View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21135_high_1 (Length: 1118)

Name: NF21135_high_1
Description: NF21135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21135_high_1
NF21135_high_1
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (312-1107)||(2326660-2327454)
chr2 (312-1064)||(2330375-2331126)
chr2 (312-1086)||(2303105-2303878)
chr2 (312-1097)||(2320806-2321591)
chr2 (357-1107)||(2350726-2351475)
chr2 (312-1084)||(2293492-2294263)
chr2 (312-1084)||(2309823-2310594)
chr2 (3-305)||(2326246-2326548)
chr2 (1-305)||(2329959-2330263)
chr2 (69-305)||(2320458-2320694)
chr2 (69-305)||(2302757-2302993)
chr2 (1-305)||(2350259-2350569)
chr2 (69-305)||(2309469-2309711)
chr2 (2-305)||(2293071-2293380)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (312-1101)||(41126687-41127478)
chr8 (766-900)||(26506749-26506883)
chr8 (787-900)||(26494725-26494838)
chr8 (934-1050)||(26494893-26495009)
chr8 (669-743)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (917-964)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (928-1049)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1107
Target Start/End: Original strand, 2326660 - 2327454
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326660 attttgttgcgtaaacaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttccgctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 2326759  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2326760 ctaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacggaagttgactgaggatgaaatggt 2326859  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2326860 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcgaatttggt-gaagtacccggacgttcaaag 2326958  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326959 gaggcttgtgcaggagattagggagttcatgggtggtgatggtgttgtagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 2327058  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 811  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327059 tgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcagtgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 2327158  T
Q  812 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327159 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 2327258  T
Q  912 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327259 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctggtaggagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 2327358  T
Q  1012 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 1107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2327359 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccggagggtggccatgtcgatttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtgatg 2327454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1064
Target Start/End: Original strand, 2330375 - 2331126
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    |||||||||||||||  |||||| || |||  || ||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2330375 attttgttgcgtaaacgatgggatgagttggcgaagttgcttaaagatcaagaagatgttctgcttccgctgataagagcgaggaagcatgttaaggaga 2330474  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    ||| ||||||||||  ||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||   ||| |||| ||| |||| ||||||||||||| |    
T  2330475 gtagattgaacaatattaatactgttgtttcgtatgtagatactcttatggagttggagttgcctcaggagaaacggaaattgagtgaggatgaaatgat 2330574  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |    
T  2330575 tagtctttgttcggagtttttgaacggtggcacggatactacttccaccgctttgcaatggattatggcgaatttggt-gaagtacccggacgttcaggg 2330673  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    || ||||||| |||||||||  ||||| |||||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330674 gaagcttgtggaggagattacagaggtgatgggtggcgatgatgctggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 2330773  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 811  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330774 tgcgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccagggcatttcgtgttgcctcacgcagtgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgccta 2330873  T
Q  812 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 911  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330874 aagatgggacggtgaattttatggttgcagagatggggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatga 2330973  T
Q  912 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 1011  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  2330974 gacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccatttggagctgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaa 2331073  T
Q  1012 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtgg 1064  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2331074 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcccgagggtgg 2331126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1086
Target Start/End: Original strand, 2303105 - 2303878
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||||||||||||   |||| |||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| | |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2303105 attttgttgcgtaaccgatggaaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctacttccgctgataagagcgaggaaacaagttaaggaga 2303204  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  ||||| ||| | ||||||||||||||   ||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  2303205 gtaaattgaacaatgttaatactgttgtttcgtatgcagatactcttctagagttggagttgcccgaggagaaacgaaagttgagtgagaatgaaatggt 2303304  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    || ||||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||| || || || ||    
