View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21097_high_1 (Length: 970)

Name: NF21097_high_1
Description: NF21097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21097_high_1
NF21097_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-953)||(5273705-5274651)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 953
Target Start/End: Original strand, 5273705 - 5274651
Alignment:
Q  19 gctttgccatactcaaaaagttgtggacatatttatactcaatcacaagaaaaatgttagtagtataagcattgacttaatatgtaaatagaaatattaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273705 gctttgccatactcaaaaagttgtggacatatttatactcaatcacaagaaaaatgttagtagtataagcattgacttaatatgtaaatagaaatattaa 5273804  T
Q  119 aattgtaattattgtaatggatttgtcctagttctatgtaactaaaacttagggaagtccactgagtgaccatatacaaagcaaacgacaactcatatgg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273805 aattgtaattattgtaatggatttgtcctagttctatgtaactaaaacttagggaagtccactgagtggccatatacaaagcaaacgacaactcatatgg 5273904  T
Q  219 gaccaaagtttatgatatgataatttacaataatataattcttcaatatggttttaatttaaacattgttaattacacttatttagaattgaaacaagag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273905 gaccaaagtttatgatatgataatttacaataatataattcttcaatatggttttaatttaaacattgttaattacacttatttagaattgaaacaagag 5274004  T
Q  319 gtagggagtctaagtctaatgattgagagatgatcattagttagattaattataaatattttttattaaattatggtgatagtgatagttaggagttaga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274005 gtagggagtctaagtctaatgattgagagatgatcattagttagattaattataaatatttttgatt-aattatggtgatagtgatagttaggagttaga 5274103  T
Q  419 agaaaaagtgcgagcttagcatgcgcgtttaattatgaaatttgaacaacgaacgtgggagtctccatgtatataataaacaaattaaaaggaattgtgt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274104 agaaaaagtgcgagcttagcatgcgcgtttaattatgaaatttgaacaacgaacgtgggagtctccatgtatataataaacaaattaaaaggaattgtgt 5274203  T
Q  519 taagttaataaaaaatttgaagtcacaattaggttgggt----atacatcgtgggatgaatctgaaaaatattcttataagtatttttaaaaccgacata 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274204 taagttaataaaaaatttgaagtcacaattaggttgggtatacatacatcgtgggatgaatctgaaaaatattcttataagtatttttaaaaccgacata 5274303  T
Q  615 gcaaccgtggagaacggtctttgtctctttgtggtgtatgttgtactaacaagttcattaacctttgcttcaactcct---------acattaactacct 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||    
T  5274304 gcaaccgtggagaacggtctttgtctctttgtggtgtatgttgtactaacaagttcattaacctttgcttcaactcctacattaacaacattaactacct 5274403  T
Q  706 atacaataaggatagagataagcttttaggataaatcaataatgtacaatccatgatcaatgattcttataccttgnnnnnnnnatacaaatgtctttaa 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||    
T  5274404 atacaataaggatagagataagcttttaggataaatcaataatgtacaatccatgatcaatgattcttataccttgttttttttatacaaatgtctttaa 5274503  T
Q  806 aattagttgtaattttttaaccatgcatgttatcttggaagtatcatgccacttatgtacactttatatacggataaagagattgtattaatttgtaccc 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274504 aattagttgtaattttttaaccatgcatgttatcttggaagtatcatgccacttatgtacactttatatacggataaagagattgtattaatttgtaccc 5274603  T
Q  906 nnnnnnnnnttgtattaatcatcaatcatgagtatatcatatcaatat 953  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274604 aaaaaaaaattgtattaatcatcaatcatgagtatatcatatcaatat 5274651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University