaattaaagataaagattctaacctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164637 aaaaaggatgtgtaatttcacacattgtgatcaattaaagataaagactctaacctttgcacataggtgacgtgatttcgtccaattagttttttcataa 164538  T
Q  315 ggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaacc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164537 ggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaacc 164438  T
Q  415 gacaataacaccacattttagctgtaaaaaacaaaggtgaaaatcagatagaataaactctcgattcat 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164437 gacaataacaccacattttagctgtaaaaaacaaaggtgaaaatcagatagaataaactctcgattcat 164369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 103873 - 103448
Alignment:
Q  19 ttctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtgaata 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  103873 ttctcatcctcgtagtggatatgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccagcgagtgagaagcggctcggtaaata 103774  T
Q  119 tgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcctatgagacataaaatggatcattatccctcct------atg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||      |||    
T  103773 tgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaatatcttcctgtgagacataaaatagatcattatccctcctattatcatg 103674  T
Q  213 ttaaaaaggatgtgtaatttcacacattgtgataaattaaagataaagattctaacctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcat 312  Q
     |||| |||| |||||| | |||||||||| |  ||||||||| || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  103673 ataaagaggaagtgtaaatccacacattgtaaacaattaaagacaatgactctcacctttgcacataggtgacgtgatttcgtccagttaattttttcat 103574  T
Q  313 aaggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaa 412  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  103573 aaggctgagtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgatcggacccacaaatctcttcccgtacaagtaagacataggcatgtataccaa 103474  T
Q  413 ccgacaataacaccacattttagctg 438  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  103473 tcgacaataacaccacattttagctg 103448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 15 - 466
Target Start/End: Original strand, 92431 - 92882
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||  |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||     
T  92431 actattctcatcctcgtagtgaatatgcttcattgctacttgtagggctttttctctgaccaacttgttgaaaggccaacgagttagaagtggctcagta 92530  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcctat-gagacataaaatggatcattatccctcctatgt 213  Q
    || | ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  92531 aaaaggtaaaagctatcccatattaaatcttgtatcaaaggatgaggatagtagatatcttcctgttgag-cataaaatggaacattatccctcatacgt 92629  T
Q  214 taaaaaggatgtgtaatttcacacattgtgataaattaaagataaagattctaacctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcata 313  Q
    |||| || |||||||| |||| ||| ||| || ||||| ||| |||||  || |||||||||||||||||||||| |||  |||| |||  |||  ||||    
T  92630 taaagag-atgtgtaaattcatacactgtcatgaattagagacaaagagcctcacctttgcacataggtggcgtgcttttttccagttaactttaccata 92728  T
Q  314 aggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaac 413  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |      
T  92729 aggttgagtatgaagttcttctctcaactgtaagacgagtggtgtgattggaccgacaaacctctttccgtacaagtaagacatcggtaagtataccagt 92828  T
Q  414 cgacaataacaccacattttagctgtaa-aaaacaaaggtgaaaatcagataga 466  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||  || |||||||||||||||    
T  92829 cgacaatagcaccacattttagctgaaattaaacttagatgaaaatcagataga 92882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 13052780 - 13052576
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| ||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13052780 actattctcatcctcgtagtggatatgcttcattcttacttgaagggctttttctctaatcaatttgttgaaaggccaacgagtgagaagtggctcggtg 13052681  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcc--tatga---gacataaaatggatca-ttatccctcc 208  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||| ||||||||||    
T  13052680 aatatatagaagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatgaggatagtaaagatcttcctgtatgagacgacataaaatggatcatttatccctcc 13052581  T
Q  209 tatgt 213  Q
    |||||    
T  13052580 tatgt 13052576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 267 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13052544 - 13052377
Alignment:
Q  267 acctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcataaggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggac 366  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||   ||||| |  |||||| ||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  13052544 acctttgcacattggtgacgtgatttgaaccaatcaactttttcgtaaggttgattatgaatttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgattcgac 13052445  T
Q  367 ctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaaccgacaataacaccacatttta 434  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || |||||||||||||||||||||    
T  13052444 ccacaaacctcttcccgtacaagtaagacataggcatgtatgtcaatcgacaataacaccacatttta 13052377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 438
Target Start/End: Original strand, 12137426 - 12137849
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | || ||||||||||||||||||||| ||||  || ||  ||    
T  12137426 actattctcatcttcatagtggatatgcttcattgttacttgaagggctttttctctaatcaacttgttgaaaggccaacgagttagaattggttcaatg 12137525  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcctatgagacataaaatggatcattatccctcctatgtt 214  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||  | | |   ||||||||||| ||||    
