View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21134_low_7 (Length: 483)

Name: NF21134_low_7
Description: NF21134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21134_low_7
NF21134_low_7
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (12-467)||(36370899-36371354)
chr4 (12-353)||(36419737-36420076)
chr4 (129-405)||(36390024-36390299)
chr4 (129-467)||(36376779-36377117)
chr4 (129-463)||(36436289-36436617)
chr4 (119-318)||(36407664-36407861)
chr4 (119-318)||(36412787-36412984)
chr4 (133-467)||(36400217-36400551)
chr4 (128-445)||(36429805-36430122)
chr4 (119-308)||(36401490-36401677)
chr4 (391-467)||(36407927-36408004)
chr4 (391-467)||(36413050-36413127)
chr4 (12-58)||(36376664-36376710)
chr4 (12-46)||(36429700-36429734)
chr4 (12-53)||(36436162-36436203)
chr4 (21-49)||(36401400-36401428)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 467
Target Start/End: Original strand, 36370899 - 36371354
Alignment:
Q  12 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagttataaaaaagaaaagagataacctaaaaattggtcaacaatttaatggtgcatgatgtactttagaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36370899 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagttataaaaaagaaaagagataacctaaaaatcggtcaacaatttaatggtgcatgatgtactttagaa 36370998  T
Q  112 aactttttgttgtgcattttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgcta 211  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36370999 aattttttgttgtgcattttgtaggcgtggacactgtggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaaccattcttatccttttgcta 36371098  T
Q  212 tagttctgagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36371099 tagttctgagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattatt-agaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaa 36371197  T
Q  312 cacctcttcgcgaaccnnnnnnnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaattaa-t 410  Q
    ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  36371198 cacctcttcgcgaaccaaaaaaaccagcatttttattcaatggcagcgatgacttacatgagtcattaacttcaggagaaggatcttcaataaatgaatt 36371297  T
Q  411 aaacgagactactattagtgctcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaattttt 467  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36371298 aaccgagactactattagtgctcgctgaaagctaccttaattgaatatgtaattttt 36371354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 353
Target Start/End: Original strand, 36419737 - 36420076
Alignment:
Q  12 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagttataaaaaagaaaagaga-taacctaaaaattggtcaacaatttaatggtgcatgatgtactttaga 110  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||| |  ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||        
T  36419737 agagactccccaaatttaattggacatgtaagttatatataataaaa-agagtggccttaaaattggccgataatttaatggtgcatgatgtacttattt 36419835  T
Q  111 aaactttttgttgtgcattttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgct 210  Q
    || | || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  36419836 aatcattatgttatgcattt-gtaggtgtggacactatggacagaaggaaaagccttggatatggttgatcaagcactaaaccattattattcttctgct 36419934  T
Q  211 atagttctgagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaa 310  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  36419935 atagttctaagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccgtcaatgttagatgttgttttcatgctatgcaatgaa 36420033  T
Q  311 acacctcttcgcgaaccnnnnnnnccagcatttttattcaatg 353  Q
    ||||||||| ||  |||       |||||||||||||||||||    
T  36420034 acacctctttgcccacctcaaaaaccagcatttttattcaatg 36420076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 129 - 405
Target Start/End: Original strand, 36390024 - 36390299
Alignment:
Q  129 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttctgagatgcatt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36390024 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatacagttgatccagcactaaaccagtcttatccttctgctatagttctgagatgcatt 36390123  T
Q  229 caaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctcttcgcgaaccn 328  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||     
T  36390124 caaataggacttttgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttagatgttgttttcatgctagccaatgaaatacctctttgcccaccc 36390222  T
Q  329 nnnnnnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaa 405  Q
          |||||||||||||||||||||||  |  |||| || ||||||| ||| | ||||| |||||||||| ||||    
T  36390223 caaaaaccagcatttttattcaatggcagcaaatacttgcaagagtcatcaacatcaggaggaggatcttcagtaaa 36390299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 129 - 467
