View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21096_low_10 (Length: 363)

Name: NF21096_low_10
Description: NF21096
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21096_low_10
NF21096_low_10
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-345)||(15019737-15020081)
chr2 (5-345)||(14528767-14529113)
chr2 (5-345)||(14542993-14543339)
chr2 (5-326)||(14512317-14512644)
chr2 (5-345)||(15003855-15004194)
chr2 (10-345)||(15007844-15008179)
chr2 (5-341)||(14520157-14520493)
chr2 (9-345)||(15013253-15013586)
chr2 (9-345)||(31969170-31969506)
chr2 (5-328)||(14567389-14567712)
chr2 (9-341)||(14534005-14534334)
chr2 (5-327)||(14850329-14850651)
chr2 (37-329)||(14547172-14547464)
chr2 (23-328)||(15023794-15024099)
chr2 (13-317)||(14552358-14552662)
chr2 (206-291)||(14847655-14847740)
chr2 (205-328)||(14525112-14525235)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 15019737 - 15020081
Alignment:
Q  1 cttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  15019737 cttattcctctgatattattccattgttaactgcacaccctagaattttacaaggtagcttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtag 15019836  T
Q  101 gtactggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttg 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  15019837 gtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttg 15019936  T
Q  201 atggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15019937 atggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagttattggaggaaa 15020036  T
Q  301 ttaagggtttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  15020037 ttaagggtttagggtttaaaccttcaacgaccgcttttgggactg 15020081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 345
Target Start/End: Original strand, 14528767 - 14529113
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagt 98  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14528767 ttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagt 14528866  T
Q  99 aggtactggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatt 198  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14528867 aggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatt 14528966  T
Q  199 tgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggagga 298  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14528967 tgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggagga 14529066  T
Q  299 aattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    | |||||| |||||||||| | ||||||| |||   |||||||||||    
T  14529067 agttaaggatttagggtttcatccttcaatgactaattttgggactg 14529113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 345
Target Start/End: Original strand, 14542993 - 14543339
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagt 98  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14542993 ttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagt 14543092  T
Q  99 aggtactggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatt 198  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14543093 aggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatt 14543192  T
Q  199 tgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggagga 298  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14543193 tgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggagga 14543292  T
Q  299 aattaagggtttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    | |||||| |||||||||| | ||||||| |||   |||||||||||    
T  14543293 agttaaggatttagggtttcatccttcaatgactaattttgggactg 14543339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 326
Target Start/End: Original strand, 14512317 - 14512644
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttgga------gagacgaataatccctctttctgaattattaagt 98  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||      || || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14512317 ttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagt 14512416  T
Q  99 aggtactggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatt 198  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14512417 aggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatt 14512516  T
Q  199 tgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggagga 298  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  14512517 tgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattagagga 14512616  T
Q  299 aattaagggtttagggtttaacccttca 326  Q
    | |||||| |||||||||| | ||||||    
T  14512617 agttaaggatttagggtttcatccttca 14512644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 15004194 - 15003855
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtac 104  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||| |||||      
T  15004194 ttcctctgatattgtttcattgttaacttcaaaccctcgaattttacaaagtagcttggagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaataggttt 15004095  T
Q  105 tggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatgg 204  Q
    | |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |   | ||| ||  | |||||||||||  | | | | ||||||||||||||||||    
T  15004094 tcgaaa-ccaacaaggataccattgttggcttaattcgatattcaagatcgtttactttttatccctatcactttctagaggctaatatcaatttgatgg 15003996  T
Q  205 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 304  Q
    | |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  15003995 tggattttgatgtttctgattctaccattgctagattgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcaaaggatttgattatgtcattggaggaagttaa 15003896  T
Q  305 gggtttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||    
T  15003895 gtgtttagggtttgacgcttcaacgaccacttttgggactg 15003855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 345
Target Start/End: Original strand, 15007844 - 15008179
Alignment:
Q  10 ctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactggaa 109  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||    
T  15007844 ctgatattgtttcattgttaactgcaaaccctacaattttacgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaa 15007943  T
