View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21159_low_1 (Length: 514)

Name: NF21159_low_1
Description: NF21159
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21159_low_1
NF21159_low_1
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-497)||(5553273-5553767)
chr4 (5-497)||(5852659-5853151)
chr4 (7-497)||(5570778-5571268)
chr4 (5-497)||(5582983-5583475)
chr4 (33-481)||(5559087-5559535)
chr4 (32-480)||(5538940-5539388)
chr4 (5-497)||(5564862-5565354)
chr4 (5-432)||(5858191-5858618)
chr4 (33-464)||(5605212-5605644)
chr4 (5-215)||(5886000-5886210)
chr4 (5-153)||(3749358-3749506)
chr4 (5-169)||(5894845-5895009)
chr4 (302-497)||(252287-252482)
chr4 (5-169)||(5847785-5847949)
chr4 (329-441)||(3749070-3749182)
chr4 (271-384)||(5895111-5895224)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (5-118)||(1485695-1485808)
chr8 (318-373)||(1483241-1483296)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (5-118)||(876-990)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 5553767 - 5553273
Alignment:
Q  1 actagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5553767 actagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaa 5553668  T
Q  101 aacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553667 aacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacaca 5553568  T
Q  201 acaacaatctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553567 acaacaatctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacat 5553468  T
Q  301 cattggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttac 400  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5553467 cattggtaagatgaggcacttatat--attggatctttctaattctcaatataatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaactaagttac 5553370  T
Q  401 ttggatttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5553369 ttggatttgtcatttaacagtttcacaggtccgataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttataatagtttaagtg 5553273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 497
Target Start/End: Original strand, 5852659 - 5853151
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  5852659 gattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaaacc 5852758  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 204  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||| || ||||||||| || || ||||||     
T  5852759 tgaccacccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacagaagatctttcagattggaacactgtctgttattgacataacatacaacag 5852858  T
Q  205 caatctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcatt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  5852859 caatctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccagaccttaagggtaagtttcacaaacttttctggagcaattccacacatcatt 5852958  T
Q  305 ggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttgg 404  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5852959 ggtaagatgaggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaactaagttacttgg 5853058  T
Q  405 atttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5853059 atttgtcatttaacagtttcacaggtccgataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctatcttataatagtttaagtg 5853151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 497
Target Start/End: Original strand, 5570778 - 5571268
Alignment:
Q  7 ttcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctg 106  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| || ||||  || |||||||||||| |||||||  |||| ||     
T  5570778 ttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaacattttccaattttaaaaaacta 5570877  T
Q  107 accacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaaca 206  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | | ||  ||||||| ||| ||  |||| |||    
T  5570878 accaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtacatttccacaaaatatctttcaaattggaacattgtcatttattgatttatcattcaactaca 5570977  T
Q  207 atctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcattgg 306  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| | ||||| |    |||||    
T  5570978 atctccatggttcatttccggaatttccgctgagtggatctctccataccttaagggtaagtaacacaagcttttctggagcatttccatattctattgg 5571077  T
Q  307 taacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttggat 406  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  | || | | | |||    
T  5571078 taacatgaggcatttatctgaattggatcttttaaattgtaaatttaatggaacacttcccaattcactgtcaaaccttacagagcttagatgcattgat 5571177  T
Q  407 ttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    ||||||| ||| |  ||  | |||||||| ||||||||| | ||| ||||| | |||| |||| ||||||||||| | ||| |||||||||    
T  5571178 ttgtcatctaataactttgctggtccaatgccatcatttggcatgtccaaatatcttatccacctagacctttctcataatcgtttaagtg 5571268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 497
Target Start/End: Original strand, 5582983 - 5583475
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    |||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||      
T  5582983 gattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttccaatttcaaaaaat 5583082  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 204  Q
    | |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||| ||||||| |||  ||||||||||||| ||   ||||  ||||||||||| |   |||| |    
T  5583083 taaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaaatttccaaaaaccatctttcaaattggaacgttctcatttattgacttatccttcaacta 5583182  T
Q  205 caatctccatggttcatttccagaaattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcatt 304  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||   ||||| ||||||||||| | ||||| ||   |||    
T  5583183 caatctccatggttcgattccggaatttctgctgggtggatctctccaaaccttaaggataaggaacacaagcttctctggagcatttccatactctatt 5583282  T
Q  305 ggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttgg 404  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||  |||| | |||||||| ||| || | || ||| |||    
T  5583283 ggtaacatggggcatttatctgaattggatctttcgaattgtgaacttaatggaacacttcccttttcactgtcaaacctcacaaaactgagatacatgg 5583382  T
Q  405 atttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||| ||||| | |||||||||||||||| ||   || |||||||| | ||| |||||||||    
T  5583383 atttgtcatctaatagtttcacaggtcaaatgccaccatttgggatggccaaaaaccttacccgtctaaacctttctcataatcgtttaagtg 5583475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 5559535 - 5559087
Alignment:
Q  33 tatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtgg 132  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||| || ||||| |    
