View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21146_low_3 (Length: 238)

Name: NF21146_low_3
Description: NF21146
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21146_low_3
NF21146_low_3
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-238)||(12575577-12575798)
chr8 (31-238)||(13096782-13096989)
chr8 (34-230)||(41779027-41779216)
chr8 (28-215)||(44008059-44008245)
chr8 (75-115)||(14418353-14418393)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (20-238)||(13493012-13493230)
chr1 (20-238)||(34066094-34066312)
chr1 (20-238)||(32506132-32506350)
chr1 (20-238)||(23990366-23990584)
chr1 (20-234)||(13495737-13495951)
chr1 (32-238)||(39546004-39546210)
chr1 (20-238)||(27282385-27282603)
chr1 (28-236)||(22453415-22453623)
chr1 (28-238)||(15297090-15297300)
chr1 (51-238)||(22456769-22456955)
chr1 (31-237)||(21153016-21153222)
chr1 (20-238)||(16190455-16190667)
chr1 (20-230)||(1936377-1936586)
chr1 (51-207)||(22104680-22104834)
chr1 (180-238)||(10764829-10764887)
chr1 (197-238)||(49147825-49147866)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (20-238)||(17863372-17863590)
chr7 (20-238)||(17866631-17866849)
chr7 (20-231)||(294614-294825)
chr7 (20-238)||(6966897-6967115)
chr7 (28-238)||(36843215-36843425)
chr7 (20-238)||(24783155-24783376)
chr7 (20-237)||(11279242-11279458)
chr7 (20-237)||(46846591-46846808)
chr7 (31-237)||(23107748-23107954)
chr7 (20-237)||(23759888-23760104)
chr7 (20-236)||(9765542-9765758)
chr7 (56-238)||(3862176-3862362)
chr7 (20-237)||(33312744-33312961)
chr7 (20-237)||(36222587-36222798)
chr7 (121-223)||(23313553-23313655)
chr7 (123-163)||(27796687-27796727)
chr7 (125-165)||(2719398-2719438)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (20-238)||(14790368-14790586)
chr6 (20-238)||(14795396-14795614)
chr6 (20-238)||(32704532-32704750)
chr6 (20-237)||(1838224-1838441)
chr6 (20-230)||(20527449-20527658)
chr6 (31-238)||(12983656-12983863)
chr6 (20-237)||(13017469-13017685)
chr6 (31-238)||(12980769-12980976)
chr6 (20-230)||(19664950-19665159)
chr6 (20-230)||(22247308-22247518)
chr6 (31-202)||(16883437-16883607)
chr6 (20-230)||(22221473-22221683)
chr6 (85-202)||(15538036-15538153)
chr6 (138-238)||(15534924-15535024)
chr6 (51-175)||(32427147-32427271)
chr6 (28-237)||(7769667-7769883)
chr6 (20-93)||(15534839-15534912)
chr6 (172-237)||(30978491-30978556)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (20-238)||(647481-647699)
chr4 (20-238)||(650753-650971)
chr4 (20-238)||(26062971-26063188)
chr4 (20-225)||(26060337-26060542)
chr4 (51-237)||(12171763-12171949)
chr4 (56-238)||(2541670-2541852)
chr4 (58-201)||(16926943-16927085)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (20-238)||(14616706-14616924)
chr5 (22-238)||(22159496-22159712)
chr5 (20-238)||(34405598-34405816)
chr5 (20-237)||(26712621-26712841)
chr5 (20-237)||(26982359-26982579)
chr5 (20-237)||(15532480-15532696)
chr5 (20-237)||(15542662-15542878)
chr5 (51-237)||(33574869-33575055)
chr5 (20-167)||(11989166-11989313)
chr5 (30-238)||(7650219-7650436)
chr5 (124-202)||(13371912-13371990)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (31-238)||(23673622-23673829)
chr2 (28-237)||(16294657-16294865)
chr2 (20-237)||(31528139-31528355)
chr2 (20-237)||(31626299-31626516)
chr2 (20-238)||(13709820-13710038)
chr2 (20-234)||(36326672-36326890)
chr2 (31-237)||(32575965-32576171)
chr2 (28-236)||(40017735-40017942)
chr2 (56-115)||(8426783-8426842)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (51-237)||(39563789-39563975)
chr3 (20-237)||(22626590-22626808)
chr3 (31-237)||(13979247-13979453)
chr3 (51-237)||(11138848-11139034)
chr3 (20-234)||(35366126-35366340)
chr3 (31-234)||(47411951-47412146)
chr3 (162-238)||(46731386-46731462)
chr3 (77-110)||(46731356-46731389)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (20-237)||(7271-7488)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (20-237)||(9612-9829)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (20-237)||(2441-2660)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (20-230)||(24469-24679)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (20-237)||(2882-3099)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (20-230)||(6096-6306)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (17-159)||(1-143)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (75-115)||(325-365)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12575798 - 12575577
Alignment:
Q  17 actactaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  12575798 actactaaccttggcttttgactttgatcaaggtaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgatataaggattaac 12575699  T
Q  117 ttattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctagg-tcaagagattagatagaattact 215  Q
     ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  12575698 gtattgttaaaacctccaatggtttctaattcacttaagagattaa-gggttgttacttgcggggagaattctaggtttaagagattaggtagaattact 12575600  T
Q  216 ttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12575599 ttgttaatctgtcgttaaactag 12575577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Original strand, 13096782 - 13096989
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |  ||||||||||    
T  13096782 cttttaactctgacctaggtaataagtttaagctaagtaatcaagctagagatagatcattattagattatgacatagggatttacgttctgttaaaacc 13096881  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| || |    
T  13096882 tcccacggtttcaaattcacttaagacattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggccaagagattgggtagaattactttgttaatctttcat 13096981  T
Q  231 taaactag 238  Q
    | ||||||    
T  13096982 tgaactag 13096989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41779216 - 41779027
Alignment:
Q  34 ttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctcc 133  Q
    |||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||     | ||| |      
T  41779216 ttgactctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattgacata-----ataacat-- 41779124  T
Q  134 aacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
        |||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||||||||||||||    
T  41779123 tttggttttgaattcacttaagatattaaggggttgccacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagagttattgtgttaatctgtcgt 41779027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 215
Target Start/End: Original strand, 44008059 - 44008245
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||||| ||||| | ||| |||| ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||  |  | ||||     
T  44008059 tggcttttgattctgaactaggtaataagtttaacctaactaatcaagctagaaatagatcattgttaggttacgacacagggattaacgttcttttaat 44008158  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattact 215  Q
    |||||||||  |||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| || |||| | |||| |||||    
T  44008159 acctccaacgatttcaaattcacttatgagattaaggagttgtcacttgcggg-agaattctaggtcgagggatttggtagagttact 44008245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 115
Target Start/End: Original strand, 14418353 - 14418393
Alignment:
Q  75 gttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  14418353 gttagagatagatcattattagattatgatatagggattaa 14418393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 13493012 - 13493230
