View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21163_low_32 (Length: 414)

Name: NF21163_low_32
Description: NF21163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21163_low_32
NF21163_low_32
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (26-387)||(41418186-41418544)
chr8 (23-266)||(26131222-26131465)
chr8 (23-401)||(43218414-43218795)
chr8 (362-401)||(26131526-26131565)
chr8 (248-391)||(13172924-13173067)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (23-257)||(33924-34158)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (23-394)||(8789823-8790190)
chr7 (157-401)||(44036737-44036978)
chr7 (154-265)||(40290235-40290346)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (23-208)||(15617568-15617753)
chr5 (169-401)||(16042948-16043178)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (23-400)||(20250824-20251204)
chr3 (43-176)||(7642947-7643080)
[»] scaffold0093 (2 HSPs)
scaffold0093 (35-257)||(16847-17066)
scaffold0093 (342-391)||(16716-16765)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-401)||(51748439-51748817)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (289-402)||(17118884-17118997)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (357-401)||(26264151-26264195)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 41418544 - 41418186
Alignment:
Q  26 ccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttggga 125  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |    
T  41418544 ccatcttcgaattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaataatttgcaactgtcctatggagcctttggaagcatagaaatctcaagctttggca 41418445  T
Q  126 agatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaac 225  Q
    ||||||||||||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||  |  |||||| |||||    
T  41418444 agatgtcacagaaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagctaacactactattccggcagctagttgcaac 41418345  T
Q  226 aacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaa 325  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| | | |||| ||    | |||||||||||||| ||||||||||  |||||| |    
T  41418344 aacacttcaacaaattcagttcgtaatgatcagatgacaacaacaacgccggtaagacaaagtggttcatgtacaactcgaaattcttctgatacaacga 41418245  T
Q  326 cgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgtt 387  Q
    |    | |||  ||| ||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||    
T  41418244 c---tgatatgtcttcggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtccgaaatgtaatgtt 41418186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 266
Target Start/End: Original strand, 26131222 - 26131465
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  26131222 atgccattttcgaattgttacatcagctctcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctgtcctttggagcctttggaagcatagaaatctcaaactttg 26131321  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | |||| | |||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||  ||||| |||  |  ||||||||     
T  26131322 gcaagaggccacagaaacatgtgctcatgtagtagatcgagcttgtcaccttatggaggattggcatgcagctaatcctactcttccggtagctagtcga 26131421  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaac 266  Q
    |||||||  |||| |||||||| |  |||||||||||| |||||    
T  26131422 aacaacatttcaataaattcagttcataatgatcagacaacaac 26131465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 43218795 - 43218414
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||    
T  43218795 atgccattttcgaattgctacatcagctctcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctaccctttggagcctttgggagcatagaaatctcaaactttg 43218696  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | ||||   |||| ||||||  ||||   | || ||||| |||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| |||||| |||| |  |||| |||     
T  43218695 gcaagagaccacataaacatatgctcttgtagtagatcgggcttttcacctcatagaggattggcatgcagctaatgctactcttctggtagctaatcga 43218596  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaa---attcttctacta 319  Q
    |||||||  |||| |||||| | |  ||||||||| || ||||| | ||||| | |||| || | | |||||  |||||||| ||     |||||| |||    
T  43218595 aacaacatttcaataaattctgttcataatgatcatacaacaacaataacaccgataagacaaggcaattcagttacaactcgaatgtcctcttcttcta 43218496  T
Q  320 caacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
    |||||||  | | ||| ||||  | ||||||||| |||||| | |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43218495 caacaacaagtgatatggcttcagacaggtggcaacgtccacagcgagtccatctgaaatgtaatgttgatgtttcattttc 43218414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 362 - 401
Target Start/End: Original strand, 26131526 - 26131565
Alignment:
Q  362 aacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26131526 aacgaggccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 26131565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 248 - 391
Target Start/End: Original strand, 13172924 - 13173067
Alignment:
Q  248 gtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcag 347  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||   |||| || |  |||| | ||||||||| ||||||||||  || | ||||| | | ||| | |||||||||    
T  13172924 gtaatgattagacgacaacaacaacaccagtaagacaaggtgattaaggtacaactcaaaattcttctcttatagcaacgagtgatatggttttggtcag 13173023  T
