View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21193_low_4 (Length: 699)

Name: NF21193_low_4
Description: NF21193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21193_low_4
NF21193_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-682)||(31408298-31408970)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 682
Target Start/End: Original strand, 31408298 - 31408970
Alignment:
Q  13 aatattaaatgttcttgcaactaccatacacgtacacattttaaacatgagaatccaagtgttttcaaacnnnnnnnnttgatatcacaacattaagaag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  31408298 aatattaaatgttcttgcaactaccatacacgtacacattttaaacatgagaatccaagtgttttcaaacaaaaaaaattgatatcacaacattaagaag 31408397  T
Q  113 aaattatcaagaattaatagccaaaaatcaaaagtgctgcaaccttctatcatggctcaagctcaaaaacatcccattggtatctacgatccgataa-tt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31408398 aaattatcaagaattaatagccaaaaaccaaaagtgctgcaaccttctatcatggctgaagctcaaaaacatcccattggtatctacgatccgataaatt 31408497  T
Q  212 tttgtagnnnnnnnggccgatcgaaacttccatcgaaaactatcttccgataactnnnnnnnctttt-cagcaatttggggggctaattaaacagcagct 310  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408498 tttgtagaaaaaaaggccgatcgaaacttccatcgaaaactatcttccgataactgggggggctttttcagcaatttggggggctaattaaacagcagct 31408597  T
Q  311 accaccataacatattgcaccttgcaagcccagcccatgtccctttcagctcaaattgcataattaattatcatcatactacaatattcttcatattaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408598 accaccataacatattgcaccttgcaagcccagcccatgtccctttcggctcaaattgcataattaattatcatcatactacaatattcttcatattaat 31408697  T
Q  411 ttgtccaacaataatgcaattacagtgttggtgattgtgacaaaa-aatagtacatgtaatttgaacagtaaaattgccaagtatacaagcatgatcctt 509  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31408698 ctgtccaacaataatgcaattacagtgttggtgattgtgacaaaaaaatagtacatgtaatttgaacagtaaaattgccaagtatacaagcatgatccat 31408797  T
Q  510 tacataagaagtttgtttgggaaagtcataacaagaaattaacaaatgcagggtccataagatgatatttaaattagaaccaggataatgacaatgtggt 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31408798 tacataagaagtttgtttgggaaagtcagaacaagaaattaacaaatgcagggtccataagatgatatttaaattagaaccaggataatgacattgtggt 31408897  T
Q  610 cataatgataatgactgaaattagcacattgatgataaatatgactaggattatttattttgatgatatgatt 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408898 cataatgataatgactgaaattagcacattgatgataaatatgactaggattatttattttgatgatatgatt 31408970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University