View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21120_high_16 (Length: 554)

Name: NF21120_high_16
Description: NF21120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21120_high_16
NF21120_high_16
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-535)||(19742930-19743455)
chr4 (10-535)||(19796633-19797158)
chr4 (10-535)||(19539887-19540411)
chr4 (10-535)||(19671810-19672335)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-534)||(27776570-27777094)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 19743455 - 19742930
Alignment:
Q  10 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 109  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19743455 gagcacagaaaacaccaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 19743356  T
Q  110 tcaaacatttcttcaaattctcaacgttcaaagtatcaccttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttattacaattcagtctttc 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19743355 tcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19743256  T
Q  210 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19743255 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaactaatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19743156  T
Q  310 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19743155 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgatttt 19743056  T
Q  410 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19743055 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagcctt 19742956  T
Q  510 caaagatgacactttatagatatggt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19742955 caaagatgacactttatagatatggt 19742930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Original strand, 19796633 - 19797158
Alignment:
Q  10 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 109  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19796633 gagcacagaaaacaccaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 19796732  T
Q  110 tcaaacatttcttcaaattctcaacgttcaaagtatcaccttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttattacaattcagtctttc 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19796733 tcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19796832  T
Q  210 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19796833 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaactaatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19796932  T
Q  310 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19796933 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgatttt 19797032  T
Q  410 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19797033 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagcctt 19797132  T
Q  510 caaagatgacactttatagatatggt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19797133 caaagatgacactttatagatatggt 19797158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 19540411 - 19539887
Alignment:
Q  10 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19540411 gagcatagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactc 19540312  T
Q  110 tcaaacatttcttcaaattctcaacgttcaaagtatcaccttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttattacaattcagtctttc 209  Q
    |||||||||||  |  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19540311 tcaaacatttccactgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacactgttcctacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19540212  T
Q  210 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540211 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaag-cctaatgagttcggctggtattgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19540113  T
Q  310 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 409  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540112 aaaatatgttctgcctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 19540013  T
Q  410 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19540012 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctaggattaagtgattttcaattagagcctt 19539913  T
Q  510 caaagatgacactttatagatatggt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19539912 caaagatgacactttatagatatggt 19539887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 19672335 - 19671810
Alignment:
Q  10 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19672335 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactc 19672236  T
Q  110 tcaaacatttcttcaaattctcaacgttcaaagtatcaccttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttattacaattcagtctttc 209  Q
    |||||||||||  |  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  19672235 tcaaacatttccaccgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcgcaagatacttgttacaattcagtctttc 19672136  T
Q  210 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  19672135 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcccttaaagccaacatcccaacacttgg 19672036  T
Q  310 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 409  Q
    ||||| |||| |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| | ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19672035 aaaatttgttttaccattaccagaacaattcaaatatgtttcaacttttattgtcagaaagtacattaacaacaaagtgatgatttatacacctgatttt 19671936  T
Q  410 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19671935 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 19671836  T
Q  510 caaagatgacactttatagatatggt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19671835 caaagatgacactttatagatatggt 19671810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 10 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 27777094 - 27776570
Alignment:
Q  10 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27777094 gagcacagaaaacatcaatagtggatggtacttaggaaacagcagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaattttactc 27776995  T
Q  110 tcaaacatttcttcaaattctcaacgttcaaagtatcaccttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttattacaattcagtctttc 209  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||    
T  27776994 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 27776895  T
Q  210 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 309  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27776894 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 27776795  T
Q  310 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 409  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||| || | || | |||||||||| | |||||| || |||||   |||| | | | |||||||||||||||||    
T  27776794 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctgcaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 27776695  T
Q  410 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 509  Q
    ||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||    
T  27776694 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 27776595  T
Q  510 caaagatgacactttatagatatgg 534  Q
    |||  ||||||||||||||||||||    
T  27776594 caagaatgacactttatagatatgg 27776570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University