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  13493012 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 13493111  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  13493112 ctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 13493211  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13493212 taatctgtcgttaaactag 13493230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 34066094 - 34066312
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |     
T  34066094 actaaccctggcttttgactctgacctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagagattaacgtt 34066193  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  34066194 ctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattcaaggtcaagagattgggtagaattactttgt 34066293  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  34066294 taatctatcgttaaactag 34066312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 32506350 - 32506132
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  32506350 actaaccctgacttttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagataggtcattattaggttatgacatagggattaacgtt 32506251  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  32506250 ctgttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 32506151  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32506150 taatctgtcgttaaactag 32506132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 23990584 - 23990366
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  23990584 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagattgatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 23990485  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  23990484 ctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagtttaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagtgattgggtagaattactttgt 23990385  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  23990384 taatctgtcgttgaactag 23990366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 13495737 - 13495951
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| | |||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  13495737 actaaccctagcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 13495836  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  13495837 ctgctaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcgggtagaattctaggtcaagagattggatataattactttct 13495936  T
Q  220 taatctgtcgttaaa 234  Q
    |||||||||||||||    
T  13495937 taatctgtcgttaaa 13495951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 238
Target Start/End: Original strand, 39546004 - 39546210
Alignment:
Q  32 ttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacct 131  Q
    |||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||||    
T  39546004 ttttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttctattaaaacct 39546103  T
Q  132 ccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgtt 231  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||     
T  39546104 ccaacgatttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagagttactttgttaatctgtcgtg 39546203  T
Q  232 aaactag 238  Q
    |||||||    
T  39546204 aaactag 39546210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27282603 - 27282385
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  27282603 actaaccctggattttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 27282504  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27282503 cttttaaaacctccaacgattttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 27282404  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||| |||||| ||||||    
T  27282403 taatcggtcgttgaactag 27282385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 28 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22453623 - 22453415
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||   | |||||||    
T  22453623 tggcttttgactctgatttaggtaataggtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgactcatggattaacggactgttaaa 22453524  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgt 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  22453523 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgt 22453424  T
Q  228 cgttaaact 236  Q
    |||||||||    
T  22453423 cgttaaact 22453415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 238
Target Start/End: Original strand, 15297090 - 15297300
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||||| ||||| | ||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||   | |||||||    
T  15297090 tggcttttgaatctgatctaggtaatagttttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattattaggttatgactcatggattaacggactgttaaa 15297189  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgt 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15297190 acctccaacagtttcaaattcacttaagagatttaagggttgtcacttgcagagagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgt 15297289  T
Q  228 cgttaaactag 238  Q
    |||||||||||    
T  15297290 cgttaaactag 15297300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22456955 - 22456769
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||||||||||| |||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22456955 aataggtttaacctaagtaattaagcaagagatagaaaattattaggttatgactcatggattaacggactgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 22456856  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22456855 ttaagagattaagag-ttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttagtctgtcgttaaactag 22456769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 237
Target Start/End: Original strand, 21153016 - 21153222
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||||  ||||||||||   | | ||||||||    
T  21153016 cttttgactctgatctagggaatatatttaacctaagtaattaagctagagatagacagttattaggttatgatttagggattaacggactattaaaacc 21153115  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  21153116 tccaaaggtttcaaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgagtagaattactgtgttaatctgtcgt 21153215  T
Q  231 taaacta 237  Q
    |||||||    
T  21153216 taaacta 21153222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 16190667 - 16190455
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||           
T  16190667 actaaccttggcttttaactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcaatattaggttatgacatagggat------- 16190575  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagag----attaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagataga-attac 214  Q
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| | || | ||||     
T  16190574 ----taaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaattaaggggttgtcactcgtggggagaattatgggtcaagagattgggtatatattat 16190479  T
Q  215 tttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  16190478 tttgttaatttgtcgttaaactag 16190455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Original strand, 1936377 - 1936586
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaa-att 118  Q
    ||||||| ||||||| || | ||| | ||| |||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  1936377 actaaccatggctttcgaatttgatccaggtaataagtttaacctaagtaatcatgctagagatagatcattattaggttatgacatagggaataacatt 1936476  T
Q  119 attgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttg 218  Q
     || |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||  |||||||||| | |||| ||||||||    
T  1936477 ctt-ttaaaacctcaaac-gtttcaaattcacttaagagattaagggattgttacttgcggggagaactataaatcaagagatttggtagagttactttg 1936574  T
