View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21141_low_3 (Length: 599)

Name: NF21141_low_3
Description: NF21141
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21141_low_3
NF21141_low_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-599)||(38252940-38253529)
chr2 (8-599)||(43156013-43156602)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (8-599)||(11473337-11473926)
chr1 (126-597)||(28246112-28246583)
chr1 (10-582)||(10465388-10465961)
chr1 (10-582)||(43735040-43735613)
chr1 (128-582)||(7281970-7282427)
chr1 (8-113)||(28246616-28246721)
chr1 (10-108)||(7282465-7282563)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-597)||(10124132-10124718)
chr6 (126-597)||(19307804-19308275)
chr6 (18-113)||(19308302-19308397)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-597)||(25381448-25382037)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (41-523)||(25862078-25862556)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (128-587)||(5910723-5911184)
chr3 (277-596)||(22981717-22982035)
chr3 (10-108)||(5910575-5910673)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 38253529 - 38252940
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253529 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 38253430  T
Q  108 aaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 207  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253429 aaacatacacacacac--tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 38253332  T
Q  208 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253331 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 38253232  T
Q  308 ttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253231 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 38253132  T
Q  408 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253131 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 38253032  T
Q  508 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253031 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 38252940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 599
Target Start/End: Original strand, 43156013 - 43156602
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156013 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 43156112  T
Q  108 aaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 207  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156113 aaacatacacacacac--tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 43156210  T
Q  208 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156211 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttaatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 43156310  T
Q  308 ttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156311 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 43156410  T
Q  408 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156411 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 43156510  T
Q  508 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156511 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 43156602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 599
Target Start/End: Original strand, 11473337 - 11473926
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473337 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 11473436  T
Q  108 aaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 207  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473437 aaacatacacacacac--tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 11473534  T
Q  208 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473535 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 11473634  T
Q  308 ttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473635 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 11473734  T
Q  408 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473735 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 11473834  T
Q  508 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 599  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473835 gcggcaactgaagcatcaccaaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcggac 11473926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 28246583 - 28246112
Alignment:
Q  126 tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaag 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246583 tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaag 28246484  T
Q  226 gcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcac 325  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246483 gcaaaacatgaaggatcttgaagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcac 28246384  T
Q  326 atgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaaga 425  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246383 atgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaaga 28246284  T
Q  426 ttttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatca 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246283 ttttaggggaaaggagattgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatca 28246184  T
Q  526 cccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcgg 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246183 cccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagaggacatgttcaagaaaataattgaacttcgg 28246112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 10465961 - 10465388
Alignment:
Q  10 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaa 109  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||     
T  10465961 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 10465862  T
Q  110 acatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 209  Q
    | ||            | ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  10465861 atatacacacacac--tatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtga 10465764  T
Q  210 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 309  Q
    ||||||||| || ||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||    
T  10465763 atatgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacattt 10465664  T
Q  310 ggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 409  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10465663 ggcatactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgtt 10465564  T
Q  410 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagc 509  Q
     |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10465563 gtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattagagc 10465464  T
Q  510 ggcaactgaagcatca-ccca-ag-gaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaa 582  Q
    |||||||| |||| || | || || |||||| | |||| |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  10465463 ggcaactgtagcagcatcgcatagtgaagaaagtctcatgtttgttgataaaagtgtagatgaaatgttcaagaaa 10465388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 43735613 - 43735040
Alignment:
Q  10 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaa 109  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||     
T  43735613 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 43735514  T
Q  110 acatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 209  Q
    | ||            | ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  43735513 atatacacacacac--tatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtga 43735416  T
Q  210 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 309  Q
    ||||||||| || ||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||    
T  43735415 atatgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacattt 43735316  T
Q  310 ggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 409  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43735315 ggcatactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgtt 43735216  T
Q  410 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagc 509  Q
     |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43735215 gtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattagagc 43735116  T
Q  510 ggcaactgaagcatca-ccca-ag-gaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaa 582  Q
    |||||||| |||| || | || || |||||| | |||| |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  43735115 ggcaactgtagcagcatcgcatagtgaagaaagtctcatgtttgttgataaaagtgtagatgaaatgttcaagaaa 43735040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 128 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 7282427 - 7281970
Alignment:
Q  128 tatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggc 227  Q
    ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||  |    
T  7282427 tatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaatac 7282328  T
Q  228 aaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacat 327  Q
     ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  7282327 gaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcatactttgttcgcat 7282228  T
Q  328 gcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagatt 427  Q
    || | ||||||||||||  |||| |||||||| || ||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7282227 gcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgatttctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagatt 7282128  T
Q  428 ttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatca-c 526  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |    
