View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21197_high_1 (Length: 1586)

Name: NF21197_high_1
Description: NF21197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21197_high_1
NF21197_high_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (20-1576)||(40627745-40629300)
chr1 (20-253)||(40635832-40636065)
chr1 (1153-1571)||(40637111-40637532)
chr1 (777-1064)||(40636610-40636902)
chr1 (1145-1231)||(40657928-40658014)
chr1 (979-1083)||(40657708-40657809)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1453; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1576
Target Start/End: Complemental strand, 40629300 - 40627745
Alignment:
Q  20 agtagctatggagaagcttgatcacattctgagatgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgatcaagatggtggaggaagtaagagatgggctcaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40629300 agtagctatggagaagcttgatcacattctgagatgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgatcaagatggtggaggaagtaaaagatgggctcaaa 40629201  T
Q  120 gacctgcaaaatactgtgtctaaattgaagtcaacaaatgaaagagaaaccgtgtggttggaacaggtgaacgaagtttgtgattacatggcagaagttg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40629200 gacctgcaaaatactgtgtctaaattgaagtcaacaaatgaaagagaaattgtgtggttggaacaggtgaacgaagtttgtgattacatggcagaagttg 40629101  T
Q  220 ctggaaatttcattgcaagaagagaaaaatggttccaaatgagtagtcgtcgtcttagtcttatgaggaaggtcctttatcacgatacttcctcatggga 319  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40629100 ctgaagatttcattgcaagaagagaaaaatggttccaaatgagtagtcgtcgtcttagtcttatgaggaaggtcctttatcacgatacttcctcatggga 40629001  T
Q  320 atttaagaagcagatgaagcatgttagtattcaaattggagatgcacttggcagaagtttgacttatgaagttgtgggagtgggagacatgaatgaaaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40629000 atttaagaagcagatgaagcatgttagtattcaaattggagatgcacttggcagaagtttgacttatgaagttgtgggagtgggagacatgaatgaaaga 40628901  T
Q  420 acaaaaagatcaacacccgttcaagacttgtcaatggagattttgataatatcagaactcatccctttctctattgcttatactgctgaattgtttcttc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628900 acaaaaagatcaacacccgttcaagacttgtcaatggagattttgataatatcagaactcatccctttctctattgcttatactgctgaattgtttcttc 40628801  T
Q  520 tgagtcatattagtagtaaaagtgttggcttggcaggggtcatcttaattgtagtaatatctcaagctttcggaattgtttcaatacgaggaccagtaag 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628800 tgagtcatattagtagtaaaagtgttggcttggcaggggtcatcttaattgtagtaatatctcaagctttcggaattgtttcaatacgaggaccagtaag 40628701  T
Q  620 agcacgtaaactgaatcnnnnnnnnggagcaatattaaggctgctgacctcgagcttcttcacttacactttaattcttttagtgattttcatcttgtta 719  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628700 agcacgtaaactgaatcaaaaaaaaggagcaatattaaggctgctgacctcgagcttcttcacttactctttaattcttttagtgattttcatcttgtta 40628601  T
Q  720 ttttttatcccgtaccagatagcactcctattccaattgagttccccgctgtatcaagttattgtctggattgtgaagttgtgcaggtccgtggataata 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40628600 ttttttatcccgtaccagatagcactcctattccaattgagttccccgctgtatcaagttattgtctggattgtgaagttgtgcaggtccatggataata 40628501  T
Q  820 atttgaactgtgtgcaaagagatttagatctaatgcacgtgtttcttagggacactgctgaaagtgcagaaagcatgaatgatagacaagagagtatggg 919  Q
    ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40628500 atttgcagtgtttgcaaagagatttagatctaatgcacgtgtttcttagggacactgctgaaagtgcagaaagcatgaatgatagaca-gagagtatggg 40628402  T
