View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21165_high_12 (Length: 469)

Name: NF21165_high_12
Description: NF21165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21165_high_12
NF21165_high_12
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-452)||(20205073-20205524)
chr6 (1-452)||(22099096-22099547)
chr6 (15-452)||(21971648-21972088)
chr6 (35-452)||(20085787-20086204)
chr6 (28-431)||(20237693-20238096)
chr6 (28-431)||(22131677-22132080)
chr6 (22-452)||(22204959-22205389)
chr6 (28-442)||(24385181-24385595)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (27-425)||(47815-48210)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (22-452)||(15724-16153)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (27-452)||(5309-5737)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Original strand, 20205073 - 20205524
Alignment:
Q  1 tcaaagtgattgaagaaatactgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205073 tcaaagtgattgaagaaatactgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttctt 20205172  T
Q  101 ccgttgcgtttttgacgcattgaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205173 ccgttgcgtttttgacgcattgaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaa 20205272  T
Q  201 ttttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205273 ttttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaaga 20205372  T
Q  301 taaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205373 taaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggat 20205472  T
Q  401 ataattcataccttacattacagctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20205473 ataattcataccttacattacagctaggataaagaaatctccctcccacctt 20205524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Original strand, 22099096 - 22099547
Alignment:
Q  1 tcaaagtgattgaagaaatactgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099096 tcaaagtgattgaagaaatactgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttctt 22099195  T
Q  101 ccgttgcgtttttgacgcattgaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099196 ccgttgcgtttttgacgcattgaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaa 22099295  T
Q  201 ttttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099296 ttttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaaga 22099395  T
Q  301 taaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099396 taaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggat 22099495  T
Q  401 ataattcataccttacattacagctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22099496 ataattcataccttacattacagctaggataaagaaatctccctcccacctt 22099547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 15 - 452
Target Start/End: Original strand, 21971648 - 21972088
Alignment:
Q  15 gaaatactgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttg 114  Q
    |||||||  ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  21971648 gaaatacctattcgaatagcgaagcaggcaatggctgtaccaaattataccctctgggaaggaatgacactttgagtatagttgttccgttgcatttttg 21971747  T
Q  115 acgcattgaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatgg 214  Q
    |||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  21971748 acgcattgaacacaaaggcgaggcggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacgcaatttcttccactttaagccaataaaattttttgccgatgg 21971847  T
Q  215 tggcgttcgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  21971848 tggcgttcgacaacaaataagacagaagtagtttgatgtttttgtcagtgattgtattgtaatttcttgagcaattataggaaagataaaatggatcttc 21971947  T
Q  315 tgaaag---tttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcatac 411  Q
    ||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21971948 tgaaagtattttagaatcttgtatggaatcatttgtttgaggagcaagctcatttggggaaagaacataagtagacctataaaatggatataattcatac 21972047  T
Q  412 cttacattacagctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  21972048 ctaacattacagctaggataaagaaatctcccaccaacctt 21972088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 35 - 452
Target Start/End: Original strand, 20085787 - 20086204
Alignment:
Q  35 gaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacacagagtct 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  |  ||||||||||||||| ||  || ||||| ||||| || |||||| ||||||| |     
T  20085787 gaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttggagatgaaagacactttgagtatatttggtcagttgcattttttacacattgaccacagaggcg 20085886  T
Q  135 agaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataa 234  Q
    |  |||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||| ||||||||||   ||| |||||||| |||  | |||||||| ||  ||| ||||    
T  20085887 aacaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccatttcatccactttaacagtataaaatttttcgccatttgtggcgttggaggacagataa 20085986  T
Q  235 gacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtt 334  Q
    || ||||||||||||| ||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| | |||||||||| |    
T  20085987 gagagaagtaatttgaagttattgttagtgattgtactgttgtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctagaatcttggt 20086086  T
Q  335 tggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctgggataaag 434  Q
    | |||| ||||||| ||||| | ||||||||||| ||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  20086087 ttgaatgatttgtttgaggaacaagctcatttggcgaaggagcattaatagacctataaaaaggatataattcatacctaacattacagctaggaaaaag 20086186  T
Q  435 aaatctccctcccacctt 452  Q
    || |||||| ||||||||    
T  20086187 aactctcccacccacctt 20086204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 431
Target Start/End: Original strand, 20237693 - 20238096
Alignment:
Q  28 gaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacac 127  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |  ||||||||||||||| || |||||  || ||||| || |||||| |||    
T  20237693 gaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccac 20237792  T
Q  128 agagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaa 227  Q
    |||| | |  |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  |    
T  20237793 agaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaaga 20237892  T
Q  228 caaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaa 327  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||| || ||  ||||||    
T  20237893 caaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaa 20237992  T
Q  328 tcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctgg 427  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || || || |||| |||||||| |||||||  |||||||| | |||||| || |    
T  20237993 tcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactag 20238092  T
Q  428 gata 431  Q
    ||||    
T  20238093 gata 20238096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 431
Target Start/End: Original strand, 22131677 - 22132080
Alignment:
Q  28 gaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacac 127  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |  ||||||||||||||| || |||||  || ||||| || |||||| |||    
T  22131677 gaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccac 22131776  T
Q  128 agagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaa 227  Q
    |||| | |  |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  |    
T  22131777 agaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaaga 22131876  T
Q  228 caaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaa 327  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||| || ||  ||||||    
T  22131877 caaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaa 22131976  T
Q  328 tcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctgg 427  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || || || |||| |||||||| |||||||  |||||||| | |||||| || |    
