View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21107_high_3 (Length: 794)

Name: NF21107_high_3
Description: NF21107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21107_high_3
NF21107_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-787)||(46872137-46872923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 46872923 - 46872137
Alignment:
Q  1 tgggagctcggttatatttggagctgaaacattttatagttataagatgcaatgacttccgttttcgtattatgagttttaataatggtatatgtttctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872923 tgggagctcggttatatttggagctgaaacattttatagttataagatgcaatgacttccgttttcgtattatgagttttaataatggtatatgtttctc 46872824  T
Q  101 aagttctggacaggaaaatgtgaagataatttgaatttaaaaggaaacaatatgacttccttttcccacataatatgggggaggctagccagttgatccc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872823 aagttctggacaggaaaatgtgaatataatttgaatttaaaaggaaacaatatgacttccttttcccacataatatgggggaggctagccagttgatccc 46872724  T
Q  201 tttgtcggtagacattaaatcgaggacaactggtaactgttctctcgaagttttttatatattttagacatgttaaaccaatttcgttgaccactgacct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872723 tttgtcggtagacattaaatcgaggacaactggtaactgttctctcgaagttttttatatattttagacatgttaaaccaatttcgttgaccactgacct 46872624  T
Q  301 agttgatgctactatgatcatcccatttgatatgataatactaannnnnnnnnnnncgttcattgtagctgattccacttagtgatagtagactttagtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872623 agttgatgctactatgatcatcccatttgatatgataatactaattttttatttttcgttcattgtagctgattccacttagtgatagtagactttagtg 46872524  T
Q  401 tttgttgtttagttcattcaatatttcttatgactcttcaaaaaataattaaataaaatgttttctgtgtnnnnnnnttagataggtaatgttatgcatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||||||||||||    
T  46872523 tttgttgtttagttcattcaatatttcttatgactcttcaaaaaataattaaataaaatgttttctgtgtaaaaaaattagataggaaatgttatgcatc 46872424  T
Q  501 gtgtggatagatttgtcattcatttataacattattgaatttattttacttgagattgtcctgacgtatcccatactatgcttacagatttccaaggcat 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872423 gtgtggatggatttgtcattcatttataacattattgaatttattttacttgagattgtcctgacgtatcccatactatgcttacagatttccaaggcat 46872324  T
Q  601 gggagcttcctgtctcaactttcttaagattgacaatccctcaaccagcaccattgcaatggagcagattttatgcatcagccaatatcgctctttgtcc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872323 gggagcttcctgtctcaactttcttaagattgacaatccctcaaccagcaccattgcaatggagcagattttatgcatcagccaatatcgctctttgtcc 46872224  T
Q  701 actagccctcttgtatgcatgcaactcatttgtgccacttaatcatccgatagttttcctcctccctaatactcttttccctctgtg 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46872223 actagccctcttgtatgcatgcaactcatttgtgccacttaatcatccgatagttttcctcctccctaatactcttttccctctgtg 46872137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University