Q  920 ttgatcaactgagagtcgtggctcaaaatggtcgctcccttgttgatgctgctggtaatggtggttgttggagcagaaaaactaagtttgccaaggacat 1019  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628401 ttgaccaactgagagttgtggctcaaaatggtcgctcccttgttgatgctgctggtaatggtggttgttggagcagaaaaactaagtttgccaaggacat 40628302  T
Q  1020 caactgcttgttggaagagattcttaatatctcacacaggaagactacttatagcattgcaaatattattcaaggagcaacacaacaagagcttgtacgt 1119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628301 caactgcttgttggaagagattcttaatatctcacacaggaagactacttatagcattgcaaatattattcaaggagcaacacaacaagagcttgtacgt 40628202  T
Q  1120 tctgaggaacatccagaaccagctacctcgtcctcctcatatcgacctgtcacagggctcaaacaggaagtccaatcaatcagaagggaaatggaattga 1219  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628201 tctgaggaacatccagaaccagctgcctcgtcctcctcatatcgacctgtcacagggctcaaacaggaagtccaatcaatcagaagggaaatggaattga 40628102  T
Q  1220 tggatgcgctgcatcaagatatacgagacaggagtgaaatagatagaagatctagaatctgggtggaccagatgcaaggtattgccgatgaaattgcgtc 1319  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40628101 tggatgcactgcatcaagatatacgagacaggagtgaaatagatagaagatctagaatctgggtggaccaaatgcaaggtattgccgatgaaattgcatc 40628002  T
Q  1320 tgtcattcgcgactatgataccaaattgaagcataggtcgattctcgtttacaccttcaagtactggacccgacatgttattagtaacaagatcaatgct 1419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40628001 tgtcattcgcgactatgataccaaattgaagcataggtcgattctcgtttacaccttcaagtactggacccgacatgttattagtaacaagatcaatgct 40627902  T
Q  1420 attagaaacaaaattgaagatgcctcaagaagaagaagggcatatggtttgggcaagtcaatagagtcctcatcgtccaccgttcacatactacgcggaa 1519  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40627901 attagaaacaaaattgaagatgcttccagaagaagaagggcatatggtttgggcaagtcaatagagtcctcatcgtccaccgttcacatactacgcggaa 40627802  T
Q  1520 ccacacaattgtctctcgttgctaaggaatccgatgttgttggatttgatgatgatg 1576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40627801 ccacacaattgtctctcgttgctaaggaatccgatgttgttggatttgatgatgatg 40627745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Original strand, 40635832 - 40636065
Alignment:
Q  20 agtagctatggagaagcttgatcacattctgagatgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgatcaagatggtggaggaagtaagagatgggctcaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  40635832 agtagctatggagaagcttgatcaaattcggagtcgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgattgagatggtggaagaagtaaaagatgggctcaaa 40635931  T
Q  120 gacctgcaaaatactgtgtctaaattgaagtcaacaaatgaaagagaaaccgtgtggttggaacaggtgaacgaagtttgtgattacatggcagaagttg 219  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  || | ||||||    
T  40635932 gacctgaaaaacattgtgtctaaattgaagtcaacaaatcaaagagaaactgtgtggttggaagaggtgaacgaagtctgtaattactcggaaaaagttg 40636031  T
Q  220 ctggaaatttcattgcaagaagagaaaaatggtt 253  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  40636032 ctggaaatttcatttcaacaagagaaaaatggtt 40636065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 1153 - 1571
Target Start/End: Original strand, 40637111 - 40637532
Alignment:
Q  1153 tcctcatatcgacctgtcacagggctcaaacaggaagtccaatcaatcagaagggaaatggaattgatggatgcgctgcatcaagatatacgagacagga 1252  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||  ||| |||  ||||||| ||| ||| | ||    
T  40637111 tcctcgtaccgacctgtcacggggctcaaacaggaagtccaatcaatcagagaggaagaggaattgatgtttgcactgtttcaagatgtactagaaatga 40637210  T
