View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2108_high_4 (Length: 454)

Name: NF2108_high_4
Description: NF2108
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2108_high_4
NF2108_high_4
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (17-447)||(6494-6924)
scaffold0536 (55-447)||(10514-10906)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-452)||(48912328-48912763)
chr4 (20-447)||(48957910-48958337)
chr4 (20-381)||(48965161-48965519)
chr4 (20-237)||(48961267-48961486)
chr4 (132-246)||(48974085-48974199)
chr4 (161-204)||(48951252-48951295)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-375)||(13448201-13448553)
chr2 (20-357)||(13440056-13440390)
chr2 (20-373)||(13454674-13455024)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-237)||(12590152-12590375)
chr6 (59-225)||(12483492-12483658)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-280)||(12641467-12641727)
chr8 (304-373)||(12641751-12641820)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (62-375)||(12540523-12540836)
chr5 (24-109)||(28385438-28385520)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-357)||(3417516-3417850)


Alignment Details
Target: scaffold0536 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 447
Target Start/End: Original strand, 6494 - 6924
Alignment:
Q  17 aaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6494 aaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaag 6593  T
Q  117 ctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatt 216  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6594 ctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatggagaacaatt 6693  T
Q  217 ttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6694 ttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtg 6793  T
Q  317 gggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggcta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6794 gggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaatcaaaaagtatgctcgagagtttggggataaggcta 6893  T
Q  417 aacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6894 aacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 6924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 55 - 447
Target Start/End: Original strand, 10514 - 10906
Alignment:
Q  55 aaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattcc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||| | |||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10514 aaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattcc 10613  T
Q  155 actgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattg 254  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | ||||    
T  10614 accgtggaggcggttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattg 10713  T
Q  255 gggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgat 354  Q
    ||| ||  ||||| ||||  |||||| | | |  |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  10714 ggggggaagtgggtgcagtagagtggtgcttagttggtattggggagaaagagaagttggtcgggagggatggtattgagaaggttgtgaagagattgat 10813  T
Q  355 ggatggtggtgacgaagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 447  Q
    |||   | || | | |||||||| ||| | |    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  10814 ggacaatagttatgtagctgagataatcagacgacatgctcgagagtttggggataaggctaaatgtgcggctcaggaaggtggttcatctca 10906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 17 - 452
Target Start/End: Original strand, 48912328 - 48912763
Alignment:
Q  17 aaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaag 116  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  48912328 aaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacag 48912427  T
Q  117 ctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatt 216  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  48912428 ccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagtt 48912527  T
Q  217 ttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtg 316  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||||| ||| || ||| | || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48912528 ttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtt 48912627  T
Q  317 gggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggcta 416  Q
     ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||| ||||||||||||| || ||||    
T  48912628 tggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagcta 48912727  T
Q  417 aacatgcggctcaagaaggtggttcatctcactcga 452  Q
    |||||||   | ||||||||||||||||||| ||||    
T  48912728 aacatgcaattaaagaaggtggttcatctcattcga 48912763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 48958337 - 48957910
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||  || |    
T  48958337 tggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccg 48958238  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  48958237 tgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattcta 48958138  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||| |||||||||||| ||| || ||| | |||||| ||  ||  ||| ||| ||||| | ||||| | ||| |     
T  48958137 caatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagt 48958038  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaataaaaaagtatgctggagagtttggggataaggctaaac 419  Q
    |  |||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| ||  ||||  |||||| || || ||||||| ||    
T  48958037 aaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacac 48957938  T
Q  420 atgcggctcaagaaggtggttcatctca 447  Q
      || | |||||||||||| ||||||||    
T  48957937 gagctgttcaagaaggtggatcatctca 48957910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 48965519 - 48965161
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||   |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||   ||||    
T  48965519 tggttaccaaagggattcgaagagagaaacattggaaagaag---ggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctg 48965423  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||    || ||||||||||| ||    
T  48965422 tgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattcta 48965323  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    ||| |||||  |||||||| | |||||| | ||||| ||||  || || ||| | || ||| |||  |||||| |||  || ||||||||| ||||| |     
T  48965322 caacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagt 48965223  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaat 381  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  48965222 agtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaat 48965161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 48961486 - 48961267
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||  || |||||| ||| |    
T  48961486 tggttgccgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcgg 48961387  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaa--ttccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaattt 217  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||  ||||||||| |||||||||| | || ||||| || ||||| || || |||||||||||     
T  48961386 tgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattgaggctggtagtgcagggatcccaatgataacatggcccgtacatggagaacaattc 48961287  T
Q  218 tacaatgaaaagttgataac 237  Q
    ||||| || |||||||||||    
T  48961286 tacaacgagaagttgataac 48961267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 132 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48974199 - 48974085
Alignment:
Q  132 tgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaattttacaatgaaaagtt 231  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||| || |||||    
T  48974199 tgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctacaacgagaagtt 48974100  T
Q  232 gataacacaggtgcg 246  Q
    |||||| ||||||||    
T  48974099 gataactcaggtgcg 48974085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 161 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 48951295 - 48951252
Alignment:
Q  161 gaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgca 204  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48951295 gaggctattagtgtaggggttccgatgatcacgtggccggtgca 48951252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 13448553 - 13448201
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||   || |    
T  13448553 tggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcag 13448457  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    |||| |  |||||||||||||| ||| |||| || || || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||    
T  13448456 tggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattcta 13448357  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    |||||| ||  ||||||||||  | ||| ||||||| || |  || || ||| | || ||| || | | |||| | | ||||||| ||||| | ||| |     