Target Start/End: Original strand, 36376779 - 36377117
Alignment:
Q  129 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttctgagatgcatt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| | | ||||||   | |||||||| |||||||||||    
T  36376779 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagagccttggatatagttgatccagaactaaaccagttttatcccccttctatagttatgagatgcatt 36376878  T
Q  229 caaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctcttcgcgaaccn 328  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||  |||     
T  36376879 caaattggacttctgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttagaagttgttttcatgctatgcaatgaaacacctctctgcccacct 36376977  T
Q  329 nnnnnnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaattaataaac-gagactactatta 427  Q
          ||||||||||||||||||||||   | || || || || |||| ||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| || |    
T  36376978 caaaaaccagcatttttattcaatggcaaccaagatttgcaagaatcatcaacatcaggaggaggatcttcaataaatgaattaacagaaactaccatca 36377077  T
Q  428 gtgctcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaattttt 467  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  36377078 gtgctcgctaaaagccaccttaatcaaatatgtaaatttt 36377117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 463
Target Start/End: Original strand, 36436289 - 36436617
Alignment:
Q  129 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttctgagatgcatt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  36436289 tttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatacagttgatccagcactaaaccagtcttatccttctgctatagtactgagatgcatt 36436388  T
Q  229 caaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctcttcgcgaaccn 328  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  |||     
T  36436389 caaataggacttttgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttagatgttgttttcatgctatgcaatgaaacacctcttctcccacct 36436487  T
Q  329 nnnnnnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaattaataaac-gagactactatta 427  Q
          ||||||||||||||||||||||   |||| || || ||  ||| |||      |  |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| || |    
T  36436488 ctaaaaccagcatttttattcaatggcaaccatgaattgcaagaaccatcaac------atcaggatcttcaataaatgaattaacagaaactaccatca 36436581  T
Q  428 gtgctcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaat 463  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36436582 gtgctcgctaaaagctaccttaatcaaatatttaat 36436617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 119 - 318
Target Start/End: Original strand, 36407664 - 36407861
Alignment:
Q  119 tgttgtgcattttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttct 218  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||| ||| |||||||||    
T  36407664 tgttgtgcattta-taggtgtggacactatggacagaagaaagagccttggatattgttgatccagcactaaaccagtcttatcctcttgatatagttct 36407762  T
Q  219 gagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctct 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  36407763 gagatgcattcaaattggacttttgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttagaaattgttttcatgctatgcaatgaaacacctct 36407861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 119 - 318
Target Start/End: Original strand, 36412787 - 36412984
Alignment:
Q  119 tgttgtgcattttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttct 218  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||| ||| |||||||||    
T  36412787 tgttgtgcattta-taggtgtggacactatggacagaagaaagagccttggatattgttgatccagcactaaaccagtcttatcctcttgatatagttct 36412885  T
Q  219 gagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctct 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  36412886 gagatgcattcaaattggacttttgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttagaaattgttttcatgctatgcaatgaaacacctct 36412984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 133 - 467
Target Start/End: Original strand, 36400217 - 36400551
Alignment:
Q  133 taggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttctgagatgcattcaaa 232  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  36400217 taggtgtggactgtatggacagaagaaagggccttggatatagttgatgaagcactaaaccagtcttatccccctgctatagttctgagatgcattcaaa 36400316  T
Q  233 ttggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctcttcgcgaaccnnnnn 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||| ||| |||         
T  36400317 ttggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcgatgaat-agaccatcaatgttagaagtggtttttatgctagccaatgacacgcctctttgcgcacctcaaa 36400415  T
