View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21187_low_12 (Length: 359)

Name: NF21187_low_12
Description: NF21187
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21187_low_12
NF21187_low_12
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (51-229)||(36890377-36890556)
chr5 (51-229)||(13988247-13988427)
chr5 (51-229)||(11247192-11247372)
chr5 (146-229)||(15285329-15285412)
chr5 (79-227)||(12248275-12248425)
chr5 (78-229)||(20151384-20151527)
chr5 (147-229)||(35905994-35906076)
chr5 (149-227)||(43100310-43100388)
chr5 (173-229)||(8378344-8378400)
chr5 (152-227)||(33687649-33687724)
chr5 (164-226)||(1447864-1447926)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (51-229)||(1994953-1995132)
chr1 (51-229)||(44797469-44797648)
chr1 (51-229)||(27325629-27325810)
chr1 (78-229)||(1673369-1673522)
chr1 (51-229)||(2402927-2403107)
chr1 (51-225)||(29637212-29637388)
chr1 (51-229)||(32267467-32267647)
chr1 (146-229)||(526998-527081)
chr1 (146-229)||(39858347-39858430)
chr1 (146-229)||(46845755-46845838)
chr1 (146-229)||(6487728-6487811)
chr1 (128-227)||(7178193-7178291)
chr1 (133-227)||(26040972-26041065)
chr1 (150-228)||(13276567-13276645)
chr1 (177-229)||(40030838-40030890)
chr1 (79-223)||(29731194-29731340)
chr1 (51-130)||(40030887-40030966)
chr1 (78-222)||(19989246-19989390)
chr1 (126-226)||(40314095-40314196)
chr1 (107-226)||(15225048-15225170)
chr1 (157-229)||(49430574-49430646)
chr1 (164-229)||(40294848-40294913)
chr1 (147-227)||(47571663-47571743)
chr1 (164-227)||(33502641-33502704)
chr1 (147-223)||(48489455-48489531)
chr1 (164-206)||(34311338-34311380)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (51-229)||(17044003-17044182)
chr4 (51-228)||(25164473-25164652)
chr4 (51-229)||(37605693-37605873)
chr4 (51-229)||(45995897-45996076)
chr4 (51-229)||(55281208-55281388)
chr4 (51-229)||(43749092-43749274)
chr4 (78-229)||(5817409-5817562)
chr4 (78-226)||(3287087-3287232)
chr4 (118-226)||(51579323-51579432)
chr4 (78-229)||(51579581-51579733)
chr4 (51-229)||(24059137-24059315)
chr4 (81-223)||(26719936-26720077)
chr4 (150-229)||(20107110-20107190)
chr4 (128-229)||(42179217-42179319)
chr4 (78-229)||(32525051-32525204)
chr4 (126-229)||(50498210-50498314)
chr4 (107-229)||(25783967-25784090)
chr4 (180-229)||(39631271-39631320)
chr4 (164-228)||(32290215-32290279)
chr4 (146-224)||(41277220-41277298)
chr4 (51-139)||(39631012-39631100)
chr4 (128-229)||(22364541-22364643)
chr4 (148-225)||(36851231-36851308)
chr4 (159-227)||(48525328-48525396)
chr4 (182-229)||(9118622-9118669)
chr4 (195-229)||(14786853-14786887)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (51-228)||(13696967-13697146)
chr2 (51-229)||(32599250-32599430)
chr2 (51-226)||(36272663-36272840)
chr2 (51-229)||(17823579-17823759)
chr2 (51-229)||(33555364-33555545)
chr2 (51-229)||(36709194-36709373)
chr2 (108-228)||(42061289-42061412)
chr2 (51-229)||(14242526-14242697)
chr2 (78-229)||(40095263-40095416)
chr2 (119-229)||(23860234-23860346)
chr2 (172-229)||(14945861-14945918)
chr2 (146-229)||(3121610-3121693)
chr2 (146-229)||(24475800-24475883)
chr2 (146-229)||(33299979-33300062)
chr2 (152-229)||(4434695-4434772)
chr2 (147-227)||(40216411-40216491)
chr2 (159-229)||(25333144-25333214)
chr2 (149-229)||(5562936-5563016)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (51-229)||(46576244-46576424)
chr7 (51-229)||(30922712-30922892)
chr7 (51-229)||(33496499-33496679)
chr7 (81-229)||(48460659-48460802)
chr7 (78-229)||(38754926-38755077)
chr7 (51-229)||(51938-52117)
chr7 (78-229)||(47480043-47480194)
chr7 (127-227)||(42974457-42974558)
chr7 (158-229)||(31741043-31741114)
chr7 (147-227)||(28713679-28713759)
chr7 (107-222)||(11752604-11752720)
chr7 (147-227)||(38349559-38349639)
chr7 (147-227)||(37536415-37536495)
chr7 (159-225)||(43068765-43068831)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (51-229)||(34792653-34792833)
chr6 (51-229)||(9045833-9046012)
chr6 (51-229)||(14313989-14314168)
chr6 (51-226)||(1244558-1244735)
chr6 (146-229)||(23915972-23916055)
chr6 (78-229)||(9521841-9521999)
chr6 (157-223)||(29429590-29429656)
chr6 (175-228)||(16717991-16718044)
chr6 (150-223)||(12748217-12748290)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (51-229)||(14342189-14342371)
chr8 (78-228)||(43065934-43066085)
chr8 (51-229)||(1993641-1993822)
chr8 (102-221)||(8368425-8368545)
chr8 (243-323)||(32748937-32749016)
chr8 (146-229)||(4077060-4077143)
chr8 (146-229)||(2599531-2599614)
chr8 (146-229)||(28897995-28898078)
chr8 (78-224)||(41075624-41075774)
chr8 (98-228)||(27497174-27497304)
chr8 (146-229)||(45413637-45413720)
chr8 (147-227)||(11904855-11904935)
chr8 (146-224)||(31774729-31774807)
chr8 (146-229)||(10391404-10391487)
chr8 (51-138)||(4076771-4076858)
chr8 (79-226)||(35200559-35200708)
chr8 (158-224)||(16465723-16465789)
chr8 (164-227)||(12142083-12142146)
chr8 (78-182)||(5749058-5749162)
chr8 (107-228)||(44081068-44081188)
chr8 (149-221)||(45502670-45502742)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (51-226)||(38247801-38247977)
chr3 (79-229)||(50989203-50989355)
chr3 (79-229)||(51092335-51092487)
chr3 (51-228)||(12224006-12224184)
chr3 (51-229)||(9271110-9271292)
chr3 (51-229)||(48034810-48034991)
chr3 (51-229)||(8496706-8496887)
chr3 (79-229)||(8330623-8330774)
chr3 (126-228)||(23004757-23004859)
chr3 (111-225)||(33288136-33288252)
chr3 (85-221)||(54713532-54713670)
chr3 (178-229)||(29915090-29915141)
chr3 (178-229)||(29964243-29964294)
chr3 (152-227)||(36674624-36674699)
chr3 (152-223)||(39947262-39947333)
chr3 (157-225)||(46135531-46135599)
chr3 (175-229)||(44092518-44092572)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (78-229)||(10260-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (51-224)||(3058-3231)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (195-229)||(52843-52877)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 36890556 - 36890377
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  36890556 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 36890457  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890456 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 13988427 - 13988247
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  13988427 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 13988328  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988327 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11247372 - 11247192
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  11247372 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtagggg 11247273  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     | ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11247272 gatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 15285412 - 15285329
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15285412 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12248425 - 12248275
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgta--tgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||   ||||||| |||||| |||||| ||||| |||| |    
T  12248425 atacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtgtaggg-accacatggacacatgtcacaattat 12248327  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  12248326 atgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20151527 - 20151384