T  12137526 aatatgtataaactatcccacataagatcttgtacaaatggatgaggatagtaaaggtcttcctgtgatatatacgacgcactgttatccctcctttgtt 12137625  T
Q  215 aaaaaggatgtgtaatttcacacattgtgataaattaaagataaagat-tctaacctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcata 313  Q
    || | ||||   ||  ||| | |||| | ||||| | |  | ||| || ||  ||||| |||||  |||| |||| |||  ||||||||  |||| ||||    
T  12137626 aaga-ggatacatatattcccgcattataataaagttattaaaaacatctcccaccttcgcacactggtgacgtgcttttttccaattaacttttgcata 12137724  T
Q  314 aggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaac 413  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  12137725 aggttcagtatagagttcttctctcaactgtaagatgagcggtgtgattgaacccacaaatctctttccatacaagtaagacataggcatgtataccaat 12137824  T
Q  414 cgacaataacaccacattttagctg 438  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  12137825 cgacagtaacaccacattttagctg 12137849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 7e-41; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 267 - 440
Target Start/End: Original strand, 5670360 - 5670533
Alignment:
Q  267 acctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcataaggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggac 366  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||   |||||||  |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  5670360 acctttgcacatagatggcgtactttttgccaattaactttttcataatgttctgtaaggagttcttctctcaactttaagatgagtggtgttattggac 5670459  T
Q  367 ctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaaccgacaataacaccacattttagctgta 440  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5670460 cgacaaacctcttcccatacaagtaagacataggcatgtataccaatcgacaataacacaacattctagctgta 5670533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 267 - 439
Target Start/End: Original strand, 5722474 - 5722646
Alignment:
Q  267 acctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcataaggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggac 366  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||   |||||||  ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||    
T  5722474 acctttgcacataggtgacgtactttttgccaattaactttttcataaggttctgtaaggagttcttctctcaactttaagatcaatggtgtgattggac 5722573  T
Q  367 ctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaaccgacaataacaccacattttagctgt 439  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||    
T  5722574 cgacaaacctctttccatacaagtaagacataggcatgtataccaatcgacaataacacaacattctagctgt 5722646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 267 - 439
Target Start/End: Original strand, 5692134 - 5692306
Alignment:
Q  267 acctttgcacataggtggcgtgatttcgtccaattagttttttcataaggttgggtatggagttcttctctcaactgtaagatgagtggtgtgataggac 366  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||   |||||||  ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||| ||||    
T  5692134 acctttgcacatagatggcgtactttttgccaattaactttttcataaggttctgtaaggagttcttctctcaactttaaggtcaatggtgtgattggac 5692233  T
Q  367 ctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggcatgtatactaaccgacaataacaccacattttagctgt 439  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||    
T  5692234 cgacaaacctctttccatacaagtaagacataggcatgtataccaatcgacaataacacaacattctagctgt 5692306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Original strand, 5691842 - 5692005
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    |||||||||||| || |||||||| || |||||||  ||||  || ||| ||| ||| | ||||||||| || |||||| |||| | ||| |||||  ||    
T  5691842 actattctcatcttcatagtggatatgtttcattgctacttggagagctttttctctaatcagcttgtttaacggccaatgagtcaaaagtggctccatg 5691941  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcct 178  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5691942 aatatgtataaactatcccatattagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcct 5692005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Original strand, 5722229 - 5722392
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    |||||||||||| || |||||||| || |||||||  ||||  || ||| ||| ||| ||||||||||| || |||||| |||| | ||| |||||  ||    
T  5722229 actattctcatcttcatagtggatatgtttcattgctacttggagagctttttctctaaccagcttgtttaatggccaatgagtcaaaagtggctccatg 5722328  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcct 178  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5722329 aatatgtataaactatcccataatagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcct 5722392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Original strand, 5669965 - 5670128
Alignment:
Q  15 actattctcatcctcgtagtggatgtgcttcattgtaacttcaagggctctttttctgaccagcttgttgaaaggccaacgagtgagaagcggctcggtg 114  Q
    |||||||| ||| || |||||||| || |||||||  ||||  || ||| ||| ||| ||||||||||| || |||||| |||| | ||| |||||  ||    
T  5669965 actattcttatcttcatagtggatatgtttcattgctacttggagagctttttctctaaccagcttgtttaatggccaatgagtcaaaagtggctccatg 5670064  T
Q  115 aatatgtataagctatcccatatcagatcttgtatcaaaggatggggatagtaaagatcttcct 178  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5670065 aatatgtataaactatcccatattagatcttgtatcaaaggatgtggatagtaaagatcttcct 5670128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 402
Target Start/End: Original strand, 1941994 - 1942043
Alignment:
Q  353 tggtgtgataggacctacaaacctcttcccgtacaagtaagacatcggca 402  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  1941994 tggtgtgattggaccaacaaacctctttccgtacaagtaacacattggca 1942043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University