View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21192_low_1 (Length: 547)

Name: NF21192_low_1
Description: NF21192
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21192_low_1
NF21192_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (7-532)||(38321107-38321632)
chr8 (18-532)||(38300362-38300876)
chr8 (13-532)||(38317012-38317531)
chr8 (24-525)||(38309016-38309517)
chr8 (20-530)||(38325859-38326369)
chr8 (17-532)||(38313603-38314116)
chr8 (13-494)||(38306309-38306778)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-532)||(38849805-38850333)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38321632 - 38321107
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttcttt 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321632 tccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttcttt 38321533  T
Q  107 gcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321532 gcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaag 38321433  T
Q  207 ttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321432 ttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaac 38321333  T
Q  307 ttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaataca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321332 ttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaataca 38321233  T
Q  407 tgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321232 tgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctac 38321133  T
Q  507 cgaaggacataactcataattatcat 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  38321132 cgaaggacataactcataattatcat 38321107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38300876 - 38300362
Alignment:
Q  18 atataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| | ||||    
T  38300876 atataaacttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaa 38300777  T
Q  118 gaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaac 217  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |  ||  ||||||||||||||||||    
T  38300776 ggagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaac 38300677  T
Q  218 aatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcat 317  Q
    ||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38300676 aattagccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcat 38300577  T
Q  318 cctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagta 417  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38300576 cctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagta 38300477  T
Q  418 ggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacata 517  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38300476 ggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacata 38300377  T
Q  518 actcataattatcat 532  Q
    || ||||| ||||||    
T  38300376 acacataactatcat 38300362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 13 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38317531 - 38317012
Alignment:
Q  13 aatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccc 112  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||  |  |    
T  38317531 aatatatataaacttacattgaataggccgtgagataaagactttaatttcttttgcaatggcatggtagaagattggtcctgagtagttctttttaggc 38317432  T
Q  113 cagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttga 212  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||   || ||||  ||   ||||||||||||    
T  38317431 cagaagaagtgcttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttctctttactagttgcaacttctgctcgcaggttgatggatcaagttttga 38317332  T
Q  213 gtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctc 312  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38317331 gtaacaataagccaacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaactgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaaactcgctc 38317232  T
Q  313 atcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  38317231 atcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttg 38317132  T
Q  413 aagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaagg 512  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |  ||||    
T  38317131 aagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaagg 38317032  T
Q  513 acataactcataattatcat 532  Q
    ||||||||  ||||||||||    
T  38317031 acataactggtaattatcat 38317012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 24 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 38309517 - 38309016
Alignment:
Q  24 acttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaata 123  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  38309517 acttacatcaaataggccctgagataaagactttaacttcttttgcaatggcacactagaagattggtcctgaattgttctttgcacgccagaagaagta 38309418  T
Q  124 cttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgag 223  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||||| ||    
T  38309417 cttttgcaagaattcttgtgaaatagcatgtacaacttgctctttacttgctgcaacttcctttcgcaggttgatgcattaagttttgagtaacaataag 38309318  T
Q  224 ccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttc 323  Q
    ||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  38309317 ccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaacttggtcaacatcctttc 38309218  T
Q  324 agccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagtaggatgt 423  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  38309217 aaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtacgatgt 38309118  T
Q  424 gctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacataactcat 523  Q
    | ||  ||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||    
T  38309117 gttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggacatgaatcat 38309018  T
Q  524 aa 525  Q
    ||    
T  38309017 aa 38309016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 20 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 38326369 - 38325859
Alignment:
Q  20 ataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaaga 119  Q
    ||||||||||  ||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  38326369 ataaacttaccccaaatataccgtgagataaagacttggagttcttttgcaatgacatggtcgaagattggccctgaacagttctttgcatgccagaaga 38326270  T
Q  120 aatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaa 219  Q
    | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||    
T  38326269 agtacgttggctagaatacttgccaaatagcatgtacaacttcgtccttacttgttgcaacttcctttcacaggttgatgcatcaagttttgagtaacaa 38326170  T
Q  220 tgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcc 319  Q
    | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38326169 taagccaatgttgaaaatttaatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatcatcc 38326070  T
Q  320 tttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagtagg 419  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||    
T  38326069 tttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaattggaagtagg 38325970  T
Q  420 atgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacataac 519  Q
    ||| | |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  38325969 atgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaaggacataac 38325870  T
Q  520 tcataattatc 530  Q
    |||||||||||    
T  38325869 tcataattatc 38325859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38314116 - 38313603
Alignment:
Q  17 tatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccaga 116  Q
    ||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| |||    
T  38314116 tatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctaaatagttgtttgcaccctaga 38314017  T
Q  117 agaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaa 216  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| ||||||||||||    
T  38314016 agaagtacttttgctagagtacttggcaaatagcatgtacaactttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatctagttttgagtaa 38313917  T
Q  217 caatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatca 316  Q
    |||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  38313916 caagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaaacttgcccatca 38313819  T
Q  317 tcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagt 416  Q
    | |||| ||||||||||  || |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  38313818 tacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagt 38313719  T
Q  417 aggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacat 516  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  38313718 aggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcaggacat 38313619  T
Q  517 aactcataattatcat 532  Q
     | ||||||| |||||    
T  38313618 gaatcataatcatcat 38313603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38306778 - 38306309
Alignment:
Q  13 aatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccc 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| ||||||  |    
T  38306778 aatatatatgaacttacatcaaataggccatgagataaagactcagagttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctgaacagttgtttgcatac 38306679  T
Q  113 cagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttga 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| ||||||||    
T  38306678 cagaagaagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatcgagttttga 38306579  T
Q  213 gtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctc 312  Q
    |||||||| ||||||  | || || ||||||||||||||            || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  38306578 gtaacaatcagccaaccttgagaatttcatccgtgggtc------------cattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaaacttgccc 38306491  T
Q  313 atcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttg 412  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  38306490 atcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttgg 38306391  T
Q  413 aagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactctttt 494  Q
    |||| ||||||| ||  ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  38306390 aagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccactctttt 38306309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 13 - 532
Target Start/End: Original strand, 38849805 - 38850333
Alignment:
Q  13 aatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctga---------atagttc 103  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||         |||||||    
T  38849805 aatatataaaaacttacatcaaataggccatgagataaagactttaatttcttttgtaatggcatgctagaagattggtcctgattctccttaatagttc 38849904  T
Q  104 tttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatc 203  Q
    |||| ||||||| || | | || |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||  ||  ||||    
T  38849905 tttgaaccccagcagtagtgctgttgccagaatgcttctcaaatagcatgcacaactttctctttacttgctgtagcttcctttcacaggttgatgcatc 38850004  T
Q  204 aagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctca 303  Q
     |||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850005 cagttttgaataacaataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctca 38850104  T
Q  304 aacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaat 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38850105 aacttgctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaat 38850204  T
Q  404 acatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttc 503  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38850205 acaagttggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttc 38850304  T
Q  504 taccgaaggacataactcataattatcat 532  Q
      ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  38850305 cgccgaaggacataaatcataactatcat 38850333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University