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||        ||||| |||| ||    
T  20151527 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtatgt-ggggatcaca--------tgtcataattatg 20151437  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20151436 tgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35906076 - 35905994
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35906076 gggactacatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 227
Target Start/End: Original strand, 43100310 - 43100388
Alignment:
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100310 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 173 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8378400 - 8378344
Alignment:
Q  173 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8378400 tgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactc 8378344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33687724 - 33687649
Alignment:
Q  152 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||| |||||| ||||| |||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687724 cacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 164 - 226
Target Start/End: Original strand, 1447864 - 1447926
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    ||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||    
T  1447864 tgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1995132 - 1994953
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  1995132 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 1995033  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995032 accacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 44797469 - 44797648
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||    
T  44797469 ataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttggggg 44797568  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797569 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 27325629 - 27325810
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgt-aatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggg 148  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||    
T  27325629 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggg 27325728  T
Q  149 ga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325729 gaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1673522 - 1673369
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1673522 catacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgt 1673423  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1673422 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 2402927 - 2403107
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgta-tgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||    
T  2402927 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtggggg 2403026  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403027 gaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 225
Target Start/End: Original strand, 29637212 - 29637388
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-g 148  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||  ||| | | |||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||| || |    
T  29637212 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtgggag 29637311  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637312 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 32267467 - 32267647
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-g 148  Q
    ||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |  |    
T  32267467 ataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtggaag 32267566  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32267567 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 526998 - 527081
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526998 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 39858430 - 39858347
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858430 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 46845755 - 46845838
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46845755 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6487811 - 6487728
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6487811 ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 128 - 227
Target Start/End: Original strand, 7178193 - 7178291
Alignment:
Q  128 gtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7178193 gtgagttttttgtgtgtcgag-accacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 26041065 - 26040972
Alignment:
Q  133 ttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26041065 ttttttgtgtgt-ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 228
Target Start/End: Original strand, 13276567 - 13276645
Alignment:
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13276567 accacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030838
Alignment:
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29731340 - 29731194
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtag-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||  | |  ||| ||| |||| |||   ||||||||| |||||| ||||| |||| |     
T  29731340 atacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattata 29731241  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29731240 tgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 51 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 40030966 - 40030887
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtg 130  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  40030966 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtg 40030887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19989390 - 19989246
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactc-catgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||  | |||| |||||||| | ||| ||  |||||| |||||| ||||| | ||||     
T  19989390 catacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgtgt-ggaaaccacatggacacatgtcacacttgta 19989292  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 222  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||    
T  19989291 tgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 40314196 - 40314095
Alignment:
Q  126 atgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  40314196 atgtgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcac 40314097  T
Q  225 ta 226  Q
    ||    
T  40314096 ta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 107 - 226
Target Start/End: Original strand, 15225048 - 15225170
Alignment:
Q  107 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccac 203  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||    ||||||||   |||||  ||||| |||||  |||||||||| |||| |||||||||||    
T  15225048 agtgtgtgagagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccac 15225147  T
Q  204 ctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15225148 ctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 229
Target Start/End: Original strand, 49430574 - 49430646
Alignment:
Q  157 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||| ||||| |||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49430574 ggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 164 - 229
Target Start/End: Original strand, 40294848 - 40294913
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||| |||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40294848 tgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Original strand, 47571663 - 47571743
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  47571663 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 164 - 227
Target Start/End: Original strand, 33502641 - 33502704
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  33502641 tgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48489531 - 48489455
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    ||||||||| |||||  ||||| |||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  48489531 gggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 164 - 206
Target Start/End: Original strand, 34311338 - 34311380
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccaccta 206  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34311338 tgtcataactgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccaccta 34311380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17044182 - 17044003
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||| || ||| |||     
T  17044182 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtgggga 17044083  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044082 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Original strand, 25164473 - 25164652
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  25164473 ataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 25164572  T
Q  150 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164573 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 37605693 - 37605873
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  37605693 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 37605792  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605793 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 45995897 - 45996076
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |    
T  45995897 ataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgggag 45995996  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995997 accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 55281388 - 55281208
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  55281388 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 55281289  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281288 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 43749274 - 43749092
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtag- 146  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||   || ||| |     
T  43749274 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtgtgga 43749175  T
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749174 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 5817409 - 5817562
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg-tatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||| | |||  |||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  5817409 catacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgt 5817508  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5817509 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3287232 - 3287087
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggg-gaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||    ||||||||| | ||| | | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  3287232 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataatac----gagttttttttgtgtggagagaccacaaggactcttgtcaaaattgtg 3287137  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3287136 tgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 51579432 - 51579323
Alignment:
Q  118 gacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51579432 gacaataaatgtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 51579333  T
Q  217 tgtatcacta 226  Q
    ||||||||||    
T  51579332 tgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 51579733 - 51579581
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggac-cacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||  |||| |||||| ||||| ||||||    
T  51579733 catacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgt 51579634  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51579633 atttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 24059137 - 24059315
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||  | |||||| || ||| |||     
T  24059137 ataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgtgtgt-ggga 24059235  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24059236 accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 81 - 223
Target Start/End: Original strand, 26719936 - 26720077
Alignment:
Q  81 acacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtg 180  Q
    |||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||  | ||||||||||| ||  ||| ||||||||||| ||||| ||| | |||||  ||||    
T  26719936 acacacattgtaccaccccatgtgacagtgtgtgagagacacaaaatgtgagttttgtgcgtgt-ggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtg 26720034  T
Q  181 ggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26720035 ggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107110
Alignment:
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggg-tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 128 - 229
Target Start/End: Original strand, 42179217 - 42179319
Alignment:
Q  128 gtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  42179217 gtgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcatta 42179316  T
Q  227 ctc 229  Q
    |||    
T  42179317 ctc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 32525051 - 32525204
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtagg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||| |||  | ||| ||||  ||||| | ||| ||||||    
T  32525051 catacacacattgtatcaccccatatgagagtgtgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgt 32525150  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32525151 gtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 126 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 50498314 - 50498210
Alignment:
Q  126 atgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    |||||||||| |||| |||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  50498314 atgtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcac 50498215  T
Q  225 tactc 229  Q
    |||||    
T  50498214 tactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 107 - 229
Target Start/End: Original strand, 25783967 - 25784090
Alignment:
Q  107 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgt--atgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 204  Q
    |||||||| || |||||| | |||||||||||||  |||| |||||| ||| | | || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25783967 agtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgt-ggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacc 25784065  T
Q  205 taaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||| || |||||||||||||||||    