T  2303305 taatctttgttcagagtttctgaatggtgggacggatactacttccactactttgcaatggattatggcgaatttggtt-aagtacccagaagtgcagag 2303403  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    || | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  2303404 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatgagaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagaattgcagaaacttcggtatttgaaa 2303503  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 811  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||  |||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2303504 tgtgttgttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcattttctgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgccta 2303603  T
Q  812 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 911  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2303604 aaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggttttggaaggatga 2303703  T
Q  912 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 1011  Q
    || |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |  |||||||||||| |||||||| |||    
T  2303704 gaattttgacattacagggagtaaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcctgcacttaatttagctttgctccatttagaa 2303803  T
Q  1012 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaa 1086  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  2303804 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcggaaaaa 2303878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1097
Target Start/End: Original strand, 2320806 - 2321591
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2320806 attttgttgcgtaaccgatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2320905  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| || |  ||||| ||||| ||||||||||||||   ||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  2320906 gtaaattgaacaatgataatacagttgtttcgtatgcagatactcttttagagttggagttgcccgaggagaaacgaaagttgagtgagaatgaaatggt 2321005  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    || ||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||| || ||  |    
T  2321006 taatctttgttcggagtttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggt-gaagtacccggaagtgcaggg 2321104  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||| |||| | ||||||    || | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  2321105 gaggcttgtggaggagattcgtgaggtgatggttagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaaaacttgcagaaacttcgatatttgaag 2321204  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccaggg-cattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcct 810  Q
    || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||  |  |||  || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2321205 tgcgtggttttggaagggatgaggcgtcatccaccaggggcattttgtgttggcacacacggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcct 2321304  T
Q  811 aaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatg 910  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321305 aaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatg 2321404  T
Q  911 agacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttgga 1010  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||    
T  2321405 agacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttgga 2321504  T
Q  1011 atattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcac 1097  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  2321505 atattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcac 2321591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 357 - 1107
Target Start/End: Original strand, 2350726 - 2351475
Alignment:
Q  357 gatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggagagtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacac 456  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||| || |||||||| |    
T  2350726 gatcaagaagatgttttgcttccgctgattagagcgaggaagcaagttaaagagagtagattgaacaatgttaaccctgtagtttcgtatgtggatactc 2350825  T
Q  457 ttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggttagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttc 556  Q
    |||||||||||||||||||    || |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  2350826 ttttggagttggagttgcctgatgagaaacggaaattgagtgaagatgaaatggttagtctttgttcagagtttttgaatgctgggatagatactacttc 2350925  T
Q  557 caccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaaggaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgt 656  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||       
T  2350926 cacggctttgcaatggattatggcaaatttggt-gaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtcgtgatggaaa 2351024  T
Q  657 tgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcatttt 756  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |    
T  2351025 tggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcataat 2351124  T
Q  757 gtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatc 856  Q
    |||||||| || ||  |||  || |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  2351125 gtgttgccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatc 2351224  T
Q  857 ctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtt 956  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2351225 ctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatt 2351324  T
Q  957 tggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcca 1056  Q
    ||| | || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351325 tggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcca 2351424  T