Q  219 ttaatctgtcgt 230  Q
    ||||||| ||||    
T  1936575 ttaatctttcgt 1936586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 22104834 - 22104680
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  |||| |||||||||  ||| ||||||||    
T  22104834 aataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgt-tctttaatacctccaacgattttgaattcac 22104736  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagata 207  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22104735 ttaagagattaa-ggtctgtcacttacggggagaattctaggtcaagagattggata 22104680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 180 - 238
Target Start/End: Original strand, 10764829 - 10764887
Alignment:
Q  180 ggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10764829 ggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 10764887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 238
Target Start/End: Original strand, 49147825 - 49147866
Alignment:
Q  197 gagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49147825 gagattgggtagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 49147866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17863590 - 17863372
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  17863590 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 17863491  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17863490 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 17863391  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17863390 taatctgtcgttaaactag 17863372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17866849 - 17866631
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  17866849 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 17866750  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17866749 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 17866650  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17866649 taatctgtcgttaaactag 17866631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 231
Target Start/End: Original strand, 294614 - 294825
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  294614 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 294713  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||    
T  294714 ttgttaaaacatccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttatggggagaattctagttcaagagattgggtataattactttgt 294813  T
Q  220 taatctgtcgtt 231  Q
    ||||||||||||    
T  294814 taatctgtcgtt 294825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 6966897 - 6967115
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  6966897 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 6966996  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  6966997 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggttaagagattgggtagaattactttgt 6967096  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  6967097 taatctatcgttaaactag 6967115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 28 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36843425 - 36843215
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||    
T  36843425 tggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttctgttaaa 36843326  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgt 227  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||    
T  36843325 acctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattgggtagagttaatttgttaatctgt 36843226  T
Q  228 cgttaaactag 238  Q
    |||| ||||||    
T  36843225 cgttgaactag 36843215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 24783155 - 24783376
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaat---caagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaa 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| ||||||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24783155 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaataatcaagctagagatatatcattattaggttatgacatagggattaac 24783254  T
Q  117 ttattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactt 216  Q
     |  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  24783255 gttctgttaaaatctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgggtataattactt 24783354  T
Q  217 tgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  24783355 tgttaatctctcgttaaactag 24783376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 11279242 - 11279458
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |     
T  11279242 actaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagagattaacgt- 11279340  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |  |||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  11279341 tcattaatacctccaacggtttcagattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaatcctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 11279440  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  11279441 taatctgtcgtgaaacta 11279458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 46846808 - 46846591
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||| ||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        
T  46846808 actaaccctgacttttaactctgaactaagtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagattattattaggttatgacatagggattaacgat 46846709  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |  ||    
T  46846708 cttttaaaacctccaacgttttcgaattcagttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattattaggt 46846609  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  46846608 taatctgtcgtgaaacta 46846591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 237
Target Start/End: Original strand, 23107748 - 23107954
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||| |||    
T  23107748 cttttgactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacc 23107847  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||  ||| | |||| |||||  |||||||||| ||    
T  23107848 tcaaacaatttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattatagctcaaggaattgggtagagttactaagttaatctgttgt 23107947  T
Q  231 taaacta 237  Q
     ||||||    
T  23107948 gaaacta 23107954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23760104 - 23759888
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  23760104 actaaccctggcttttaactccgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgt- 23760006  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    | ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||  ||    
T  23760005 tcgttaatacctccaatggttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagggcaagagattgggtagaattactaagt 23759906  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  23759905 taatccgtcgtgaaacta 23759888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Original strand, 9765542 - 9765758
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||||||||||  | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  |     
T  9765542 actaaccctgacttttgactctggtctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatgattattaggttatgacataaggactaatgtt 9765641  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||  ||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  9765642 ttgttaaaacctctaatggtttcgaattcacttaagagattaagggtattttacttgcagggagaattataggtcaagagattgggtagagttactttgt 9765741  T
Q  220 taatctgtcgttaaact 236  Q
    ||||||| ||| |||||    