Q  348 gtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatg 391  Q
    |||||| || | | |||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  13173024 gtggcaacgccaacaacgtggtcgtctgaaatgtaatgttgatg 13173067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 23 - 257
Target Start/End: Original strand, 33924 - 34158
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  33924 atgccatattcgaattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaacgatttgcaattgtcctatggagcctttggaagcatagaaatctcaacctttg 34023  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | ||||||||||| |||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||    
T  34024 gcaagatgtcacataaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagttaacgttactattctggcagctagtcgc 34123  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatca 257  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  34124 aacaacacttcaacaaattcagtttgtaatgatca 34158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 394
Target Start/End: Original strand, 8789823 - 8790190
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  8789823 atgccatattcgaattgctacatcaactttcacaaaaattagtc-aacgatttgcaactgtcctatggatcctttggaagcatagaaatctcaagctttg 8789921  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | ||||||||||| |||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||||      
T  8789922 gcaagatgtcacataaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagctaacgctactattccggcagctagtcat 8790021  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaa 322  Q
    |||||| | ||||||||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||| | | |||| ||    | |||| ||| ||||| |||||||||| ||   |    
T  8790022 aacaacgcttcaacaaattcagttcgtaacgatcagatgagaacaacaacgccggtaagacacagtggttcaggtataactcgaaattcttctgct---a 8790118  T
Q  323 caacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgctt 394  Q
    ||||| | | |||  ||| ||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  8790119 caacgagtgatatgacttcggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtctgaaatgtaatgtcgatgctt 8790190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 44036978 - 44036737
Alignment:
Q  157 gatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatc 256  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |   |  ||||||||||||||||  ||||||||||||| |  ||||||||    
T  44036978 gatcgagcttgtcaccttatggaggattgatatgcagttaaccctactacttcggcagctagtcgcaacaacatttcaacaaattcagttcataatgatc 44036879  T
Q  257 agacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcg 356  Q
    ||| ||| || |||||   |  ||| ||    | |||| ||| ||||| |||||||||| ||   |||||| | | |||  ||| |||||||||| ||||    
T  44036878 agatgacgacaacaacgtcggaaagacaaagtggttcaggtataactcgaaattcttctgct---acaacgagtgatatgacttcggtcaggtggaagcg 44036782  T
Q  357 tccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  44036781 gccacaacgaggccgtctgaaatgtaatatcgatgcttcgttttc 44036737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 40290346 - 40290235
Alignment:
Q  154 gttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagt-cgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaat 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||  |   ||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||| ||    
T  40290346 gttgatcgagcttgtcaccttattgaggattgatatgcagctaatgcaactattccggcaactagtccacaacaacacataaacaaattcagtttgt-at 40290248  T
Q  253 gatcagacgacaa 265  Q
    |||||||| ||||    
T  40290247 gatcagactacaa 40290235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 208
Target Start/End: Original strand, 15617568 - 15617753
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||   ||||||| |||||| || |||||    
T  15617568 atgccatctttgaattgtcacataagctctcgcaagaatttgaccaacgagttgcagctatcctctagagccttcagaagcatagaaatcttaaactttg 15617667  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattc 208  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  15617668 gcaagatgtcacataaacatgtgctcagatagtagaccgagcttgtcaccatatggaggattggtatgtagctaatgctactattc 15617753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 169 - 401
Target Start/End: Original strand, 16042948 - 16043178
Alignment:
Q  169 caccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaacca 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| | ||| ||    || || |  ||||||||| |||| ||| |    
T  16042948 caccttattgaggattggtatgcaactaacgttactattccagtagctagtcgcaaca-cgcataaaattttttagttcataatgatcaaacga-aacga 16043045  T
Q  269 caacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgaga 368  Q
    |||||||| || | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  16043046 caacactggtaggacaagacgattcaggtacaactccagatccttctactacaacaacgaatgatatagctttggtcaggtggcagcgtccacaatgagt 16043145  T
Q  369 ccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
     |||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  16043146 tcgtctgaaatataatgtcgatacttcattttc 16043178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 400
Target Start/End: Original strand, 20250824 - 20251204
