View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21128_high_18 (Length: 332)

Name: NF21128_high_18
Description: NF21128
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21128_high_18
NF21128_high_18
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (13-314)||(30168774-30169075)
chr2 (16-308)||(30249502-30249794)
chr2 (13-314)||(30221314-30221615)
chr2 (13-303)||(30186897-30187187)
chr2 (13-314)||(30277099-30277400)
chr2 (13-314)||(30009290-30009591)
chr2 (13-314)||(30039825-30040126)
chr2 (13-314)||(30065787-30066088)
chr2 (13-314)||(30109303-30109604)
chr2 (13-314)||(30233963-30234264)
chr2 (13-257)||(30787849-30788093)
chr2 (13-314)||(30078975-30079276)
chr2 (15-308)||(30102779-30103072)
chr2 (13-314)||(30020569-30020870)
chr2 (13-314)||(30121002-30121303)
chr2 (15-308)||(30136025-30136318)
chr2 (96-308)||(31803119-31803331)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (187-307)||(30271332-30271452)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30168774 - 30169075
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30168774 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaataaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 30168873  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30168874 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 30168973  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  30168974 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggattcaagaacatcaatgttga 30169073  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30169074 at 30169075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 308
Target Start/End: Original strand, 30249502 - 30249794
Alignment:
Q  16 aagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagttca 115  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||| | |||| |||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||    
T  30249502 aagagattgaaaatattgtgcagaactggctgaacaaagcggacagcactcttggtaaggctaagaaacttattgagtctgaaggtcatgcaaaagctca 30249601  T
Q  116 atgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaagga 215  Q
     ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||  |   ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30249602 gtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaagaacaaaaagatgtcacaagagatttctgaagtcctcgcacaagga 30249701  T
Q  216 aaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatg 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||    
T  30249702 aaatttgacaaaatttcttaccgttctgcttctcaagtggcagtcaagccatttagtagaggttatggggccctggactctagcacatcaatg 30249794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30221314 - 30221615
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||    ||||||| ||  |||||||||||||||||||| | |||  || | ||||||| ||||      
T  30221314 gagaagagattgaaaatattgtcctgaagtggctgaatggtgtggacaacactgttgctgaggcaaagaaacttattgacactcagggccatgaaaaatc 30221413  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||  | ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  30221414 tcaatgttctatgagatattttcccaatctgtgcacaaggcatcaactgagtaggaaaagcaaaaagatgatacatgagatttctgaagttctcgcagaa 30221513  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||    
T  30221514 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtgcttcttctcaattgacagtcacgccatttggtcgaggttatgaggccctggactccagaacatcaatgttga 30221613  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30221614 at 30221615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30187187 - 30186897
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||||||||||     
T  30187187 gagaagagattgaaaagtttgtccaggactggctgaacagtgtggacaacatggttgctgaggcaaagaaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30187088  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |    ||||| |||||| |  ||||||| ||     
T  30187087 tcagtgctctatgggccaccttcccaatctgtgcacaaggcaccaactgagcagggagaccaaaaagatgtcgcaagatatttctaatatcctagccgat 30186988  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacat 303  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30186987 ggaaaattcgacaaagtttcttaccgtactgcttcgcaagtgacagtctcgtcatttggtagaggttatgaggctttggactccagaacat 30186897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30277099 - 30277400
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||  ||  ||   |||||||||| |||||||| | |||  | ||||||||||||||||     
T  30277099 gagaagagattgaaaatatcgtccagaactggctgaacaaagtaaactacaccattgctgaggccaagaaacttattgacacagaaggccatgcaaaagc 30277198  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30277199 tcaatgttccatgggacacttccctaatctgtacacaaggcaccaacttagcaagaagaccaaaaaggcaatacaagagatttctgatgtcctagaagaa 30277298  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||| |||||| | || ||  | ||| ||||||| || |||||||| || ||||||||| |||    
T  30277299 ggaaaatttgagagaatttcttaccgcactgcttctcaagtcacagtcacaccgttcgggagaagttatgaagccctggactctaggacatcaatgttga 30277398  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30277399 at 30277400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30009290 - 30009591
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || || ||||||| ||||||||||| ||   |||| |||||||| ||||| | |||   ||||| || ||||| ||     
T  30009290 gagaagagattgaaaatgttgtccaaaattggatgagcaaagtggacaacacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaatagg 30009389  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||  |||||  | |||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  30009390 tcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgcgcacaaggcatcagctgagcaagaagattaaaaagatgatacaaaagatttctgaagtcatagtagaa 30009489  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  | |||  ||||| ||| || | |||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30009490 ggaaaatttgacagaatatcttaccgtgcttctttgcaagtaacaatcacaccattcggtagaggttatgaggccctgcactcaagaacatcaatgctga 30009589  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30009590 at 30009591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30040126 - 30039825
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||  |||| | |||   |||||||||||||||||     
T  30040126 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30040027  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||  | || ||| ||||||||||| || ||||||||    
T  30040026 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaa 30039927  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||  ||||| | |||||||||||||  |||||||||| | |||||   ||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||    
T  30039926 ggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagttatgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttga 30039827  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30039826 at 30039825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30065787 - 30066088
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || || ||||||| ||||||||||| ||   |||| |||||||| ||||| | |||   ||||| || ||||| ||     
T  30065787 gagaagagattgaaaatgttgtccaaaattggatgagcaaagtggacaacacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaatagg 30065886  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||  |||||  | |||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  30065887 tcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgagcacaaggcatcagctgagcaagaagattaaaaagatgatacaaaagatttctgaagtcatagtagaa 30065986  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  | |||  ||||| ||| || | |||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30065987 ggaaaatttgacagaatatcttaccgtgcttctttgcaagtaacaatcacaccattcggtagaggttatgaggccctgcactcaagaacatcaatgctga 30066086  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30066087 at 30066088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30109604 - 30109303
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||  |||| | |||   |||||||||||||||||     
T  30109604 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30109505  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||  | || ||| ||||||||||| || ||||||||    