Q  110 aaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |   | |||  || ||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||   || |    
T  15007944 aaccaacaaggatatcattgtttgcttacttcgacattcaatgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggt 15008043  T
Q  210 tttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtt 309  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  15008044 tttggagtttctgattctaccattgctaaattgcttcagaaaaggccatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagcgtt 15008143  T
Q  310 tagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    |||||||| | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  15008144 tagggtttcatccttcaacaactacttttgggactg 15008179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 341
Target Start/End: Original strand, 14520157 - 14520493
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtac 104  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||      
T  14520157 ttcctctgatattattcgcctgttaactgcaaatcctaaaattttacaaagtagtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttt 14520256  T
Q  105 tggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactg-cattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatg 203  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||  | |||  || | ||||||||||   | | | | |||||||||||||||||    
T  14520257 tcgaaaaccaacaaggataccattgtttgcttaattcgaaattc-actatcgtttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatttgatg 14520355  T
Q  204 gttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaatta 303  Q
     |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||    
T  14520356 attgaatttggagtttctgattctaacattgctagattgcttcaaacaaggtcatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagtta 14520455  T
Q  304 agggtttagggtttaacccttcaacgacggcttttggg 341  Q
    || ||||||||||| | ||||||| |||  ||||||||    
T  14520456 agtgtttagggtttcatccttcaaagactacttttggg 14520493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 345
Target Start/End: Original strand, 15013253 - 15013586
Alignment:
Q  9 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactgga 108  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||  | ||    
T  15013253 tctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttga 15013352  T
Q  109 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataa-tccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttg 207  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||  |   | |||    |||| ||||  ||||| | | | | |||||||||||||||||||||    
T  15013353 aaaccaacaaggatactattgtttacttaattctaaattcaaggtcgttt----ataactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttg 15013448  T
Q  208 attttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaaggg 307  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  15013449 attttggagtttgtgattctgccattgctagattgcttcgaactaggaaatctatatattgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaaggg 15013548  T
Q  308 tttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  15013549 tttagggtttgacccttcaacggccgcttttgggactg 15013586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 345
Target Start/End: Original strand, 31969170 - 31969506
Alignment:
Q  9 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactgga 108  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||  | ||    
T  31969170 tctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcga 31969269  T
Q  109 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttga 208  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||  |   | |||  |  | |||||  | ||| | | | | ||||||||||||||||||||||    
T  31969270 aaaccaacaaggatactattgtttacttaattcgacattcaaggtcgtttattgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttga 31969369  T
Q  209 ttttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggt 308  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31969370 ttttggagtttatgattctgccattgctagattgcttcgaactaggaaatctatatcttgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggt 31969469  T
Q  309 ttagggtttaacccttcaacgacggcttttgggactg 345  Q
    ||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||    
T  31969470 ttagggtttgacccttcaacgatcgcatttgggactg 31969506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Original strand, 14567389 - 14567712
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtac 104  Q
    ||||||||| ||| ||  |||||||||| || |||||| |||||| || | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |    
T  14567389 ttcctctgagattgtttcattgttaacttcaaaccctataattttgcatattagtttggagaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaagttc 14567488  T
Q  105 tggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatgg 204  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||||||  ||| ||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||     
T  14567489 ttgaaaaccaacaaagatatcattatttgcttaattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatcaccttattatggataatgtcaatttgatgt 14567588  T
Q  205 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 304  Q
     |||||||||| ||||||||  |  ||||||||| |||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  14567589 ctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtttgcttcagtcaaggccatctatagttggttcaaaggaattgattaagtcattggaggaagttaa 14567688  T
Q  305 gggtttagggtttaacccttcaac 328  Q
    | ||||||||||| | ||||||||    
T  14567689 gagtttagggtttgatccttcaac 14567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 9 - 341
Target Start/End: Original strand, 14534005 - 14534334
Alignment:
Q  9 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactgga 108  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  |    
T  14534005 tctgatattgttccattgttaactacaaaccctcgaattttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaa 14534104  T
Q  109 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttga 208  Q