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  20250824 atgccattttcgaattgctacatcagctttcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctaccctttggagcctttgaaagcatagaaatctcaaactttg 20250923  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | |||| | |||| ||||||| ||||  || || ||| | |||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| |||||| |||  |  ||||||||     
T  20250924 gcaagagggcacaaaaacatgtgctcttatagtagattgggcttttcacctcatggaggattggcatgcagctaatgctactcttccggtagctagtcga 20251023  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaat---tcttctacta 319  Q
    |||||||  |||| |||||  | | ||||||||||||| ||||| | | ||| | |||| || | | ||| |  |||||||| || |   |||||| |||    
T  20251024 aacaacatttcaataaattatgttcgtaatgatcagacaacaacaatagcaccgataagacaaggcaatttaattacaactcgaatttcctcttcttcta 20251123  T
Q  320 caacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcatttt 400  Q
    ||||||   | | ||| ||||  | ||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20251124 caacaaaaagtgatatggcttcagacaggtggcaacgtccacaacgtggccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcatttt 20251204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 43 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 7643080 - 7642947
Alignment:
Q  43 catcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttgggaagatgtcacagaaacat 142  Q
    |||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||  | ||||||||||||||||    
T  7643080 catcagctctcgcgagaatttggtcaatgatttgcagctgtcctctcgagcctttggaagcatagaaatttcaagttttgacaggatgtcacagaaacat 7642981  T
Q  143 gcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttat 176  Q
    |  ||||  | || |||||||||||| |||||||    
T  7642980 gtactcatgtagtagatcgagcttgtaaccttat 7642947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0093
Description:

Target: scaffold0093; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 17066 - 16847
Alignment:
Q  35 aattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttgggaagatgtcac 134  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||  |||||| |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |  ||||    
T  17066 aattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaacaatttgcaattgtcctatttagcctttggaagcatagaaatctcaagctttggcaaaacatcac 16967  T
Q  135 agaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaacaacacatca 234  Q
    | |||| || |||||  |||| ||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||| |||    
T  16966 ataaacttgtgctcatgttgtcgatcgagcttgtcacc---aggaggattggtatgcagctaacgttactattccggcagctagtcgcaacaacacttca 16870  T
Q  235 acaaattcagcttgtaatgatca 257  Q
    |||||||||| | ||||||||||    
T  16869 acaaattcagttcgtaatgatca 16847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 16765 - 16716
Alignment:
Q  342 ggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatg 391  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  16765 ggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtctgaaatgtaatgtcgatg 16716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 401
Target Start/End: Original strand, 51748439 - 51748817
Alignment:
Q  23 atgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttg 122  Q
    ||||||| || ||||||||||||||  ||||  ||||  |||  |||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||| | | |    
T  51748439 atgccattttcgaattgttacatcaattttcgtaagatcttgatcaacaatttgcatatgtcctttggagcctttcgaagcatagaaatctcaaacctag 51748538  T
Q  123 ggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgc 222  Q
    | |||||| |||| ||||||  | |||  | || ||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||| ||   |  || |||||     
T  51748539 gcaagatgccacaaaaacatatgttcatgtagtagatcgagtttgtcaccttatggaggattgacatgcagctaacgctactctttcggtagccagtcga 51748638  T
Q  223 aacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaa 322  Q
    |||||||  |||| |||||||| | ||||||||| | ||||||| | || |  | |||| || ||| ||| |  |||||||| || ||||||| ||||||    
T  51748639 aacaacatttcaataaattcagttcgtaatgatcggtcgacaacaataatatcgataagacaagacaatttagttacaactcgaatttcttcttctacaa 51748738  T
Q  323 caacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
    ||||| | | ||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51748739 caacgagtgatatggcttcagacaggtggcagcgtccacaacgaggctgtatgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 51748817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 402
Target Start/End: Original strand, 17118884 - 17118997
Alignment:
Q  289 gattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttg 388  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | |||||  |||  | | ||| | || ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |    
T  17118884 gattcaggtacaactcaaaattcttttcctacagtaacaagtgatattgtttcggtcaggtggcagcgtccacaatgaggccgtctgaaatgtaatgtcg 17118983  T
Q  389 atgcttcattttca 402  Q
    ||||||| ||||||    
T  17118984 atgcttcgttttca 17118997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 26264195 - 26264151
Alignment:
Q  357 tccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 401  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26264195 tccacaacgaggtcgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 26264151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University