T  25784066 taagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 180 - 229
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631320
Alignment:
Q  180 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 41277298 - 41277220
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41277298 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 139
Target Start/End: Original strand, 39631012 - 39631100
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg 139  Q
    ||||||||||||||||| ||       |||| |||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631012 ataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttg 39631100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 229
Target Start/End: Original strand, 22364541 - 22364643
Alignment:
Q  128 gtgagttttttgtatgt-aggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||| |||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||    
T  22364541 gtgagtttcttgtgtgttaggggaccacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcacta 22364640  T
Q  227 ctc 229  Q
    |||    
T  22364641 ctc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 36851308 - 36851231
Alignment:
Q  148 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 225  Q
    |||| ||| |||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  36851308 ggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 159 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 48525396 - 48525328
Alignment:
Q  159 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||| ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48525396 acacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 229
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118669
Alignment:
Q  182 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactactc 9118669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 229
Target Start/End: Original strand, 14786853 - 14786887
Alignment:
Q  195 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14786853 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 14786887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Original strand, 13696967 - 13697146
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  13696967 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 13697066  T
Q  150 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697067 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 32599250 - 32599430
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtag-gg 148  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| | ||    
T  32599250 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggagg 32599349  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599350 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 51 - 226
Target Start/End: Original strand, 36272663 - 36272840
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgta-ggg 148  Q
    ||||||||||||||||||||       |||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||  |||    
T  36272663 ataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtggg 36272762  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272763 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17823759 - 17823579
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  17823759 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 17823660  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17823659 gaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 33555364 - 33555545
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---gg 147  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||    ||    
T  33555364 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgtgggg 33555463  T
Q  148 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  33555464 ggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 36709194 - 36709373
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggg- 149  Q
    |||||||||||||||||||        |||||| |||||||| |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  36709194 ataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactccatatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgggggg 36709293  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709294 accacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 228
Target Start/End: Original strand, 42061289 - 42061412
Alignment:
Q  108 gtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42061289 gtgtgagagagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 42061388  T
Q  205 taaggtggtctatgtatcactact 228  Q
     || ||| ||||||||||||||||    
T  42061389 caaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 14242526 - 14242697
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgag-ttttttgtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||     
T  14242526 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgtgagcttttttgtgtgtggggt 14242625  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242626 a--------acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 40095416 - 40095263
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    |||||| ||| |||| ||||| |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  40095416 catacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgt 40095317  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40095316 atgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 119 - 229
Target Start/End: Original strand, 23860234 - 23860346
Alignment:
Q  119 acaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 216  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||| |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860234 acaataaatgtgagtttttttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 23860333  T
Q  217 tgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||    
T  23860334 tgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 172 - 229
Target Start/End: Original strand, 14945861 - 14945918
Alignment:
Q  172 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945861 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3121693 - 3121610
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3121693 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 24475800 - 24475883
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24475800 ggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 33300062 - 33299979
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33300062 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 152 - 229
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  152 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 40216491 - 40216411
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||    
T  40216491 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25333214 - 25333144
Alignment:
Q  159 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||| ||||| || ||||||| | |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||    
T  25333214 acacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 149 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 5563016 - 5562936
Alignment:
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||  ||||| |||||||||| | | ||  |||| || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  5563016 gaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 46576244 - 46576424