    ||||||||| ||||  |||| ||||||||||   | |||||||| ||||| ||| | ||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  14534105 aaaccaacagggatgccattatttgcttaataaaacattggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactga 14534201  T
Q  209 ttttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggt 308  Q
    ||||||| || || |||||  ||||||||||||| ||||| | || |||| | || || ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14534202 ttttggaattcctcattctgtcattgctagattgattcgatctagaccatttttaatttgttcaaaggatttgattaattcattggaggaaattaagggt 14534301  T
Q  309 ttagggtttaacccttcaacgacggcttttggg 341  Q
    ||||||||| | |||||||||||  ||||||||    
T  14534302 ttagggtttgatccttcaacgactacttttggg 14534334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 14850651 - 14850329
Alignment:
Q  5 ttcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtac 104  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||| || |||||  ||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14850651 ttcctctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaatatagcttagacaaacgaataatccctctttttgaattattaagtaggttc 14850552  T
Q  105 tggaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatgg 204  Q
    | |||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||     
T  14850551 ttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcgatgttccactgcatttactataaatccctatcgcattattgtggctaatatcaatttgatga 14850452  T
Q  205 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 304  Q
     |||||||||| ||||||||  |  |||||||||  ||||||   || |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  14850451 ctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgcttcagtcatggccatctgtatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaa 14850352  T
Q  305 gggtttagggtttaacccttcaa 327  Q
    | ||||||||||| | |||||||    
T  14850351 gtgtttagggtttgatccttcaa 14850329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 329
Target Start/End: Original strand, 14547172 - 14547464
Alignment:
Q  37 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactggaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 136  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| |||||||| | || |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14547172 accctcgaattttgcgaagtagcttggagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgctt 14547271  T
Q  137 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 236  Q
    | ||||| ||| ||||    || ||  |||| ||||||||| | |||   |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  14547272 acttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtcattgct 14547371  T
Q  237 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacg 329  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  14547372 agcttgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcgactgatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaacg 14547464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 328
Target Start/End: Original strand, 15023794 - 15024099
Alignment:
Q  23 attgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactggaaaaccaacaaggat 122  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||  |||  |||| ||  ||||| |||||||||    
T  15023794 attgttaactacataccctcaaattttacaaactagctttgagaatcgaataatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggat 15023893  T
Q  123 atcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctg 222  Q
    |  |||||||||||||||| | ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||   |||||||||| ||||||    
T  15023894 actattgtttgcttaattcaacattcgaaatgggttactagtcatccccatcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctg 15023993  T
Q  223 attctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaaccc 322  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||    
T  15023994 attctgtcattgctagattgcttcaaaataagccatctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatcc 15024093  T
Q  323 ttcaac 328  Q
    ||||||    
T  15024094 ttcaac 15024099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 317
Target Start/End: Original strand, 14552358 - 14552662
Alignment:
Q  13 atattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtactggaaaac 112  Q
    ||||||||  |||||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||  |||||    
T  14552358 atattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaaagtagcctggacaaacgaataatccctctttttgaattgttaagaatgttctttaaaac 14552457  T
Q  113 caacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgatttt 212  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||  |||||||    
T  14552458 taacaaggatacaattgtttgcttaattcgacattcgaaatgggttgctagttatccccatcaccttattgtggctaatattaatctgatgtctgatttt 14552557  T
Q  213 ggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttag 312  Q
    ||  | ||| |||||  ||||||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  14552558 ggcgtgtctcattctgtcattgctagattgcttcaaattaaaccatctatattttgttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaaggtttag 14552657  T
Q  313 ggttt 317  Q
    |||||    
T  14552658 ggttt 14552662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 14847740 - 14847655
Alignment:
Q  206 tgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcat 291  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||  || || | ||||||||||||    
T  14847740 tgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatatttggtcaaactggtttgattaagtcat 14847655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 205 - 328
Target Start/End: Original strand, 14525112 - 14525235
Alignment:
Q  205 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 304  Q
    |||||| |||| ||| ||||||  | |||||||||||||||   ||||| ||| ||||| |||| |||| |||| | ||||   | ||||||||| ||||    
T  14525112 ttgattatggagtttgtgattccgctattgctagattgcttttgacaagaccagctatacttggatcaattgatttcattagtactttggaggaagttaa 14525211  T
Q  305 gggtttagggtttaacccttcaac 328  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||    
T  14525212 gggtttagggtttcacctttcaac 14525235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University