T  9765742 taatctgccgtgaaact 9765758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 56 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3862362 - 3862176
Alignment:
Q  56 gtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaag 155  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  3862362 gtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgatatagggattaaaggacggttaaaacttccaacagttttgaattcacttaag 3862263  T
Q  156 a----gattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    |     ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3862262 acattaattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgtcgttgaactag 3862176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 33312744 - 33312961
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |     
T  33312744 actaaccctgacttttaactctgaactaggtaatatgtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatatggattaacgtt 33312843  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||| ||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||    
T  33312844 cttttaatacctccgccggtttcgaattcatttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaaaagattgggtagaattactaagt 33312943  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||  ||||| ||||||    
T  33312944 taattcgtcgtgaaacta 33312961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 36222798 - 36222587
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| | ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        
T  36222798 actaaccctcgcttttaactctgaactagctaatagatttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagagattaa--cg 36222701  T
Q  120 ttgttaaa-acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttg 218  Q
    || ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     ||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |    
T  36222700 ttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcact-----ggagaattctaggtcaagagattaggtaaaattactaag 36222606  T
Q  219 ttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||| ||| || ||||||    
T  36222605 ttaatttgtagtgaaacta 36222587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 121 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23313655 - 23313553
Alignment:
Q  121 tgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgtt 220  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||  ||||    
T  23313655 tgttaaaacctccaacgattttgaattcacttaagagattaaggggtttccacttgcggggagaattctaggccaagagattgggtagagttacagtgtt 23313556  T
Q  221 aat 223  Q
    |||    
T  23313555 aat 23313553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 163
Target Start/End: Original strand, 27796687 - 27796727
Alignment:
Q  123 ttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaag 163  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27796687 ttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaag 27796727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 165
Target Start/End: Original strand, 2719398 - 2719438
Alignment:
Q  125 aaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggg 165  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2719398 aaaacctccaacggttttgaattcacttaagagattaaggg 2719438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 14790368 - 14790586
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  14790368 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 14790467  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14790468 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 14790567  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14790568 taatctgtcgttaaactag 14790586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 14795396 - 14795614
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  14795396 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 14795495  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14795496 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 14795595  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14795596 taatctgtcgttaaactag 14795614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 32704750 - 32704532
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | | | |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  32704750 actaaccctggcttttgactctgatctaagtaataagtttaacctaagtaatcaagatagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 32704651  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |||    
T  32704650 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctatttcaagagattgggtagaattactctgt 32704551  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32704550 taatctgtcgttaaactag 32704532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 1838224 - 1838441
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  1838224 actaaccctgacttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 1838323  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  1838324 atgttaaaatctccaatggtttcaaattcacttaagagattaaggagttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattgggtagagttactttgt 1838423  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||||||||| |||||    
T  1838424 taatctgtcgttgaacta 1838441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 20527658 - 20527449
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |     
T  20527658 actaaccctggcttttgactctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagattatgacatagggattaacgtt 20527559  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||||    
T  20527558 ctgttaaaacctccaacggtttcaaattcacttaagagattaa-gggttgttacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtaaagttaatttgt 20527460  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    |||||||||||    
T  20527459 taatctgtcgt 20527449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12983863 - 12983656
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||   | ||||||||||    
T  12983863 cttttgactctgatctaggtaatatgtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgacacatggattaacggactgttaaaacc 12983764  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  12983763 tccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattcaaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgtcgt 12983664  T
Q  231 taaactag 238  Q
    ||||||||    
T  12983663 taaactag 12983656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13017685 - 13017469
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| ||||| || |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  13017685 actaaccctggctcttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgt- 13017587  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  13017586 tcgttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 13017487  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  13017486 taatccgtcgtgaaacta 13017469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12980976 - 12980769
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  | ||||||||||||||  | |||||||   | ||||||||||    
T  12980976 cttttgactctgatctaggtaatatgtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaagtattaggttatgactcatggattaacggactgttaaaacc 12980877  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  12980876 tccaacaatttcgaattcacttaagagattaagcggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatctgtcgt 12980777  T
Q  231 taaactag 238  Q
    ||||||||    