Q  1057 gagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 1107  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||| |||||    
T  2351425 gaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattcactgtggtgatg 2351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1084
Target Start/End: Original strand, 2293492 - 2294263
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2293492 attttgttgcgtaaccaatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2293591  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| || |  ||||| || || ||||| |||| |||   ||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||    
T  2293592 gtaaattgaacaatattaatactgttgtttcatatgcagatactctcttagagttagagtggcctgaggagaaacggaagctgagtgagaatgaaatggt 2293691  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    || ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| ||| | | |||||||||| || || ||  |    
T  2293692 taatctttgttcagagtttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttgcagtggattatggcgaatgt-agtgaagtacccagaagtgcaggg 2293790  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2293791 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcggtatttgaag 2293890  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 811  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||| || ||  |||  || |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  2293891 tgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggaaatttccgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgccta 2293990  T
Q  812 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 911  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293991 aaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 2294090  T
Q  912 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 1011  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  2294091 gacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaa 2294190  T
Q  1012 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaa 1084  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  2294191 tattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaa 2294263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 312 - 1084
Target Start/End: Original strand, 2309823 - 2310594
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2309823 attttgtcgcgtaaccaatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2309922  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||| |||| |||   ||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||    
T  2309923 gtaaattgaacaatgttaatactgttgtttcatatgcagatactcttttagagttagagtagcctgaggagaaacggaagctgagtgagaatgaaatggt 2310022  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
    || ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||   |||| | ||||||||||| ||| || | ||||||||| || ||  |  |    
T  2310023 taatctttgttcagagtttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttggagtggattatggcgaatgtggt-gaagtacccagaagtgaaggg 2310121  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaag 711  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  2310122 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaactttggtatttgaag 2310221  T
Q  712 tgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgccta 811  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| | |||  |||||| || ||  |||  || |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  2310222 tgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccatcggggaaatttccgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgccta 2310321  T
Q  812 aaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 911  Q
    |||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2310322 aaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatga 2310421  T
Q  912 gacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaa 1011  Q
    ||||||||  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  2310422 gacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaa 2310521  T
Q  1012 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaa 1084  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  2310522 tattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaa 2310594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 3 - 305
Target Start/End: Original strand, 2326246 - 2326548
Alignment:
Q  3 ctcgttcaaaattcatctctcttctccgatcgtcctaaagcacttcccaatcacaaactcatatctagcaaccagcacaacatcagcgccgctttttatg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326246 ctcgttcaaaattcatctctcttctccgatcgtcctaaagcacttcccagtcacaaactcatatctagcaaccagcacaacatcagcgccgctttttatg 2326345  T
Q  103 gcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacac 202  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326346 gcccaacatggtgtaccctccgtcgtaacctcgcctctgagatgcttcatccatccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacac 2326445  T
Q  203 tctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgt 302  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2326446 tctcatcaaccgtctcaaaattgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacactttcattatgctatgttctgtttacttgtttttatgtgt 2326545  T
Q  303 ttt 305  Q
    |||    
T  2326546 ttt 2326548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 2329959 - 2330263
Alignment:
Q  1 ctctcgttcaaaattcatctctcttctccgatcgtcctaaagcacttcccaatcacaaactcatatctagcaaccagcacaacatcagcgccgcttttta 100  Q
    ||||||||||||| || ||  ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  2329959 ctctcgttcaaaactcctccgtcttctctgatcgtcctaaagcacttcccactaacaaactcatgtccagcaaccagcacaatatcagctccgcttttta 2330058  T