Q  1253 gtgaaatagatagaagatctagaatctgggtggaccagatgcaaggtattgccgatgaaattgcgtctgtcattcgcgactatgataccaaattgaagca 1352  Q
    | ||  | ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||     |||||| | ||||||||| |    
T  40637211 gagacctggatagaagatctacaatttgggtggagcaaatgcatggtattgtcaatgaaattgaatctgtcattcaacgttatgatgctaaattgaagta 40637310  T
Q  1353 taggtcgattctcgtttacaccttcaagtactggacccgacatgttattagtaacaagatcaatgctattagaaacaaaattgaagatgcctcaagaaga 1452  Q
    || ||| |||||  | |||||  ||||||  ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40637311 taagtcaattctgttatacactctcaagttttggacccgacatgttattagcgaagagatcaatgctatcagaaacaaaattgaagatgcctccagaaga 40637410  T
Q  1453 agaagggcatatggtttgggcaagtcaatagagtcctca---tcgtccaccgttcacatactacgcggaaccacacaattgtctctcgttgctaaggaat 1549  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||   || ||||| ||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  40637411 agaagggcatatggtttgggcaagacaattgagtcgtcaatgtcctccacagttcatatacttcgcggaacggcgcaattgtctctcgttgctaaagaat 40637510  T
Q  1550 ccgatgttgttggatttgatga 1571  Q
    |  |||| ||||||||||||||    
T  40637511 caaatgtcgttggatttgatga 40637532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 777 - 1064
Target Start/End: Original strand, 40636610 - 40636902
Alignment:
Q  777 gttattgtctggattgtgaagttgtgcaggtccgtggataataatttgaactgtgtgcaaagagatttagatctaatgcacgtgtttcttagggaca--- 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||    ||||||||||||| | ||||||| |  ||||||||||| |       
T  40636610 gttattgtctggattgtgaagttgtggaggtctatggacaataatttgaagtgcacccaaagagatttagctttaatgcatgcatttcttagggatattg 40636709  T
Q  874 ctgctgaaagtgcagaaagc---atgaatgatagacaagagagtatgggttgatcaactgagagtcgtggctcaaaatggtcgctcccttgttgatgctg 970  Q
    ||||||| |||| | ||  |   |||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    |||||| |||||||||    
T  40636710 ctgctgagagtgaacaagtcccaatgaatgaaagaca-gaaagtatgggttgaacaactgagaatcgtggctcaaaatggcaagtcccttcttgatgctg 40636808  T
Q  971 ctggtaatggtggttgttggagcagaaaaactaagtttgccaaggacatcaactgcttgttggaagagattcttaatatctcacacaggaagac 1064  Q
    ||| ||| |||||||||||||| |||| || || |||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40636809 ctgctaagggtggttgttggaggagaagaattatgtttccgaaggacatcaattgcttcttggatgagattcttaatctctcacacaggaagac 40636902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 1145 - 1231
Target Start/End: Original strand, 40657928 - 40658014
Alignment:
Q  1145 cctcgtcctcctcatatcgacctgtcacagggctcaaacaggaagtccaatcaatcagaagggaaatggaattgatggatgcgctgc 1231  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40657928 cctcctcctcctcgtatcggcctgtcatggggctcaaagagaaagtccaatcaatcagaagggaaaaggaattgatggatgcgctgc 40658014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 979 - 1083
Target Start/End: Original strand, 40657708 - 40657809
Alignment:
Q  979 ggtggttgttggagcagaaaaactaagtttgccaaggacatcaactgcttgttggaagagattcttaatatctcacacaggaagactacttatagcattg 1078  Q
    |||||||||| ||||||||    ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||| | |||||| | | |||| ||||||    
T  40657708 ggtggttgtttgagcagaat---taagtttgccaaggatatcaactgtttgttgaaagagattcttgatatatcagataggaaggccatttattgcattg 40657804  T
Q  1079 caaat 1083  Q
    |||||    
T  40657805 caaat 40657809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University