T  5559535 tatcgatcattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgacaacccttagtcttgcagcttgtag 5559436  T
Q  133 attaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcatttccagaaatt 232  Q
    ||| || | |||||||||||| |||||||| ||||||| || | | ||  ||||||||||| ||   ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||    
T  5559435 attgactgatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgacttaacattaaacaaaaatctccatagttcatttccagaattt 5559336  T
Q  233 cagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcattggtaacatgtggcacttatatgaattgg 332  Q
    |   |||||| |||| |||| ||||| |||| | ||  ||||| |||||| |||| |||||||||||  ||| |||||||| || |||||| ||||||||    
T  5559335 ccattgagtgtatctatccatacctttagggcaggtaacacaatcttctcgggagcaattccacacacaattagtaacatgaggaacttatctgaattgg 5559236  T
Q  333 atctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttggatttgtcatttaacagtttcacaggtcc 432  Q
    |||||||||||  |  | |||||||| |||||||||||||| | |||| ||| |||||| | || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5559235 atctttctaatagtacacttaatggaccacttcccaattcactctcaatccttacagaacttagatacatagatttgtcatttaacagcttcacaggtcc 5559136  T
Q  433 aataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttct 481  Q
    ||| ||||||||| | | ||||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  5559135 aatgccatcattttgcaaggccaaaagtcttatccacctagacctttct 5559087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 32 - 480
Target Start/End: Original strand, 5538940 - 5539388
Alignment:
Q  32 ctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtg 131  Q
    |||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  5538940 ctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgactacccttagtcttgaatcatgtg 5539039  T
Q  132 gattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcatttccagaaat 231  Q
    |||| || ||||  ||||| || || ||||| |||   | || | | ||  ||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  5539040 gattgactggtaagtttccgcagaaaatcttccaacggggaacattgtcatttattgacttaacattcaacaccaatctccacggttcatttccggaatt 5539139  T
Q  232 tcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcattggtaacatgtggcacttatatgaattg 331  Q
    ||     ||||||  |||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | | ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  5539140 tccatccagtggagatctccagaccttaagggtaagtatgacaagcttctctggagcatttccatataccattggtaacatgaggcacttatctgaattg 5539239  T
Q  332 gatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttggatttgtcatttaacagtttcacaggtc 431  Q
    ||||||||||||    | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| | || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5539240 gatctttctaatagcaattttaatggaatacttcccaattcattgtcaaaccttatagaacttagatacatagatttgtcatttaacagcttcacaggtc 5539339  T
Q  432 caataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttc 480  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||||   ||| ||||||||||    
T  5539340 caataccatcatttggcatggcaaaaaaccttgcacacttagacctttc 5539388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 5565354 - 5564862
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |   || |||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  5565354 gattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 5565255  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 204  Q
    |||||||||| ||||||  |  |||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||| ||   ||| |    
T  5565254 tgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaacta 5565155  T
Q  205 caatctccatggttcatttccaga-aattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcat 303  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | ||| || |||| |||||| || | | | |  || |||| ||||||||||||||||| | | ||   |   ||    
T  5565154 caatctccatggttcattcccagactactca-ctaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctat 5565056  T
Q  304 tggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttg 403  Q
    ||| ||  || ||||||||| | ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |  | |||||||||    
T  5565055 tggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgtcaaacctcacacacctcagttacttg 5564956  T
Q  404 gatttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    |||||||||   || ||||||||||||||||| ||| ||||| | |||| ||||||||||| |||| ||||||||||  | |||||||||||||    
T  5564955 gatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccatttggcatggtcaaaaaccttatccacctagacctttcagataatagtttaagtg 5564862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 5858618 - 5858191
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||     
T  5858618 gattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtcattattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaact 5858519  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 204  Q
    |||| ||||| |||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||| || | | || || |||||||||     |||| |    
T  5858518 tgactaccctcagtcttgcattttgtgcattatccggtacatttccacagaagatctttcagattggaacattgtctgtgattgacttattttccaacga 5858419  T
Q  205 caatctccatggttcatttccaga-aattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcat 303  Q
     ||||||| ||||||||||||| |  | ||| || |||| |||||| || |   | || || |||  ||||||||||||||||  | | ||   |   ||    
T  5858418 aaatctccgtggttcatttccaaactactca-ctaagtgaatctcttcatagaattagagtgagtgacacaaacttctctggaccattacctagctctat 5858320  T
Q  304 tggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttg 403  Q
    ||| ||| || |||| |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| |  | |||||||||    
T  5858319 tggcaacttgaggcagttatctgaattggatctttctttttgtcaatttaatggaacccttccaaattcattgtcaaacctcacacacctcagttacttg 5858220  T
Q  404 gatttgtcatttaacagtttcacaggtcc 432  Q
    ||| |||||| |||||  ||||| |||||    
T  5858219 gatctgtcatctaacaaattcactggtcc 5858191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 5605644 - 5605212
Alignment:
Q  33 tatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtgg 132  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||    ||||||    
T  5605644 tatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttaacgattgtgg 5605545  T
Q  133 attaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcattt-ccagaa-a 230  Q
    ||| || || |||||||||||||| || |||||||||  || ||| || | |||||||||| |  |||||   || || |||||||  ||| |||||  |    
