View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21162_high_4 (Length: 516)
Name: NF21162_high_4
Description: NF21162
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21162_high_4 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 507
Target Start/End: Original strand, 1529906 - 1530396
Alignment:
| Q |
17 |
catctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaa |
116 |
Q |
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| T |
1529906 |
catctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagttttttttttaatgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaa |
1530005 |
T |
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| Q |
117 |
attgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaatt |
216 |
Q |
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| T |
1530006 |
attgagttttttttgttgggtttgttgaaatctgaatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgtttttttaatt |
1530105 |
T |
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| Q |
217 |
tatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttattttt |
316 |
Q |
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| T |
1530106 |
tatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttattttt |
1530205 |
T |
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| Q |
317 |
agctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgattaa |
416 |
Q |
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| T |
1530206 |
agctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgattaa |
1530305 |
T |
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| Q |
417 |
ttatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaataat |
507 |
Q |
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| T |
1530306 |
ttatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaataat |
1530396 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 22476812 - 22476322
Alignment:
| Q |
17 |
catctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnna--atgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaa |
114 |
Q |
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| T |
22476812 |
catctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttctactttttttaatcagtttttttttttttatgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaa |
22476713 |
T |
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| Q |
115 |
aaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaa |
214 |
Q |
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| T |
22476712 |
aaattaagttttttttgtttggtttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgtttttttaa |
22476613 |
T |
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| Q |
215 |
tttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatt |
313 |
Q |
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| T |
22476612 |
tttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctggattcttattgagtggtgaaatggtgattggttattgagatgttagttatt |
22476513 |
T |
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| Q |
314 |
tttagctgtatataatttgtgtttttt-ggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttga |
412 |
Q |
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| T |
22476512 |
tttagttgtatataatttttgtttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttga |
22476413 |
T |
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| Q |
413 |
ttaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaa |
503 |
Q |
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| T |
22476412 |
ttaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaa |
22476322 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 507
Target Start/End: Original strand, 26841681 - 26842174
Alignment:
| Q |
17 |
catctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaa |
116 |
Q |
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| T |
26841681 |
catctcaaggtcgatttgtgaattgtatctcttatt-tttttttaatcagttttttttt--atgattatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaa |
26841777 |
T |
|
| Q |
117 |
attgagnnnnnnnn--gttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaa |
214 |
Q |
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| T |
26841778 |
attgagtatttcttttgttcgttttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttgatgattgttgtttttttaa |
26841877 |
T |
|
| Q |
215 |
tttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatt |
313 |
Q |
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| T |
26841878 |
tttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctagattcttattgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatt |
26841977 |
T |
|
| Q |
314 |
tttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgat |
413 |
Q |
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| T |
26841978 |
tttagttgtatataatctgtgttttttggaaattggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgat |
26842077 |
T |
|
| Q |
414 |
taattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcacta---ttcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaataat |
507 |
Q |
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| T |
26842078 |
taattgtgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgcagaataat |
26842174 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 81 - 455
Target Start/End: Original strand, 29099045 - 29099432
Alignment:
| Q |
81 |
attatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgct |
180 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
29099045 |
attatttggaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgaatttttttaat-gggtttgtttaaatctgcattgtagtttgaatttgataaagattgct |
29099143 |
T |
|
| Q |
181 |
atttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnna--------atttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattc-tat |
271 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |
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| T |
29099144 |
atttaaatatgtttaatgattgtttttttttatttttttttatttatcagagtgattcttgcttctggttatgcttgatgatggtttgctggattcatat |
29099243 |
T |
|
| Q |
272 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataattt-----gtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
366 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
29099244 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttacttttagctgtatataatataatctgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
29099343 |
T |
|
| Q |
367 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
455 |
Q |
| |
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| T |
29099344 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgtctgtggaagagattgcttgattaattaggaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
29099432 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 164 - 329
Target Start/End: Original strand, 21923016 - 21923182
Alignment:
| Q |
164 |
atttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctg |
263 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
21923016 |
atttgataaatactgctatttaaacatgtttaatgattgttgttttttttatttatcagagtgatccttggttctggttatgcttgatgataatttgttg |
21923115 |
T |
|
| Q |
264 |
gattct-attgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
329 |
Q |
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| T |
21923116 |
gattcttattgagtggtgaaatggtgattaattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
21923182 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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