T  30109504 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaa 30109405  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||  ||||| | |||||||||||||  |||||||||| | |||||   ||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||    
T  30109404 ggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagttatgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttga 30109305  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30109304 at 30109303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30234264 - 30233963
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||  |||| | |||   |||||||||||||||||     
T  30234264 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30234165  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||  | || ||| ||||||||||| || ||||||||    
T  30234164 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaa 30234065  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||  ||||| | |||||||||||||  |||||||||| | |||||   ||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||    
T  30234064 ggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagttatgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttga 30233965  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30233964 at 30233963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 257
Target Start/End: Original strand, 30787849 - 30788093
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || ||| ||||||||||||||| ||   ||| | |||| |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||     
T  30787849 gagaagagattgaaaatattgtccaaaattggctgaacaaagtggacaacactcttggtaaggctaagaaacttattgagtctgaaggtcatgcaaaagc 30787948  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||| ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||  |   ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30787949 tcagtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaagaacaaaaagatgtcacaagagatttctgaagtcctggcagaa 30788048  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgaca 257  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  30788049 ggaaaattctacaaaatttcttaccgtgctgcttctcgagtgaca 30788093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30078975 - 30079276
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||  |||| | |||   |||||||||||||||||     
T  30078975 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30079074  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||  | || |||  |||||||||| || ||||||||    
T  30079075 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgataaagatgatgcaaacgatttctgaaatcgtagcagaa 30079174  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
    ||||  ||||| | ||||||||||||   |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || || |||||||||||| |||    
T  30079175 ggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaatcacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttga 30079274  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30079275 at 30079276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 30103072 - 30102779
Alignment:
Q  15 gaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagttc 114  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||  |||||||| |||||  || | | |||   ||||||||||||||||| ||    
T  30103072 gaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacatcactgttgctgatgcaaatgaatttattgacagtgaaggccatgcaaaagctc 30102973  T
Q  115 aatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaagg 214  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||| | || |||  |||||||||| || |||||||| |    
T  30102972 aatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaaag 30102873  T
Q  215 aaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatg 308  Q
    ||  ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  30102872 aagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatg 30102779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30020569 - 30020870
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| || |||||  || | | |||   |||||||||||||||||     
T  30020569 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30020668  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||| | || |||  |||||||||| || ||||||||    
T  30020669 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaa 30020768  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
     |||  ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || || |||||||||||| |||    
T  30020769 agaagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttga 30020868  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30020869 at 30020870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30121303 - 30121002
Alignment:
Q  13 gagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| || |||||  || | | |||   |||||||||||||||||     
T  30121303 gagaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagc 30121204  T
Q  113 tcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaa 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||| | || |||  |||||||||| || ||||||||    
T  30121203 tcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaa 30121104  T
Q  213 ggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatgctga 312  Q
     |||  ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || || |||||||||||| |||    
T  30121103 agaagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttga 30121004  T
Q  313 at 314  Q
    ||    
T  30121003 at 30121002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 30136318 - 30136025
Alignment:
Q  15 gaagagattgagaatattgttcagaactggatgaacaaagtggacatcatggttgctgaggcaaagaaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagttc 114  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||||| || |||||  || | | |||   ||||||||||||||||| ||    
T  30136318 gaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctc 30136219  T
Q  115 aatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatttctgaagtcctagcagaagg 214  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||  | |||  | || |||  |||||||||| || ||||| ||||    
T  30136218 aatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctgaaatcgtagcaaaagg 30136119  T
Q  215 aaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactcaagaacatcaatg 308  Q
    ||  ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  30136118 aagttttgataaaatttcctaccgtgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatg 30136025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 308
Target Start/End: Original strand, 31803119 - 31803331
Alignment:
Q  96 gaaggccatgcaaaagttcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagattt 195  Q
    |||| |||||| || ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |  || |||||||| | |||||||||| |    |||  | || ||||| ||||    
T  31803119 gaagaccatgcgaaggttcagtgttctatgggacactgtcccaatccgatcaaaaggcaccggttgagcaggaacatggcaaagatgattcaagatattt 31803218  T
Q  196 ctgaagtcctagcagaaggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggactc 295  Q
    | |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  ||||||| || | ||| |  |||||||  ||||||||||||||||||| || ||    
T  31803219 ccgaagtcatagcagaaggagaatttgaacgaatttcttaccgtggtgcttctaaaatcacaattacgccattcagtagaggttatgaggctctagattc 31803318  T
Q  296 aagaacatcaatg 308  Q
     ||||||||||||    
T  31803319 tagaacatcaatg 31803331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 307
Target Start/End: Original strand, 30271332 - 30271452
Alignment:
Q  187 aagagatttctgaagtcctagcagaaggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggc 286  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||    || ||||| |  ||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  30271332 aagagatttctgaggtaatagcagaaggaaaatttgacaaccctttttaccatgctgcttctcaagggacggtcacgccatttggtagaggatatgaggc 30271431  T
Q  287 tctggactcaagaacatcaat 307  Q
     || ||||| |||||||||||    
T  30271432 cctagactctagaacatcaat 30271452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University