View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21174_high_1 (Length: 707)
Name: NF21174_high_1
Description: NF21174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21174_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 46024783 - 46024099
Alignment:
| Q |
1 |
gcagtcgtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattata |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
46024783 |
gcagtcgtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattata |
46024684 |
T |
|
| Q |
101 |
attagatcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatcagatatatagcggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataaat |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
46024683 |
attagatcgagaaataaaagcataaatttgtgtacatcaatcagatatatagtggcagcatgcatatgtaacatata-----------gtgaacataaat |
46024595 |
T |
|
| Q |
201 |
aaattaataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaattaacaatgagaattaagaagc |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46024594 |
aaattaataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaattaacaatgagaattaagaagc |
46024495 |
T |
|
| Q |
301 |
gctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccctgcagctgtagaaccttcatcatcaggaata |
400 |
Q |
| |
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|
| T |
46024494 |
gctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccctgcagctgtagaaccttcatcatcaggaata |
46024395 |
T |
|
| Q |
401 |
gaacagactatagtttcctcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaataaacagatgatgatgcagaaactgcatggt |
500 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
46024394 |
gaacaaactatagtttcttcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaataaacagatgatgatgaagaaactgcatggt |
46024295 |
T |
|
| Q |
501 |
tcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgttcatgagtatttggaaagttagttttggcatt |
600 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46024294 |
tcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgttcatgagtatttggaaagttagttttggcatt |
46024195 |
T |
|
| Q |
601 |
tcttcctctaagaagccttgcagcagaatcatatgacaaagcagcatcttctgctctatcaaaagtacctaaccatagtcttagtttctgtgatga |
696 |
Q |
| |
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|
| T |
46024194 |
tcttcctctaagaagccttgcagcagaatcatatgacagagcagcatcttctgctctatcaaaagtacctaaccatagtcttagtttctgtgatga |
46024099 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 270 - 696
Target Start/End: Original strand, 46264842 - 46265268
Alignment:
| Q |
270 |
tttaattaattaacaatgagaattaagaagcgctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccc |
369 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46264842 |
tttagttaattaacaatgagaattaagaagcgctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccc |
46264941 |
T |
|
| Q |
370 |
tgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacagactatagtttcctcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaa |
469 |
Q |
| |
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|
| T |
46264942 |
tgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacaaactatagtttcttcaacaatcgcgtcaagttggtcattttaccatggcatcatgacagtggaa |
46265041 |
T |
|
| Q |
470 |
taaacagatgatgatgcagaaactgcatggttcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgtt |
569 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46265042 |
taaacagatgatgattaagaaactgcatggttcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgtt |
46265141 |
T |
|
| Q |
570 |
catgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcctctaagaagccttgcagcagaatcatatgacaaagcagcatcttctgctctatcaaaagtacc |
669 |
Q |
| |
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|
|
| T |
46265142 |
catgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcctctaagaagccttgcagcagaatcatatgacagagcagcatcttctgctctatcaaaagtacc |
46265241 |
T |
|
| Q |
670 |
taaccatagtcttagtttctgtgatga |
696 |
Q |
| |
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| T |
46265242 |
taaccatagtcttagtttctgtgatga |
46265268 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 46263405 - 46263684
Alignment:
| Q |
1 |
gcagtcgtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattata |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46263405 |
gcagtcgtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattata |
46263504 |
T |
|
| Q |
101 |
attagatcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatc--agatatatagcggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataa |
198 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46263505 |
attagatcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatcatatatatatagtggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataa |
46263604 |
T |
|
| Q |
199 |
ataaattaataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaa |
278 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46263605 |
ataaattaataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaa |
46263684 |
T |
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