View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21097_low_6 (Length: 689)

Name: NF21097_low_6
Description: NF21097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21097_low_6
NF21097_low_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-684)||(5351824-5352489)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 5352489 - 5351824
Alignment:
Q  19 ctgttgttttaatagcatgctctctctttggtacagctccattaaatgctgcaactatcttcactgttcttgctatattgagaagtgtggcagaacctgt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352489 ctgttgttttaatagcatgctctctctttggtactgctccattaaatgctgcaactatcttcactgttcttgctatattgagaagtgtggcagaacctgt 5352390  T
Q  119 gaggtttatacccgaggctgtttctgttattattcaagttaaagtctcatttgataggcttaacacttttctgtttgatgatgagataaatacttcctac 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352389 gaggtttatacccgaagctgtttctgttattattcaagttaaagtctcatttgataggcttaacatttttctgtttgatgatgagataaatacttcctac 5352290  T
Q  219 caaaagaagagcatttatgtttcaaaatcaggtaaatgcattgagatagaggaagctgatttcagctgggatgagggatcagttacacctactttgagac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352289 caaaagaagagcatttatgtttcaaaatcaggtaaatgcattgagatagaggaagctgatttcagttgggatgagggatcagttacacctactttgagac 5352190  T
Q  319 aaattaatttcggcatcaaacatggtgaaaaagttgcagtttgtggaccagttggggctggcaagtcttctttgcttcatgctatccttggagaaatgcc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352189 aaattaatttcggcatcaaacatggtgaaaaagttgcagtttgtggaccagttggggctggcaagtcttctttgcttcatgctatccttggagaaatgcc 5352090  T
Q  419 taaagtttgtggaactgtgagtatgaaccnnnnnnntcactctctccattcctttttaaccgtcgattttgtataaaagttgcgttacatttatttgttg 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5352089 taaagtttgtggaactgtgagtatgaaccaaaaaaatcactctctccattcctttttaaccatcgattttgtataaaagttgtgttacatttatttgttg 5351990  T
Q  519 atacatgtaaataaacttaaaacgacaactaaaaacgaacgagagagaataatgtcttgatgcagtacttttatttgattaattatatgtatcaacaatg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5351989 atacatgtaaataaacttaaaacgacaactaaaaacgaacgagagagaataatgtcttgatgcagtacttttatttgattaattatatgtatcaacaatg 5351890  T
Q  619 ttgttatcttaattataatgtcgctaaatgcagcttaatttgcatggtgaggtagcctatgcttct 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5351889 ttgttatcttaattataatgtcgctaaatgcagcttaatttgcatggtgaggtagcctatgtttct 5351824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University