Q  333 nnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaattaa-taaacgagactactattagtgc 431  Q
      ||||||||||||||||| | |    | || || || ||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||| || |||  || ||||| || |  ||    
T  36400416 aaccagcatttttattcaacgacgacaaagatttgcaagagtcatcaacgtcaggaggaggatcttcaataaatgaagtaactgaaactaccatcatcgc 36400515  T
Q  432 tcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaattttt 467  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  36400516 tcgctaaaagctacattaatcaaatatgtaaatttt 36400551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 128 - 445
Target Start/End: Original strand, 36429805 - 36430122
Alignment:
Q  128 ttttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttctgagatgcat 227  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| | | |||||||  | ||| |||| ||||||||||    
T  36429805 ttttgtaggtgtggagactatggacagaaggaagagccttggatatagttgatccagaactaaaccagttttatcctcctactacagttatgagatgcat 36429904  T
Q  228 tcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctcttcgcgaacc 327  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || | | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  36429905 tcaaattggacttctgtgtgtgcaagaaaatgccatgaat-agaccatcaatgttagaagttgttttcatgctagccaatgaaacacctctttgcccacc 36430003  T
Q  328 nnnnnnnccagcatttttattcaatggcagtgatgacttacatgagtcattaactttaggagaaggatcttcaataaattaa-taaacgagactactatt 426  Q
           ||||||||||| |||||||| |   | || || || |||||   ||||| |||||||||  ||||||||||| || |||  || ||||| ||     
T  36430004 tctaaaaccagcatttttcttcaatggaaaccaagatttgcaagagtcgccaacttcaggagaagggccttcaataaatgaactaacagaaactaccatc 36430103  T
Q  427 agtgctcgctgaaagctac 445  Q
    |||||||||||||||||||    
T  36430104 agtgctcgctgaaagctac 36430122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 119 - 308
Target Start/End: Original strand, 36401490 - 36401677
Alignment:
Q  119 tgttgtgcattttgtaggtgtggacactatggacagaaggaagggccttggatatggttgatcaagcactaaactattgttatccttttgctatagttct 218  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| | | ||||||   | |||||||| |    
T  36401490 tgttgtgcattt-gtaggtatggacacagtggacagaaggaagagccttggatatagttgatccagaactaaaccagttttatcccccttctatagttat 36401588  T
Q  219 gagatgcattcaaattggactcttgtgtgtgcaagaaaatgcaattattaagaccgtcagtgttagaagttgttttcatgctagccaatg 308  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36401589 gagatgcattcaaattggacttctgtgtgtgcaagaaaatgcaattaat-agaccatcaatgttggaagttgttttcatgctagccaatg 36401677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 467
Target Start/End: Original strand, 36407927 - 36408004
Alignment:
Q  391 aggatcttcaataaattaa-taaacgagactactattagtgctcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaattttt 467  Q
    |||||||||||||||| || |||  || |||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  36407927 aggatcttcaataaatgaagtaacagaaactactatcagtgctcgctaaaagataccttaatcaaatatgtaaatttt 36408004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 467
Target Start/End: Original strand, 36413050 - 36413127
Alignment:
Q  391 aggatcttcaataaattaa-taaacgagactactattagtgctcgctgaaagctaccttaatcgaatatgtaattttt 467  Q
    |||||||||||||||| || |||  || |||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  36413050 aggatcttcaataaatgaagtaacagaaactactatcagtgctcgctaaaagataccttaatcaaatatgtaaatttt 36413127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 58
Target Start/End: Original strand, 36376664 - 36376710
Alignment:
Q  12 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagttataaaaaagaaaa 58  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  36376664 agagactccccaaatttaattggacatgtaagttatataaaaaaaaa 36376710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 46
Target Start/End: Original strand, 36429700 - 36429734
Alignment:
Q  12 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagtta 46  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36429700 agagaatccccaaatttaattggacatgtaagtta 36429734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 53
Target Start/End: Original strand, 36436162 - 36436203
Alignment:
Q  12 agagaatcaccaaatttaattggacatgtaagttataaaaaa 53  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36436162 agagactccccaaatttaattggacatgtaagttatataaaa 36436203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 49
Target Start/End: Original strand, 36401400 - 36401428
Alignment:
Q  21 ccaaatttaattggacatgtaagttataa 49  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36401400 ccaaatttaattggacatgtaagttataa 36401428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University