T  12980776 taaactag 12980769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19665159 - 19664950
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||| | ||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |     
T  19665159 actaaccctgacttttaattctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaagatagagatagatcat-attaggttatgacatagggattaacgtt 19665061  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| | |||| |||||||||    
T  19665060 ctattaaaatctccaatgatttcgaattcacttaagagattaaggggatgttacttgcggggagaactctaggtcaagatattgggtagagttactttgt 19664961  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    |||||||||||    
T  19664960 taatctgtcgt 19664950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Original strand, 22247308 - 22247518
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |     
T  22247308 actaaccctggcttttaactctgaaccaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatatggattaacgtt 22247407  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |  ||||  |||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  22247408 tgtttaattcctctaatggtttcgaattcacttgagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 22247507  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    ||||| |||||    
T  22247508 taatccgtcgt 22247518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 202
Target Start/End: Original strand, 16883437 - 16883607
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||||    
T  16883437 cttttgactctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggtgatg-catagggattaatgttctgttaaaacc 16883535  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagatt 202  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883536 tccaacggttttgaattcacataagagattaaggggttgccacttgtggggagaattctaggtcaagagatt 16883607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Original strand, 22221473 - 22221683
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| | ||| |  |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |     
T  22221473 actaaccctggcttttaaatctaaaaaaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatatggattaacgtt 22221572  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |  ||||  |||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  22221573 tgtttaattcctctaatggtttcgaattcacttgagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 22221672  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    ||||| |||||    
T  22221673 taatccgtcgt 22221683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 85 - 202
Target Start/End: Original strand, 15538036 - 15538153
Alignment:
Q  85 gatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggaga 184  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  15538036 gatcattattaagttatgacatagggattaacgttctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggtgttgttacttgcggggaga 15538135  T
Q  185 attctaggtcaagagatt 202  Q
    | ||||||||||||||||    
T  15538136 actctaggtcaagagatt 15538153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 138 - 238
Target Start/End: Original strand, 15534924 - 15535024
Alignment:
Q  138 gtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  15534924 gtttcgaattcacttaagagattaagaggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattggttagagttactttgttaatctgtcgttgaacta 15535023  T
Q  238 g 238  Q
    |    
T  15535024 g 15535024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 175
Target Start/End: Original strand, 32427147 - 32427271
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  32427147 aataagtttaacctaagtaatcaatctagagatagatcattattatgttatgacatagggattaacattctgttaatacctccaacggttttgaattcac 32427246  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttactt 175  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  32427247 ttaagagattaaggggttgtcactt 32427271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7769883 - 7769667
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||||| ||||| | ||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||   | |||||||    
T  7769883 tggcttttgaatctgatctaggaaatatgtttaacctaagtaattaagttagagatagacaattattaggttatgatttagggattaacggactgttaaa 7769784  T
Q  128 acctccaacagtttcgaat---tcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaatt----ctaggtcaagagattagatagaattactttgtt 220  Q
    ||||||||   ||||||||   ||||| ||||||||||||||||   |||||  | |||||||    ||||||||| |||||   |||||||||||||||    
T  7769783 acctccaaagatttcgaattcatcactgaagagattaaggggttagcacttgcagagagaattatagctaggtcaaaagattgagtagaattactttgtt 7769684  T
Q  221 aatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||| |||||||||||||    
T  7769683 aatatgtcgttaaacta 7769667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 93
Target Start/End: Original strand, 15534839 - 15534912
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattat 93  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  15534839 actaaacttgacttttaactctgatcttggtaataggtttaacataagtaatcaagctagtgatagatcattat 15534912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30978556 - 30978491
Alignment:
Q  172 acttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  30978556 acttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagttaatccgtcgtgaaacta 30978491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 647699 - 647481
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  647699 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 647600  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  647599 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 647500  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  647499 taatctgtcgttaaactag 647481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 650971 - 650753
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  650971 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 650872  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  650871 cttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 650772  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  650771 taatctgtcgttaaactag 650753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 26063188 - 26062971
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||  |     
T  26063188 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataggtt-aacctaagtaatcaagctagagattgatcattattaggttatgacatatggataaacgtt 26063090  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  26063089 ctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattgggtagagttactttgt 26062990  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  26062989 taatctgtcgttgaactag 26062971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 225
Target Start/End: Original strand, 26060337 - 26060542
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  26060337 actaaccatgacttttgactctgatctaggtaatatgtttaacttaagtaatcaagctagagatagaccattattaggttatgacatagggattaacgtt 26060436  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  26060437 ctattaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagacattaaggggttgttatttgcagggagaattctaggtcaagagattgggtagagttactttgt 26060536  T
Q  220 taatct 225  Q
    ||||||    
T  26060537 taatct 26060542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 12171763 - 12171949
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    |||| ||||||||  |||||||||||||    