T  22131977 tcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactag 22132076  T
Q  428 gata 431  Q
    ||||    
T  22132077 gata 22132080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 22205389 - 22204959
Alignment:
Q  22 tgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcatt 121  Q
    |||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||  |  |  ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||    
T  22205389 tgatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattatgcccttaggacatgaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttaacacatt 22205290  T
Q  122 gaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgtt 221  Q
    || | |||||   |   ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |   | || || |||  |||  | ||||||||    
T  22205289 gaccgcagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttccgccatttgtggcgtt 22205190  T
Q  222 cgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagt 321  Q
     ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |    
T  22205189 ggaggacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattttactgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatggatcttgtgaaaat 22205090  T
Q  322 ttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattac 421  Q
     ||||||||||  | |||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||    
T  22205089 ctagaatcttgggttgaatgatttgtttgaggaacaagctcatttggtgaaggagcattaatagacctataaaaaggatatagttcatacctaatattac 22204990  T
Q  422 agctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    |||| ||| ||| || |||| | ||||||||    
T  22204989 agctaggaaaaacaactctcgcacccacctt 22204959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 24385595 - 24385181
Alignment:
Q  28 gaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacac 127  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||  |  ||||||||||||||| ||  || ||||| ||||| || |||||| |||    
T  24385595 gaatagtgaagcaagcagtggctgtaccaaactataccctttggagatgaacgacactttgagtatatttggtcagttgcattttttacacattgaccac 24385496  T
Q  128 agagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaa 227  Q
    |||| | |   ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |   |||  |||||||||||  | |||||||| ||  |    
T  24385495 agagacgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttacagtatagaattttttgccatttgtggcgttggagga 24385396  T
Q  228 caaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaa 327  Q
    || |||||| ||||||||||||| ||| | ||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| | |||||    
T  24385395 cagataagagagaagtaatttgaagttatcgtttgtgattatattgtggtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctagaa 24385296  T
Q  328 tcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctgg 427  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||| |||| || || |||||||  ||||||| ||| ||| ||||||||| |  |||||||| |    
T  24385295 tcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttgatgaaggagcaataatagatttataaaaaggaaatagttcatacctaatgttacagctag 24385196  T
Q  428 gataaagaaatctcc 442  Q
    || || ||| |||||    
T  24385195 gaaaaggaactctcc 24385181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 48210 - 47815
Alignment:
Q  27 tgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaaca 126  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  |  ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || |||||| ||    
T  48210 tgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattataccctttggagatgaaagacactttgagtatatttggtccgttgcttttttcacacattgacca 48111  T
Q  127 cagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgaca 226  Q
    ||||| | |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||   ||||  |||||| |||  | |||||||| ||      
T  48110 cagaggcgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcatttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtggcgttggagg 48011  T
Q  227 acaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttaga 326  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| | ||||    
T  48010 acaaataagagagaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctaga 47911  T
Q  327 atcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagct 425  Q
    ||||||||| ||||  |||||| ||||| | ||||||||||||||   |  | | |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  47910 atcttgttttgaatgttttgtttgaggaacaagctcatttggtga---agtattgatagacctataaaaaggatatagttcatacctaacattacagct 47815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 452
Target Start/End: Original strand, 15724 - 16153
Alignment:
Q  22 tgatttgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcatt 121  Q
    |||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||  |  |  ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||    
T  15724 tgatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattatgcccttaggacatcaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttaacacatt 15823  T
Q  122 gaacacagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgtt 221  Q
    || | |||||   |   ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |   | || || ||| |||| || ||||||||    
T  15824 gaccgcagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttctgcc-attgtggcgtt 15922  T
Q  222 cgacaacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagt 321  Q
     ||  ||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |    
T  15923 ggaggacagataagagagaagtaatttgaagttattgttagtgattgtactgttgtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaat 16022  T
Q  322 ttagaatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattac 421  Q
     |||||||||| || |||| ||||||| ||||| | ||||||||||| ||| || || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  16023 ctagaatcttggtttgaatgatttgtttgaggaacaagctcatttggcgaaggagcattaatagacctataaaaaggatatagttcatacctaacattac 16122  T
Q  422 agctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    |||| ||  ||||||||||||| ||||||||    
T  16123 agctaggcaaaagaaatctcccacccacctt 16153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 27 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 5737 - 5309
Alignment:
Q  27 tgaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagt-attgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaac 125  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  || |  ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || ||| || |    
T  5737 tgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattataccct-tgggacgtgaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttcacacatcgagc 5639  T
Q  126 acagagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgac 225  Q
    ||||||   |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||   ||||  |||||| |||  | |||||||| ||     
T  5638 acagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcgtttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtggcgttggag 5539  T
Q  226 aacaaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttag 325  Q
     |||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||| | |||    
T  5538 gacaaataagagagaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtactttggtttcttgagcaattataggaaagataaaagggatcttttgaaaatctag 5439  T
Q  326 aatcttgtttggaatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagta---atagacctataaaatggatataattcataccttacattaca 422  Q
     ||||||||| ||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||  |  ||||   |||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||    
T  5438 tatcttgttttgaatagtttgtttgaggaacaagctcatttggtgaagaagtagtattgatagacctataaaaaggatatagttcatacctaatattaca 5339  T
Q  423 gctgggataaagaaatctccctcccacctt 452  Q
    ||| ||| ||| || |||||| ||| ||||    
T  5338 gctaggaaaaacaactctcccaccctcctt 5309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University