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  46576244 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 46576343  T
Q  150 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576344 aaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 30922712 - 30922892
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  30922712 ataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 30922811  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     || ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30922812 gactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactc 30922892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 33496679 - 33496499
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||    
T  33496679 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggggg 33496580  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     | ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33496579 gatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 81 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 48460802 - 48460659
Alignment:
Q  81 acacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtg 180  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    ||||||| | | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48460802 acacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatac----gagttttat-tgtgtgggggatcataaggacacttgtcaaaattgtatgtg 48460708  T
Q  181 ggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48460707 gatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 38754926 - 38755077
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||| ||    
T  38754926 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgt-ggggatcacatggacacatgtcataattatg 38755024  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38755025 tatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 52117 - 51938
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagg-gg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||| ||| | | |||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||| |  ||    
T  52117 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactacatatgagagtgtgagagagataatacatatgagttttttttgtgtggaagg 52018  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| | | | ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52017 accacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 47480043 - 47480194
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactcc-atgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||| | ||||||| |||||||||| |||| |||||||| || ||| ||| |||| | |||||| ||||| ||||||    
T  47480043 catacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt-gggaaccatatggacacatgtcacaattgt 47480141  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47480142 at-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 227
Target Start/End: Original strand, 42974457 - 42974558
Alignment:
Q  127 tgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 225  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||| | | |||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42974457 tgtgagttttttgtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcact 42974556  T
Q  226 ac 227  Q
    ||    
T  42974557 ac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 31741114 - 31741043
Alignment:
Q  158 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31741114 gacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28713759 - 28713679
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28713759 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 107 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11752720 - 11752604
Alignment:
Q  107 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacct 205  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||||| | |||  |||||||||  | |||| ||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  11752720 agtgtgtgagagacacaaaaggtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacct 11752621  T
Q  206 aaggtggtctatgtatc 222  Q
    |||||||||||||||||    
T  11752620 aaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Original strand, 38349559 - 38349639
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349559 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Original strand, 37536415 - 37536495
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||| || |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536415 gggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 225
Target Start/End: Original strand, 43068765 - 43068831
Alignment:
Q  159 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 225  Q
    |||| |||||||||| |||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  43068765 acacatgtcaaaattatgtgtggaggtttaagtggtacatgcgacctaaggtggtatgtgtatcact 43068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 34792653 - 34792833
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtaggg- 148  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |     
T  34792653 ataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtagaga 34792752  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792753 gaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 9046012 - 9045833
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttt-tgtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||    
T  9046012 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtggagg 9045913  T
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045912 accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 14313989 - 14314168
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  14313989 ataatgtttcatgtacacactttttc-catacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 14314087  T
Q  150 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314088 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 226
Target Start/End: Original strand, 1244558 - 1244735
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||  ||| ||| | | |||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  1244558 ataatgtttcatgtacacattttttttcatacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggg 1244657  T
Q  150 -accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1244658 gaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23916055 - 23915972
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23916055 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 9521841 - 9521999
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-----ggggaccacaaggacacttgtcaaaat 172  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||  ||||||||| || |||||||||||| |||      ||||| |||| | | |  ||||| |||    
T  9521841 catacacacattgtaccatcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtgtatgtggggatcacatgaatatatgtcacaat 9521940  T
Q  173 t--gtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9521941 tatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29429656 - 29429590
Alignment:
Q  157 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29429656 ggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 175 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16718044 - 16717991
Alignment:
Q  175 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16718044 tgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 12748290 - 12748217
Alignment:
Q  150 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    |||||| |||||  ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12748290 accacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 14342189 - 14342371
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---gg 147  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||   ||    
T  14342189 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtatgggg 14342288  T
Q  148 ggaccacaaggacacttgtcaaaa-ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342289 ggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 78 - 228
Target Start/End: Original strand, 43065934 - 43066085
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43065934 catacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 43066033  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066034 tgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 1993641 - 1993822
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggg- 149  Q
    |||||||||| |||||||||       ||||||||||||||| || | ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  1993641 ataatgtttcgtgtacacactttttttcatacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtgtgggg 1993740  T
Q  150 --accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1993741 agaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 102 - 221
Target Start/End: Original strand, 8368425 - 8368545
Alignment:
Q  102 gtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgc 200  Q
    |||| |||||||||||||||| | | |||| |||||| | |||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8368425 gtaagagtgtgtgagagacaaaaaaagtgatttttttttttgtatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgc 8368524  T
Q  201 cacctaaggtggtctatgtat 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8368525 cacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 243 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 32749016 - 32748937
Alignment:
Q  243 actcactctcaaaaatgtattatacaattttgattaggtgaaattgtatagaaatttcaaatttgcctgtaataatagagt 323  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32749016 actcactctcaaaaa-gtattatacaattttgattaggtgaaattgtatagaaatttcaaatttgcctgtaataatggagt 32748937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 4077060 - 4077143
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4077060 ggggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2599614 - 2599531
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2599614 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 28898078 - 28897995
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898078 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 78 - 224
Target Start/End: Original strand, 41075624 - 41075774
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactc-catgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta---ggggaccacaaggacacttgtcaaaatt 173  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||| | ||||||||| |||||  | ||||||||||||| | | |    |||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  41075624 catacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagttttttttttttttgtggggaccacatgaacacatgtcacaatt 41075723  T
Q  174 gtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41075724 gtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 98 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27497304 - 27497174
Alignment:
Q  98 ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtac 196  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || | ||||| | |||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  27497304 ccatgttagagtgtgtgtgagacaatatatgtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtac 27497205  T
Q  197 atgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27497204 atgccacctaaagtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 45413637 - 45413720
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45413637 ggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 45413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11904935 - 11904855
Alignment:
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 146 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31774807 - 31774729
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31774807 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Original strand, 10391404 - 10391487
Alignment:
Q  146 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391404 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 51 - 138
Target Start/End: Original strand, 4076771 - 4076858
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt 138  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076771 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt 4076858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 79 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35200708 - 35200559
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcact-ccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtag-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||||||   |||||| || |||||| ||||| |||| |     
T  35200708 atacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattata 35200609  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200608 tgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 224
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  158 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12142146 - 12142083
Alignment:
Q  164 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12142146 tgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 78 - 182
Target Start/End: Original strand, 5749058 - 5749162
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgag-ttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    |||||| ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||| ||    
T  5749058 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt-ggggatcacatggacacatgtcataattatg 5749156  T
Q  177 tgtggg 182  Q
    ||||||    
T  5749157 tgtggg 5749162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 107 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 44081188 - 44081068
Alignment:
Q  107 agtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccaccta 206  Q
    ||||| ||||||| | || || |||||||||||| ||| ||| | |||  || ||| ||||| ||||  |||||| ||||||| || ||||||||| |||    
T  44081188 agtgtatgagagatattaaatatgagttttttgtgtgt-gggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatcta 44081090  T
Q  207 aggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  44081089 aggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 45502742 - 45502670
Alignment:
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 221  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| | ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45502742 gaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38247977 - 38247801
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg 149  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  38247977 ataatgtttcatgtacacactttttc-catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggg 38247879  T
