View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21193_low_24 (Length: 422)

Name: NF21193_low_24
Description: NF21193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21193_low_24
NF21193_low_24
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-422)||(19795357-19795778)
chr5 (8-422)||(19785809-19786223)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-418)||(15834672-15835081)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-422)||(47712264-47712677)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Original strand, 19795357 - 19795778
Alignment:
Q  1 gctccctgctgaaagtaataaccgtccctttccatggttcctcgttcaattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  19795357 gctccctgctgaaagtaataaccttccctttccatggttcctcgttcaattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggggtcccatg 19795456  T
Q  101 catgctcccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttct 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19795457 catactcccagacacatcacacacagcaagacaattcctcatttttcccttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagccacttct 19795556  T
Q  201 ccaccatctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttct 300  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795557 ccaccatcttcatcatccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttct 19795656  T
Q  301 caaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcacc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19795657 caaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtatggaatcaaaccccattgattagcacc 19795756  T
Q  401 aataaacacctcaggcaactcc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  19795757 aataaacacctcaggcaactcc 19795778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 19786223 - 19785809
Alignment:
Q  8 gctgaaagtaataaccgtccctttccatggttcctcgttcaattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctc 107  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || || ||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19786223 gctgaaagtaataactttccctttccaaggctcatcactcaattcagacaccaacaaccccaatgccaaagacacctccataggagtcccagacatgctc 19786124  T
Q  108 ccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccat 207  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19786123 ccagaaacatcacacactgcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccat 19786024  T
Q  208 ctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19786023 ctccatcccccaaagactctataatctggtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtctttcctgccttcacatccttcaagtacttctcaaacct 19785924  T
Q  308 ctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaac 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785923 ctccttatcatgcttcaaaaacttttccttataaaacttcatcgccacagaagcaactctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaac 19785824  T
Q  408 acctcaggcaactcc 422  Q
    |||||||||||||||    
T  19785823 acctcaggcaactcc 19785809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 418
Target Start/End: Original strand, 15834672 - 15835081
Alignment:
Q  9 ctgaaagtaataaccgtccctttccatggttcctcgttcaattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcc 108  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||     
T  15834672 ctgaaactaatcaccttccctttccatggttcctcgctcaattcagacaccaacaaccccaatgccacagacacctccataggggtcccatacatactcg 15834771  T
Q  109 cagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatc 208  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||     
T  15834772 cagacacatcagacactgcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcatccacttctccaccata 15834871  T
Q  209 tccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctc 308  Q
    ||||| |   ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15834872 tccattcaaaaaagactttataatcttatgaggaagcaaagcaccagcagccatagtagtcttccctgccttcacatcctgcaagtacttctcaaacctc 15834971  T
Q  309 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15834972 tcctcatcatgcttcaaaaacttctccttataaaactccatggccacagaagcaaccctattataaggaatcaaaccccattgattagccccaataaaca 15835071  T
Q  409 cctcaggcaa 418  Q
    ||||||||||    
T  15835072 cctcaggcaa 15835081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 9 - 422
Target Start/End: Original strand, 47712264 - 47712677
Alignment:
Q  9 ctgaaagtaataaccgtccctttccatggttcctcgttcaattcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcc 108  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||||    
T  47712264 ctgaaagtaatcaccttccctttccaaggttcctcacacaattcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcc 47712363  T
Q  109 cagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctttcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  47712364 cagaaacatcacacacagcaagacaattcctcatcttccctttcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatc 47712463  T
Q  209 tccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagcaccagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctc 308  Q
    |||||||||||| |||   ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47712464 tccatcccccaacgaccgaataatatcatgaggaagcaaagcaccagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctc 47712563  T
Q  309 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 408  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||| ||||||||||    
T  47712564 tttttatcatgcttcaaaaacttctctttataaaactccatcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaaca 47712663  T
Q  409 cctcaggcaactcc 422  Q
    ||||||||||||||    
T  47712664 cctcaggcaactcc 47712677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University