Q  101 tggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacac 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2330059 tggaccaacatggcgtactctccgtcgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatctaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctgcag 2330158  T
Q  201 actctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||| ||  || | ||||||| ||||||| | || ||||| |||||||||||||    
T  2330159 actctcatcaaccgtctcaaaactgcatcggaatctgaggattctgttacggtcgtttctcactttcgttatgctgtattttgtttacttgtttttatgt 2330258  T
Q  301 gtttt 305  Q
    |||||    
T  2330259 gtttt 2330263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 2320458 - 2320694
Alignment:
Q  69 agcaaccagcacaacatcagcgccgctttttatggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaat 168  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  2320458 agcaaccaacacaacatcagctccgctttttatggcccaacatggcgtaccctccgtcgtaaccttgcttccgagatgcttcatccatccaaaaccaaat 2320557  T
Q  169 cattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacactttca 268  Q
    | ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| | |||| ||  || | |||||||     
T  2320558 cgttctcagaaattcggaagtgggtcttacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcggaatctgaggattctattacggtcgtttctcactttcg 2320657  T
Q  269 ttatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 305  Q
    ||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  2320658 ttatgctgtattttgtttacttgtttttatgtgtttt 2320694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 2302757 - 2302993
Alignment:
Q  69 agcaaccagcacaacatcagcgccgctttttatggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaat 168  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||| |||||||| ||||| | |||||    
T  2302757 agcaaccaacacaacatcagctccggtttttatggcccaacatggcgtaccctccgtcgtaaccttgcttccgagatacttcatccttccaaaaccaaat 2302856  T
Q  169 cattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacactttca 268  Q
    | ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||| || ||| || | | |||||     
T  2302857 cgttctcagaaattcggaagtgggtgttacacactctcatcaaccgtctcaaaaccgcatcggaatctgcagattctgtcacggttgtttctccctttcg 2302956  T
Q  269 ttatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 305  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||||||||||||    
T  2302957 ttatgctatgtttagcttacttgtttttatgtgtttt 2302993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 2350259 - 2350569
Alignment:
Q  1 ctctcgttcaaaattcatctctcttctccgatcgtcctaaagcacttcccaatcacaaactcatatctagcaaccagcacaacatcagcgccgcttttta 100  Q
    ||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||| |||| ||| |||||||    |||| |||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2350259 ctctcgttcaaaactcagccatcttctctgatcgccctagagctcttcccaccgccaaaatcatctccagcaaccaacacaacatcagctccgcttttta 2350358  T
Q  101 tggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacac 200  Q
    |||  ||||||||||| ||||| || | ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  2350359 tggtgcaacatggcgtgccctccgtcgaaaccttgcttctgagatgcttcatccatctaagatcaaatctttctcagaaatccgtaagtgggtcctacac 2350458  T
Q  201 actctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaat------ctacagattatgttacagttattccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgttt 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||      |  | |||||| ||| |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||    
T  2350459 actctcatcaaccgtctcaaaactgcatccgaattggaaacagctgattatattaaagttatgccacacttcaactatgctatgttctgtttacttgttt 2350558  T
Q  295 ttatgtgtttt 305  Q
    | |||||||||    
T  2350559 tcatgtgtttt 2350569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 2309469 - 2309711
Alignment:
Q  69 agcaaccagcacaacatcagcgccgctttttatggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaat 168  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || | |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2309469 agcaaccaacacaacatcaacaccgctttttatggcccaacatggcgtaccctccgtcgtaaccttgctttcgagatgcttcatccatccaaactcaaat 2309568  T
Q  169 cattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaat------ctacagattatgttacagttattccaca 262  Q
    | ||||| ||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      | || |||| | |||  ||||| |||||    
T  2309569 cgttctcagaaattcagaagtgggtcttacgcactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatcggaaccaacggattctattaaggttatgccaca 2309668  T
Q  263 ctttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 305  Q
    |||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2309669 cttcaaatatgctatgttctctttacttgtttttatgtgtttt 2309711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 305
Target Start/End: Original strand, 2293071 - 2293380
Alignment:
Q  2 tctcgttcaaaattcatctctcttctccgatcgtcctaaagcacttcccaatcacaaactcatatctagcaaccagcacaacatcagcgccgctttttat 101  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |||| ||| ||||| | |  |||| |  | || |||||||| |||||||||| | |||||| ||||    
T  2293071 tctcgttcaaaactcatccatcttctctgatcgccctacagctcttcctacttccaaaatgttgtccagcaaccaacacaacatcaacaccgcttattat 2293170  T
Q  102 ggcccaacatggcgtaccctctgttgtaacctcgcctccgagatgcttcatccatccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacaca 201  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||| ||    
T  2293171 ggcccaacatggcgtacccttcgtcgtaaccttgcttccgagatgcttcatccatccaaactcaaatcgttctcagaaattcggaagtgggtcttacgca 2293270  T
Q  202 ctctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatc------tacagattatgttacagttattccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttt 295  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||       || |||| | |||  ||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2293271 ctctcatcaatcgtctcaaaactgcatcagaatcggaactaacggattctattaaggttatgccacacttcaaatatgctatgttctctttacttgtttt 2293370  T