T  5605544 attgactggaacatttccacaaaatatatttcaaattagaacactgtcagatattgacttatctgacaaccctaaccttcatggttttttttccagacta 5605445  T
Q  231 ttcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcattggtaacatgtggcacttatatgaatt 330  Q
     ||| || |||| |||||| |||| | | | ||  |||  ||||| ||||||||||| | | ||   |   ||||| ||| || ||||||||| ||||||    
T  5605444 ctca-cttagtgaatctcttcacagcattatggcgagtaacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaatt 5605346  T
Q  331 ggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttggatttgtcatttaacagtttcacaggt 430  Q
    | ||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || | ||  ||||||||||||||  ||| | ||||||||||    
T  5605345 gtatctttccagttgtcaatttaatggaacactttccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtcaaataataatttcacaggt 5605246  T
Q  431 ccaataccatcatttagtatggccaaaaacctta 464  Q
    ||||| ||| ||||| | |||| |||||||||||    
T  5605245 ccaatgccaccatttggcatggtcaaaaacctta 5605212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 215
Target Start/End: Original strand, 5886000 - 5886210
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  5886000 gattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 5886099  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 204  Q
    | |||||||| | ||||  |  ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||| ||  ||||||||||| |  |||||      
T  5886100 taaccaccctcaatcttcaaaattgcggattgacagatacatttccacaaaagatcttccaaattagaacactgtcaattattgacttatctgacaaccc 5886199  T
Q  205 caatctccatg 215  Q
    |||||||||||    
T  5886200 caatctccatg 5886210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 3749506 - 3749358
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    |||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || || || ||  ||||||||||||||||  |||||     
T  3749506 gattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaact 3749407  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccaca 153  Q
    |||||||||| |||||| |   ||||| ||| || ||||||||||||||    
T  3749406 tgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccaca 3749358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Original strand, 5894845 - 5895009
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||| || | ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  5894845 gattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatcgaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacc 5894944  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaatt 169  Q
    | |||||||| | ||||  |   |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5894945 taaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaaagatcttccaaatt 5895009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 302 - 497
Target Start/End: Original strand, 252287 - 252482
Alignment:
Q  302 attggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttact 401  Q
    ||||| ||| || ||||||||| |||||| || |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| || | | | ||     
T  252287 attggcaacttgaggcacttatctgaattagacctttctcactgtcaatttaatggtacacttcccaattcattgtcaaacctcacaaaactcaatcacc 252386  T
Q  402 tggatttgtcatttaacagtttcacaggtccaataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttaaaatagtttaagtg 497  Q
    | ||||| |||||||||| |||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| || | |||| || |||||| | ||||| |||||||||    
T  252387 tagatttttcatttaacaatttcactggtccgttgccatcatttggcatggccaaaaaactcacccacctacacctttttcaaaatggtttaagtg 252482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Original strand, 5847785 - 5847949
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    |||||||||||| ||| |||| | |||||  |||||||| |||||| |  |||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  5847785 gattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 5847884  T
Q  105 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaatt 169  Q
    | |||||||| | ||||  |   |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5847885 taaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaaatatcttccaaatt 5847949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 329 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 3749182 - 3749070
Alignment:
Q  329 ttggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaattaagttacttggatttgtcatttaacagtttcacag 428  Q
    ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || | ||||||||| || |||  | ||||||||| || |    
T  3749182 ttggatctttctttttgtcaattcaatggaacacttccaaattcattgtcaaacctcacacaactgagttacttgaatctgtggtctaacagttttaccg 3749083  T
Q  429 gtccaataccatc 441  Q
    ||||||| |||||    
T  3749082 gtccaatgccatc 3749070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 271 - 384
Target Start/End: Original strand, 5895111 - 5895224
Alignment:
Q  271 cacaaacttctctggaggaattccacacatcattggtaacatgtggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaat 370  Q
    ||||| ||||||||||  | ||||||||| ||| |||||||||    ||||||  ||||||||||||||| | | |||| |  |||||||||||||||||    
T  5895111 cacaagcttctctggaccacttccacacaacatcggtaacatgacaaacttattggaattggatctttcttactgtcaactatatggaacacttcccaat 5895210  T
Q  371 tcattttcaaacct 384  Q
    ||| | ||||||||    
T  5895211 tcactgtcaaacct 5895224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 1485808 - 1485695
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacc 104  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||| || ||  |||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  1485808 gattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttaccaattttaaaaacc 1485709  T
Q  105 tgaccacccttagt 118  Q
    |||||| |||||||    
T  1485708 tgaccatccttagt 1485695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 1483296 - 1483241
Alignment:
Q  318 acttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattca 373  Q
    |||||| ||||||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1483296 acttatctgaattggatcttccttactgtcaatttaatggaacacttcccaattca 1483241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 5 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 990 - 876
Alignment:
Q  5 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgcc-aatttccaaaac 103  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||| || ||  |||||||||||||| || |||||  |||||    
T  990 gattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttacctaattttaaaaac 891  T
Q  104 ctgaccacccttagt 118  Q
    ||||||| |||||||    
T  890 ctgaccatccttagt 876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University