View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21097_low_2 (Length: 765)

Name: NF21097_low_2
Description: NF21097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21097_low_2
NF21097_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-758)||(37661952-37662691)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 758
Target Start/End: Original strand, 37661952 - 37662691
Alignment:
Q  19 acttcatagcatctgtagcacttggtgtcatagcaatcacttcagcaatacactcaaattccaaatcctcccctcaagaaatccctccacaaactcacac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||||||    
T  37661952 acttcatagcatctgtagcacttggtgtcatagctatcacctcagcaatacactcaaattccaaatcctcgcctgaagtaatcccatcacaaactcacac 37662051  T
Q  119 actctcaacaaacgcaacagaagcactcaaaaaacaaggttttgttcttatggctgatcttcttcatcgttcaccaccattctttcttccacctaaaaac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662052 actctcaacaaacgcaacagaagcactcaaaaaacaaggttttgttcttatggctgatcttcttcatcgttcaccaccattctttcttccacctaaaaac 37662151  T
Q  219 tcaactttctttgccatcaaagattctgctatcaaaaacacctcactccctctttggttcctcaaaagtcttctaatgtatcacactttcactaccaaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662152 tcaactttctttgccatcaaagattctgctatcaaaaacacctcactccctctttggttcctcaaaagtcttctaatgtatcacactttcactaccaaac 37662251  T
Q  319 tcaccatgcaacaactcttaaacaagtcacaaggaacttgcgaaacaaccctttttcgccaaaagaatgcatcactcactaaggttgatactttgcaaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662252 tcaccatgcaacaactcttaaacaagtcacaaggaacttgcgaaacaaccctttttcgccaaaagaatgcatcactcactaaggttgatactttgcaaaa 37662351  T
Q  419 aacagttgagatcaaccatgttttgatatcaaaccctgatatgtttcttggtgaagaattcaacattcatggtgttcttggacctttttcttctttgcaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662352 aacagttgagatcaaccatgttttgatatcaaaccctgatatgtttcttggtgaagaattcaacattcatggtgttcttggacctttttcttctttgcaa 37662451  T
Q  519 cgtgaagttttacaaggtggttctgatttcattcgttcaccaacttgtccttcattcaagacaaattcaacatatgaagttggtgatttcaagaactttg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662452 cgtgaagttttacaaggtggttctgatttcattcgttcaccaacttgtccttcattcaaaaccaattcaacatatgaagttggtgatttcaagaactttg 37662551  T
Q  619 ttgaatggaacaaggttgttcagttacttggttcaaaagggtattcttcattttcaactgcattgcattctgttcttgaagggattctgaaagattcatc 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37662552 ttgaatggaacaaggttgttcagttacttggttcaaaagggtattcttcattttcaactgcattgcattctgttctcgaagggattctgaaagattcatc 37662651  T
Q  719 aagttttggttatggttctgctacaatctctgctcctcct 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37662652 aagttttggttatggttctgctacaatctttgctcctcct 37662691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University