View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2110_high_2 (Length: 413)

Name: NF2110_high_2
Description: NF2110
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2110_high_2
NF2110_high_2
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-397)||(31187773-31188169)
chr5 (1-385)||(31225621-31226005)
chr5 (1-382)||(31177710-31178091)
chr5 (19-381)||(41337527-41337889)
chr5 (1-373)||(41316754-41317126)
chr5 (1-375)||(41328793-41329167)
chr5 (1-380)||(41324811-41325190)
chr5 (1-375)||(41332726-41333100)
chr5 (1-397)||(41286897-41287292)
chr5 (1-361)||(41310967-41311331)
chr5 (1-364)||(41366916-41367279)
chr5 (1-196)||(41305243-41305438)
chr5 (230-375)||(41431967-41432112)
chr5 (285-381)||(14235866-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-397)||(17248590-17248986)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (296-340)||(22941231-22941275)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 31187773 - 31188169
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187773 cagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 31187872  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187873 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 31187972  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187973 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 31188072  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaaccccggtcgatgtttc 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  31188073 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacagccccggacgatgtttc 31188169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 31226005 - 31225621
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31226005 cagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 31225906  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31225905 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 31225806  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||||||  |||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  31225805 aacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttat 31225706  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaacccc 385  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31225705 caaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccataacacaacccc 31225621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Original strand, 31177710 - 31178091
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31177710 cagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 31177809  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31177810 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatc 31177909  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    |||||||| | ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31177910 aacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttat 31178009  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaac 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31178010 caaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttatcatctcagatatcccccataacacaac 31178091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 41337889 - 41337527
Alignment:
Q  19 attcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgc 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||    
T  41337889 attcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgc 41337790  T
Q  119 ccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaagga 218  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  41337789 ccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtagga 41337690  T
Q  219 tgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttactt 318  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||| |||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  41337689 tgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacct 41337590  T
Q  319 cagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaa 381  Q
    || |||||||||  |||||||   |||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||||    
T  41337589 caacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctccgacatcgcccatagcacaa 41337527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 41317126 - 41316754
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| || |||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  41317126 cagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatacct 41317027  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  41317026 tggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaact 41316927  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| ||  ||  |||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  41316926 aacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttat 41316827  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatccccca 373  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  |||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||    
T  41316826 caaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgccca 41316754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41329167 - 41328793
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| || |||| ||||  |||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  41329167 cagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatacct 41329068  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||| |     || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  41329067 tgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaact 41328968  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| ||  ||   ||||| | ||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  41328967 aacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttat 41328868  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccata 375  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  41328867 caaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttgggttcttcaccatctcagacatcgcccata 41328793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 41325190 - 41324811
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||    
T  41325190 cagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaatacct 41325091  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||| |     || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  41325090 tggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagt 41324991  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| || || |  ||||||||||||| ||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||    
T  41324990 aacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctat 41324891  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcaca 380  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||  ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41324890 caaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttggattctttaccatctcagatatcgcccataacaca 41324811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41333100 - 41332726
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| || |||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  41333100 cagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatacct 41333001  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||| |     || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||      
T  41333000 tgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatt 41332901  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| ||  ||   ||||||| ||||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  41332900 aacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttat 41332801  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccata 375  Q
    |||||||| |||||||||||   |||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  41332800 caaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttgggttctttaccatctcagacatcgcccata 41332726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 41287292 - 41286897
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||    
T  41287292 cagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatct 41287193  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |    
T  41287192 tggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatc 41287093  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| || | || |||||| | ||||| ||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||    
T  41287092 aacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctat 41286993  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaaccccggtcgatgtttc 397  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||| | |||||||||    
T  41286992 caaacactcttcttacctcagcttgtgcttt-tccatcacctttggattctttaccatctcagacatccctcataacacagcccctgacgatgtttc 41286897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 41311331 - 41310967
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  41311331 cagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaatacct 41311232  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    |  |||||||||||| |||||| || | ||| | |||||||| |||  |||||| |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  41311231 tggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaact 41311132  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgac----ataccccttt 296  Q
    ||||| ||  ||   ||||| | ||||| ||||||| |||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||  | ||||| ||    ||||||||||    
T  41311131 aacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccacatatataccccttt 41311032  T
Q  297 ttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctc 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41311031 ttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttgggttctttaccatctc 41310967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 41367279 - 41366916
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || ||  ||||||||||    
T  41367279 cagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaacccaatacct 41367180  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
       |||||||||||| |||||| |||| | |   || ||||| ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |    
T  41367179 cggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatc 41367080  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    || || || | ||||||||| | ||||| ||||||| |||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  41367079 aataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttat 41366980  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcaga 364  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||   ||||||| | | || |||||||||||||||||    
T  41366979 caaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcaga 41366916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 41305438 - 41305243
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  41305438 cagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaacccaatactt 41305339  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttgg 196  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||||| |  ||| || || |||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  41305338 tggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 230 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41431967
Alignment:
Q  230 tgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgct 329  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  330 ttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccata 375  Q
    |  ||||| |  || ||||||||  |||||||||| ||| ||||||    
T  41432012 tcttccatcacattcgggttcttcgccatctcagacatcgcccata 41431967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235866
Alignment:
Q  285 acatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaa 381  Q
    |||||||||||| |||||||| |  ||||||| |||||||||||||  ||||| | | | ||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcaccctagggttctttacaatctcagacatccccaataacacaa 14235866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 17248590 - 17248986
Alignment:
Q  1 cagcaccgaacggtgtgtattcaaagtttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacct 100  Q
    ||||||| || ||| ||||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  17248590 cagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatacct 17248689  T
Q  101 ttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaacc 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||| | ||| | || ||||||| ||| |||| |    
T  17248690 ttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatc 17248789  T
Q  201 aacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttat 300  Q
    ||||| || |||  |||||| ||||||| ||||||| |||| | ||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||||||||| |||    
T  17248790 aacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctat 17248889  T
Q  301 caaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacaaccccggtcgatgtttc 397  Q
    |||| ||  ||||||| ||||||||||||   ||||| | ||||||||| ||||  |||||||| || ||||||| ||||| ||| | |||||||||    
T  17248890 caaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttgggttttttattatctcagacattccccataacacaatcccagacgatgtttc 17248986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 22941275 - 22941231
Alignment:
Q  296 tttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattat 340  Q
    ||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22941275 tttatcaaatacctctcttacttcagcttgtactttctccattat 22941231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University