View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21197_high_19 (Length: 460)

Name: NF21197_high_19
Description: NF21197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21197_high_19
NF21197_high_19
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (11-418)||(23551829-23552236)
chr5 (11-418)||(30834364-30834772)
chr5 (11-418)||(30815353-30815760)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 23552236 - 23551829
Alignment:
Q  11 catcatcaacacaagtaactagagcagggttgtcattgctgatggacgcaattattccagtatgtagttcctctccatcgacatcaacaacagtaaactc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23552236 catcatcaacacaagtaactagagcagggttgtcattgctgatggacgcaattattccagtatgtggttcctctccattgacatcaacaacagtaaactc 23552137  T
Q  111 aggcccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaataggaggctgatgactgtggcagtaatcattgaactca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23552136 aggcccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaataggaggccgatgactgtggcagtaatcattgaactca 23552037  T
Q  211 acagctttctcaagaatgacttccgtaaaaacaacagcctataagacagttataataaacaaatttaaatttattcaaataagtcagaaactaatggaca 310  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23552036 acagctatctcaagactgacttccgtaaaaacaacagcctataagacagttataataaacaaatttaaatttattcaaataagtcagaaactaatggaca 23551937  T
Q  311 cactatacaactccaaagaaggacaagttttaatgaaatggtcaagtaaatccaaacttgctcctctcacatgacttcattaattgatctacaatagaat 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23551936 cactatacaactctaaagaaggacaagttttaatgaaatggtcaaataaattcaaacttgctcctctcacatgacttcattaaatgatctacaatagaat 23551837  T
Q  411 atgttatt 418  Q
    ||||||||    
T  23551836 atgttatt 23551829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 418
Target Start/End: Original strand, 30834364 - 30834772
Alignment:
Q  11 catcatcaacacaagtaactagagcagggttgtcattgctgatggacgcaattattccagtatgtagttcctctccatcgacatcaacaacagtaaactc 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30834364 catcatcaacacaagaaactagagcagggttgtcattgctaatggacgcaattattccagtatgtggttcctctccatcgacatcaacaacagtaaactc 30834463  T
Q  111 aggcccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaataggaggctgatgactgtggcagtaatcattgaactca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30834464 aggcccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaattggaggctgatgactgtggcagtaatcattgaactca 30834563  T
Q  211 acagctttctcaagaatgacttccgtaaaaacaacagcctataagacagttataataaacaaatttaaatttattcaaataagtcagaaactaatggaca 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  30834564 acagctttctcaagactgacttcggtaaaaacaacagcctacaagacagttataataaacatatttaaatttattcaaataagtcagaaacaaatggacg 30834663  T
Q  311 cactatacaactccaaagaaggacaagttttaatgaaatggtcaagtaaatccaaacttgctcctctcacatgacttcattaattgatctacaatagaat 410  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30834664 cactatacaactacgaagaagtacaagttctactgaaatggtcaagtaaattcaaacttgctcctcttacatgacttcattaattgatctacaatagaat 30834763  T
Q  411 -atgttatt 418  Q
     ||||||||    
T  30834764 gatgttatt 30834772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 418
Target Start/End: Original strand, 30815353 - 30815760
Alignment:
Q  11 catcatcaacacaagtaactagagcagggttgtcattgctgatggacgcaattattccagtatgtagttcctctccatcgacatcaacaacagtaaactc 110  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  30815353 catcatcaacacaagatactacagcagggttgtcattgctgatggatgcaattattccagtatgtggttcctccccgtcaacatcaacaactgtaaactc 30815452  T
Q  111 aggcccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaataggaggctgatgactgtggcagtaatcattgaactca 210  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30815453 aggtccaaaatcacaaaacacggaaccaaaaagacctctaacttcagttttaataaaagcaataggaggctgatgactgtggcagtaatcattgaactca 30815552  T
Q  211 acagctttctcaagaatgacttccgtaaaaacaacagcctataagacagttataataaacaaatttaaatttattcaaataagtcagaaactaatggaca 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  30815553 acagctttctcaagactgacttcggtaaaaacaacagcctacaagacagttataataaacaaatttaaatttattcaaataagtcagaaacaaatggacg 30815652  T
Q  311 cactatacaactccaaagaaggacaagttttaatgaaatggtcaagtaaatccaaacttgctcctctcacatgacttcattaattgatctacaatagaat 410  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30815653 cactatacaactacaaagaaggacaggttttacagaaatggtcaagtaaat-taaaattgctcgtctcacatgacttcattaattgatctacaatagaat 30815751  T
Q  411 -atgttatt 418  Q
     ||||||||    
T  30815752 gatgttatt 30815760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University