T  12171763 aataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgttcgtttaatacctccaatggtttcgaattcac 12171862  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  12171863 ttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattgtaggtcaagagattgggtagaattactaagttaatccgtcgtgaaacta 12171949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 238
Target Start/End: Original strand, 2541670 - 2541852
Alignment:
Q  56 gtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaag 155  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||   | ||||||||||| |||  |||| ||||||| |||||    
T  2541670 gtttaacctaagtaattaagctagagatagacaattattaggttatgatatagggattaacggactgttaaaaccttcaatggttttgaattcatttaag 2541769  T
Q  156 agattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||| || |||||| ||  | | |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2541770 agattaatggattgttatttccgagaagaattttaggtcaagagattggataaaattactttgttaatctgtcgtttaactag 2541852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16927085 - 16926943
Alignment:
Q  58 ttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagag 157  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||  |  |||||||||||||||  ||| ||||||   | | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  16927085 ttaacctaagtaattaaattagagatgaacaattattaggttatgatctagagattaacaaactattaaaacctccaacggtt-ctaattcacttaagag 16926987  T
Q  158 attaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagat 201  Q
    |||||||||||  |||||  || |||   |||||||||||||||    
T  16926986 attaaggggttaatactttaggagagggctctaggtcaagagat 16926943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14616924 - 14616706
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |     
T  14616924 actaaccatggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatatggattaacgtt 14616825  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14616824 ttgttaaaacctccaacggtttcgaattcactcaagagattaagggcttgtcacttgcggggagaattataggtcaagagattgggtagaattactttgt 14616725  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14616724 taatctgtcgttaaactag 14616706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 238
Target Start/End: Original strand, 22159496 - 22159712
Alignment:
Q  22 taaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattatt 121  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |    
T  22159496 taaccctggcttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaaactagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttct 22159595  T
Q  122 gttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgtta 221  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  22159596 gttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaactctaggtcaagagattgggtagagttactttgtta 22159695  T
Q  222 atctgtcgttaaactag 238  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  22159696 atctatcgttgaactag 22159712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 34405598 - 34405816
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  34405598 actaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgagatagggattaacgtt 34405697  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  34405698 cttttaaaacctccaacggttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcgaggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgt 34405797  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34405798 taatctgtcgttaaactag 34405816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26712841 - 26712621
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcat---tattaggttatgacatagggattaaa 116  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||     
T  26712841 actaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatcattattaggttatgacatagggattaac 26712742  T
Q  117 ttattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactt 216  Q
     |  | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||     
T  26712741 gttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattacta 26712642  T
Q  217 tgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
     ||||||||||||| ||||||    
T  26712641 agttaatctgtcgtgaaacta 26712621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26982579 - 26982359
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcat---tattaggttatgacatagggattaaa 116  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||     
T  26982579 actaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatcattattaggttatgacatagggattaac 26982480  T
Q  117 ttattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactt 216  Q
     |  | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||     
T  26982479 gttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattacta 26982380  T
Q  217 tgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
     ||||||||||||| ||||||    
T  26982379 agttaatctgtcgtgaaacta 26982359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15532696 - 15532480
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  15532696 actaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgt- 15532598  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    | ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  15532597 tcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 15532498  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  15532497 taatctgtcgtgaaacta 15532480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15542878 - 15542662
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  15542878 actaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgt- 15542780  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    | ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  15542779 tcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagatcaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 15542680  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  15542679 taatctgtcgtgaaacta 15542662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 33574869 - 33575055
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaa-attattgttaaaacctccaacagtttcgaattca 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||| ||||||||  ||||||||||||    
T  33574869 aataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacattcgt-ttaatacctccaatggtttcgaattca 33574967  T
Q  150 cttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  33574968 cttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagatcaagagattgggtagaattactaagttaatccgtcgtgaaacta 33575055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 11989313 - 11989166
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||  |     
T  11989313 actaaccttcgcttttgactctgatctaggtattaggtttaacctatgtaatcaagttagagatagatcattattaggttttaacatagagattaacgtt 11989214  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggt 167  Q
     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11989213 ctattaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggt 11989166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7650436 - 7650219
Alignment:
Q  30 gcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttat---------gacatagggattaaattat 120  Q
    ||||||||||| || | ||| |||| ||||||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||  |      
T  7650436 gcttttgactcagaactaggtaataagtttaacctaaaaaatcaagctagagatagatcattattaggttatttaggttatgacatagggattaaccttc 7650337  T
Q  121 tgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgtt 220  Q