Q  296 tatgtgtttt 305  Q
    ||||||||||    
T  2293371 tatgtgtttt 2293380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 312 - 1101
Target Start/End: Original strand, 41126687 - 41127478
Alignment:
Q  312 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 411  Q
    ||||| || ||||||  ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| | |||| ||| ||||||| ||||||| |||  ||||| |    
T  41126687 attttattccgtaaacgatgggaggaattgttgaagttgcgaaaagatcaagaagatgttctacttccgctaataagagcgaggaaggaagccaaggaaa 41126786  T
Q  412 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 511  Q
    | | ||||| |||    || | |||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||   ||| ||||  ||| ||| ||| |||||||||||    
T  41126787 ggagattgagcaaa---aacaatgttgtttcctatgcagatactcttttggaattggagttgcccgaggagaaacgcaagctgagtgaagatgaaatggt 41126883  T
Q  512 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 611  Q
     || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||  | || ||||| ||||| |||||| | |||||| ||  | || |||      
T  41126884 cagcctttgttcagagtttttgaatgctggcacagacacgacctccacggcgctccagtggatcatggctaatttggt-gaagtatccacatgtgcaaga 41126982  T
Q  612 gaggcttgtgcaggagattaggga---ggtcatgggtggtgatggtgttgtaaagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttg 708  Q
     |   ||||| |||||||||| ||   ||| || || | |||| |   || | ||||  ||||| | ||||||||||||||||| || || |  ||| |     
T  41126983 caaaattgtggaggagattagagatcaggtgattggcgctgatcgaaatgaagagaataaggaaattaaagaggaagacttgcagaacctaccatatcta 41127082  T
Q  709 aagtgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgc 808  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||  || |||||||||||  | ||||| ||| |||    
T  41127083 aagtgtgtgattttggaagggctgaggtgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtgaaggaggatgtggttttcgacggttacttgctgc 41127182  T
Q  809 ctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaagga 908  Q
    ||||||||| |   |||||||||||||||||||| || |||  ||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41127183 ctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctagtgtttgggaagatccattggagtttaaaccagaaaggtttttgaagga 41127282  T
Q  909 tgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttg 1008  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41127283 tgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgctccatttg 41127382  T
Q  1009 gaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaggg---tggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtg 1101  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||   |||  |||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  41127383 gaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattctagagggagctggttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtg 41127478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 766 - 900
Target Start/End: Original strand, 26506749 - 26506883
Alignment:
Q  766 catgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgttt 865  Q
    |||||| ||| ||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | |||| ||||||  ||||||    
T  26506749 catgcagtgaccgaggatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgttt 26506848  T
Q  866 gggaggatccaatggagtttaagccagaaaggttt 900  Q
    |||||||||| ||||  || |||||||| ||||||    
T  26506849 gggaggatcccatggcattcaagccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 787 - 900
Target Start/End: Original strand, 26494725 - 26494838
Alignment:
Q  787 gttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 886  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||||    |||||||||||||| | || |||||    
T  26494725 gttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgttta 26494824  T
Q  887 agccagaaaggttt 900  Q
    ||||||| ||||||    
T  26494825 agccagagaggttt 26494838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 934 - 1050
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26495009
Alignment:
Q  934 aaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggttt 1033  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  || || |||||||| |  ||||| || ||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggttt 26494992  T
Q  1034 ggaatttcgattggaag 1050  Q
     ||| || || ||||||    
T  26494993 tgaactttgagtggaag 26495009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 669 - 743
Target Start/End: Original strand, 26494607 - 26494681
Alignment:
Q  669 ggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttaaggcgtcatcc 743  Q
    |||||||| ||||||||| ||| | ||| | |  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26494607 ggaagtgagagaggaagatttggagaaattgccatatttgaaggctgtgattttggaagggttaaggcgtcatcc 26494681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 917 - 964
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017117
Alignment:
Q  917 ttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctg 964  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctg 55017117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 928 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 15176408 - 15176287
Alignment:
Q  928 gggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatt 1027  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||| || |||  |||||| ||  | || |||||||| ||||| || ||||    
T  15176408 gggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaatt 15176309  T
Q  1028 tggtttggaatttcgattggaa 1049  Q
    | |||| |||||| || |||||    
T  15176308 ttgttttgaattttgagtggaa 15176287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University