T  13448356 caatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcggtgcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagc 13448257  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctga 375  Q
    || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13448256 agagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtgatgaagctga 13448201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13440390 - 13440056
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |   || || ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||   || |    
T  13440390 tggttgccaaagggattcgaagagagaaacattag---gaggatgggtttgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcgg 13440294  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    |||| |  |||||||||||||| ||| |||| || | ||| ||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||    
T  13440293 tggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattcta 13440194  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    ||| || ||  || |||||||  | ||| ||||||| ||||  || || ||| | || ||| ||   | |||| ||| ||||||||||||| ||||| |     
T  13440193 caacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagtcggtgcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagc 13440094  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatgga 357  Q
    |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13440093 agggataacatagagaaggctgtgaggagattgatgga 13440056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 13455024 - 13454674
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||   |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||   || |    
T  13455024 tggttgccgaagggatttgaagagaaaaacatcg---agaaaaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagttaagatattgagtcaccctgcag 13454928  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    |||| |  |||||||||||||| ||| |||| || |  || |||||||||||    || ||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||    
T  13454927 tggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagaggctgttagcatgggagttccaatgataacgtggccagtccatggagatcaattcta 13454828  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    ||| || ||  | |||||||| || ||| |||||||  | |  || || ||| | || ||| || ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |     
T  13454827 caacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagtcggtgcaacagaatggtgtacaagtggtgttgcggagagagagaagttggtgagc 13454728  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagct 373  Q
    |  ||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  13454727 aaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaagct 13454674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Original strand, 12590152 - 12590375
Alignment:
Q  17 aaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcgg---aaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccaca 113  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||||||||| || ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  12590152 aaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccaca 12590251  T
Q  114 aagctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaaca 213  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||   || ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||  || | || |||||    
T  12590252 atgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcggttagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaaca 12590351  T
Q  214 attttacaatgaaaagttgataac 237  Q
     ||||||||||| |||||||||||    
T  12590352 tttttacaatgagaagttgataac 12590375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 59 - 225
Target Start/End: Original strand, 12483492 - 12483658
Alignment:
Q  59 aagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactg 158  Q
    |||| |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||   || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||   ||    
T  12483492 aagatgggtttaatcatcagggggtgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttg 12483591  T
Q  159 ttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaattttacaatga 225  Q
    | || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  12483592 tggaagcggttagtgcagggattccaatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatga 12483658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 280
Target Start/End: Original strand, 12641467 - 12641727
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||| || |||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||   ||||    
T  12641467 tggttgcctaaaggattcgaagagagaaatgttgaaaataagaaaggttttatcattagggagtgggccccacaagtaatgattttaagccacgctgctg 12641566  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||| ||| |||   || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||    
T  12641567 tgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattccaatgatcacgtggccagtgcaaggagaacagttcta 12641666  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtgg 280  Q
     ||||| ||| |||||||    |||||| | |||||||||| |||||| ||| | ||||||    
T  12641667 taatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtggaggtgggtgcaacagagtgg 12641727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 304 - 373
Target Start/End: Original strand, 12641751 - 12641820
Alignment:
Q  304 agagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagct 373  Q
    |||||| |||||| | ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  12641751 agagaaagtggtgagtagacatagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagct 12641820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 12540836 - 12540523
Alignment:
Q  62 aagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctgtgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttg 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||   || ||||| |  |||||||| ||||||||| | || || | ||| |    
T  12540836 aagggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtag 12540737  T
Q  162 aggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggt 261  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||   || ||||| || || | ||| || ||  | ||||||||||| ||| ||||||| || |     
T  12540736 aggctgttggtgcgggagttccaatgataacgtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtaga 12540637  T
Q  262 ggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggt 361  Q
     || || ||| | || ||| || ||| ||||| |||||||||| ||||| |||| || || ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12540636 agtaggtgcaacagaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggt 12540537  T
Q  362 ggtgacgaagctga 375  Q
    ||| | ||||||||    
T  12540536 ggttatgaagctga 12540523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28385520 - 28385438
Alignment:
Q  24 tgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagc 109  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || |||||||||   ||||| || || ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  28385520 tgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag---ggtttcataatcaggggttgggccccacaagttctgatattgagc 28385438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 357
Target Start/End: Original strand, 3417516 - 3417850
Alignment:
Q  20 tggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctg 119  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||   ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||||   || |    
T  3417516 tggttgccgaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag---ggtttgatcgttaggggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcgg 3417612  T
Q  120 tgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcacggagaacaatttta 219  Q
    | || |  |||||||| ||||||||| |||| ||   ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||  || ||||| ||||| |     
T  3417613 tagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgcaggagttccaatgataacgtggccgggtcatggagatcaattgtt 3417712  T
Q  220 caatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtgggg 319  Q
    |||||| ||  | |||||||| || ||| ||||||| ||||  || || ||| | || ||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||||| |     
T  3417713 caatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaacagaatggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagc 3417812  T
Q  320 agggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatgga 357  Q
    || |||   || ||||||||  ||||||||||||||||    
T  3417813 agagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatgga 3417850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University