    | |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||||    
T  7650336 tattaaaacctccagcgatttcgaattcactcaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtaaagagattgagtagaattaccttgtt 7650237  T
Q  221 aatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||| || |||||||||    
T  7650236 aatctatctttaaactag 7650219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 202
Target Start/End: Original strand, 13371912 - 13371990
Alignment:
Q  124 taaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagatt 202  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||||    
T  13371912 taaaacctccaacattttttaattcacttaagagattaagggattgtgactttaggggagagttctaagtcaagagatt 13371990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 23673829 - 23673622
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||    
T  23673829 cttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttctgttaaaacc 23673730  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  23673729 tccaactgtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactttgttaatttgtcgt 23673630  T
Q  231 taaactag 238  Q
    ||||||||    
T  23673629 taaactag 23673622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 237
Target Start/End: Original strand, 16294657 - 16294865
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||||     
T  16294657 tggcttttaactctgaactatgtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttct-ttaat 16294755  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgt 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||    
T  16294756 acctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagttaatctgt 16294855  T
Q  228 cgttaaacta 237  Q
    ||| ||||||    
T  16294856 cgtgaaacta 16294865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 31528139 - 31528355
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  31528139 actaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgt- 31528237  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    | ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  31528238 tcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 31528337  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  31528338 taatctgtcgtgaaacta 31528355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 31626299 - 31626516
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |     
T  31626299 actaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttataacataaggattaacgtt 31626398  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  31626399 cttttaatacctccaacgatttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcagggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 31626498  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  31626499 taatctgtcgtgaaacta 31626516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Original strand, 13709820 - 13710038
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| |||  ||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  13709820 actaaccctggattttgactctgacctaggtgataagtttaacccaagtaatcaagctagatatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 13709919  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  13709920 ttgttaaaacctccaacgatttcgaattcactaaagagattatggggttgtcacttgaggggagaattatgggtcaagagatcgggtagaattactttgt 13710019  T
Q  220 taatctgtcgttaaactag 238  Q
    |||||||| ||| ||||||    
T  13710020 taatctgttgttgaactag 13710038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 36326672 - 36326890
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |     
T  36326672 actaaccctggcttttgactttgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggctatgacacagggattaacgtt 36326771  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttc----gaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattact 215  Q
     |||||| |||||||||||||||     ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  36326772 ctgttaatacctccaacagtttcaaattaattcacttaagagattaaggagttgtcacttgcagggagaattctaggtcaagagattgggtagaattact 36326871  T
Q  216 ttgttaatctgtcgttaaa 234  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  36326872 ttgttaatctatcgttaaa 36326890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 32576171 - 32575965
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||| ||| | ||| |||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |  | |||| |||    
T  32576171 cttttgactatgaactaggtaatatgtttaacctaaataatcaagctaaagatagatctttattaggttacgacatagggattaacgttcttttaatacc 32576072  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||  |||||||||||||    
T  32576071 tccaacaatttcgaattcagtcaagagattaaggggttgtcacttgtggggagaattctaggtcaagggatttggtagagttactaagttaatctgtcgt 32575972  T
Q  231 taaacta 237  Q
     ||||||    
T  32575971 gaaacta 32575965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 236
Target Start/End: Original strand, 40017735 - 40017942
Alignment:
Q  28 tggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaa 127  Q
    |||||||||||| ||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||  |  | ||||     
T  40017735 tggcttttgactttgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggtcatgacatatgaattaacgttcttttaat 40017834  T
Q  128 acctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgt 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| |  |||| ||||  ||||||||||    
T  40017835 acctccaacagtttcgaattcacttaagagaataa-gggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaaaggattggggagaagtactgagttaatctgt 40017933  T
Q  228 cgttaaact 236  Q
    ||| |||||    
T  40017934 cgtaaaact 40017942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 115
Target Start/End: Original strand, 8426783 - 8426842
Alignment:
Q  56 gtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaa 115  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  8426783 gtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgatttagggattaa 8426842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 39563975 - 39563789
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  39563975 aataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcac 39563876  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  39563875 ttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagttaatctgtcgtgaaacta 39563789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22626808 - 22626590
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagata-gatcattattaggttatgacatagggattaaatt 118  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  22626808 actaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagataagatcattattaggttatgatatagggattaacgt 22626709  T
Q  119 attgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttg 218  Q
        |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  22626708 tcgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatagaattactaag 22626609  T
Q  219 ttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||| ||||| ||||||    
T  22626608 ttaatccgtcgtgaaacta 22626590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 31 - 237
Target Start/End: Original strand, 13979247 - 13979453
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    |||| |||||||| | ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||| |||    
T  13979247 ctttcgactctgaactaggtaatagttttaacttaagtaatcaagttggagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacc 13979346  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    || |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||  ||||||||||| |    
