View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21164_low_2 (Length: 443)

Name: NF21164_low_2
Description: NF21164
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21164_low_2
NF21164_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (3-426)||(38160525-38160947)
chr1 (4-356)||(38116767-38117120)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-426)||(49004502-49004923)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 3 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 38160947 - 38160525
Alignment:
Q  3 tcgagtgagatgaagtacgtatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcaagtgcacgcaattctttgatttcttcctgccac 102  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  38160947 tcgagtgagctgaagtacatatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcaagtgcacgcagttctttgatttcttcctgccat 38160848  T
Q  103 ttttcgacctgctccttgtgaatcctgcatatttcaaagttcaaagaatcaca--acgaaaattcaaaaactaacaatattcaaagtgaaagatgatttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||  || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  38160847 ttttcgacctgctccttgtgaatcctgcatattggaaagttaaaagaataacaccacaaaaagtcaaaaactaacaatattaaaagtgaaagatagtttc 38160748  T
Q  201 agctttgaatattcaatggtaacttcatatctcacataatcagtttctcttcaaattcattgcaaagctccttaagcattgttttccctgattctaagag 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38160747 agctttgaatgttcaatggtaacttcataactcgcataatcagtttctcttcaaattcattgcatagctccttaagcattgttttccctgattccaagag 38160648  T
Q  301 ctcagtcacctacaaacaatcaacaattaaacatttaaaagagttaacattcatctagagtatgatttcaagcttcaaacagtgtgtaagtgtaacaact 400  Q
    |||||  ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||    
T  38160647 ctcagatacctacaagaaatccacaattaaacatttcaaagatttaacattcatctacagtatgatttcaagcttcaaacagtgtgtaggtgt---aact 38160551  T
Q  401 atataaagcttccctctgagtaaaat 426  Q
     |||| |||| |||||||||||||||    
T  38160550 ttatatagctaccctctgagtaaaat 38160525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 4 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 38117120 - 38116767
Alignment:
Q  4 cgagtgagatgaagtacgtatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcaagtgcacgcaattctttgatttcttcctgccact 103  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  38117120 cgagtgagctgaagtacatatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcgagtgcacggagttctttgatttcttcctgccatt 38117021  T
Q  104 tttcgacctgctccttgtgaatcctgcatatttcaaagttcaaagaatcaca--acgaaaattcaaaaactaacaatattcaaagtgaaagatgatttca 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||| |    
T  38117020 tttcaacctgctccttgtgaatcctgcttatttgaaagttaaaagaatcacaccataaaaagtcaaaaactaacaatatt-taagtgaaagatagtttaa 38116922  T
Q  202 gctttgaatattcaatggtaacttcatatctcacataatcagtttctcttcaaattcattgcaaagctccttaagcattgttttccctgattctaagagc 301  Q
     | |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  38116921 acattgaatgttcaatggtaacttcattactcacataatcagtttctcttcaaattcattgcatagctccttaaacattgttttccctgattccaagagc 38116822  T
Q  302 tcagtcacctacaaacaatcaacaattaaacatttaaaagagttaacattcatct 356  Q
    ||||  |||||||   |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  38116821 tcagatacctacatgaaatccacaattaaacatttcaaagatttaacattcatct 38116767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 4 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 49004923 - 49004502
Alignment:
Q  4 cgagtgagatgaagtacgtatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcaagtgcacgcaattctttgatttcttcctgccact 103  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| |    
T  49004923 cgagtgagctgaagtacatatcgagcattttgcagaagagcattggcttcctcatttgaggcatcgagtgctcggagttctttgatttcttcctgccatt 49004824  T
Q  104 tttcgacctgctccttgtgaatcctgcatatttcaaagttcaaagaatcacaacg--aaaattcaaaaactaacaatattcaaagtgaaagatgatttca 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  49004823 tttcaacctgctccttgtgaatcctgcttatttgaaagttaaaagaatcacaccataaaaagtcaaaaactaacaatatttaaagtgaaagatagtttaa 49004724  T
Q  202 gctttgaatattcaatggtaacttcatatctcacataatcagtttctcttcaaattcattgcaaagctccttaagcattgttttccctgattctaagagc 301  Q
     | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  49004723 acattgaatgttcaatggtaacttcataactcacataatcagtttctcttcaaattcattgcatagctccttaagcattgttttccctgattccaaaagc 49004624  T
Q  302 tcagtcacctacaaacaatcaacaattaaacatttaaaagagttaacattcatctagagtatgatttcaagcttcaaacagtgtgtaagtgtaacaacta 401  Q
    ||||  ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  49004623 tcagatacctacaagaaatccacaattaaacatttcaaagatttaacattcatctagcttatgatttcaagcttcaaacagtgtgtaagtgtaaca---t 49004527  T
Q  402 tataaagcttccctctgagtaaaat 426  Q
    |||| |||| |||||||||||||||    
T  49004526 tatatagctaccctctgagtaaaat 49004502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University