View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21165_low_4 (Length: 814)

Name: NF21165_low_4
Description: NF21165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21165_low_4
NF21165_low_4
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (16-593)||(24817232-24817804)
chr6 (594-799)||(24817000-24817202)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 24817804 - 24817232
Alignment:
Q  16 gttttatgaaatgtatttgtttgaacttcaacattaggtataatggttatccgtcatcctaattatactttaatccatgctaacttgcaaagcattatca 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24817804 gttttatgaaatgtatttttttgaacttcaacattaggtataatggttatccgtcatcctaattatactttaatccatgctaacttgcaaagcattatca 24817705  T
Q  116 tgattttctgtacttagaatagaaactgctgttattttcggggttaaatcaaaagttaacatagatgctgatatgatatgctgcttatttttcgtcactt 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||    
T  24817704 tgatattctgtacttagaatagaaactactgttattttcggggttaaatcaaaagttaacatagatgctgata----atgctgcttatttt-cgtcactt 24817610  T
Q  216 tgtgcattcacattaaaacctttgatgtaattggcatcccatcagccatctctgaaatgttttcaacgttgccagattagaatgtgatgttcaacattta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24817609 tgtgcattcacattaaaacctttgatgtaattggcatcccatctgccatctctgaaatgttttcaaggttgccagattagaatgtgatgttcaacattta 24817510  T
Q  316 ttttaggactgcctaccatacgttccatccacaagctgctgaatgtgtgctgtgtatgaattggttaacattctcttatcctttaatatttaaaaatatg 415  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24817509 tgtcaggactgcctaccatacgttccatccacaagctgctgaatgtgtgctgtgtatgaattggttaacattcttttatcctttaatatttaaaaatatg 24817410  T
Q  416 ctaatagttaatacatattttattcctggtatctggcatagggaactacaattcaggttataaatgacatgtaaggctgggcattgttgagtttgcttcc 515  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24817409 ctaatagttaatatatattttattcccggtatctggcatagggaactacaattcaggttataaatgacatgtaaggctgggcattgttgagtttgcttcc 24817310  T
Q  516 atcacaatgcaattaatagcaatgggatttatttttatgatgcaataaataatagcattgagttttgaatgagaataa 593  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24817309 atcccaatgcaattaatagcaatgggatttatttttgtgatgcaataaataatagcattgagttttgaatgagaataa 24817232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 594 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 24817202 - 24817000
Alignment:
Q  594 tatgatgatactctttcatggatatccagatagttgagttgaatgagcttgtgaatgtgaaatgatgcagtgaatgatgtttgattgttattattaattt 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  24817202 tatgatgatactctttcatggatatccggatagttgagttgaatgagcttgtgaatgtgaaatgatgcagtgaatgatgtttgattgttatta---attt 24817106  T
Q  694 aatttcaaataaatgttatttaaatttatcaaaggtaagtgtattcttaatttccaaagaaaagttgacttgagttatagtttttcatggctctgtggca 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24817105 aatttcaaataaatgttatttaaatttatcaaaggtaagtgtattcttaatttccaaagaaaagttgacttgagttatagtttttcatggctctgtggca 24817006  T
Q  794 cctatg 799  Q
     |||||    
T  24817005 tctatg 24817000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University