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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21105_low_1 (Length: 675)
Name: NF21105_low_1
Description: NF21105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21105_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 38921491 - 38920824
Alignment:
| Q |
7 |
catcacataaactatacacgaaatgcatcaaataatgaatgtacaacatccgataaacccnnnnnnnngcatatgttctttatacaaaccaaaaacgagt |
106 |
Q |
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| T |
38921491 |
catcacataaactatacacgaaatgcatcaaataatgaatgtacaacatccgataaacccaaaaaaa-gcatatgttctttatacaaaccaacaacgagt |
38921393 |
T |
|
| Q |
107 |
gaagaataacatataaaaacaaggtttaaattcatttcataacacactaaatcggatatcaatattatcattgttgatgtttgttctaataatgatctat |
206 |
Q |
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| T |
38921392 |
gaagaataacatataaaaacaaggtttaaattcatttcttaacacactaaatcggatatcaatattatcattttttatgtttgttctaataatgatctat |
38921293 |
T |
|
| Q |
207 |
ctaaccaaaaccaccacacaatacacaaatgaatgaatttatacgtatagacatgaagaacctaaccatgaaatgctgcaacattttagacccaaactag |
306 |
Q |
| |
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|
| T |
38921292 |
ctaaccaaaaccaccacacaatacacaaatgaatgaatttatacgtatagacatgaagaacctaaccatgaaatgctgcaacattttagacccaaactag |
38921193 |
T |
|
| Q |
307 |
attgaacaatatcatatacgcattcatgtacaggtctacatgttaaactaggctacccaatgaatgacatcttcaacaaaaggagtttccatataaaaac |
406 |
Q |
| |
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| T |
38921192 |
attgaacaatatcatatacgcattcatgtacaggtctacatgttaaactaggctacccaatgaatgacatcttcaacaaaaggagtttccatataaaaac |
38921093 |
T |
|
| Q |
407 |
atgttcattaaagcctcattact------------------aacggatatctaatattggtttaccaatagtgcacttaaaaatccacaattttttacat |
488 |
Q |
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| T |
38921092 |
atgttcattaaagcctcattactcaccagtgcttagcgataaacggatatctaatattggtttaccaatagtgcacttaaaaatccacaattttttacat |
38920993 |
T |
|
| Q |
489 |
actgaaacatgcattaaaatcttagtttctatgggtaccaccagcttagcttaatgtcattgtctgtctatctctataatctacttaaacaagcatccag |
588 |
Q |
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| T |
38920992 |
actgaaacatgcattaaaatcttagtttctatgggtaccaccagcttagcttaatgtcattgtctgtctatctctataatctacttaaacaagcatccag |
38920893 |
T |
|
| Q |
589 |
atggctgcatagcaaacaaatgtttatggttgggaaatcaacaata---aataacttattcatacctca |
654 |
Q |
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|
|
| T |
38920892 |
atggctgcatagcaaacaaatgtttatggttgggaaatcaacaataaataataacttattcatacctca |
38920824 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 214 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 10545345 - 10545135
Alignment:
| Q |
214 |
aaaccaccacacaatacacaaatgaatgaatttatacgtataga-catgaagaacctaaccatgaaatgctgcaacattttagacccaaactagattgaa |
312 |
Q |
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|
| T |
10545345 |
aaaccaccacacaatacacaaatgaatgaatttgtatgtatagaacatgaagaagctaaccatgaaatgctgcaacattttagacccaaactagatcgca |
10545246 |
T |
|
| Q |
313 |
caatatcatatacgcattcatgtacaggtctacatgttaaactaggctacccaatgaatgacatcttcaacaaaaggagtttccatataaaaacatgttc |
412 |
Q |
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||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
10545245 |
caatatcatttacgcattcatgta--ggtctacatgttaaactaggctacacaatgaatgacatcttcaacaaaaggagtttccatataaaaatatgttt |
10545148 |
T |
|
| Q |
413 |
attaaagcctcat |
425 |
Q |
| |
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| ||||||||||| |
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|
| T |
10545147 |
agtaaagcctcat |
10545135 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 487 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 10544869 - 10544702
Alignment:
| Q |
487 |
atactgaaacatgcattaaaatcttagtttctatgggtaccaccagcttagcttaatgtcattgtctgtctatctctataatctacttaaacaagcatcc |
586 |
Q |
| |
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||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |
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|
| T |
10544869 |
atactcaaacaagcattaaaattttagttcctatgggtaccaccagcttagcttaatgccactgcctgtctatctctataacctactaaaacatgcatcc |
10544770 |
T |
|
| Q |
587 |
agatggctgcatagcaaacaaatgtttatggttgggaaatcaacaataaataacttattcatacctca |
654 |
Q |
| |
|
||||| || |||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10544769 |
agatgacttcataacaaacaaatgtttatggtcggaaaattaacaataaataacttattcatacctca |
10544702 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 9e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 289
Target Start/End: Original strand, 5140664 - 5140946
Alignment:
| Q |
8 |
atcacataaactatacacgaaatgcatcaaataatgaatgtacaacatccgataaacccnnnnnnnngcatatgttctttatacaaaccaaaaacgagtg |
107 |
Q |
| |
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|
| T |
5140664 |
atcacataaactatacacaaaatgcatcaaataatgaacatacaacatttggtaaacctagcaaat--cagttgtcttttacacagaccaactacgagtg |
5140761 |
T |
|
| Q |
108 |
aagaataacatataaaaa--caaggtttaaattcatttcataacacactaaatcggatatcaatattatcattgttgatgtttgttctaataatgatcta |
205 |
Q |
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||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||| | || |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||| |
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| T |
5140762 |
aagaatatcatataaaaaaacaagttttaaactcatttctcaccatactaaatcatatatcaatattatgattgatgaggtttgttccaaaaatgatcta |
5140861 |
T |
|
| Q |
206 |
tctaaccaaaaccaccacacaatacacaaatgaatgaatttatacgtatag-acatgaagaacctaaccatgaaatgctgcaaca |
289 |
Q |
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|
| T |
5140862 |
tctaaccaaaacaaccatacaatccacaaatgaatgaatttatatgtagagaacatgaagaacctaatcaggaaatggtgcaaca |
5140946 |
T |
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