Q  150 a-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 226  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247878 aaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 79 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 50989355 - 50989203
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50989355 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 50989256  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50989255 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 79 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 51092487 - 51092335
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagggg-accacaaggacacttgtcaaaattgtg 176  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51092487 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 51092388  T
Q  177 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51092387 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttt-ttgtatgt-aggg 148  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| |||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggg 12224104  T
Q  149 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12224105 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 9271292 - 9271110
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtag- 146  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||| |     
T  9271292 ataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttcatgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtgga 9271193  T
Q  147 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9271192 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Original strand, 48034810 - 48034991
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt---gtatgtagg 147  Q
    ||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   || ||  ||    
T  48034810 ataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtggggg 48034909  T
Q  148 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  48034910 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496706
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagt---tttttgtatgtagg 147  Q
    ||||||||||||| ||||||       |||||||||||| || |||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||  ||| ||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatatgagtatttttttgcgtgtggg 8496788  T
Q  148 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8496787 ggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 79 - 229
Target Start/End: Original strand, 8330623 - 8330774
Alignment:
Q  79 atacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgt 177  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| | ||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||   || |||||||||| |||||  | ||| ||||||||    
T  8330623 atacacattttgtatcaccccatgtgagagtgtatgaaagataataaatgtgagttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgt 8330722  T
Q  178 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8330723 gtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 23004859 - 23004757
Alignment:
Q  126 atgtgagttttt-tgtatgtaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 224  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||| | | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004859 atgtgagtttttatgtgtgt-ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 23004761  T
Q  225 tact 228  Q
    ||||    
T  23004760 tact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 33288252 - 33288136
Alignment:
Q  111 tgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgtagg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaag 208  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || |||  | ||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33288252 tgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 33288153  T
Q  209 gtggtctatgtatcact 225  Q
    |||||||||||||||||    
T  33288152 gtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 85 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 54713670 - 54713532
Alignment:
Q  85 acattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtt-ttttgtatgta-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggg 182  Q
    ||||| ||| || |||||| | |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||  |||||  ||| |||||| ||||| |||| |||||||     
T  54713670 acattatataaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtgga 54713571  T
Q  183 tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 221  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54713570 tgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 229
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915141
Alignment:
Q  178 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 229
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964294
Alignment:
Q  178 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 227
Target Start/End: Original strand, 36674624 - 36674699
Alignment:
Q  152 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 227  Q
    |||| |||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36674624 cacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 223
Target Start/End: Original strand, 39947262 - 39947333
Alignment:
Q  152 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 223  Q
    |||| |||||| | ||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  39947262 cacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 46135599 - 46135531
Alignment:
Q  157 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 225  Q
    |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  46135599 ggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 229
Target Start/End: Original strand, 44092518 - 44092572
Alignment:
Q  175 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||    
T  44092518 tgtgtggatgtacaagtggcacatgccacctaaagtgatcaatgtatcattactc 44092572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 10260 - 10413
Alignment:
Q  78 catacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-gtatgt-aggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 175  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10260 catacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgagaggaccacaaggacacttgtcaaaattat 10359  T
Q  176 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
     ||||  | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10360 atgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 51 - 224
Target Start/End: Original strand, 3058 - 3231
Alignment:
Q  51 ataatgtttcatgtacacacnnnnnnncatacacacattgtatcactccatgtaatagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttttgtatgtagggga 150  Q
    |||||||||||| |||||||       ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||| | |||  ||||    
T  3058 ataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttt-tgtgtgaggga 3156  T
Q  151 ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtc-tatgtatcac 224  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  3157 ctacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 52877 - 52843
Alignment:
Q  195 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52877 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 52843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University