T  13979347 tcgaacgatttcgaattcacttaagagattaagaggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagggattggatagagttactaagttaatctgtcat 13979446  T
Q  231 taaacta 237  Q
     ||||||    
T  13979447 gaaacta 13979453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 11139034 - 11138848
Alignment:
Q  51 aataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacctccaacagtttcgaattcac 150  Q
    |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    |||| |||||| |  |||||||||||||    
T  11139034 aataggtttaacctcagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgttcgtttaatacctcctatggtttcgaattcac 11138935  T
Q  151 ttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  11138934 ttaagagattaaggagttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatagaattactaagttaatccgtcgtgaaacta 11138848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 35366126 - 35366340
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||  | |||||||   |    
T  35366126 actagccttggcttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattattaggctatgactcatggattaacgga 35366225  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||| |||||||||||||||||   ||||||||  ||||    
T  35366226 ctgttaaaacctccaagagtcttgaattcacttaagagattaagggattgtcactcgcggagagagttctaggtcaagagattgagtagaattatcttgt 35366325  T
Q  220 taatctgtcgttaaa 234  Q
    |||| ||||||||||    
T  35366326 taatttgtcgttaaa 35366340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Original strand, 47411951 - 47412146
Alignment:
Q  31 cttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaattattgttaaaacc 130  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||| || ||||  || ||||||   | |||||||| |    
T  47411951 cttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattattagattgtgactcagagattaacagactgttaaaatc 47412050  T
Q  131 tccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgt 230  Q
    || || |||  |||||||||||||||||        |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||   ||||||||   ||||||||||| ||    
T  47412051 tctaatagtcccgaattcacttaagaga--------ttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgagtagaattatcgtgttaatctgttgt 47412142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 162 - 238
Target Start/End: Original strand, 46731386 - 46731462
Alignment:
Q  162 aggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgttaatctgtcgttaaactag 238  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  46731386 aggggttgttacttgcggggagaactccaggtcaagagattgggtagagttactttgttaatatgtcgttgaactag 46731462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 77 - 110
Target Start/End: Original strand, 46731356 - 46731389
Alignment:
Q  77 tagagatagatcattattaggttatgacataggg 110  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46731356 tagagatggatcattattaggttatgacataggg 46731389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7488 - 7271
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||| || | ||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  7488 actaaccctggctttttactcagaactaggtaataggtttaacctaagtaataaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaacgtt 7389  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||    
T  7388 cttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaagtcaagagattgaatagaattactaagt 7289  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  7288 taatctgtcgtgaaacta 7271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 9612 - 9829
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  9612 actaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctaaagatagatcattattaggttatgatatagggattaacgtt 9711  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
       |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  9712 cgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 9811  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  9812 taatccgtcgtgaaacta 9829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Original strand, 2441 - 2660
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |     
T  2441 actaaccctggctttttactctgaactaggtaataggtttgacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggatcaacgtt 2540  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagataga--attacttt 217  Q
     | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||||      
T  2541 cttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagatttaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgagtagaatattactaa 2640  T
Q  218 gttaatctgtcgttaaacta 237  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  2641 gttaatctgtcgtgaaacta 2660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24679 - 24469
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  24679 actaaccctggcttttaactctgaaccaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatatatcattattaggttatgatatagggattaacgtt 24580  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
    |  ||||  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  24579 tatttaattcctccaatggtttcgaattcacataagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaattactaagt 24480  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    ||||| |||||    
T  24479 taatccgtcgt 24469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3099 - 2882
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||  |     
T  3099 actaaccatggctttcaactctgaactaggtaatacgtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagattatgacacaaggattaacgtt 3000  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   |    
T  2999 cttttaatacctccaatagttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagatttggtagaattactacct 2900  T
Q  220 taatctgtcgttaaacta 237  Q
    |||||| |||| ||||||    
T  2899 taatctttcgtgaaacta 2882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6306 - 6096
Alignment:
Q  20 actaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaatta 119  Q
    ||||||| || ||||||||||||| | ||| |||| ||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |     
T  6306 actaaccctgacttttgactctgaactaggtaataagtttaatctaagtaatcaacctagagatagatcattattaggttatgacatagggtttaacgtt 6207  T
Q  120 ttgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaattctaggtcaagagattagatagaattactttgt 219  Q
     |||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| | |||    
T  6206 ctgttaaaacctccaatgattttgaattcacttaagagattaaggggttgccacttgcggggagaattctagatcaagagattgggtagagttattgtgt 6107  T
Q  220 taatctgtcgt 230  Q
    |||||||||||    
T  6106 taatctgtcgt 6096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 143 - 1
Alignment:
Q  17 actactaaccttggcttttgactctgaccaaggcaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaaa 116  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  143 actactaaccctggtttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattaac 44  T
Q  117 ttattgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagat 159  Q
     |  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43 gttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagat 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 365 - 325
Alignment:
Q  75 gttagagatagatcattattaggttatgacatagggattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  365 gttagagatagatcattattagattatgatatagggattaa 325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University