T  7282127 ttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattagagcggcaactgtagcagcatc 7282028  T
Q  527 cca-ag-gaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaa 582  Q
     || || |||||| | |||| |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  7282027 gcatagtgaagaaagtctcatgtttgttgataaaagtgtagatgaaatgttcaagaaa 7281970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 28246721 - 28246616
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28246721 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 28246622  T
Q  108 aaacat 113  Q
    ||||||    
T  28246621 aaacat 28246616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 7282563 - 7282465
Alignment:
Q  10 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaa 108  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  7282563 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaa 7282465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 10124718 - 10124132
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10124718 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggatagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 10124619  T
Q  108 aaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 207  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124618 aaacatacacacacac--tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 10124521  T
Q  208 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124520 gaatat-tcatcacaaaggcaaaacatgaatgatcttggagagtttcatttaactgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 10124422  T
Q  308 ttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124421 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 10124322  T
Q  408 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124321 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaatgaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 10124222  T
Q  508 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcgg 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10124221 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatcttcaagaaaataattgaacttcgg 10124132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 19308275 - 19307804
Alignment:
Q  126 tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaag 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  19308275 tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatttgactctctttgtgattatgtcatcactaag 19308176  T
Q  226 gcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcac 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308175 gcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcac 19308076  T
Q  326 atgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaaga 425  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308075 atgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaaga 19307976  T
Q  426 ttttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatca 525  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19307975 ttttaggcgaaaggaggttgaaggagatcccaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcagcaactgaagcatca 19307876  T
Q  526 cccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcgg 597  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19307875 cccgaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacattttcaagaaaataattgaacttcgg 19307804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 19308397 - 19308302
Alignment:
Q  18 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19308397 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacat 19308302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 597
Target Start/End: Original strand, 25381448 - 25382037
Alignment:
Q  8 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25381448 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 25381547  T
Q  108 aaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 207  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25381548 aaacatacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatatgtaccagttagacatgaatctgactctctttgt 25381647  T
Q  208 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25381648 gaatatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtagaaaatttgatactt 25381747  T
Q  308 ttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381748 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggaaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 25381847  T
Q  408 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381848 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagaacctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaa 25381947  T
Q  508 gcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaacttcgg 597  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25381948 gcggcaactgaagcatcacccgaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataattgaatttcgg 25382037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 41 - 523
Target Start/End: Original strand, 25862078 - 25862556
Alignment:
Q  41 tatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacatnnnnnnnnnnnntgtatttgaattgtt 140  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | ||            | ||||||| |||||    
T  25862078 tatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatatacacacatac--tatatttgagttgtt 25862175  T
Q  141 tcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaagga 240  Q
    |||| | ||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  25862176 tcaaaacgagt--aagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataagaaacatgaagga 25862273  T
Q  241 tcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgt 340  Q
    ||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  25862274 tcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgccatactttgttcgcatgcattaaaagtgt 25862373  T
Q  341 ttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaagga 440  Q
    ||||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  25862374 ttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaaga 25862473  T
Q  441 ggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcat 523  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  25862474 ggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattagagcggcaactgtagcat 25862556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 128 - 587
Target Start/End: Original strand, 5910723 - 5911184
Alignment:
Q  128 tatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggc 227  Q
    ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||       
T  5910723 tatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacccattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataa 5910822  T
Q  228 aaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacat 327  Q
     ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||||||||||| |||    
T  5910823 gaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttcaattacttgtagttgtaagaagtatgaaacatttggcatactttgttcgcat 5910922  T
Q  328 gcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagatt 427  Q
    |  | |||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5910923 ggattaaaagtgtttgagttgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaagatggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagatt 5911022  T
Q  428 ttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatcacc 527  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |    
T  5911023 ttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttttctctaagttcattagagcggcaactgtagcagcatc 5911122  T
Q  528 ca-ag-gaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttcaagaaaataat 587  Q
     | || |||||| | |||| |||| |||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  5911123 gatagtgaagaaagtctcatgtttgttgataaaagtgtagatgaaatgttcaagaaagtaat 5911184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 277 - 596
Target Start/End: Original strand, 22981717 - 22982035
Alignment:
Q  277 atcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgcttcaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaact 376  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| | || |    
T  22981717 atcacttgtagttgcaggaagtttga-acatttggcacactttgttcccatacattaaaagtgtttgggttgaatgatgttaaggttattcctaagaagt 22981815  T
Q  377 atattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaat 476  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||  |||| || | ||||||| ||||  || |||||  |||||| || ||||||| |||| ||||    
T  22981816 atattttaagaaggtggataagagaagcccgttgtggaattgtacacggttttaggagaaaatagcttgaataagatccaaagttgtctataaattgaat 22981915  T
Q  477 gttcagacaagttgtctctaagttcattaaagcggcaactgaagcatcacccaaggaagaatggctcaagtttcttgataatggtgtagatgacatgttc 576  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||  || |  |||||||| ||  || || ||||||||  ||||||||||||| ||    
T  22981916 atttagacaagctgtctctaagttcattagagcggcaactcaaggatttcctagtgaagaatgccttgagcttgttgataatattgtagatgacatgctc 22982015  T
Q  577 aagaaaataattgaacttcg 596  Q
     |||||||||| ||| ||||    
T  22982016 cagaaaataatggaatttcg 22982035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 108
Target Start/End: Original strand, 5910575 - 5910673
Alignment:
Q  10 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaa 108  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  5910575 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaa 5910673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University